Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,384,043 |
A→G |
V969A (GTG→GCG) |
yjeP ← |
putative periplasmic binding protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,384,043 | 0 | A | G | 82.5%
| 641.6
/ 134.4
| 302 | V969A (GTG→GCG) | yjeP | putative periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/30); new base G (124/125); total (147/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
GGCAGGGGCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCACCGTA > NC_000913/4383952‑4384135
|
gCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTAtc < 2:3258455/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTAtc < 2:1250014/93‑1 (MQ=255)
cGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTAtctc < 2:5785587/93‑1 (MQ=255)
cGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTAtctc < 2:4780195/93‑1 (MQ=255)
cGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTAtctc < 1:5892388/93‑1 (MQ=255)
ggTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATctct > 1:3167582/1‑93 (MQ=255)
gTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCtt > 1:2323970/1‑93 (MQ=255)
tATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCttt > 2:4672777/1‑93 (MQ=255)
aTCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTa > 2:7237921/1‑93 (MQ=255)
aTCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTa > 2:7194072/1‑93 (MQ=255)
aTCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTa < 2:5188764/93‑1 (MQ=255)
aTCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTa > 2:2253303/1‑93 (MQ=255)
aTCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTa > 1:2888045/1‑93 (MQ=255)
tCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGt > 2:5024591/1‑93 (MQ=255)
tCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGt > 1:3553726/1‑93 (MQ=255)
tCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGt > 2:845034/1‑93 (MQ=255)
cAACACCACGCGCGTGGCCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTc < 1:5353892/93‑1 (MQ=255)
cAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTc < 2:1980053/93‑1 (MQ=255)
aaCACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTcc > 2:5618569/1‑93 (MQ=255)
acacCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTccc > 2:6831527/1‑93 (MQ=255)
acacCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTccc < 1:4902470/93‑1 (MQ=255)
accacGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAg > 1:4441222/1‑93 (MQ=255)
cgcgcgTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGc < 2:4955202/93‑1 (MQ=255)
gcgTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGa < 1:1875511/93‑1 (MQ=255)
gcgTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGa > 1:3836554/1‑93 (MQ=255)
gcgTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGa > 1:2824954/1‑93 (MQ=255)
cgTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGAt < 2:3071152/93‑1 (MQ=255)
cgTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGAt > 1:3377471/1‑93 (MQ=255)
cgTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGATGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGAt > 1:4656617/1‑93 (MQ=255)
gTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGAtg < 1:3119522/93‑1 (MQ=255)
tGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGAtgg < 2:6339151/93‑1 (MQ=255)
cGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGAtggtggt > 2:3443253/1‑93 (MQ=255)
gAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGAtggtggtg < 1:5195030/93‑1 (MQ=255)
gTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGgc < 2:646427/93‑1 (MQ=255)
tCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGgcg > 2:2132318/1‑93 (MQ=255)
tCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGgcg > 1:571173/1‑93 (MQ=255)
agaaagCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGT‑ATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCgg < 2:7521797/93‑1 (MQ=255)
agagCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCggg < 2:3787708/93‑1 (MQ=255)
gagCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGgt < 1:5938659/93‑1 (MQ=255)
aCCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTaa < 1:6835640/93‑1 (MQ=255)
aCCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTaa < 2:7144410/93‑1 (MQ=255)
ccAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAAt > 2:1535004/1‑93 (MQ=255)
ccAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAAt > 2:242220/1‑93 (MQ=255)
cAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAAtt < 2:1816915/93‑1 (MQ=255)
cAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAAtt > 1:2663440/1‑93 (MQ=255)
gTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAAtttt < 1:2054900/93‑1 (MQ=255)
ttGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTc < 2:4067674/93‑1 (MQ=255)
tGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCg > 2:299295/1‑93 (MQ=255)
gATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGt > 2:4554079/1‑93 (MQ=255)
tAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCa > 1:2185727/1‑93 (MQ=255)
tAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCa > 1:3461827/1‑93 (MQ=255)
tAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCa > 2:3927927/1‑93 (MQ=255)
aaaCTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCAc < 1:6325250/93‑1 (MQ=255)
aaaCTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCAc < 1:2248462/93‑1 (MQ=255)
aaaCTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCAc < 2:6951175/93‑1 (MQ=255)
aCTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGc < 2:1070402/93‑1 (MQ=255)
aCTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGc < 1:1455196/93‑1 (MQ=255)
aCTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGc < 2:6689496/93‑1 (MQ=255)
cTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCt < 1:2556307/93‑1 (MQ=255)
cTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCt > 2:1218136/1‑93 (MQ=255)
tGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTa > 1:45255/1‑93 (MQ=255)
cTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTAcc < 1:4234344/93‑1 (MQ=255)
tCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCg > 2:4227584/1‑93 (MQ=255)
tCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGCGTTAATTTTCGTCACGCTActg > 2:2472898/1‑91 (MQ=255)
ggTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGt > 2:1709267/1‑93 (MQ=255)
ggTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGt < 1:6166351/93‑1 (MQ=255)
ggTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGt > 1:4356164/1‑93 (MQ=255)
gTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTg > 2:3595172/1‑93 (MQ=255)
gTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTg > 2:3739676/1‑93 (MQ=255)
taataaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTga > 1:7152782/1‑93 (MQ=255)
taataaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTga > 1:6727894/1‑93 (MQ=255)
taataaACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTga < 2:2678543/93‑1 (MQ=255)
aataaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTgag > 1:4832562/1‑93 (MQ=255)
ataaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTgaga < 1:7428246/93‑1 (MQ=255)
ataaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTgaga > 1:7289063/1‑93 (MQ=255)
ataaACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTgaga < 1:6886489/93‑1 (MQ=255)
taaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGAt < 2:5296376/93‑1 (MQ=255)
taaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGAt > 2:1616908/1‑93 (MQ=255)
taaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGAt > 2:5922211/1‑93 (MQ=255)
taaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGAt < 2:291781/93‑1 (MQ=255)
taaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGAt > 2:6773274/1‑93 (MQ=255)
taaACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGAt < 2:1349950/93‑1 (MQ=255)
aaaCGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATc < 1:5254538/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATcg < 1:329781/93‑1 (MQ=255)
aCGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATcgc < 1:103522/93‑1 (MQ=255)
gCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGa > 1:884079/1‑93 (MQ=255)
gCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGa > 1:1372104/1‑93 (MQ=255)
gCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGa > 1:4766679/1‑93 (MQ=255)
ccTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGaa < 2:4403450/93‑1 (MQ=255)
ccTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGaa < 2:6118446/93‑1 (MQ=255)
ccTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGaa < 2:1457733/93‑1 (MQ=255)
cTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCTCGCTACCGGTGAGATCGCGAAt > 1:3675817/1‑93 (MQ=255)
cTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAAt > 2:5482726/1‑93 (MQ=255)
cTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAAt < 1:3969932/93‑1 (MQ=255)
tGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTg < 1:2489138/93‑1 (MQ=255)
tCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCa < 1:1198475/93‑1 (MQ=255)
cGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCAc < 1:1690364/93‑1 (MQ=255)
cGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCAc > 2:2096483/1‑93 (MQ=255)
ggCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCAcc < 2:2336444/93‑1 (MQ=255)
ggCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCAcc < 1:7101167/93‑1 (MQ=255)
|
GGCAGGGGCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCACCGTA > NC_000913/4383952‑4384135
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TCGGCAGGGGCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCACCGTAT > NC_000913/4383950‑4384136
|
TCGGCAGGGGCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCG < SRR4302542.418962/94‑1 (MQ=60)
TCGGCAGGGGCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCG > SRR4302542.2166688/1‑94 (MQ=60)
TCGGCAGGGGCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCG < SRR4302542.5122856/94‑1 (MQ=60)
CGGCAGGGGCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGC > SRR4302542.3382400/1‑94 (MQ=60)
CGGCAGGGGCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCAC > SRR4302542.6777697/1‑94 (MQ=60)
GGCAGGGGCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCG > SRR4302542.7184558/1‑94 (MQ=60)
GGCAGGGGCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACG < SRR4302542.2223590/94‑1 (MQ=60)
AGGGGCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATT > SRR4302542.1366072/1‑94 (MQ=60)
AGGGGCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATT < SRR4302542.3375618/94‑1 (MQ=60)
GGGGCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTA < SRR4302542.6199525/94‑1 (MQ=60)
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AATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGA > SRR4302542.7360515/1‑94 (MQ=60)
ATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGAT < SRR4302542.7500936/94‑1 (MQ=60)
ATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGAT < SRR4302542.6954126/94‑1 (MQ=60)
TAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATC < SRR4302542.2892989/94‑1 (MQ=60)
TAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATC > SRR4302542.4468581/1‑94 (MQ=60)
TAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATC < SRR4302542.5982230/94‑1 (MQ=60)
AAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCG > SRR4302542.3664506/1‑94 (MQ=60)
AAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCG < SRR4302542.5305615/94‑1 (MQ=60)
AACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGC < SRR4302542.332649/94‑1 (MQ=60)
ACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCG < SRR4302542.104381/94‑1 (MQ=60)
CGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGA > SRR4302542.5726575/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGA > SRR4302542.3924293/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGA > SRR4302542.1383963/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGA > SRR4302542.891719/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGA > SRR4302542.4595661/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGA > SRR4302542.4813142/1‑94 (MQ=60)
CCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCTCGCTACCGGTGAGATCGCGAAT > SRR4302542.3711482/1‑94 (MQ=60)
CCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAAT > SRR4302542.5952792/1‑94 (MQ=60)
CCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAAT < SRR4302542.6908402/94‑1 (MQ=60)
CCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAAT > SRR4302542.1975075/1‑94 (MQ=60)
CCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAAT < SRR4302542.893754/94‑1 (MQ=60)
CTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATT > SRR4302542.3520647/1‑94 (MQ=60)
CTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATT < SRR4302542.4009111/94‑1 (MQ=60)
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TTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTG > SRR4302542.693652/1‑94 (MQ=60)
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TGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGT < SRR4302542.2513289/94‑1 (MQ=60)
GTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTA < SRR4302542.439091/94‑1 (MQ=60)
TTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCA > SRR4302542.921010/1‑94 (MQ=60)
TCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCAC < SRR4302542.5380030/94‑1 (MQ=60)
TCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCAC < SRR4302542.1208792/94‑1 (MQ=60)
CGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCACC < SRR4302542.1704999/94‑1 (MQ=60)
GGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCACCG < SRR4302542.7170829/94‑1 (MQ=60)
GCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCACCGT < SRR4302542.4665393/94‑1 (MQ=60)
CGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCACCGTA > SRR4302542.4804789/1‑94 (MQ=60)
CGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCACCGTA < SRR4302542.39608/94‑1 (MQ=60)
CGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCACCGTA > SRR4302542.3918723/1‑94 (MQ=60)
GCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCACCGTAT < SRR4302542.1613717/94‑1 (MQ=60)
GCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCACCGTAT < SRR4302542.4591455/94‑1 (MQ=60)
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TCGGCAGGGGCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCACCGTAT > NC_000913/4383950‑4384136
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
