Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,951,168 |
+G |
coding (37/1818 nt) |
ilvD → |
dihydroxyacid dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,951,168 | 1 | . | G | 96.9%
| 969.7
/ 13.2
| 351 | coding (37/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (10/1); new base G (110/230); total (120/231) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
CAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GG‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951078‑3951248
|
gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAAt < 1:3635248/93‑1 (MQ=255)
gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAAt < 2:4162899/93‑1 (MQ=255)
gTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGa < 1:927478/93‑1 (MQ=255)
gTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGa < 2:4825269/93‑1 (MQ=255)
gTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCCGT‑‑GGCGCGCCACCCGAATGa > 2:3705404/1‑93 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGAc < 1:103815/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGAc < 2:6672631/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGa < 2:5445671/93‑1 (MQ=255)
taaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGAc < 2:154099/93‑1 (MQ=255)
aaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCCGAAAGAacgacg > 2:1403606/1‑93 (MQ=255)
aaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGc < 2:5944449/93‑1 (MQ=255)
aaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGc < 2:957574/93‑1 (MQ=255)
aGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGcc < 2:2663605/93‑1 (MQ=255)
gTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCGTCGGCTGT‑‑GGCGCGCCACCCGGATGAACGACCCCg > 2:2151171/1‑93 (MQ=255)
gTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCg < 2:255265/93‑1 (MQ=255)
gTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCCGGATGACCGacgacg > 2:6301056/1‑93 (MQ=255)
tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACCCCGa > 2:1924704/1‑93 (MQ=255)
aTGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAt < 2:706215/93‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 2:2110608/93‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 1:2062297/93‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 2:2423523/93‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 1:2489241/93‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 2:658216/93‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGGAAGACCGCCGCCGAtt > 2:3463560/1‑93 (MQ=255)
ccTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 2:1329496/93‑1 (MQ=255)
ccTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 1:986790/93‑1 (MQ=255)
tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 1:7186411/93‑1 (MQ=255)
tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 1:3507159/93‑1 (MQ=255)
aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGt < 2:6184108/93‑1 (MQ=255)
aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTa < 1:3000627/93‑1 (MQ=255)
aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGGCGTGCGCTGTGGGG‑GG‑CCCCCGGGATGAACGGCGCCGATTTTGGTa > 1:4749795/1‑93 (MQ=255)
aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCCGGATGAACGACGCCGATTTCGGTa > 2:5675192/1‑93 (MQ=255)
gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTaa < 2:5355499/93‑1 (MQ=255)
tACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 1:5229961/93‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑GG‑GCGCCACCGGGATGACCGACGCCGATTTTGGTAAGc > 2:2992113/1‑93 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGcc < 1:3890224/93‑1 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCCGAATGAACGACGCCCAGTTCGGTCAGcc > 2:1708169/1‑93 (MQ=255)
cGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCCGT‑‑GGCGCGCCACCCGAAAGACCGACGCCCATTTCGGTAAGCCg > 2:6868591/1‑93 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 1:2628252/93‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCCGT‑‑GGCGCGCCCCCCGGATGAACGACGCCCATTTCTGTAAGCCGa > 2:4354547/1‑93 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAt < 1:4074832/93‑1 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAt < 2:7199156/93‑1 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGGCCTGCGCTGTGGGG‑GG‑CCCCCCGGATGACCCACGCCCATTTTGGTAAGCCCAt > 1:791277/1‑93 (MQ=255)
tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAtt < 1:1120083/93‑1 (MQ=255)
tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAtt < 2:450027/93‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:181518/93‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:4339013/93‑1 (MQ=255)
cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 2:4724450/93‑1 (MQ=255)
ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcg < 1:2172971/93‑1 (MQ=255)
ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcg < 1:6866444/93‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 1:4587403/93‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATtgc > 2:1757004/1‑93 (MQ=255)
accaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgcg < 2:2753667/93‑1 (MQ=255)
accaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgcg < 1:2753093/93‑1 (MQ=255)
ccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCgg < 2:5321596/93‑1 (MQ=255)
ccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCCGT‑‑GGCGCGCCACCGGGATGACCGACGCCGATTTCGGGAAGCCGATTATCGCgg > 2:2054630/1‑93 (MQ=255)
ccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCGGTG‑GG‑GCGCCCCCCGAATGAACGACGCCGATTTTGGTAAGCCGATTATCGCgg > 1:7514602/1‑93 (MQ=255)
ccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCgg > 2:7387054/1‑93 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 2:2838864/93‑1 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt > 2:853079/1‑93 (MQ=255)
accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 1:1617651/93‑1 (MQ=255)
ccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 1:6556478/93‑1 (MQ=255)
ccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 1:7369673/93‑1 (MQ=255)
ccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGCGGGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAAAGACCCAAGCCGATTTTCGTAAGCCGAATATCGCGGTtg > 2:4027117/1‑93 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 1:3276925/93‑1 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 2:7275722/93‑1 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 2:1619560/93‑1 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCCCCGGGATGACCGACGCCGCTTTTGGTAAGCCCATTATCTCGGTTGTGaa > 1:5599875/1‑93 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑GG‑GCGCCCCCGGGATGACCGACGCCGATTTTGGTTAGCCGATTATTGCGGTtgtgga > 2:5122674/1‑91 (MQ=255)
aTGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 1:6281971/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 2:552287/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCCGTG‑GG‑GCGCCCCCGGGATGACCGACACCGACTTCGGTAAGGCGGTTATCCCGGGTGTGGACTc > 2:2268671/1‑93 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑GG‑GCGCCACCGGAATGAACGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAATc > 2:1234548/1‑93 (MQ=255)
gTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGt < 2:3215287/93‑1 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc < 1:1938012/93‑1 (MQ=255)
gTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 1:6361901/93‑1 (MQ=255)
gTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 1:5854609/93‑1 (MQ=255)
aaTATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAcc < 1:229251/93‑1 (MQ=255)
atGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCaa < 2:1102658/93‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 2:6223088/93‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAttt < 2:4965476/93‑1 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt > 1:3716170/1‑93 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 2:362732/93‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa > 1:1304150/1‑93 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 1:5412772/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 1:5964703/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 2:6603125/93‑1 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 1:3128340/93‑1 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 1:1467639/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 2:3161799/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg > 2:3543785/1‑93 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTCCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 2:1857391/93‑1 (MQ=255)
cTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATATCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCgg > 2:2932866/1‑93 (MQ=255)
tCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg < 2:3290640/93‑1 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 2:1206985/93‑1 (MQ=255)
tGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTCCCGGGTCa < 2:4862204/93‑1 (MQ=255)
tGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa < 2:6433769/93‑1 (MQ=255)
tGCGCTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa > 2:1065487/1‑93 (MQ=255)
gcgcTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc > 2:6808347/1‑93 (MQ=255)
gcgcTGT‑‑GGCGCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 2:400643/93‑1 (MQ=255)
|
CAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GG‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951078‑3951248
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑G‑‑‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCG > NC_000913/3951077‑3951261
|
ACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑G‑‑‑GCgg > SRR4302542.7606046/1‑92 (MQ=60)
TGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGA < SRR4302542.1363804/94‑1 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAAT < SRR4302542.971438/94‑1 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAAT < SRR4302542.1582901/94‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATG < SRR4302542.3088672/94‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATG < SRR4302542.3669152/94‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATG < SRR4302542.2108313/94‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATG < SRR4302542.1464514/94‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCACGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATG < SRR4302542.3900131/94‑1 (MQ=60)
GTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGAC < SRR4302542.935461/94‑1 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACC < SRR4302542.104676/94‑1 (MQ=60)
AAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCG < SRR4302542.748004/94‑1 (MQ=60)
AAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCG < SRR4302542.356874/94‑1 (MQ=60)
AAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCG < SRR4302542.3642946/94‑1 (MQ=60)
AATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGA < SRR4302542.7521240/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGAC < SRR4302542.852480/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGAC < SRR4302542.86482/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGAC < SRR4302542.3099353/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGAC < SRR4302542.3227118/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGAC < SRR4302542.6124080/94‑1 (MQ=60)
AAGTATGCCTAAGTCCCGTTCCGCCACCACCACACATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCC < SRR4302542.1119945/94‑1 (MQ=60)
AAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCC < SRR4302542.594558/94‑1 (MQ=60)
AAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCC < SRR4302542.6322611/94‑1 (MQ=60)
AAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGCGTGCTCCTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGGATGACCGACGCC > SRR4302542.5963735/1‑94 (MQ=60)
AGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCG < SRR4302542.6551810/94‑1 (MQ=60)
AGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATAGGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑GGCG‑‑‑GG‑CCACCGGAATGACCGACGCCG < SRR4302542.3696942/94‑1 (MQ=60)
ATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATT < SRR4302542.4285429/94‑1 (MQ=60)
TGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTT < SRR4302542.2080121/94‑1 (MQ=60)
TGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTT < SRR4302542.2513392/94‑1 (MQ=60)
GCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTC < SRR4302542.5130462/94‑1 (MQ=60)
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CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCG < SRR4302542.6917932/94‑1 (MQ=60)
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CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCG < SRR4302542.995294/94‑1 (MQ=60)
CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCG < SRR4302542.1387146/94‑1 (MQ=60)
CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCG < SRR4302542.2080160/94‑1 (MQ=60)
TAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGT < SRR4302542.7256882/94‑1 (MQ=60)
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AAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCGGT‑‑‑G‑‑GCGCGC‑CC‑CCGGAATGACCGACGCCCATTTCccta > SRR4302542.1123232/1‑90 (MQ=60)
AGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAA < SRR4302542.2312706/94‑1 (MQ=60)
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GTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAG < SRR4302542.4704804/94‑1 (MQ=60)
