Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,354,595 |
A→G |
L534P (CTG→CCG) |
cadA ← |
lysine decarboxylase 1 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,354,595 | 0 | A | G | 85.7%
| 627.8
/ 97.5
| 266 | L534P (CTG→CCG) | cadA | lysine decarboxylase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/20); new base G (110/118); total (128/138) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.01e-01 |
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
GCAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCATG > NC_000913/4354503‑4354687
|
aGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCGGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAAcggc > 1:119488/1‑93 (MQ=255)
aGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAAcggc < 2:6554518/93‑1 (MQ=255)
aGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAAcggc > 2:4933804/1‑93 (MQ=255)
ggTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAAcggca > 2:3088649/1‑93 (MQ=255)
ggTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAAcggca > 2:3499346/1‑93 (MQ=255)
ggTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAAcggca < 1:5939738/93‑1 (MQ=255)
ggTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAAcggca < 1:3325725/93‑1 (MQ=255)
ggTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAAcggca > 1:6421252/1‑93 (MQ=255)
gTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAAcggcag > 1:6112948/1‑93 (MQ=255)
gTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAAcggcag < 2:5066711/93‑1 (MQ=255)
ttCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAgg < 1:6828877/93‑1 (MQ=255)
ggTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTtat > 2:7197434/1‑93 (MQ=255)
ggTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTtat < 1:2765939/93‑1 (MQ=255)
gTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTtata < 2:6320287/93‑1 (MQ=255)
gTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTtata < 2:5919094/93‑1 (MQ=255)
gTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTtata < 2:1863785/93‑1 (MQ=255)
gTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTtata < 2:552802/93‑1 (MQ=255)
gAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACgg < 1:4962936/93‑1 (MQ=255)
aaCGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGa < 2:5223352/93‑1 (MQ=255)
aaCGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGa > 2:1949371/1‑93 (MQ=255)
aaCGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGa < 1:2832737/93‑1 (MQ=255)
aCGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGAc > 1:5864471/1‑93 (MQ=255)
aCGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGAc > 2:1526883/1‑93 (MQ=255)
aCGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGt < 2:5679438/93‑1 (MQ=255)
gTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGttt > 1:1287371/1‑93 (MQ=255)
ttAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTtc < 2:2722087/93‑1 (MQ=255)
ttAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTtc < 1:533719/93‑1 (MQ=255)
ttAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTtc < 1:5603436/93‑1 (MQ=255)
aaaGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTtctc > 1:2327900/1‑93 (MQ=255)
aaaGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTtctc < 1:4411701/93‑1 (MQ=255)
agtcagtcAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTcaa > 1:985044/1‑93 (MQ=255)
agtcagtcAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTcaa > 1:7469667/1‑93 (MQ=255)
agtcagtcAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTcaa < 2:3214105/93‑1 (MQ=255)
gtcagtcaGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTcaac > 1:470945/1‑93 (MQ=255)
gtcagtcaGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTcaac > 2:5120784/1‑93 (MQ=255)
tcagtcagAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTcaaca > 1:2663730/1‑93 (MQ=255)
cagtcagAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTcaacaa < 1:1673212/93‑1 (MQ=255)
cagAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGAt < 1:6303360/93‑1 (MQ=255)
agagCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATg < 1:4533480/93‑1 (MQ=255)
gagCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGc < 2:1281150/93‑1 (MQ=255)
aCGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATg > 2:2621431/1‑93 (MQ=255)
aCGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATg > 2:4071151/1‑93 (MQ=255)
aCGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATg < 2:5421014/93‑1 (MQ=255)
gcagcaGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGtt > 2:332768/1‑93 (MQ=255)
gcagcaGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGtt > 1:824587/1‑93 (MQ=255)
cagcagGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACCTGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTtc < 1:7305332/93‑1 (MQ=255)
cagGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTtcgtc < 1:5484176/93‑1 (MQ=255)
ggCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGa < 2:5190623/93‑1 (MQ=255)
ggCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGa > 2:6172439/1‑93 (MQ=255)
cTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAgg < 1:2547951/93‑1 (MQ=255)
cTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAgg > 1:70973/1‑93 (MQ=255)
cAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTa < 1:773272/93‑1 (MQ=255)
aGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTAt > 2:3587282/1‑93 (MQ=255)
tGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTAttt < 2:6905140/93‑1 (MQ=255)
tGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTAttt > 2:1139058/1‑93 (MQ=255)
tGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTAttt < 2:4190217/93‑1 (MQ=255)
gCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTc < 2:7041559/93‑1 (MQ=255)
cTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCg > 1:4832438/1‑93 (MQ=255)
tttGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGc > 1:4131130/1‑93 (MQ=255)
ttGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGcc > 2:7519014/1‑93 (MQ=255)
ttGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGcc > 2:3773480/1‑93 (MQ=255)
ttGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGACGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGcc > 1:3900880/1‑93 (MQ=255)
ggTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCAc < 2:2478935/93‑1 (MQ=255)
ggTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGGATTTCGCCAc > 1:1841485/1‑93 (MQ=255)
gTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTTTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGGATTTCGCCACg > 1:3689151/1‑93 (MQ=255)
tCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGa < 1:3780859/93‑1 (MQ=255)
tCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGa < 1:6949561/93‑1 (MQ=255)
tCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGa < 1:3052201/93‑1 (MQ=255)
cTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGAt < 1:6720256/93‑1 (MQ=255)
cTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGAt < 1:3237805/93‑1 (MQ=255)
tATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGc > 1:5796389/1‑93 (MQ=255)
aTCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTTTCAAAAACGATGCCAGGTTCGCCAAGGAATTTCCCCACGATCCt > 2:2865174/1‑93 (MQ=255)
aTCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCt < 2:6391827/93‑1 (MQ=255)
tCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTg > 1:4209414/1‑93 (MQ=255)
tCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTg > 1:1014319/1‑93 (MQ=255)
tCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTg > 2:4719596/1‑93 (MQ=255)
cGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTgg < 2:4425818/93‑1 (MQ=255)
gATACCGATGCCGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGc < 2:4588016/93‑1 (MQ=255)
aTACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGcc < 1:1605252/93‑1 (MQ=255)
aTACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCCCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGcc > 1:1367271/1‑93 (MQ=255)
ccGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGa > 1:394350/1‑93 (MQ=255)
ccGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGa > 1:1473018/1‑93 (MQ=255)
gATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAAt < 1:5268864/93‑1 (MQ=255)
gATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAAt > 1:5546473/1‑93 (MQ=255)
aTGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATa > 1:5764262/1‑93 (MQ=255)
aTGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATa > 2:2181614/1‑93 (MQ=255)
aTGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATa > 2:2267657/1‑93 (MQ=255)
cTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCa < 1:431438/93‑1 (MQ=255)
gaacaggaacggCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCaaa < 2:3867592/93‑1 (MQ=255)
aacaggaacagCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAg < 2:1768490/93‑1 (MQ=255)
acaggaacggCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGt < 2:7416737/93‑1 (MQ=255)
acaggaacggCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGt < 2:91082/93‑1 (MQ=255)
acaggaacggCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGt > 2:4755148/1‑93 (MQ=255)
caggaacggCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTc < 2:683198/93‑1 (MQ=255)
caggaacggCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTc > 2:2821/1‑93 (MQ=255)
aggaacagCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCTTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCg > 1:7373928/1‑93 (MQ=255)
ggaacggCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGc > 2:6927914/1‑93 (MQ=255)
ggaacggCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGc < 1:1875237/93‑1 (MQ=255)
aacggCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTc < 1:287856/93‑1 (MQ=255)
agcagGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCATg > 2:6489051/1‑93 (MQ=255)
|
GCAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCATG > NC_000913/4354503‑4354687
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGCAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCATGG > NC_000913/4354502‑4354688
|
CGCAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACG > SRR4302542.5660884/1‑94 (MQ=60)
CGCAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACG < SRR4302542.632702/94‑1 (MQ=60)
CGCAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACG > SRR4302542.6533491/1‑94 (MQ=60)
CGCAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACG < SRR4302542.1428471/94‑1 (MQ=60)
GCAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGG < SRR4302542.6646141/94‑1 (MQ=60)
CAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCGGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGC > SRR4302542.120474/1‑94 (MQ=60)
CAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGC > SRR4302542.7154434/1‑94 (MQ=60)
AGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCA > SRR4302542.4930455/1‑94 (MQ=60)
AGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCA > SRR4302542.6484533/1‑94 (MQ=60)
GGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAG < SRR4302542.3357040/94‑1 (MQ=60)
GGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAG < SRR4302542.5997280/94‑1 (MQ=60)
GGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAG > SRR4302542.6172105/1‑94 (MQ=60)
GGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAG > SRR4302542.1422802/1‑94 (MQ=60)
GTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGG < SRR4302542.5396155/94‑1 (MQ=60)
GTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGG < SRR4302542.1909477/94‑1 (MQ=60)
TTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGT < SRR4302542.6895990/94‑1 (MQ=60)
CAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTA < SRR4302542.5628016/94‑1 (MQ=60)
AGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTAT < SRR4302542.3940724/94‑1 (MQ=60)
AGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTAT > SRR4302542.2866181/1‑94 (MQ=60)
AGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTAT > SRR4302542.2825137/1‑94 (MQ=60)
GGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATA < SRR4302542.428902/94‑1 (MQ=60)
GGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATA < SRR4302542.2792591/94‑1 (MQ=60)
GTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATAC < SRR4302542.1209874/94‑1 (MQ=60)
TCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACG < SRR4302542.5356101/94‑1 (MQ=60)
CGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGG > SRR4302542.1384042/1‑94 (MQ=60)
CGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGG > SRR4302542.1859016/1‑94 (MQ=60)
GAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGA > SRR4302542.2980493/1‑94 (MQ=60)
GAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGA < SRR4302542.5011139/94‑1 (MQ=60)
AACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGAC < SRR4302542.4767484/94‑1 (MQ=60)
AACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGAC < SRR4302542.2859966/94‑1 (MQ=60)
AACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGAC < SRR4302542.5823852/94‑1 (MQ=60)
AACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGAC > SRR4302542.5921329/1‑94 (MQ=60)
AACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGAC > SRR4302542.3321902/1‑94 (MQ=60)
ACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACC < SRR4302542.6335009/94‑1 (MQ=60)
ACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACC > SRR4302542.5115769/1‑94 (MQ=60)
CGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCG > SRR4302542.5343864/1‑94 (MQ=60)
GCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGG > SRR4302542.2535593/1‑94 (MQ=60)
GCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGG < SRR4302542.5370923/94‑1 (MQ=60)
GCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGG > SRR4302542.1164320/1‑94 (MQ=60)
CACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGT > SRR4302542.1251/1‑94 (MQ=60)
CACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGT > SRR4302542.6966298/1‑94 (MQ=60)
CACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGT < SRR4302542.587454/94‑1 (MQ=60)
ACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTT < SRR4302542.3774481/94‑1 (MQ=60)
ACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTT < SRR4302542.2904834/94‑1 (MQ=60)
ACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTT < SRR4302542.1863516/94‑1 (MQ=60)
ACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTT > SRR4302542.5921392/1‑94 (MQ=60)
CGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTT < SRR4302542.4545801/94‑1 (MQ=60)
CGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTT > SRR4302542.1298458/1‑94 (MQ=60)
GTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTT > SRR4302542.3273064/1‑94 (MQ=60)
GTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTT > SRR4302542.4354573/1‑94 (MQ=60)
TTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTC > SRR4302542.888678/1‑94 (MQ=60)
TTTAAGTCAGTTAGAGCCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTC < SRR4302542.7547073/94‑1 (MQ=60)
TTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCT < SRR4302542.538330/94‑1 (MQ=60)
TTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCT < SRR4302542.5657874/94‑1 (MQ=60)
TAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTC > SRR4302542.2347852/1‑94 (MQ=60)
AAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCA < SRR4302542.4455021/94‑1 (MQ=60)
AAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAA > SRR4302542.993533/1‑94 (MQ=60)
AAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAA > SRR4302542.7542860/1‑94 (MQ=60)
AGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAAC > SRR4302542.475020/1‑94 (MQ=60)
AGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAAC < SRR4302542.5561879/94‑1 (MQ=60)
GTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACA > SRR4302542.2689439/1‑94 (MQ=60)
CAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAAC > SRR4302542.3856466/1‑94 (MQ=60)
CAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAAC > SRR4302542.5726610/1‑94 (MQ=60)
CAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAAC < SRR4302542.1687673/94‑1 (MQ=60)
CAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAAC < SRR4302542.608856/94‑1 (MQ=60)
AGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACG < SRR4302542.4932231/94‑1 (MQ=60)
GTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGA > SRR4302542.7324064/1‑94 (MQ=60)
TCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGAT < SRR4302542.4792241/94‑1 (MQ=60)
TCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGAT < SRR4302542.7071235/94‑1 (MQ=60)
CAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATG < SRR4302542.1314876/94‑1 (MQ=60)
CAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATA < SRR4302542.6365462/94‑1 (MQ=60)
AGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGC < SRR4302542.4577878/94‑1 (MQ=60)
AG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCA < SRR4302542.5095850/94‑1 (MQ=60)
CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGGCCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATG > SRR4302542.6595272/1‑94 (MQ=60)
CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATG < SRR4302542.3421716/94‑1 (MQ=60)
CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATG < SRR4302542.2654759/94‑1 (MQ=60)
ACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGTCCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGT > SRR4302542.4539251/1‑94 (MQ=60)
CGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTT > SRR4302542.4020940/1‑94 (MQ=60)
CGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTT > SRR4302542.831717/1‑94 (MQ=60)
GCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTC < SRR4302542.4660576/94‑1 (MQ=60)
GCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTC > SRR4302542.2891056/1‑94 (MQ=60)
CAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACCTGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCG < SRR4302542.7376897/94‑1 (MQ=60)
AGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATCCCGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGT > SRR4302542.2038546/1‑94 (MQ=60)
AGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGGCATGTTCGT > SRR4302542.3254444/1‑94 (MQ=60)
GCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTC > SRR4302542.6937084/1‑94 (MQ=60)
CAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCG < SRR4302542.5537445/94‑1 (MQ=60)
GGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAG > SRR4302542.7452526/1‑94 (MQ=60)
GGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAG < SRR4302542.2595332/94‑1 (MQ=60)
GCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGG < SRR4302542.2412517/94‑1 (MQ=60)
GCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGG > SRR4302542.71563/1‑94 (MQ=60)
CTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGT < SRR4302542.2572639/94‑1 (MQ=60)
TCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTA < SRR4302542.1856408/94‑1 (MQ=60)
CAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTAT > SRR4302542.2942303/1‑94 (MQ=60)
CAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTAT > SRR4302542.7544277/1‑94 (MQ=60)
CAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTAT < SRR4302542.779951/94‑1 (MQ=60)
GTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTT > SRR4302542.7386264/1‑94 (MQ=60)
GTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTT > SRR4302542.3534293/1‑94 (MQ=60)
GTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTGTACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTT < SRR4302542.4115746/94‑1 (MQ=60)
TGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTC < SRR4302542.5793476/94‑1 (MQ=60)
TGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGGATTTC > SRR4302542.1536316/1‑94 (MQ=60)
GCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCG < SRR4302542.799324/94‑1 (MQ=60)
GCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCG > SRR4302542.4879517/1‑94 (MQ=60)
GCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCG < SRR4302542.7402118/94‑1 (MQ=60)
CTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGC > SRR4302542.1184700/1‑94 (MQ=60)
CTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGC > SRR4302542.4171835/1‑94 (MQ=60)
CTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGC > SRR4302542.1719650/1‑94 (MQ=60)
TTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGACGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCC > SRR4302542.3939386/1‑94 (MQ=60)
TTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCA < SRR4302542.5871494/94‑1 (MQ=60)
TGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGGATTTCGCCAC > SRR4302542.1857425/1‑94 (MQ=60)
GGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTTTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGGATTTCGCCACG > SRR4302542.3725637/1‑94 (MQ=60)
GGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACG > SRR4302542.7261028/1‑94 (MQ=60)
GGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACG < SRR4302542.4655803/94‑1 (MQ=60)
TCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGTCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGCGGTATTTCGCCACGAT > SRR4302542.4227843/1‑94 (MQ=60)
TCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGAT < SRR4302542.3818260/94‑1 (MQ=60)
TCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGAT < SRR4302542.4124243/94‑1 (MQ=60)
TCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGAT < SRR4302542.7017846/94‑1 (MQ=60)
TCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGAT < SRR4302542.5849027/94‑1 (MQ=60)
TCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGAT < SRR4302542.3081328/94‑1 (MQ=60)
TCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGAT < SRR4302542.1666443/94‑1 (MQ=60)
TCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGAT > SRR4302542.6090905/1‑94 (MQ=60)
CTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATG < SRR4302542.6786440/94‑1 (MQ=60)
CTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATG < SRR4302542.4420442/94‑1 (MQ=60)
CTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATG < SRR4302542.3268414/94‑1 (MQ=60)
CTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATG > SRR4302542.6339516/1‑94 (MQ=60)
CTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATG > SRR4302542.4228984/1‑94 (MQ=60)
CTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGCTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATG > SRR4302542.3728370/1‑94 (MQ=60)
TTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGC > SRR4302542.5852650/1‑94 (MQ=60)
TATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCT < SRR4302542.1489705/94‑1 (MQ=60)
ATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTG > SRR4302542.6372443/1‑94 (MQ=60)
ATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTG > SRR4302542.1023057/1‑94 (MQ=60)
ATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTG > SRR4302542.4250907/1‑94 (MQ=60)
ATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTG < SRR4302542.6876264/94‑1 (MQ=60)
CGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGC < SRR4302542.6300460/94‑1 (MQ=60)
CGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGC > SRR4302542.5418626/1‑94 (MQ=60)
CGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGC > SRR4302542.3932555/1‑94 (MQ=60)
CGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGC < SRR4302542.6877328/94‑1 (MQ=60)
GATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCC < SRR4302542.2740433/94‑1 (MQ=60)
GATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCC < SRR4302542.6591605/94‑1 (MQ=60)
GATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCCCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCC > SRR4302542.1379091/1‑94 (MQ=60)
GATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCC > SRR4302542.1993958/1‑94 (MQ=60)
ATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCG > SRR4302542.2799691/1‑94 (MQ=60)
ATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCG < SRR4302542.1619116/94‑1 (MQ=60)
TACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGG > SRR4302542.7508110/1‑94 (MQ=60)
ACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGA > SRR4302542.397761/1‑94 (MQ=60)
ACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGA > SRR4302542.1485734/1‑94 (MQ=60)
ACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGA > SRR4302542.1540055/1‑94 (MQ=60)
CGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAAT < SRR4302542.951800/94‑1 (MQ=60)
CGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAAT > SRR4302542.788474/1‑94 (MQ=60)
CGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAAT < SRR4302542.3086736/94‑1 (MQ=60)
CGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAAT > SRR4302542.5600370/1‑94 (MQ=60)
GATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATA > SRR4302542.5820215/1‑94 (MQ=60)
GATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATA < SRR4302542.5320064/94‑1 (MQ=60)
ATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATAC > SRR4302542.1652925/1‑94 (MQ=60)
TGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGGTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGGATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACC > SRR4302542.1322581/1‑94 (MQ=60)
CTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAA < SRR4302542.435173/94‑1 (MQ=60)
CTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAA > SRR4302542.5622770/1‑94 (MQ=60)
TGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTTGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAA > SRR4302542.5935165/1‑94 (MQ=60)
TGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAA > SRR4302542.6436174/1‑94 (MQ=60)
TGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAA < SRR4302542.3653302/94‑1 (MQ=60)
TGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAA < SRR4302542.5558263/94‑1 (MQ=60)
TGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAA > SRR4302542.2767933/1‑94 (MQ=60)
GAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAG < SRR4302542.7001135/94‑1 (MQ=60)
GAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAG > SRR4302542.3940488/1‑94 (MQ=60)
ACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTC > SRR4302542.7516187/1‑94 (MQ=60)
CAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCTTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCG > SRR4302542.7446137/1‑94 (MQ=60)
AGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGC > SRR4302542.4619099/1‑94 (MQ=60)
AGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGC > SRR4302542.5702177/1‑94 (MQ=60)
GGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCT < SRR4302542.1891459/94‑1 (MQ=60)
AACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCA < SRR4302542.290369/94‑1 (MQ=60)
AACGGCAGGGTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGGATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATAGCCAAGTCGCTCA > SRR4302542.6686293/1‑94 (MQ=60)
ACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCAT < SRR4302542.5044475/94‑1 (MQ=60)
CAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCATG < SRR4302542.438499/94‑1 (MQ=60)
GGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCATGG < SRR4302542.2891708/94‑1 (MQ=60)
GGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCATGG > SRR4302542.7014423/1‑94 (MQ=60)
GGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCATGG > SRR4302542.4170879/1‑94 (MQ=60)
|
CGCAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAG‑CACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCATGG > NC_000913/4354502‑4354688
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
