Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A1 F1 I1 R1	1061	294.1	15065038	98.6%	14854127	93.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	3,741,875	G→A	intergenic (+36/‑82)	yiaL → / → yiaM	putative lipase/hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	3,741,875	0	G	A	83.3%	605.2 / 86.2	233	intergenic (+36/‑82)	yiaL/yiaM	putative lipase/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/22); new base A (91/103); total (108/125)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01

Only 100 of 240 total aligned reads displayed.

ACAGCCTCTGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATGAAAAAA  >  NC_000913/3741783‑3741965

aCAGCCTCTGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATg                                                                                            <  2:5353729/93‑1 (MQ=255)

  aGCCTCTGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAGTTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGtt                                                                                          >  2:1156221/1‑93 (MQ=255)

  aGCCTCTGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATAtt                                                                                          >  2:5213208/1‑93 (MQ=255)

   gCCTCTGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTa                                                                                         <  1:5747608/93‑1 (MQ=255)

    ccTCTGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAAtattat                                                                                        >  2:3190169/1‑93 (MQ=255)

     ctctGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATattatt                                                                                       >  1:7099036/1‑93 (MQ=255)

     ctctGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATattatt                                                                                       >  1:1873914/1‑93 (MQ=255)

     ctctGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTAtt                                                                                       <  2:6313329/93‑1 (MQ=255)

      tctGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGNNNNNATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTg                                                                                      >  2:2501758/1‑93 (MQ=255)

      tctGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTg                                                                                      >  2:2404109/1‑93 (MQ=255)

       ctGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGc                                                                                     <  1:3963126/93‑1 (MQ=255)

        tGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGct                                                                                    <  1:2271514/93‑1 (MQ=255)

         gagaTACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGctc                                                                                   <  2:5556845/93‑1 (MQ=255)

          agaTACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGctct                                                                                  <  2:4887161/93‑1 (MQ=255)

           gaTACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTa                                                                                 >  1:4973850/1‑93 (MQ=255)

            aTACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTaa                                                                                <  1:4092085/93‑1 (MQ=255)

             tACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAAc                                                                               >  1:7031870/1‑93 (MQ=255)

              aCGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACt                                                                              <  2:2678856/93‑1 (MQ=255)

                gAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACtat                                                                            <  2:3959993/93‑1 (MQ=255)

                gAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACtat                                                                            >  2:4519670/1‑93 (MQ=255)

                 aaaaaTTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACtata                                                                           <  1:4820638/93‑1 (MQ=255)

                  aaaaTTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTatat                                                                          >  1:1170866/1‑93 (MQ=255)

                   aaaTTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATAtt                                                                         <  2:3675707/93‑1 (MQ=255)

                   aaaTTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATAtt                                                                         <  1:1015315/93‑1 (MQ=255)

                   aaaTTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATAtt                                                                         <  1:2364155/93‑1 (MQ=255)

                    aaTTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATta                                                                        >  2:3128032/1‑93 (MQ=255)

                     aTTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATtaa                                                                       <  1:1594509/93‑1 (MQ=255)

                     aTTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCAAACTATATtaa                                                                       >  2:4365452/1‑93 (MQ=255)

                      ttGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATtaat                                                                      >  1:3841973/1‑93 (MQ=255)

                      ttGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATtaat                                                                      <  2:6068596/93‑1 (MQ=255)

                       tgtgGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATtaata                                                                     >  2:1615058/1‑93 (MQ=255)

                           gTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTc                                                                 >  2:4803604/1‑93 (MQ=255)

                            ttAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCa                                                                <  2:12659/93‑1 (MQ=255)

                            ttAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCa                                                                <  1:6771841/93‑1 (MQ=255)

                            ttAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCa                                                                <  2:2996078/93‑1 (MQ=255)

                            ttAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCa                                                                <  1:2552001/93‑1 (MQ=255)

                              aaaGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAgg                                                              >  2:2960091/1‑93 (MQ=255)

                              aaaGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAgg                                                              <  1:2295504/93‑1 (MQ=255)

                              aaaGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAgg                                                              <  1:1761110/93‑1 (MQ=255)

                               aaGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGt                                                             >  1:539559/1‑93 (MQ=255)

                               aaGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGt                                                             <  1:7187133/93‑1 (MQ=255)

