Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,888,277 |
C→T |
A138V (GCC→GTC) |
tnaB → |
low affinity tryptophan permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,888,277 | 0 | C | T | 83.5%
| 816.9
/ 107.0
| 310 | A138V (GCC→GTC) | tnaB | low affinity tryptophan permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/29); new base T (132/126); total (154/156) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.03e-01 |
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
TAATGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTGGTT > NC_000913/3888185‑3888369
|
tAATGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGc > 2:3318071/1‑93 (MQ=255)
aTGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCa > 1:2079206/1‑93 (MQ=255)
tGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAg < 1:6227441/93‑1 (MQ=255)
tGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAg < 1:535219/93‑1 (MQ=255)
ggTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGc > 2:3038695/1‑93 (MQ=255)
tGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGt < 1:1008964/93‑1 (MQ=255)
gCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTa < 1:2791133/93‑1 (MQ=255)
cGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTAt > 1:673375/1‑93 (MQ=255)
gATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTAtt > 1:341682/1‑93 (MQ=255)
aTCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATtg > 2:3636950/1‑93 (MQ=255)
aTCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATtg > 1:2512685/1‑93 (MQ=255)
aTCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATtg > 2:2913672/1‑93 (MQ=255)
ttAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGt > 2:2282039/1‑93 (MQ=255)
gTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTaa < 1:5673635/93‑1 (MQ=255)
aaaCGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGtt > 1:2314578/1‑93 (MQ=255)
aaCGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTc > 2:3158832/1‑93 (MQ=255)
aaCGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTc < 1:2213498/93‑1 (MQ=255)
aaCGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTc > 2:1801937/1‑93 (MQ=255)
aaCGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTc > 2:2700840/1‑93 (MQ=255)
aCGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCg < 1:6509804/93‑1 (MQ=255)
atatCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTa < 1:5495989/93‑1 (MQ=255)
atCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgc < 2:4697332/93‑1 (MQ=255)
tCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgcc < 2:2508836/93‑1 (MQ=255)
tCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgcc > 2:1298021/1‑93 (MQ=255)
tCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgcc > 1:6953869/1‑93 (MQ=255)
tCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgcc > 1:2600014/1‑93 (MQ=255)
aaTGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgccgc < 2:5667436/93‑1 (MQ=255)
aTGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgccgcc > 2:3235924/1‑93 (MQ=255)
aTGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgccgcc > 2:2593469/1‑93 (MQ=255)
gAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAg > 1:6322823/1‑93 (MQ=255)
gAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAg < 2:3289313/93‑1 (MQ=255)
tttGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCg > 2:1207970/1‑93 (MQ=255)
tttGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCg < 1:5198618/93‑1 (MQ=255)
ttGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGt > 1:3300830/1‑93 (MQ=255)
tGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTa < 1:2533599/93‑1 (MQ=255)
gggTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTAt > 1:1254620/1‑93 (MQ=255)
gggTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTAt > 2:6027371/1‑93 (MQ=255)
gggTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTAt < 2:4537410/93‑1 (MQ=255)
ggTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTAtt < 1:1537764/93‑1 (MQ=255)
gTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTa > 2:6353052/1‑93 (MQ=255)
ttATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTAc > 1:3553201/1‑93 (MQ=255)
tATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTAcc > 1:5999859/1‑93 (MQ=255)
tATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTAcc < 1:7195032/93‑1 (MQ=255)
tATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTAcc > 2:6472548/1‑93 (MQ=255)
tATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTAcc < 2:6461117/93‑1 (MQ=255)
aTCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCt > 1:5296870/1‑93 (MQ=255)
tCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTc > 2:3763479/1‑93 (MQ=255)
tCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTc < 2:7476099/93‑1 (MQ=255)
tCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTc > 2:2789234/1‑93 (MQ=255)
cACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCa > 1:3181149/1‑93 (MQ=255)
aCGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCAt < 1:4905339/93‑1 (MQ=255)
cTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGt < 2:1445875/93‑1 (MQ=255)
cTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGt > 1:5112847/1‑93 (MQ=255)
tAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGtt > 2:4098048/1‑93 (MQ=255)
aaTCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTc > 2:7281990/1‑93 (MQ=255)
aTCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTcc < 2:6824073/93‑1 (MQ=255)
aTCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTcc < 1:6076644/93‑1 (MQ=255)
tCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCt > 2:5240205/1‑93 (MQ=255)
tCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCt > 2:6625854/1‑93 (MQ=255)
ccACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTc < 2:6263474/93‑1 (MQ=255)
ccACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTc < 1:5792743/93‑1 (MQ=255)
cACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCg < 2:158142/93‑1 (MQ=255)
aCGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAGGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCgg < 1:1426845/93‑1 (MQ=255)
aCGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCgg > 1:414939/1‑93 (MQ=255)
aCGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCgg > 1:1586577/1‑93 (MQ=255)
aCGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCgg < 2:6100845/93‑1 (MQ=255)
gTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGc > 2:1137431/1‑93 (MQ=255)
gTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGc < 2:3934771/93‑1 (MQ=255)
tATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCt > 2:5453201/1‑93 (MQ=255)
ttGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGa < 2:1667948/93‑1 (MQ=255)
ttGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGa < 1:3012792/93‑1 (MQ=255)
ttGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGa > 1:3110100/1‑93 (MQ=255)
tGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGaa < 1:2835486/93‑1 (MQ=255)
tCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGa < 2:5065309/93‑1 (MQ=255)
gggATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGAtt < 2:4206887/93‑1 (MQ=255)
gATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTAt > 2:7445169/1‑93 (MQ=255)
aTCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTAtc < 2:6718116/93‑1 (MQ=255)
tCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCTCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTAtct > 1:7373919/1‑93 (MQ=255)
cTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTAtctc < 2:3529405/93‑1 (MQ=255)
tGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTcc < 1:469581/93‑1 (MQ=255)
tGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTcc < 2:711905/93‑1 (MQ=255)
gCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCt < 1:3971936/93‑1 (MQ=255)
gCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCt < 1:1558300/93‑1 (MQ=255)
acaGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCttt > 2:7015406/1‑93 (MQ=255)
acaGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCttt < 1:4955551/93‑1 (MQ=255)
acaGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCttt < 1:916995/93‑1 (MQ=255)
caGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTtg > 2:604264/1‑93 (MQ=255)
aGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTtgt > 2:2014789/1‑93 (MQ=255)
ccATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGa < 2:4681823/93‑1 (MQ=255)
ccATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGa < 2:5732100/93‑1 (MQ=255)
cATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGAt < 1:5385785/93‑1 (MQ=255)
cATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGAt < 2:7376101/93‑1 (MQ=255)
ttttCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCg < 2:5809935/93‑1 (MQ=255)
tCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCgtgt < 1:5008432/93‑1 (MQ=255)
cGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGtt < 1:1791207/93‑1 (MQ=255)
gTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGttt > 1:6781059/1‑93 (MQ=255)
gTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGttt < 2:4235384/93‑1 (MQ=255)
gTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGttt < 1:4925009/93‑1 (MQ=255)
ttGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTg < 1:1869608/93‑1 (MQ=255)
ccAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTGGtt > 2:819892/1‑93 (MQ=255)
|
TAATGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTGGTT > NC_000913/3888185‑3888369
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTAATGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTGGTTC > NC_000913/3888184‑3888370
|
CTAATGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGT > SRR4302542.2663311/1‑94 (MQ=60)
CTAATGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGT > SRR4302542.4060844/1‑94 (MQ=60)
TAATGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTC < SRR4302542.1331321/94‑1 (MQ=60)
TAATGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTC < SRR4302542.6609968/94‑1 (MQ=60)
TAATGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTC > SRR4302542.6346011/1‑94 (MQ=60)
TAATGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTC > SRR4302542.2969952/1‑94 (MQ=60)
TAATGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTC < SRR4302542.2967051/94‑1 (MQ=60)
AATGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCA < SRR4302542.6962077/94‑1 (MQ=60)
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GGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTA > SRR4302542.5292472/1‑94 (MQ=60)
GGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTAT < SRR4302542.2540715/94‑1 (MQ=60)
GATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATC < SRR4302542.6812208/94‑1 (MQ=60)
ATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCTCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCT > SRR4302542.7446128/1‑94 (MQ=60)
CTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCC < SRR4302542.1559239/94‑1 (MQ=60)
TGCGCAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCT < SRR4302542.6108304/94‑1 (MQ=60)
TGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCT < SRR4302542.5636830/94‑1 (MQ=60)
TGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCT < SRR4302542.473648/94‑1 (MQ=60)
TGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCT < SRR4302542.4996723/94‑1 (MQ=60)
GCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTT < SRR4302542.4011132/94‑1 (MQ=60)
GCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTT < SRR4302542.1571750/94‑1 (MQ=60)
CACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTT < SRR4302542.3131862/94‑1 (MQ=60)
CACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTT > SRR4302542.4909493/1‑94 (MQ=60)
ACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTG > SRR4302542.5781046/1‑94 (MQ=60)
ACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTG < SRR4302542.5003695/94‑1 (MQ=60)
ACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTG > SRR4302542.917915/1‑94 (MQ=60)
ACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTG < SRR4302542.924900/94‑1 (MQ=60)
ACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTG > SRR4302542.4191343/1‑94 (MQ=60)
CAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGT > SRR4302542.1457699/1‑94 (MQ=60)
ATCCATTTTCGTTGTCAGCGTTTTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTG < SRR4302542.2973849/94‑1 (MQ=60)
AGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTG > SRR4302542.160488/1‑94 (MQ=60)
AGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTG > SRR4302542.2617811/1‑94 (MQ=60)
AGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTG < SRR4302542.5491211/94‑1 (MQ=60)
GCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGA < SRR4302542.4679208/94‑1 (MQ=60)
CATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATC < SRR4302542.5438100/94‑1 (MQ=60)
ATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCG > SRR4302542.1414818/1‑94 (MQ=60)
ATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCG > SRR4302542.1806821/1‑94 (MQ=60)
TTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTG > SRR4302542.5391451/1‑94 (MQ=60)
TTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTG < SRR4302542.1566856/94‑1 (MQ=60)
TCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTT < SRR4302542.5057079/94‑1 (MQ=60)
CGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTT < SRR4302542.1806745/94‑1 (MQ=60)
CGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTT > SRR4302542.6847764/1‑94 (MQ=60)
GTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTG < SRR4302542.3281607/94‑1 (MQ=60)
GTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTG < SRR4302542.4972885/94‑1 (MQ=60)
TTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTGG < SRR4302542.1885775/94‑1 (MQ=60)
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GTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTGGTT < SRR4302542.386796/94‑1 (MQ=60)
GTCAGCGTATTATGGTTAAGTTCGTTACCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTGGTT < SRR4302542.5761734/94‑1 (MQ=60)
GCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTGGTT > SRR4302542.6382921/1‑94 (MQ=60)
TCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTGGTTC < SRR4302542.5838131/94‑1 (MQ=60)
TCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTGGTTC > SRR4302542.2547862/1‑94 (MQ=60)
TCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGACGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTGGTTC > SRR4302542.3850346/1‑94 (MQ=60)
|
CTAATGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTGGTTC > NC_000913/3888184‑3888370
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
