Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,362,298 |
T→C |
Q108R (CAG→CGG) |
dsbD ← |
thiol:disulfide interchange protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,362,298 | 0 | T | C | 83.5%
| 690.9
/ 128.9
| 316 | Q108R (CAG→CGG) | dsbD | thiol:disulfide interchange protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/27); new base C (125/139); total (150/166) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
TTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGC > NC_000913/4362206‑4362387
|
acggaacggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGt > 1:1492083/1‑93 (MQ=255)
acggaacggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGt < 2:2410192/93‑1 (MQ=255)
ggaacggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTCAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTg < 2:2353966/93‑1 (MQ=255)
aacggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGAt < 2:2422448/93‑1 (MQ=255)
acggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATg < 2:4846725/93‑1 (MQ=255)
acggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATg < 1:2021708/93‑1 (MQ=255)
cggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAAACGGCATCAACACAGCCCTGGGAGGGGACAGTTAACGTCGCTTCCGGACTCGCCCGGTTggttg > 1:6146855/1‑89 (MQ=255)
ggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGt > 2:1108007/1‑93 (MQ=255)
gTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTg > 1:3021942/1‑93 (MQ=255)
gTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTg > 1:4212341/1‑93 (MQ=255)
ttttGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGa > 1:4084425/1‑93 (MQ=255)
ttttGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGa < 1:3286162/93‑1 (MQ=255)
tttGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGAc > 2:2703292/1‑93 (MQ=255)
ttGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACg < 2:6220897/93‑1 (MQ=255)
gTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGa < 2:6108333/93‑1 (MQ=255)
tttCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGaa > 1:1155265/1‑93 (MQ=255)
tCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGc > 1:2433482/1‑93 (MQ=255)
tCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGc < 1:1628120/93‑1 (MQ=255)
cTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCg < 2:6430380/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGt > 1:1343244/1‑93 (MQ=255)
ggCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTc > 1:693676/1‑93 (MQ=255)
ggCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTc < 1:2611135/93‑1 (MQ=255)
ggCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTc < 2:3626145/93‑1 (MQ=255)
ggATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGc < 2:7489790/93‑1 (MQ=255)
ggATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGc > 1:5457820/1‑93 (MQ=255)
gATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGcc < 1:911017/93‑1 (MQ=255)
aTAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCg > 2:1387430/1‑93 (MQ=255)
tAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGa > 2:4139009/1‑93 (MQ=255)
tAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGa > 2:4749411/1‑93 (MQ=255)
aaCAGAGACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGAt > 2:6988216/1‑93 (MQ=255)
aCAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATc > 1:4456773/1‑93 (MQ=255)
aCAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATc < 2:7189253/93‑1 (MQ=255)
cAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATcg > 2:6019707/1‑93 (MQ=255)
aGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATcgc < 2:12425/93‑1 (MQ=255)
aaaaCCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATcgcg < 1:6387099/92‑1 (MQ=255)
ccGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTaa < 2:4457958/93‑1 (MQ=255)
aTCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAAtctc > 2:1524840/1‑93 (MQ=255)
aTCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAAtctc > 2:5741297/1‑93 (MQ=255)
cAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGc > 2:5317939/1‑93 (MQ=255)
cAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGc < 1:7257480/93‑1 (MQ=255)
aGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCt < 1:5393272/93‑1 (MQ=255)
gCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCtt < 2:6301751/93‑1 (MQ=255)
gCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCtt > 1:3624725/1‑93 (MQ=255)
gCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCtt < 1:4932321/93‑1 (MQ=255)
cacaGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCttt > 2:3864984/1‑93 (MQ=255)
cacaGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCttt < 1:2761301/93‑1 (MQ=255)
cacaGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCttt < 1:442383/93‑1 (MQ=255)
acaGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCtttt < 1:4122909/93‑1 (MQ=255)
acaGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCtttt < 2:3163011/93‑1 (MQ=255)
acaGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCtttt > 2:1320601/1‑93 (MQ=255)
acaGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCtttt < 1:3866110/93‑1 (MQ=255)
acaGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCtttt < 1:3730648/93‑1 (MQ=255)
caGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTg > 1:7128088/1‑93 (MQ=255)
aGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGc < 1:5835331/93‑1 (MQ=255)
aGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGc < 2:2748346/93‑1 (MQ=255)
ccTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGt > 1:6662824/1‑93 (MQ=255)
cTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTa > 2:6523679/1‑93 (MQ=255)
tGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTaa > 1:5016117/1‑93 (MQ=255)
gTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTaaaa < 1:5918830/93‑1 (MQ=255)
tAGGTGACAGTTAACGTTGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAAc > 2:2186112/1‑93 (MQ=255)
tAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAAc > 2:4412765/1‑93 (MQ=255)
ggTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTc > 1:1928572/1‑93 (MQ=255)
gTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCa < 2:5087347/93‑1 (MQ=255)
gTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCa > 2:1448914/1‑93 (MQ=255)
tGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCAt > 2:7353413/1‑93 (MQ=255)
tGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCAt > 2:4678196/1‑93 (MQ=255)
gACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATc < 1:631206/93‑1 (MQ=255)
gACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATc > 2:4119873/1‑93 (MQ=255)
gACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATc > 2:4252759/1‑93 (MQ=255)
aCAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCt > 2:594131/1‑93 (MQ=255)
aCAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCt > 2:6781076/1‑93 (MQ=255)
aCAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCt < 2:4535122/93‑1 (MQ=255)
cAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCtt > 2:302133/1‑93 (MQ=255)
cAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCtt < 1:1775164/93‑1 (MQ=255)
cAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCtt > 2:1809710/1‑93 (MQ=255)
gTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCa < 1:3568782/93‑1 (MQ=255)
gTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCa < 2:6885384/93‑1 (MQ=255)
gTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCa > 2:7404005/1‑93 (MQ=255)
aaCGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGc > 2:2869/1‑93 (MQ=255)
aCGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGcc > 1:5547135/1‑93 (MQ=255)
tCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGa > 2:924463/1‑93 (MQ=255)
tCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGa < 1:3202561/93‑1 (MQ=255)
cGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGAc < 1:7020695/93‑1 (MQ=255)
gCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACg > 1:1385439/1‑93 (MQ=255)
gCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACg > 2:3458829/1‑93 (MQ=255)
tCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGcc < 2:1965880/93‑1 (MQ=255)
tCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGcc > 2:3745615/1‑93 (MQ=255)
ccGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCtt > 1:3012485/1‑93 (MQ=255)
gcccTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGc < 1:5957906/90‑1 (MQ=255)
gCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGc > 2:2910051/1‑93 (MQ=255)
gCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGc > 1:2902003/1‑93 (MQ=255)
gCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGc < 1:818846/93‑1 (MQ=255)
cACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCg < 1:4674323/93‑1 (MQ=255)
cACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCg < 2:5164986/93‑1 (MQ=255)
cACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCg < 2:5819189/93‑1 (MQ=255)
cTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGc > 2:4036085/1‑93 (MQ=255)
tCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCa < 1:2266075/93‑1 (MQ=255)
gCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGc < 1:4870093/93‑1 (MQ=255)
gCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGc > 2:2616266/1‑93 (MQ=255)
gCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGc < 2:3300483/93‑1 (MQ=255)
|
TTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGC > NC_000913/4362206‑4362387
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCA > NC_000913/4362205‑4362391
|
CTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCT > SRR4302542.5966512/1‑94 (MQ=60)
TTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCG < SRR4302542.1230995/94‑1 (MQ=60)
AACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGT > SRR4302542.1504985/1‑94 (MQ=60)
AACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGT > SRR4302542.3639003/1‑94 (MQ=60)
AACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGT > SRR4302542.6791990/1‑94 (MQ=60)
ACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTT > SRR4302542.2832809/1‑94 (MQ=60)
CGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTG > SRR4302542.543173/1‑94 (MQ=60)
GGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGA > SRR4302542.1844034/1‑94 (MQ=60)
GGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGA > SRR4302542.4128391/1‑94 (MQ=60)
GGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGA > SRR4302542.1707849/1‑94 (MQ=60)
GGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGA > SRR4302542.4576095/1‑94 (MQ=60)
GGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGA > SRR4302542.3170577/1‑94 (MQ=60)
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ACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGG < SRR4302542.2039195/94‑1 (MQ=60)
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TTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGC > SRR4302542.2457161/1‑94 (MQ=60)
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AACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATC > SRR4302542.4500486/1‑94 (MQ=60)
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ACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCG > SRR4302542.366593/1‑94 (MQ=60)
CAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGC < SRR4302542.1582444/94‑1 (MQ=60)
CAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGC > SRR4302542.3046668/1‑94 (MQ=60)
GAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGG < SRR4302542.5048353/94‑1 (MQ=60)
AAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGG < SRR4302542.6450023/94‑1 (MQ=60)
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AACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTA > SRR4302542.4758323/1‑94 (MQ=60)
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ATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCG > SRR4302542.7219193/1‑94 (MQ=60)
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AGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTT < SRR4302542.5445657/94‑1 (MQ=60)
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GTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCAT < SRR4302542.3602094/94‑1 (MQ=60)
TTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATG < SRR4302542.3615025/94‑1 (MQ=60)
TTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATG < SRR4302542.709666/94‑1 (MQ=60)
TAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGC < SRR4302542.2034205/94‑1 (MQ=60)
TAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGC < SRR4302542.2260738/94‑1 (MQ=60)
AACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCC > SRR4302542.5601042/1‑94 (MQ=60)
AACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCC < SRR4302542.442290/94‑1 (MQ=60)
AACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCC < SRR4302542.3440222/94‑1 (MQ=60)
ACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCA < SRR4302542.881559/94‑1 (MQ=60)
CGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAG < SRR4302542.3292255/94‑1 (MQ=60)
TCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGAC < SRR4302542.3232900/94‑1 (MQ=60)
CGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACG < SRR4302542.7089683/94‑1 (MQ=60)
CGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACG > SRR4302542.1397406/1‑94 (MQ=60)
CGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACG > SRR4302542.1387302/1‑94 (MQ=60)
GCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGC > SRR4302542.4985162/1‑94 (MQ=60)
TCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCT < SRR4302542.6544437/94‑1 (MQ=60)
TCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCT < SRR4302542.5527638/94‑1 (MQ=60)
TCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCT > SRR4302542.830016/1‑94 (MQ=60)
CCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTT > SRR4302542.3041281/1‑94 (MQ=60)
CCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTT < SRR4302542.3643978/94‑1 (MQ=60)
CCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTT > SRR4302542.1453824/1‑94 (MQ=60)
CCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTG < SRR4302542.7342451/94‑1 (MQ=60)
CGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGC > SRR4302542.2929859/1‑94 (MQ=60)
GCCCTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCG < SRR4302542.6015597/94‑1 (MQ=60)
GCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCG < SRR4302542.825922/94‑1 (MQ=60)
CACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGG < SRR4302542.4720000/94‑1 (MQ=60)
CACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGG > SRR4302542.4969429/1‑94 (MQ=60)
CACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGG > SRR4302542.1712969/1‑94 (MQ=60)
TCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAG < SRR4302542.2285575/94‑1 (MQ=60)
TCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAG < SRR4302542.3996601/94‑1 (MQ=60)
GCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCT < SRR4302542.4917502/94‑1 (MQ=60)
GCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCT > SRR4302542.3231214/1‑94 (MQ=60)
CCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCTCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGCCGCCCTGCCGCAGGTGC > SRR4302542.6326715/1‑94 (MQ=60)
CCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGC > SRR4302542.2758841/1‑94 (MQ=60)
CCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGC > SRR4302542.1873261/1‑94 (MQ=60)
CCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGC > SRR4302542.1545622/1‑94 (MQ=60)
CGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCA > SRR4302542.5125416/1‑94 (MQ=60)
CGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCA > SRR4302542.5334412/1‑94 (MQ=60)
|
CTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCA > NC_000913/4362205‑4362391
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
