Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,486,588 |
A→G |
D348D (GAT→GAC) |
yjgR ← |
hypothetical protein |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,486,588 | 0 | A | G | 82.4%
| 645.6
/ 143.5
| 307 | D348D (GAT→GAC) | yjgR | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/27); new base G (120/133); total (147/160) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.66e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 |
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
TCGCACGCTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGAAC > NC_000913/4486497‑4486677
|
cACGCTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCaa > 2:193226/1‑93 (MQ=255)
aCGCTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCaaa > 1:4920352/1‑93 (MQ=255)
cGCTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAAc > 1:1625454/1‑93 (MQ=255)
cTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGc > 1:3623662/1‑93 (MQ=255)
cTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGc < 1:5475482/93‑1 (MQ=255)
tCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGcc > 1:4389114/1‑93 (MQ=255)
tCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGcc < 2:3523468/93‑1 (MQ=255)
tCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGcc > 2:550992/1‑93 (MQ=255)
tCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGcc < 1:1359794/93‑1 (MQ=255)
tCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGcc < 2:5336744/93‑1 (MQ=255)
accacAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGa < 1:2132448/93‑1 (MQ=255)
accacAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGa > 1:1234201/1‑93 (MQ=255)
ccacAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGAt < 1:5756148/93‑1 (MQ=255)
cacaGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGAtt < 2:1125683/93‑1 (MQ=255)
acaGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTg < 1:4137951/93‑1 (MQ=255)
acaGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTg < 2:5671833/93‑1 (MQ=255)
caGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTgg > 1:2395531/1‑93 (MQ=255)
gAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGcc > 1:2802767/1‑93 (MQ=255)
gggCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑Gc > 1:5636832/1‑93 (MQ=255)
gggCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑Gc > 1:2573120/1‑93 (MQ=255)
ggCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCa < 1:3880764/93‑1 (MQ=255)
ggCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTACCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCa > 1:7370730/1‑93 (MQ=255)
cTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATg > 1:5607305/1‑93 (MQ=255)
cTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATg < 2:4831738/93‑1 (MQ=255)
ttCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATgg < 2:4979028/93‑1 (MQ=255)
ttCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATgg > 2:1174011/1‑93 (MQ=255)
ttCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATgg > 1:151461/1‑93 (MQ=255)
ccTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGtt > 1:4733719/1‑93 (MQ=255)
cTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGttt > 1:3003195/1‑93 (MQ=255)
tttCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTg < 2:2626611/93‑1 (MQ=255)
ttCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTgc < 1:7102187/93‑1 (MQ=255)
ttCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTgc > 1:3400131/1‑93 (MQ=255)
tCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTgcg > 2:6068452/1‑93 (MQ=255)
tCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTgcg < 1:59537/93‑1 (MQ=255)
aTCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGcgccgc < 1:1189022/93‑1 (MQ=255)
aTCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGcgccgc > 2:2016088/1‑93 (MQ=255)
aTCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGcgccgc < 1:1953144/93‑1 (MQ=255)
tCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCt < 1:3718033/93‑1 (MQ=255)
ccAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCCGGCATGGTTTGCGCCGCt > 1:2362898/1‑93 (MQ=255)
ccAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTg < 2:470835/93‑1 (MQ=255)
aGAAAGGAGATCACCCCCCCGCCGTTCCCCATTTCCTGAATCGCCTTTCCGG‑GTCAAAACCCGGAATGGCCC‑GCCTGGTTTGCGCCGCTGCCt < 1:2272594/93‑1 (MQ=255)
aGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGcc > 2:3789288/1‑93 (MQ=255)
aGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGcc < 1:1257202/93‑1 (MQ=255)
aGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGcc > 2:6008597/1‑93 (MQ=255)
gAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCt < 2:1829108/93‑1 (MQ=255)
gAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCt < 2:647526/93‑1 (MQ=255)
gAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCt > 2:6952878/1‑93 (MQ=255)
aaaaGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCtt < 1:1067992/93‑1 (MQ=255)
aaaGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTc < 2:6345928/93‑1 (MQ=255)
agagATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCAc > 2:1574984/1‑93 (MQ=255)
gagaTCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACt > 1:7215065/1‑93 (MQ=255)
gagaTCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACt < 1:6894067/93‑1 (MQ=255)
tCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCtt > 1:1028581/1‑93 (MQ=255)
cAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCttt < 1:3790295/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTc > 2:2199997/1‑93 (MQ=255)
aaCGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTc < 2:4437579/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTc > 2:4029860/1‑93 (MQ=255)
aCGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCt > 1:405859/1‑93 (MQ=255)
aCGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCt > 2:3875885/1‑93 (MQ=255)
aCGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCt > 2:4324396/1‑93 (MQ=255)
aCGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCt < 2:366604/93‑1 (MQ=255)
cGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTg < 1:6526375/93‑1 (MQ=255)
cGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTg < 2:1690066/93‑1 (MQ=255)
gCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGa > 1:924373/1‑93 (MQ=255)
ccTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGAt > 2:2797595/1‑93 (MQ=255)
cTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATc > 1:6723953/1‑93 (MQ=255)
cTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATc < 2:2874042/93‑1 (MQ=255)
tCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCt < 2:809054/93‑1 (MQ=255)
tCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCt < 2:3213217/93‑1 (MQ=255)
tCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCt < 1:4257348/93‑1 (MQ=255)
cGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTg > 1:4836592/1‑93 (MQ=255)
cGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTg < 2:6153404/93‑1 (MQ=255)
ggTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTgg > 1:5199986/1‑93 (MQ=255)
ggTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTgg < 2:4669260/93‑1 (MQ=255)
gTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGc < 2:2484919/93‑1 (MQ=255)
ccAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTaa > 1:2902449/1‑93 (MQ=255)
cAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTaaa > 1:4627911/1‑93 (MQ=255)
aGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTaaaa < 1:27455/93‑1 (MQ=255)
aGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTaaaa > 2:1351388/1‑93 (MQ=255)
gTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGGCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAg > 1:7509057/1‑93 (MQ=255)
gTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAg > 2:3353175/1‑93 (MQ=255)
gTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAg > 1:705287/1‑93 (MQ=255)
ttCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGc < 1:6608678/93‑1 (MQ=255)
ccTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGccc < 2:1232902/93‑1 (MQ=255)
ccTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGccc < 1:3042762/93‑1 (MQ=255)
cTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCg > 2:4246419/1‑93 (MQ=255)
tGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGc > 2:7189498/1‑93 (MQ=255)
gAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCa > 1:5296065/1‑93 (MQ=255)
aTCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCaaa > 1:231874/1‑93 (MQ=255)
aTCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCaaa > 1:6137646/1‑93 (MQ=255)
tCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAg > 1:5695447/1‑93 (MQ=255)
tCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAg > 2:6854014/1‑93 (MQ=255)
gCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCa > 1:801388/1‑93 (MQ=255)
ttttCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGt > 2:7231688/1‑93 (MQ=255)
ttttCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGt > 2:7482022/1‑93 (MQ=255)
ttttCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGAACTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGt > 2:3450788/1‑93 (MQ=255)
ttCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTg < 2:5067872/93‑1 (MQ=255)
cGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGaa < 2:2128691/93‑1 (MQ=255)
ggTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGAAc > 2:6093577/1‑93 (MQ=255)
ggTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGAAc < 1:1790210/93‑1 (MQ=255)
|
TCGCACGCTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGAAC > NC_000913/4486497‑4486677
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATCGCACGCTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGAACGC > NC_000913/4486496‑4486679
|
ATCGCACGCTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGT > SRR4302542.6495735/1‑94 (MQ=60)
TCGCACGCTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTC > SRR4302542.5445530/1‑94 (MQ=60)
CACGCTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAA > SRR4302542.4968187/1‑94 (MQ=60)
ACGCTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAAC > SRR4302542.1639479/1‑94 (MQ=60)
ACGCTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAAC < SRR4302542.4634444/94‑1 (MQ=60)
CGCTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACG < SRR4302542.3178821/94‑1 (MQ=60)
CGCTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACG < SRR4302542.873957/94‑1 (MQ=60)
GCTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGC > SRR4302542.3657417/1‑94 (MQ=60)
CTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCC < SRR4302542.5528674/94‑1 (MQ=60)
CTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCC > SRR4302542.4432177/1‑94 (MQ=60)
CTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCC > SRR4302542.3051309/1‑94 (MQ=60)
TCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCG < SRR4302542.1371553/94‑1 (MQ=60)
CCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGG > SRR4302542.4357667/1‑94 (MQ=60)
CACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGA > SRR4302542.1244817/1‑94 (MQ=60)
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ACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGAT < SRR4302542.2150849/94‑1 (MQ=60)