                                aGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCGGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGtt                                                            <  1:5537198/93‑1 (MQ=255)

                                  tCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTtgc                                                          <  2:1337739/93‑1 (MQ=255)

                                   cGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTtgct                                                         <  1:4133101/93‑1 (MQ=255)

                                    gCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTtgctg                                                        >  1:4490770/1‑93 (MQ=255)

                                    gCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTtgctg                                                        >  1:853018/1‑93 (MQ=255)

                                      aTTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGca                                                      >  1:5192730/1‑93 (MQ=255)

                                      aTTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGca                                                      <  2:6788319/93‑1 (MQ=255)

                                       ttAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGcac                                                     >  2:6750230/1‑93 (MQ=255)

                                         aaCGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACAt                                                   >  2:6388564/1‑93 (MQ=255)

                                         aaCGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACAt                                                   <  1:2774672/93‑1 (MQ=255)

                                         aaCGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACAt                                                   <  1:3127840/93‑1 (MQ=255)

                                         aaCGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACAt                                                   <  2:4223672/93‑1 (MQ=255)

                                           cGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTTTTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGc                                                 <  1:1105249/93‑1 (MQ=255)

                                            ggCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCg                                                <  1:6745239/93‑1 (MQ=255)

                                               gcTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACt                                             >  2:7149603/1‑93 (MQ=255)

                                                cTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACtt                                            >  2:1770737/1‑93 (MQ=255)

                                                 tGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTg                                           >  1:7399452/1‑93 (MQ=255)

                                                  gAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGa                                          <  1:4387347/93‑1 (MQ=255)

                                                    aTTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCTTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAAt                                        >  2:6198379/1‑93 (MQ=255)

                                                    aTTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAAt                                        <  1:3739722/93‑1 (MQ=255)

                                                    aTTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAAt                                        >  1:6616564/1‑93 (MQ=255)

                                                    aTTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAAt                                        <  2:3066050/93‑1 (MQ=255)

                                                     ttAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAAtt                                       <  1:5410535/93‑1 (MQ=255)

                                                      tAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTa                                      <  2:2107188/93‑1 (MQ=255)

                                                        aTCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATg                                    >  1:6505023/1‑93 (MQ=255)

                                                          cGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATgac                                  <  2:509871/93‑1 (MQ=255)

                                                           gAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATgaca                                 >  1:286921/1‑93 (MQ=255)

                                                            aataatCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATgacag                                >  1:7463649/1‑93 (MQ=255)

                                                             ataatCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATgacaga                               <  1:4028618/93‑1 (MQ=255)

                                                              taatCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATgacagac                              >  2:3721785/1‑93 (MQ=255)

                                                              taatCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATgacagac                              >  1:619426/1‑93 (MQ=255)

                                                               aatCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATgacagaca                             >  1:6008239/1‑93 (MQ=255)

                                                               aatCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATgacagaca                             <  1:4658712/93‑1 (MQ=255)

                                                               aatCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATgacagaca                             >  2:7192391/1‑93 (MQ=255)

                                                                  cGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAg                          <  2:213152/93‑1 (MQ=255)

                                                                   gTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGc                         >  2:2347526/1‑93 (MQ=255)

                                                                   gTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGc                         >  2:3273131/1‑93 (MQ=255)

                                                                      tACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTc                      <  2:5625197/93‑1 (MQ=255)

                                                                        cGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCaa                    <  1:1306537/93‑1 (MQ=255)

                                                                        cGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCaa                    <  1:6454159/93‑1 (MQ=255)

                                                                         gCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAg                   >  1:1997742/1‑93 (MQ=255)

                                                                         gCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAg                   <  2:7463649/93‑1 (MQ=255)

                                                                          ccAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAgg                  <  2:6684271/93‑1 (MQ=255)

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ACAGCCTCTGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATGAAAAAA  >  NC_000913/3741783‑3741965

Alignment Legend
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Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

BRESEQ :: bam2aln output

AACAGCCTCTGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATGAAAAAAATA  >  NC_000913/3741782‑3741968

AACAGCCTCTGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATG                                                                                               <  SRR4302542.6221451/94‑1 (MQ=60)

AACAGCCTCTGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATG                                                                                               <  SRR4302542.1618884/94‑1 (MQ=60)

AACAGCCTCTGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATA                                                                                               <  SRR4302542.3892592/94‑1 (MQ=60)

AACAGCCTCTGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATA                                                                                               <  SRR4302542.4970374/94‑1 (MQ=60)

  CAGCCTCTGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATT                                                                                             <  SRR4302542.2932362/94‑1 (MQ=60)

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           AGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTA                                                                                    >  SRR4302542.5022139/1‑94 (MQ=60)

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                                    CGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTG                                                           >  SRR4302542.4534835/1‑94 (MQ=60)

                                     GCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGC                                                          <  SRR4302542.4708298/94‑1 (MQ=60)

                                     GCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGC                                                          >  SRR4302542.2583237/1‑94 (MQ=60)

                                      CATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCA                                                         >  SRR4302542.5243176/1‑94 (MQ=60)

                                       ATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCAC                                                        >  SRR4302542.723928/1‑94 (MQ=60)

                                       ATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCAC                                                        >  SRR4302542.1743958/1‑94 (MQ=60)

                                          AACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATG                                                     <  SRR4302542.2242139/94‑1 (MQ=60)

                                          AACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATG                                                     <  SRR4302542.3157583/94‑1 (MQ=60)

                                          AACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATG                                                     <  SRR4302542.2801401/94‑1 (MQ=60)

                                            CGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTTTTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCG                                                   <  SRR4302542.1114695/94‑1 (MQ=60)

                                             GGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGA                                                  <  SRR4302542.6811617/94‑1 (MQ=60)

                                             GGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGA                                                  >  SRR4302542.257118/1‑94 (MQ=60)

                                                 CTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTG                                              >  SRR4302542.2288143/1‑94 (MQ=60)

                                                 CTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTG                                              >  SRR4302542.8324/1‑94 (MQ=60)

                                                 CTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTG                                              >  SRR4302542.7471863/1‑94 (MQ=60)

                                                  TGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGA                                             >  SRR4302542.2928550/1‑94 (MQ=60)

                                                   GAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAA                                            <  SRR4302542.4430391/94‑1 (MQ=60)

                                                    AATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAAT                                           >  SRR4302542.6681793/1‑94 (MQ=60)

                                                     ATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATT                                          <  SRR4302542.3776739/94‑1 (MQ=60)

                                                      TTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTA                                         <  SRR4302542.5463087/94‑1 (MQ=60)

                                                       TAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTAT                                        <  SRR4302542.2563816/94‑1 (MQ=60)

                                                        AATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATG                                       >  SRR4302542.6569150/1‑94 (MQ=60)

                                                        AATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATG                                       <  SRR4302542.2069607/94‑1 (MQ=60)

                                                        AATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATG                                       >  SRR4302542.6089025/1‑94 (MQ=60)

                                                           CGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACA                                    >  SRR4302542.289429/1‑94 (MQ=60)

                                                           CGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACA                                    <  SRR4302542.5763717/94‑1 (MQ=60)

                                                           CGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACA                                    >  SRR4302542.6044868/1‑94 (MQ=60)

                                                            GAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAG                                   >  SRR4302542.7536770/1‑94 (MQ=60)

                                                            GAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAG                                   >  SRR4302542.5500804/1‑94 (MQ=60)

                                                            GAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAG                                   <  SRR4302542.2332626/94‑1 (MQ=60)

                                                             AATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGA                                  <  SRR4302542.117373/94‑1 (MQ=60)

                                                              ATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGAC                                 >  SRR4302542.624751/1‑94 (MQ=60)

                                                              ATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGAC                                 <  SRR4302542.4068369/94‑1 (MQ=60)

                                                               TAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACA                                <  SRR4302542.6226688/94‑1 (MQ=60)

                                                               TAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACA                                >  SRR4302542.6066429/1‑94 (MQ=60)

                                                                AATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACAT                               >  SRR4302542.1312170/1‑94 (MQ=60)

                                                                AATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACAT                               >  SRR4302542.5260320/1‑94 (MQ=60)

                                                                AATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACAT                               <  SRR4302542.1887208/94‑1 (MQ=60)

                                                                AATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACAT                               >  SRR4302542.2164472/1‑94 (MQ=60)

                                                                AATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACAT                               <  SRR4302542.5672796/94‑1 (MQ=60)

