Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,059,768 |
A→G |
intergenic (+44/‑58) |
yihM → / → yihN |
hypothetical protein/putative resistance protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,059,768 | 0 | A | G | 85.1%
| 755.1
/ 125.2
| 322 | intergenic (+44/‑58) | yihM/yihN | hypothetical protein/putative resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/28); new base G (150/124); total (170/152) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
CGTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCT > NC_000913/4059676‑4059860
|
cGTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGaa > 1:5907848/1‑93 (MQ=255)
tactacAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTg > 1:6580932/1‑93 (MQ=255)
ctacAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGt < 2:6874566/93‑1 (MQ=255)
tacAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTc > 1:5025057/1‑93 (MQ=255)
acaacaAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCg < 2:3360713/93‑1 (MQ=255)
acaacaAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCg > 1:2980671/1‑93 (MQ=255)
acaaATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGGGTGGTCGGTa > 2:7288810/1‑93 (MQ=255)
aaTCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCt < 2:1395585/93‑1 (MQ=255)
aaTCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCt < 2:3560062/93‑1 (MQ=255)
tCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTa < 2:6804126/93‑1 (MQ=255)
tCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTa > 2:1208565/1‑93 (MQ=255)
tCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTa < 2:7207554/93‑1 (MQ=255)
cAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTAt < 2:3922413/93‑1 (MQ=255)
aaaCAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTAtt < 2:7419374/93‑1 (MQ=255)
aaCAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTg < 2:472000/93‑1 (MQ=255)
cAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGcc > 1:539985/1‑93 (MQ=255)
cAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGcc > 1:7117223/1‑93 (MQ=255)
aaGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCt > 1:1019428/1‑93 (MQ=255)
aaGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGCTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCt < 2:6525864/93‑1 (MQ=255)
agagGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCtt < 1:854950/93‑1 (MQ=255)
agagGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCtt > 2:1804904/1‑93 (MQ=255)
gagGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCttt > 1:2506009/1‑93 (MQ=255)
aaaCCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAAc < 2:4079627/93‑1 (MQ=255)
aaCCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACa > 1:1787151/1‑93 (MQ=255)
aaCCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACa < 2:700235/93‑1 (MQ=255)
aCCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAg < 1:3451791/93‑1 (MQ=255)
ccATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGt < 1:3531002/93‑1 (MQ=255)
cATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTg > 2:3669793/1‑93 (MQ=255)
aTCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGa < 1:6906764/93‑1 (MQ=255)
aTCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGa > 2:5168703/1‑93 (MQ=255)
aTCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTGAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGa > 1:6216609/1‑93 (MQ=255)
tcttctGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGAt > 2:6708776/1‑93 (MQ=255)
tcttctGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGAt > 1:305285/1‑93 (MQ=255)
cttctGAACAACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGAtt < 2:2484335/93‑1 (MQ=255)
tctGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGAtttt < 1:5783920/93‑1 (MQ=255)
tGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTaa < 1:1874464/93‑1 (MQ=255)
aCCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTaaaaa < 1:1238215/93‑1 (MQ=255)
aCCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGCATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTaaaaa > 1:7370266/1‑93 (MQ=255)
ccACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAAt < 1:5062816/93‑1 (MQ=255)
ccACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAAt < 2:4821499/93‑1 (MQ=255)
cACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATc > 1:1135602/1‑93 (MQ=255)
aCTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCg > 2:5667344/1‑93 (MQ=255)
aCTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCg > 1:1360514/1‑93 (MQ=255)
cTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTCATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGc > 2:6420757/1‑93 (MQ=255)
cTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCNc > 2:6834901/1‑93 (MQ=255)
cTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGc > 2:15057/1‑93 (MQ=255)
cTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGc > 2:752070/1‑93 (MQ=255)
taataaGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCt > 2:2584434/1‑93 (MQ=255)
taataaGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCt > 2:5886174/1‑93 (MQ=255)
aataaGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCtt > 2:7069447/1‑93 (MQ=255)
aataaGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCtt > 1:5837450/1‑93 (MQ=255)
ataaGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTa < 2:6905107/93‑1 (MQ=255)
ataaGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTa > 2:108728/1‑93 (MQ=255)
taaGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAg < 2:3249017/93‑1 (MQ=255)
taaGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAg > 2:5532489/1‑93 (MQ=255)
taaGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAg > 1:5311470/1‑93 (MQ=255)
ttttAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGa < 1:1103295/93‑1 (MQ=255)
ttttAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGa < 1:1977368/93‑1 (MQ=255)
tttAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGAt > 2:2776529/1‑93 (MQ=255)
aCTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTa < 2:1335627/93‑1 (MQ=255)
cTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTAt < 2:4571835/93‑1 (MQ=255)
tCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATg > 1:4802804/1‑93 (MQ=255)
tCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATg > 2:2199574/1‑93 (MQ=255)
aTACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCt > 2:4186877/1‑93 (MQ=255)
aTACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCt < 2:4456672/93‑1 (MQ=255)
aCGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCa < 1:6328103/93‑1 (MQ=255)
aCGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCa < 1:2310826/93‑1 (MQ=255)
aCGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCa < 1:4979742/93‑1 (MQ=255)
aCGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCa < 2:6151107/93‑1 (MQ=255)
cGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCAc > 1:6412636/1‑93 (MQ=255)
cGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCAc < 1:939745/93‑1 (MQ=255)
cAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGa > 1:4590003/1‑93 (MQ=255)
gTTCATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGaaa > 1:6977573/1‑93 (MQ=255)
ttAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGaaaa > 1:4844832/1‑93 (MQ=255)
ttAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGaaaa > 2:6033123/1‑93 (MQ=255)
ttAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGaaaa > 1:6749781/1‑93 (MQ=255)
ttAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGaaaa < 2:5691731/93‑1 (MQ=255)
ttAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGaaaa < 1:5700734/93‑1 (MQ=255)
ttAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGaaaa > 2:4916058/1‑93 (MQ=255)
ttAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGaaaa < 1:4385410/93‑1 (MQ=255)
taataaAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGaaaaa < 1:3148434/93‑1 (MQ=255)
ataaAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGa < 2:3179066/93‑1 (MQ=255)
ataaAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGa < 2:3002802/93‑1 (MQ=255)
taaAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGaa > 1:5801024/1‑93 (MQ=255)
aaaaCCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGaaa < 2:1563009/93‑1 (MQ=255)
aaaaCCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGaaa < 1:5137049/93‑1 (MQ=255)
aaaaCCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGaaa < 1:1647735/93‑1 (MQ=255)
aaaCCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAAt > 1:7096263/1‑93 (MQ=255)
aaaCCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAAt > 2:1912319/1‑93 (MQ=255)
aaCCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATg > 1:3813442/1‑93 (MQ=255)
aaCCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATg < 1:3928106/93‑1 (MQ=255)
ccATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATggg < 2:1046447/93‑1 (MQ=255)
ccATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATggg < 2:5323935/93‑1 (MQ=255)
ccATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATggg < 1:3737700/93‑1 (MQ=255)
cATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGc < 1:2644963/93‑1 (MQ=255)
aTTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCg > 1:5530200/1‑93 (MQ=255)
aTTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCg > 1:2191096/1‑93 (MQ=255)
aTTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCg > 1:1733681/1‑93 (MQ=255)
ccATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTa < 1:4255377/93‑1 (MQ=255)
atGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTa < 1:7192361/93‑1 (MQ=255)
|
CGTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCT > NC_000913/4059676‑4059860
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACGTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTA > NC_000913/4059675‑4059861
|
ACGTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAG < SRR4302542.1943091/94‑1 (MQ=60)
ACGTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAG < SRR4302542.810487/94‑1 (MQ=60)
ACGTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAA > SRR4302542.5965102/1‑94 (MQ=60)
CGTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGGACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGT > SRR4302542.6267192/1‑94 (MQ=60)
CGTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGT > SRR4302542.4867092/1‑94 (MQ=60)
GTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTG > SRR4302542.6645775/1‑94 (MQ=60)
TACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGG > SRR4302542.4557477/1‑94 (MQ=60)
TACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGG < SRR4302542.5046490/94‑1 (MQ=60)
TACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGG > SRR4302542.2172663/1‑94 (MQ=60)
ACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGT > SRR4302542.4710295/1‑94 (MQ=60)
ACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGT > SRR4302542.1045755/1‑94 (MQ=60)
CTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTC > SRR4302542.5073834/1‑94 (MQ=60)
CTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTC > SRR4302542.6999686/1‑94 (MQ=60)
TACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCG > SRR4302542.3009210/1‑94 (MQ=60)
TACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCG < SRR4302542.5942045/94‑1 (MQ=60)
ACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGG > SRR4302542.7177477/1‑94 (MQ=60)
ACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGG < SRR4302542.7012207/94‑1 (MQ=60)
AACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTA > SRR4302542.6242314/1‑94 (MQ=60)
AACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTA > SRR4302542.1938545/1‑94 (MQ=60)
AACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTA < SRR4302542.6339332/94‑1 (MQ=60)
ACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTAT < SRR4302542.5191299/94‑1 (MQ=60)
ACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTAT < SRR4302542.3858036/94‑1 (MQ=60)
CAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATC < SRR4302542.3855282/94‑1 (MQ=60)
AAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCT > SRR4302542.1134512/1‑94 (MQ=60)
AATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTT > SRR4302542.3810530/1‑94 (MQ=60)
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TCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTAT < SRR4302542.1976053/94‑1 (MQ=60)
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AACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGC < SRR4302542.5521251/94‑1 (MQ=60)
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CATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCT > SRR4302542.4894123/1‑94 (MQ=60)
CATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCT < SRR4302542.3067087/94‑1 (MQ=60)
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CGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACG < SRR4302542.947834/94‑1 (MQ=60)
GCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGA > SRR4302542.5165723/1‑94 (MQ=60)
GCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGA > SRR4302542.6117884/1‑94 (MQ=60)
GCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAACCAGTGATTTTAAAAATCGCTTGGGGGTTGTTATGCTCACGA > SRR4302542.3475757/1‑94 (MQ=60)
GCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGA > SRR4302542.4634890/1‑94 (MQ=60)
CAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAA > SRR4302542.974518/1‑94 (MQ=60)
AGTTCATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAA > SRR4302542.7046107/1‑94 (MQ=60)
GTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAA > SRR4302542.6816192/1‑94 (MQ=60)
GTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAA > SRR4302542.4892010/1‑94 (MQ=60)
TTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAA < SRR4302542.5756065/94‑1 (MQ=60)
TTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAA > SRR4302542.923221/1‑94 (MQ=60)
TTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAA < SRR4302542.4428437/94‑1 (MQ=60)
TAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAG < SRR4302542.3178338/94‑1 (MQ=60)
AATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGA > SRR4302542.5767980/1‑94 (MQ=60)
ATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAA > SRR4302542.5857321/1‑94 (MQ=60)
TAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAA > SRR4302542.6792808/1‑94 (MQ=60)
TAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAA < SRR4302542.1871492/94‑1 (MQ=60)
AAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAAT < SRR4302542.1661977/94‑1 (MQ=60)
AAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAAT > SRR4302542.7165885/1‑94 (MQ=60)
AAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAAT < SRR4302542.5186979/94‑1 (MQ=60)
AAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAAT > SRR4302542.646525/1‑94 (MQ=60)
AAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATG > SRR4302542.5081427/1‑94 (MQ=60)
AAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATG > SRR4302542.3851165/1‑94 (MQ=60)
AAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATG > SRR4302542.3150482/1‑94 (MQ=60)
AACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGG < SRR4302542.3243690/94‑1 (MQ=60)
AACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGG < SRR4302542.3966864/94‑1 (MQ=60)
ACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGG < SRR4302542.5855796/94‑1 (MQ=60)
ACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGG < SRR4302542.4151642/94‑1 (MQ=60)
CCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGC < SRR4302542.3774698/94‑1 (MQ=60)
CATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCG > SRR4302542.5142304/1‑94 (MQ=60)
CATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCG < SRR4302542.704994/94‑1 (MQ=60)
CATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCG > SRR4302542.1748724/1‑94 (MQ=60)
CATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCG < SRR4302542.2670502/94‑1 (MQ=60)
CATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCG > SRR4302542.2209963/1‑94 (MQ=60)
CATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCG > SRR4302542.5583949/1‑94 (MQ=60)
ATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGT > SRR4302542.1904336/1‑94 (MQ=60)
ATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGT > SRR4302542.5126375/1‑94 (MQ=60)
ATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGT > SRR4302542.7229698/1‑94 (MQ=60)
CCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTAT < SRR4302542.1342918/94‑1 (MQ=60)
CCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTAT < SRR4302542.4297289/94‑1 (MQ=60)
CCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTAT > SRR4302542.3599895/1‑94 (MQ=60)
ATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTT > SRR4302542.730303/1‑94 (MQ=60)
ATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTT > SRR4302542.1773753/1‑94 (MQ=60)
ATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAG > SRR4302542.5034887/1‑94 (MQ=60)
ATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAG < SRR4302542.7262935/94‑1 (MQ=60)
TGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTATAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTCTTTAGT < SRR4302542.4748631/94‑1 (MQ=60)
GAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTC < SRR4302542.4228167/94‑1 (MQ=60)
GAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTC > SRR4302542.1117853/1‑94 (MQ=60)
AGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCT < SRR4302542.7395047/94‑1 (MQ=60)
AGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCT < SRR4302542.2831519/94‑1 (MQ=60)
AGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCT < SRR4302542.1001582/94‑1 (MQ=60)
ATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTA < SRR4302542.3894673/94‑1 (MQ=60)
ATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTA > SRR4302542.5905718/1‑94 (MQ=60)
|
ACGTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTA > NC_000913/4059675‑4059861
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