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CCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTT < SRR4302542.1261345/94‑1 (MQ=60)
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TTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGC > SRR4302542.3885079/1‑94 (MQ=60)
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AACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCT < SRR4302542.3056815/94‑1 (MQ=60)
AACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCT < SRR4302542.4916326/94‑1 (MQ=60)
AACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCT < SRR4302542.5486286/94‑1 (MQ=60)
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TCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTT < SRR4302542.4299275/94‑1 (MQ=60)
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CGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTT > SRR4302542.4377571/1‑94 (MQ=60)
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CCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAA > SRR4302542.2930306/1‑94 (MQ=60)
CCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAA > SRR4302542.4673133/1‑94 (MQ=60)
CCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAA > SRR4302542.1960161/1‑94 (MQ=60)
CAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAA > SRR4302542.614555/1‑94 (MQ=60)
CAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAA > SRR4302542.1349952/1‑94 (MQ=60)
AGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGGCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAG > SRR4302542.7582910/1‑94 (MQ=60)
AGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAG < SRR4302542.27693/94‑1 (MQ=60)
AGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAG > SRR4302542.1440521/1‑94 (MQ=60)
AGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAG > SRR4302542.711390/1‑94 (MQ=60)
AGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAG < SRR4302542.479530/94‑1 (MQ=60)
AGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAG < SRR4302542.1336914/94‑1 (MQ=60)
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GTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGC > SRR4302542.2913090/1‑94 (MQ=60)
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TTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCC < SRR4302542.5687233/94‑1 (MQ=60)
TTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCC < SRR4302542.6673777/94‑1 (MQ=60)
TTCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCC > SRR4302542.6034432/1‑94 (MQ=60)
TCCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCC < SRR4302542.241403/94‑1 (MQ=60)
CCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCG > SRR4302542.2347384/1‑94 (MQ=60)
CCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCG > SRR4302542.712829/1‑94 (MQ=60)
CCTGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCG < SRR4302542.3071812/94‑1 (MQ=60)
TGAATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCA > SRR4302542.5639690/1‑94 (MQ=60)
TGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCA > SRR4302542.5347530/1‑94 (MQ=60)
AATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAA > SRR4302542.233867/1‑94 (MQ=60)
AATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAA > SRR4302542.6197031/1‑94 (MQ=60)
AATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAA > SRR4302542.3973138/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAG > SRR4302542.5750744/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCA > SRR4302542.6624904/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCA > SRR4302542.808279/1‑94 (MQ=60)
GCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCAT < SRR4302542.714197/94‑1 (MQ=60)
GCCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCAT < SRR4302542.2398504/94‑1 (MQ=60)
CCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGGGCCGCTGCCGTCCCTGCTTTCTGTTCTTTTtttgttttagcccgcaaagcatg > SRR4302542.5183518/1‑71 (MQ=60)
CCTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATG > SRR4302542.7319368/1‑94 (MQ=60)
CTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGT > SRR4302542.3802534/1‑94 (MQ=60)
CTTTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGT > SRR4302542.764128/1‑94 (MQ=60)
TTTCGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTG < SRR4302542.3690494/94‑1 (MQ=60)
CGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGAAC < SRR4302542.5889232/94‑1 (MQ=60)
CGGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGAAC < SRR4302542.3013894/94‑1 (MQ=60)
CGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGAAC < SRR4302542.4371275/94‑1 (MQ=60)
GGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGAACG < SRR4302542.1805744/94‑1 (MQ=60)
GGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGAACG > SRR4302542.3549569/1‑94 (MQ=60)
GGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGAACG < SRR4302542.2738811/94‑1 (MQ=60)
GGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGAACG < SRR4302542.4285531/94‑1 (MQ=60)
GGTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCCGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGAACG > SRR4302542.528089/1‑94 (MQ=60)
GTGTCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGAACGC < SRR4302542.1483205/94‑1 (MQ=60)
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ATCGCACGCTCCACCACAGAAGGGCTTCCTTTCGCATCCAGAAAAGAGATCAACGCCTCGCCGGTGCCCAGTTCCTGAATCGCCTTTTCGGTATCAAACGCCGGATTGGCCC‑GCATGGTTTGCGCCGCTGCCTTCACTGCTTTCTGATCTTTTGGCGTAAAAGCCCGCAAAGCATGTTGAACGC > NC_000913/4486496‑4486679
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |