Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,853,551 |
T→C |
Q16R (CAG→CGG) |
yidG ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,853,551 | 0 | T | C | 90.4%
| 786.8
/ 61.8
| 292 | Q16R (CAG→CGG) | yidG | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/16); new base C (122/142); total (134/158) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 |
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
CCGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAA > NC_000913/3853459‑3853643
|
ccGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCt > 1:2687432/1‑93 (MQ=255)
gCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGc > 1:962750/1‑93 (MQ=255)
ccTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCa < 1:4600565/93‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAg < 1:3995638/93‑1 (MQ=255)
cTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAg < 2:4077573/93‑1 (MQ=255)
gTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTcc > 2:882948/1‑93 (MQ=255)
gTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTcc < 1:2031450/93‑1 (MQ=255)
gTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTcc < 2:4730713/93‑1 (MQ=255)
gCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTg < 1:770257/93‑1 (MQ=255)
gCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTg < 1:3519757/93‑1 (MQ=255)
ccAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTgg > 1:4818405/1‑93 (MQ=255)
ccAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTgg < 2:731363/93‑1 (MQ=255)
cAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTggg > 1:2532572/1‑93 (MQ=255)
aGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGt < 1:1670614/93‑1 (MQ=255)
aGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGt < 1:6048586/93‑1 (MQ=255)
aGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGt < 1:4138936/93‑1 (MQ=255)
gTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTc > 1:2899716/1‑93 (MQ=255)
ttGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCg > 2:5579499/1‑93 (MQ=255)
ttGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCg > 1:30948/1‑93 (MQ=255)
gtgtTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGc < 1:6419611/93‑1 (MQ=255)
tgtTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCa > 1:3403483/1‑93 (MQ=255)
gtTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCaa < 2:1131576/93‑1 (MQ=255)
gtTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCaa < 2:5238333/93‑1 (MQ=255)
tttGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAAt > 2:3255415/1‑93 (MQ=255)
tttGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAAt < 1:1472606/93‑1 (MQ=255)
ttGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATg > 1:880396/1‑93 (MQ=255)
gATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCg < 1:1624940/93‑1 (MQ=255)
tAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTc < 2:1315836/93‑1 (MQ=255)
tAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTc > 2:4241553/1‑93 (MQ=255)
tAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTc < 1:6508132/93‑1 (MQ=255)
gCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTg < 2:31972/93‑1 (MQ=255)
ccAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTgg < 1:4263060/93‑1 (MQ=255)
ccAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTgg < 1:5826322/93‑1 (MQ=255)
cAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGc < 2:2701280/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCt > 1:2327704/1‑93 (MQ=255)
gCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTg > 1:5026889/1‑93 (MQ=255)
ccATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGc < 2:750876/93‑1 (MQ=255)
ccATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTga < 2:4637282/93‑2 (MQ=255)
cATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCg > 2:477287/1‑93 (MQ=255)
cATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCg > 2:7079841/1‑93 (MQ=255)
aTCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCgg > 2:5794061/1‑93 (MQ=255)
tCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGc > 2:3368671/1‑93 (MQ=255)
tCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGc > 2:6163387/1‑93 (MQ=255)
cAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCt < 2:3804836/93‑1 (MQ=255)
aaCGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTa < 2:2259395/93‑1 (MQ=255)
cgcgCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATc < 1:5201904/93‑1 (MQ=255)
gcgcCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATcc > 1:7252421/1‑93 (MQ=255)
gcgcCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATcc < 1:4194345/93‑1 (MQ=255)
ccGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGc < 2:7464997/93‑1 (MQ=255)
gTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCAt > 2:188643/1‑93 (MQ=255)
gTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCAt > 2:293767/1‑93 (MQ=255)
gTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCAt > 1:7417952/1‑93 (MQ=255)
tAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATa > 2:5101891/1‑93 (MQ=255)
tAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATa < 2:4294831/93‑1 (MQ=255)
tAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATa > 1:1180255/1‑93 (MQ=255)
aGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTTCGGCTATCCGGCATac > 2:5356347/1‑93 (MQ=255)
aGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATac < 2:7280661/93‑1 (MQ=255)
gCCCAGCATGGTACGGAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCAGGCAGaca > 1:5554182/1‑93 (MQ=255)
ccAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATacaac < 1:3532036/93‑1 (MQ=255)
cAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATacaaca > 2:6303048/1‑93 (MQ=255)
aGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAacac > 2:1046983/1‑93 (MQ=255)
aGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAacac > 2:3639772/1‑93 (MQ=255)
cATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCa > 1:6950072/1‑93 (MQ=255)
gTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTcc < 1:2164745/93‑1 (MQ=255)
aCGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCa > 1:6597498/1‑93 (MQ=255)
aCGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCa < 2:6846320/93‑1 (MQ=255)
cGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCAt > 2:954323/1‑93 (MQ=255)
cGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCAt < 2:2819524/93‑1 (MQ=255)
cGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCAt < 1:2207058/93‑1 (MQ=255)
cGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCAt < 2:1069669/93‑1 (MQ=255)
aaaCCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATaa < 1:1778880/93‑1 (MQ=255)
aaaCCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATaa < 1:5112950/93‑1 (MQ=255)
aCCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACg > 2:5896410/1‑93 (MQ=255)
aCCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACg > 1:7104632/1‑93 (MQ=255)
aCCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGCCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACg > 2:576626/1‑93 (MQ=255)
ccACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGa < 1:3706234/93‑1 (MQ=255)
cACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGAt < 2:2490801/93‑1 (MQ=255)
aCGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATc > 1:1544189/1‑93 (MQ=255)
cGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCa < 1:6732017/93‑1 (MQ=255)
gCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATcgc < 2:2623975/93‑3 (MQ=255)
ccAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGACCCATAACGATCAcc < 2:311772/93‑1 (MQ=255)
aGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGc < 2:6481261/93‑1 (MQ=255)
gTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGcc > 2:7218328/1‑93 (MQ=255)
tGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCa < 2:6813683/93‑1 (MQ=255)
gATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCAc < 1:7388776/93‑1 (MQ=255)
gATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCAc < 1:5365715/93‑1 (MQ=255)
tgtgCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGa > 2:5426560/1‑93 (MQ=255)
gtgCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGAc < 2:2374885/93‑1 (MQ=255)
gtgCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGAc < 2:2337043/93‑1 (MQ=255)
gcgcTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACCCCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCa < 1:6986720/93‑1 (MQ=255)
gcgcTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCa > 2:457080/1‑93 (MQ=255)
cgcTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCAt < 2:3988952/93‑1 (MQ=255)
cgcTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCAt < 2:7037838/93‑1 (MQ=255)
gcTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATc > 1:4406643/1‑93 (MQ=255)
gcTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATc < 1:1113456/93‑1 (MQ=255)
tCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCaa < 2:1254828/93‑1 (MQ=255)
ccGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAat < 1:6799400/93‑1 (MQ=255)
cGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAata < 1:3785584/93‑1 (MQ=255)
ggCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAatat > 1:6246643/1‑93 (MQ=255)
tGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTaa < 2:1968335/93‑1 (MQ=255)
|
CCGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAA > NC_000913/3853459‑3853643
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCCGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAG > NC_000913/3853458‑3853644
|
CCCGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCT > SRR4302542.2713342/1‑94 (MQ=60)
CCGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTG < SRR4302542.1871799/94‑1 (MQ=60)
CCGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCG > SRR4302542.3690026/1‑94 (MQ=60)
CGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGC > SRR4302542.1190235/1‑94 (MQ=60)
CGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGC > SRR4302542.971019/1‑94 (MQ=60)
GCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCA < SRR4302542.7130505/94‑1 (MQ=60)
CCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAG < SRR4302542.4645537/94‑1 (MQ=60)
CCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAG > SRR4302542.5086543/1‑94 (MQ=60)
CTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGT < SRR4302542.6860645/94‑1 (MQ=60)
CTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGT < SRR4302542.4035053/94‑1 (MQ=60)
GGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCC > SRR4302542.6738690/1‑94 (MQ=60)
GTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCT < SRR4302542.2606855/94‑1 (MQ=60)
GTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCT < SRR4302542.2049026/94‑1 (MQ=60)
GCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGG > SRR4302542.6602463/1‑94 (MQ=60)
GCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGG < SRR4302542.7192549/94‑1 (MQ=60)
GCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGG < SRR4302542.3552657/94‑1 (MQ=60)
GCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGG > SRR4302542.4865363/1‑94 (MQ=60)
GCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGG > SRR4302542.4352180/1‑94 (MQ=60)
GCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGG < SRR4302542.776918/94‑1 (MQ=60)
CCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGG > SRR4302542.2557140/1‑94 (MQ=60)
CCAGTTGTGGTTGATCGCCAACGCCATCAACGCGCCGTCGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGTG > SRR4302542.1740824/1‑94 (MQ=60)
CAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGT > SRR4302542.7235200/1‑94 (MQ=60)
AGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTC < SRR4302542.4179714/94‑1 (MQ=60)
AGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTC > SRR4302542.2927546/1‑94 (MQ=60)
AGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTC > SRR4302542.5662112/1‑94 (MQ=60)
AGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTC < SRR4302542.6107131/94‑1 (MQ=60)
AGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTC < SRR4302542.7085117/94‑1 (MQ=60)
AGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTC < SRR4302542.1685055/94‑1 (MQ=60)
GTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCG < SRR4302542.5311646/94‑1 (MQ=60)
GTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCG > SRR4302542.31225/1‑94 (MQ=60)
GTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCG < SRR4302542.827403/94‑1 (MQ=60)
TTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGG > SRR4302542.165016/1‑94 (MQ=60)
TTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGG < SRR4302542.4266568/94‑1 (MQ=60)
GTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCA > SRR4302542.3435394/1‑94 (MQ=60)
GTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCA < SRR4302542.6482878/94‑1 (MQ=60)
TGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAA > SRR4302542.5019417/1‑94 (MQ=60)
GTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAAT < SRR4302542.7577739/94‑1 (MQ=60)
GTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAAT > SRR4302542.7339930/1‑94 (MQ=60)
GTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAAT > SRR4302542.6964034/1‑94 (MQ=60)
TTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATG < SRR4302542.2211541/94‑1 (MQ=60)
TTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATG > SRR4302542.888000/1‑94 (MQ=60)
TTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATG < SRR4302542.2557775/94‑1 (MQ=60)
TTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATG < SRR4302542.1485321/94‑1 (MQ=60)
TTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATG < SRR4302542.6795298/94‑1 (MQ=60)
TTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGCCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGC < SRR4302542.1212713/94‑1 (MQ=60)
GATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGT < SRR4302542.1638963/94‑1 (MQ=60)
TAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCT > SRR4302542.2123396/1‑94 (MQ=60)
TAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCT < SRR4302542.6572281/94‑1 (MQ=60)
GCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGG < SRR4302542.2526996/94‑1 (MQ=60)
CCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGC < SRR4302542.5882880/94‑1 (MQ=60)
CCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGC < SRR4302542.4305025/94‑1 (MQ=60)
CAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCT > SRR4302542.2347656/1‑94 (MQ=60)
CAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCT > SRR4302542.5237469/1‑94 (MQ=60)
AACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTT < SRR4302542.3743816/94‑1 (MQ=60)
AACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTT > SRR4302542.6257728/1‑94 (MQ=60)
ACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGCCTTT < SRR4302542.7045077/94‑1 (MQ=60)
CGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTG < SRR4302542.1748563/94‑1 (MQ=60)
CGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTG > SRR4302542.5075689/1‑94 (MQ=60)
GCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGC > SRR4302542.6985991/1‑94 (MQ=60)
CATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGG > SRR4302542.771132/1‑94 (MQ=60)
ATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGC > SRR4302542.959566/1‑94 (MQ=60)
ATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGC > SRR4302542.581068/1‑94 (MQ=60)
ATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGC > SRR4302542.7360838/1‑94 (MQ=60)
ATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGC > SRR4302542.2317658/1‑94 (MQ=60)
CAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTA < SRR4302542.6307747/94‑1 (MQ=60)
AACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTAT < SRR4302542.51094/94‑1 (MQ=60)
AACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTAT > SRR4302542.1990939/1‑94 (MQ=60)
AACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTAT < SRR4302542.3525858/94‑1 (MQ=60)
CGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCC > SRR4302542.6583149/1‑94 (MQ=60)
CGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCC < SRR4302542.5252451/94‑1 (MQ=60)
CGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCC > SRR4302542.7323527/1‑94 (MQ=60)
GCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCG < SRR4302542.4235698/94‑1 (MQ=60)
CGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGG < SRR4302542.1617075/94‑1 (MQ=60)
CGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGG < SRR4302542.3256762/94‑1 (MQ=60)
GCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGC > SRR4302542.2502169/1‑94 (MQ=60)
GCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGC > SRR4302542.137625/1‑94 (MQ=60)
CCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCA < SRR4302542.1624456/94‑1 (MQ=60)
CGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCAT > SRR4302542.7490535/1‑94 (MQ=60)
CGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCAT > SRR4302542.6444409/1‑94 (MQ=60)
GTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATA > SRR4302542.876959/1‑94 (MQ=60)
GTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATA > SRR4302542.1190444/1‑94 (MQ=60)
AGCCCAGCATGGTACGGAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCAGGCAGACA > SRR4302542.5608147/1‑94 (MQ=60)
CCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAAC > SRR4302542.4719609/1‑94 (MQ=60)
CCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAAC > SRR4302542.4061175/1‑94 (MQ=60)
CCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACA > SRR4302542.6308245/1‑94 (MQ=60)
CCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACA < SRR4302542.3565050/94‑1 (MQ=60)
CCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACA < SRR4302542.3620235/94‑1 (MQ=60)
CCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACA > SRR4302542.2138820/1‑94 (MQ=60)
CCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACA > SRR4302542.2208033/1‑94 (MQ=60)
GCATTGTACGAAACCACCGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACC < SRR4302542.3693915/94‑1 (MQ=60)
GCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCA > SRR4302542.7018358/1‑94 (MQ=60)
GCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCA < SRR4302542.4467930/94‑1 (MQ=60)
CATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAG > SRR4302542.3560847/1‑94 (MQ=60)
CATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAG < SRR4302542.6544094/94‑1 (MQ=60)
ATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGT > SRR4302542.6511463/1‑94 (MQ=60)
ATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGT < SRR4302542.380049/94‑1 (MQ=60)
TGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTC < SRR4302542.4290166/94‑1 (MQ=60)
GGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCC < SRR4302542.5543797/94‑1 (MQ=60)
NNACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCC < SRR4302542.1659719/94‑1 (MQ=60)
GTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCC < SRR4302542.2183387/94‑1 (MQ=60)
TACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCA > SRR4302542.9200/1‑94 (MQ=60)
TACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCA > SRR4302542.6662499/1‑94 (MQ=60)
TACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCA < SRR4302542.5218452/94‑1 (MQ=60)
CGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATA < SRR4302542.2226049/94‑1 (MQ=60)
AAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAAC < SRR4302542.5162607/94‑1 (MQ=60)
AAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAAC < SRR4302542.1794300/94‑1 (MQ=60)
AACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACG < SRR4302542.2846336/94‑1 (MQ=60)
AACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACG < SRR4302542.2984032/94‑1 (MQ=60)
AACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACG > SRR4302542.7174371/1‑94 (MQ=60)
ACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGA < SRR4302542.153792/94‑1 (MQ=60)
CCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGAT < SRR4302542.3742905/94‑1 (MQ=60)
CCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGAT > SRR4302542.4216307/1‑94 (MQ=60)
CCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGAT > SRR4302542.3859767/1‑94 (MQ=60)
CA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATC < SRR4302542.5935003/94‑1 (MQ=60)
CA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATC > SRR4302542.1557514/1‑94 (MQ=60)
CA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATC < SRR4302542.3856372/94‑1 (MQ=60)
A‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCA < SRR4302542.5367990/94‑1 (MQ=60)
A‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCA < SRR4302542.7480559/94‑1 (MQ=60)
A‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCA < SRR4302542.5924782/94‑1 (MQ=60)
CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCAC < SRR4302542.6798283/94‑1 (MQ=60)
CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCAC > SRR4302542.4884850/1‑94 (MQ=60)
CCAGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCG < SRR4302542.2967724/94‑1 (MQ=60)
AGTGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCC < SRR4302542.5533525/94‑1 (MQ=60)
GTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCA < SRR4302542.6826783/94‑1 (MQ=60)
TGATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCAC > SRR4302542.99060/1‑94 (MQ=60)
GATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACG < SRR4302542.3479370/94‑1 (MQ=60)
GATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACG < SRR4302542.7461103/94‑1 (MQ=60)
GATGTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACG < SRR4302542.5417864/94‑1 (MQ=60)
GTGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACC > SRR4302542.4146193/1‑94 (MQ=60)
TGCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCA > SRR4302542.1511343/1‑94 (MQ=60)
GCGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACCCCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCAT < SRR4302542.7055350/94‑1 (MQ=60)
CGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATC > SRR4302542.4449918/1‑94 (MQ=60)
CGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATC > SRR4302542.3195389/1‑94 (MQ=60)
CGCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATC > SRR4302542.4211245/1‑94 (MQ=60)
GCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCA < SRR4302542.1122975/94‑1 (MQ=60)
GCTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCA > SRR4302542.225051/1‑94 (MQ=60)
CTCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAA > SRR4302542.4569191/1‑94 (MQ=60)
TCCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAAT < SRR4302542.7050678/94‑1 (MQ=60)
CCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATA < SRR4302542.2801192/94‑1 (MQ=60)
CCGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATA < SRR4302542.6866260/94‑1 (MQ=60)
CGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATAT < SRR4302542.3823026/94‑1 (MQ=60)
CGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATAT < SRR4302542.3561468/94‑1 (MQ=60)
CGGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATAT > SRR4302542.6308194/1‑94 (MQ=60)
GGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACACCACCAGTCCCATAACGACCACCGCCACGACCATCAATATT < SRR4302542.4368730/94‑1 (MQ=60)
GGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATT < SRR4302542.7464353/94‑1 (MQ=60)
GGCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATT > SRR4302542.1951136/1‑94 (MQ=60)
GCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTA < SRR4302542.6380966/94‑1 (MQ=60)
GCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTA < SRR4302542.2469343/94‑1 (MQ=60)
GCCGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTA < SRR4302542.2218089/94‑1 (MQ=60)
CGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAG < SRR4302542.7144658/94‑1 (MQ=60)
CGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAG < SRR4302542.3458465/94‑1 (MQ=60)
CGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAG > SRR4302542.680953/1‑94 (MQ=60)
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CCCGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAACCA‑CGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAG > NC_000913/3853458‑3853644
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