                                                                AATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACAT                               <  SRR4302542.4447886/94‑1 (MQ=60)

                                                                AATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACAT                               <  SRR4302542.4704255/94‑1 (MQ=60)

                                                                 ATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATA                              <  SRR4302542.2314617/94‑1 (MQ=60)

                                                                        ACGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAA                       >  SRR4302542.4103710/1‑94 (MQ=60)

                                                                         CGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAG                      <  SRR4302542.5214126/94‑1 (MQ=60)

                                                                         CGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAG                      >  SRR4302542.6444931/1‑94 (MQ=60)

                                                                         CGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAG                      <  SRR4302542.6517708/94‑1 (MQ=60)

                                                                         CGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAG                      >  SRR4302542.2014977/1‑94 (MQ=60)

                                                                         CGCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAG                      <  SRR4302542.1317797/94‑1 (MQ=60)

                                                                          GCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGG                     >  SRR4302542.7015261/1‑94 (MQ=60)

                                                                          GCCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGG                     >  SRR4302542.5762197/1‑94 (MQ=60)

                                                                           CCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGA                    >  SRR4302542.2232312/1‑94 (MQ=60)

                                                                           CCAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGA                    <  SRR4302542.1564251/94‑1 (MQ=60)

                                                                            CAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAA                   <  SRR4302542.913525/94‑1 (MQ=60)

                                                                            CAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAA                   <  SRR4302542.2847392/94‑1 (MQ=60)

                                                                            CAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAA                   >  SRR4302542.3711505/1‑94 (MQ=60)

                                                                            CAGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAA                   >  SRR4302542.1278656/1‑94 (MQ=60)

                                                                             AGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAAT                  <  SRR4302542.6813431/94‑1 (MQ=60)

                                                                             AGAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAAT                  <  SRR4302542.5244470/94‑1 (MQ=60)

                                                                              GAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATA                 <  SRR4302542.2082809/94‑1 (MQ=60)

                                                                              GAACGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATA                 <  SRR4302542.5371710/94‑1 (MQ=60)

                                                                                 CGCCTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCT              <  SRR4302542.5461812/94‑1 (MQ=60)

                                                                                    CTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATG           >  SRR4302542.6208458/1‑94 (MQ=60)

                                                                                    CTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATG           >  SRR4302542.5656448/1‑94 (MQ=60)

                                                                                    CTGGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATG           >  SRR4302542.2750558/1‑94 (MQ=60)

                                                                                      GGGTAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCCATGAA         <  SRR4302542.892843/94‑1 (MQ=60)

                                                                                         TAATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATGAAAAA      >  SRR4302542.2592018/1‑94 (MQ=60)

                                                                                          AATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATGAAAAAA     >  SRR4302542.1048409/1‑94 (MQ=60)

                                                                                          AATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATGAAAAAA     <  SRR4302542.551309/94‑1 (MQ=60)

                                                                                          AATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATGAAAAAA     >  SRR4302542.4785090/1‑94 (MQ=60)

                                                                                           ATATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATGAAAAAAA    >  SRR4302542.7475134/1‑94 (MQ=60)

                                                                                            TATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATGAAAAAAAT   <  SRR4302542.1056326/94‑1 (MQ=60)

                                                                                            TATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATGAAAAAAAT   <  SRR4302542.4663767/94‑1 (MQ=60)

                                                                                            TATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATGAAAAAAAT   <  SRR4302542.4623446/94‑1 (MQ=60)

                                                                                            TATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATGAAAAAAAT   >  SRR4302542.5395499/1‑94 (MQ=60)

                                                                                            TATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATGAAAAAAAT   <  SRR4302542.5724082/94‑1 (MQ=60)

                                                                                             ATTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATGAAAAAAATA  >  SRR4302542.5931105/1‑94 (MQ=60)

AACAGCCTCTGAGATACGAAAAATTGTGGTTAAAGTCGCATTAACGGCGCTGAATTAATCGAATAATCGTCTACGCCAGAACGCCTGGGTAATGTTATTGCTCTAACTATATTAATAATTCAGGTTGCTGCACATGCGACTTGAATTATGACAGACATAGCCTCAAGGAATAGCTATGAAAAAAATA  >  NC_000913/3741782‑3741968

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 0 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 35 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`