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ACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCC < SRR4302542.6406486/94‑1 (MQ=60)
ACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCC < SRR4302542.6361843/94‑1 (MQ=60)
ACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GGGCGC‑CC‑CCCGAATGACCGACGCCGACTTCGGGAAGAC > SRR4302542.2655718/1‑94 (MQ=53)
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CCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCG < SRR4302542.3463125/94‑1 (MQ=60)
CGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGA < SRR4302542.7360718/94‑1 (MQ=60)
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GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAT < SRR4302542.2653644/94‑1 (MQ=60)
TTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATT < SRR4302542.5355764/94‑1 (MQ=60)
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CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAT < SRR4302542.4381646/94‑1 (MQ=60)
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CCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGC < SRR4302542.6933901/94‑1 (MQ=60)
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CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCG < SRR4302542.3904256/94‑1 (MQ=60)
CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCG < SRR4302542.2800693/94‑1 (MQ=60)
ACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGG < SRR4302542.5290575/94‑1 (MQ=60)
ACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGG < SRR4302542.2779629/94‑1 (MQ=60)
ACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCGGT‑‑‑G‑‑GGGCGC‑CC‑CCCGAATGAACGACGCCGATTTTGGTAAGCCGATTATCGCGG > SRR4302542.7588502/1‑94 (MQ=44)
CCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT < SRR4302542.1655412/94‑1 (MQ=60)
CACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTT < SRR4302542.2271751/94‑1 (MQ=60)
ACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTG < SRR4302542.1631622/94‑1 (MQ=60)
ACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GGGCGC‑CCCCCGG‑ATGACCGACGCCGCTTTCGGTAAGCCGATTATCTCGGGTG > SRR4302542.1475973/1‑94 (MQ=50)
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ACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGGGG‑‑G‑‑‑GC‑CC‑CCCGAATGACCGACGCCGCTTTTTGTAAGCCGCTTATCGCGGGTGTGG > SRR4302542.7363888/1‑94 (MQ=32)
CTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAA < SRR4302542.18277/94‑1 (MQ=60)
CTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GCGCGC‑CC‑CCGGGATGACCGACGCCGCTTTTGGTAAGCCCATTATCTCGGTTGTGAA > SRR4302542.5654276/1‑94 (MQ=34)
ATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTC < SRR4302542.1948515/94‑1 (MQ=60)
ATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTC < SRR4302542.6343879/94‑1 (MQ=60)
ATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GCGCGC‑CC‑CCGGAATGACCGACCCCGACTTTGGTAAGCCGATTATTGCGGTTGTGGACTC > SRR4302542.5872164/1‑94 (MQ=44)
GTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTT < SRR4302542.6517329/94‑1 (MQ=60)
CGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCA < SRR4302542.1954774/94‑1 (MQ=60)
CGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCA < SRR4302542.2438900/94‑1 (MQ=60)
GTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAC < SRR4302542.6424549/94‑1 (MQ=60)
GTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAC < SRR4302542.5911390/94‑1 (MQ=60)
AATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC < SRR4302542.231216/94‑1 (MQ=60)
AATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC < SRR4302542.957139/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAT < SRR4302542.1555055/94‑1 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATT < SRR4302542.2703868/94‑1 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATT < SRR4302542.2538930/94‑1 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATT > SRR4302542.3484018/1‑94 (MQ=60)
CGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT > SRR4302542.3752932/1‑94 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA > SRR4302542.1315378/1‑94 (MQ=60)
GGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAC < SRR4302542.1201857/94‑1 (MQ=60)
GGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAC < SRR4302542.189729/94‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC < SRR4302542.215728/94‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC < SRR4302542.6022448/94‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC < SRR4302542.4288187/94‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC < SRR4302542.5880412/94‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC < SRR4302542.5465342/94‑1 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG < SRR4302542.3158090/94‑1 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG > SRR4302542.448649/1‑94 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG < SRR4302542.1480310/94‑1 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG < SRR4302542.3176431/94‑1 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG < SRR4302542.274409/94‑1 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG > SRR4302542.2259550/1‑94 (MQ=60)
CTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG > SRR4302542.5807909/1‑94 (MQ=60)
CTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG < SRR4302542.6437061/94‑1 (MQ=60)
CTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG > SRR4302542.3721276/1‑94 (MQ=60)
CTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG < SRR4302542.4053132/94‑1 (MQ=60)
TCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGT < SRR4302542.7500861/94‑1 (MQ=60)
CGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC > SRR4302542.6801890/1‑94 (MQ=60)
GTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA < SRR4302542.706936/94‑1 (MQ=60)
GTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA < SRR4302542.4564603/94‑1 (MQ=60)
GCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG < SRR4302542.2423998/94‑1 (MQ=60)
GCGCTGT‑‑‑G‑‑GC‑‑GCGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG < SRR4302542.127266/94‑1 (MQ=60)
G‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCG > SRR4302542.1170687/1‑94 (MQ=60)
G‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCG > SRR4302542.5081521/1‑94 (MQ=60)
G‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCG > SRR4302542.2926806/1‑94 (MQ=60)
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ACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑G‑‑‑GC‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCG > NC_000913/3951077‑3951261
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
