Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,531,073 |
T→C |
M94V (ATG→GTG) |
yjhQ ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,531,073 | 0 | T | C | 79.5%
| 574.6
/ 164.9
| 302 | M94V (ATG→GTG) | yjhQ | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/33); new base C (96/144); total (125/177) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.86e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
GGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAA > NC_000913/4530984‑4531164
|
ggTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCAcccc < 2:2068141/93‑1 (MQ=255)
gtggcgtggcCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCt < 1:3353989/93‑1 (MQ=255)
tggcgtggcCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCtt < 2:3118994/93‑1 (MQ=255)
gtggcCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTa < 2:7298041/93‑1 (MQ=255)
tggcCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTAt > 2:3718121/1‑93 (MQ=255)
ggcCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTAtt > 1:477578/1‑93 (MQ=255)
gcCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTc < 1:44575/93‑1 (MQ=255)
cGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCg > 2:5124505/1‑93 (MQ=255)
gagaACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCgg > 1:4388264/1‑93 (MQ=255)
agaACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGt > 1:1213829/1‑93 (MQ=255)
agaACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGt < 1:1285696/93‑1 (MQ=255)
gaACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTa < 2:7522982/93‑1 (MQ=255)
gaACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTa > 1:1408244/1‑93 (MQ=255)
gaACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTa < 1:712485/93‑1 (MQ=255)
gaACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTa < 1:1941239/93‑1 (MQ=255)
gaACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTa < 2:6650874/93‑1 (MQ=255)
aaCAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTAt < 2:1696499/93‑1 (MQ=255)
aCAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATg > 1:5544914/1‑93 (MQ=255)
aCAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATg < 1:3060088/93‑1 (MQ=255)
cAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGa < 2:6160885/93‑1 (MQ=255)
cAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGa < 1:6965123/93‑1 (MQ=255)
aaaaaCCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGAc < 2:2401965/93‑1 (MQ=255)
aaaaaCCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGAc < 1:2795474/93‑1 (MQ=255)
aaaaCCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGAcc < 1:1990851/93‑1 (MQ=255)
aaaaCCGTCTGGCAGCCCATCAACCGCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGAcc < 1:4042338/93‑1 (MQ=255)
aaaCCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCg < 1:2655885/93‑1 (MQ=255)
aCCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGcc < 1:5961963/93‑1 (MQ=255)
ccGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCa < 2:5367405/93‑1 (MQ=255)
ccGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCa < 1:6047700/93‑1 (MQ=255)
cGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAg < 1:859572/93‑1 (MQ=255)
cGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAg > 1:4350666/1‑93 (MQ=255)
gTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAgg < 1:705801/93‑1 (MQ=255)
tCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAggg > 1:7146348/1‑93 (MQ=255)
cTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAgggg < 2:7218853/93‑1 (MQ=255)
gCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGc < 2:5183125/93‑1 (MQ=255)
gCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGc < 1:2919361/93‑1 (MQ=255)
cAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCg > 2:3538708/1‑93 (MQ=255)
aGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGa < 1:3746689/93‑1 (MQ=255)
aGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGa < 2:251358/93‑1 (MQ=255)
aGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGa < 1:6825395/93‑1 (MQ=255)
aGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGa < 2:6111690/93‑1 (MQ=255)
aGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGa > 2:1646339/1‑93 (MQ=255)
gCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAg > 2:6271202/1‑93 (MQ=255)
gCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAg < 1:1440381/93‑1 (MQ=255)
gCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAg > 2:3347773/1‑93 (MQ=255)
cccATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAgg < 2:1101322/93‑1 (MQ=255)
aTCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGAtg > 1:3153091/1‑93 (MQ=255)
tCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGAtgt > 2:2840738/1‑93 (MQ=255)
tCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGAtgt < 2:6492675/93‑1 (MQ=255)
aaCCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGc > 2:1773878/1‑93 (MQ=255)
cAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCaa > 1:3918238/1‑93 (MQ=255)
cAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCaa < 2:6030899/93‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACg > 2:3909495/1‑93 (MQ=255)
ggTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACg < 2:1221800/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACgg < 2:3618742/93‑1 (MQ=255)
tGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGt > 1:1607146/1‑93 (MQ=255)
tGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGt < 1:5338537/93‑1 (MQ=255)
tGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGt > 1:5878362/1‑93 (MQ=255)
gCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTACGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTg < 2:4524689/93‑1 (MQ=255)
cGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAAt < 1:178251/93‑1 (MQ=255)
aTGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATcc > 2:6571586/1‑93 (MQ=255)
tGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCa > 2:3445360/1‑93 (MQ=255)
tGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCa < 1:4961012/93‑1 (MQ=255)
gCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCAt > 1:7458454/1‑93 (MQ=255)
gCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCAt < 1:5629674/93‑1 (MQ=255)
ccAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCAtt > 1:3641225/1‑93 (MQ=255)
ccAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCAtt < 1:646809/93‑1 (MQ=255)
ccAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCAtt < 2:5967145/93‑1 (MQ=255)
cAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCAttt > 1:6715989/1‑93 (MQ=255)
aGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTtc < 2:1423816/93‑1 (MQ=255)
gTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTtct > 1:4178532/1‑93 (MQ=255)
cGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCt > 2:1496335/1‑93 (MQ=255)
cGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCt < 2:4042569/93‑1 (MQ=255)
gTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCtt < 2:87752/93‑1 (MQ=255)
tATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCttt < 2:837481/93‑1 (MQ=255)
tATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCttt < 1:2021544/93‑1 (MQ=255)
tATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCttt < 2:1999123/93‑1 (MQ=255)
aTCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTg < 1:992632/93‑1 (MQ=255)
aTCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTg > 2:4213104/1‑93 (MQ=255)
tCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGa < 1:5094096/93‑1 (MQ=255)
tCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGa > 2:6782553/1‑93 (MQ=255)
tCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGa > 2:2756266/1‑93 (MQ=255)
tCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGa < 1:6647889/93‑1 (MQ=255)
cAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGaa < 1:3440981/93‑1 (MQ=255)
aaCCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAg < 1:225370/93‑1 (MQ=255)
ccGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGt < 2:5718815/93‑1 (MQ=255)
cGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGtt < 2:6881056/93‑1 (MQ=255)
tcctccCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGc > 1:4528760/1‑93 (MQ=255)
tcctccCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGc < 2:2179882/93‑1 (MQ=255)
tccCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCg > 2:2639586/1‑93 (MQ=255)
cccACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCgg < 2:7004129/93‑1 (MQ=255)
ccACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCggg < 1:1150886/93‑1 (MQ=255)
cACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGt > 2:5519717/1‑93 (MQ=255)
cACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGt > 1:4099759/1‑93 (MQ=255)
aCGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGta < 1:631036/93‑1 (MQ=255)
aCGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGta > 1:570751/1‑93 (MQ=255)
gCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGtaaa < 2:102753/93‑1 (MQ=255)
gCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGtaaa < 2:3028274/93‑1 (MQ=255)
cccACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGtaaat < 1:6221388/93‑1 (MQ=255)
ccACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGtaaata < 1:5058470/93‑1 (MQ=255)
|
GGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAA > NC_000913/4530984‑4531164
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAA > NC_000913/4530980‑4531165
|
AATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCAC < SRR4302542.2598192/94‑1 (MQ=60)
ATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACC > SRR4302542.621982/1‑94 (MQ=60)
ATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACC > SRR4302542.1519736/1‑94 (MQ=60)
ATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTACGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACC > SRR4302542.2458593/1‑94 (MQ=60)
GTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTT < SRR4302542.3385536/94‑1 (MQ=60)
GGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGG < SRR4302542.6691359/94‑1 (MQ=60)
GCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGT < SRR4302542.6795502/94‑1 (MQ=60)
TGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATT > SRR4302542.2135845/1‑94 (MQ=60)
TGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATT > SRR4302542.481718/1‑94 (MQ=60)
TGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATT < SRR4302542.6155044/94‑1 (MQ=60)
GGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTC < SRR4302542.7028079/94‑1 (MQ=60)
GCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCC < SRR4302542.44956/94‑1 (MQ=60)
CCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCG > SRR4302542.5618785/1‑94 (MQ=60)
CGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGG > SRR4302542.4431314/1‑94 (MQ=60)
CGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGG > SRR4302542.4431313/1‑94 (MQ=60)
GAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGT < SRR4302542.543876/94‑1 (MQ=60)
GAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGT > SRR4302542.1224271/1‑94 (MQ=60)
GAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGT < SRR4302542.6828571/94‑1 (MQ=60)
AGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTA > SRR4302542.1420417/1‑94 (MQ=60)
AGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTA < SRR4302542.1296771/94‑1 (MQ=60)
AGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTA < SRR4302542.6496740/94‑1 (MQ=60)
AGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTA > SRR4302542.6629861/1‑94 (MQ=60)
GAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTAT < SRR4302542.7096037/94‑1 (MQ=60)
GAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTAT < SRR4302542.718631/94‑1 (MQ=60)
GAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTAT < SRR4302542.1958028/94‑1 (MQ=60)
AACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATG > SRR4302542.5598798/1‑94 (MQ=60)
ACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGA < SRR4302542.3089272/94‑1 (MQ=60)
CAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGAC > SRR4302542.1421484/1‑94 (MQ=60)
CAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGAC < SRR4302542.7033554/94‑1 (MQ=60)
CAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGAC > SRR4302542.758931/1‑94 (MQ=60)
AAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACC < SRR4302542.203916/94‑1 (MQ=60)
AAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACC < SRR4302542.2822371/94‑1 (MQ=60)
AAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCG < SRR4302542.1301908/94‑1 (MQ=60)
AAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCG < SRR4302542.1940814/94‑1 (MQ=60)
AAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCG < SRR4302542.2008031/94‑1 (MQ=60)
AAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCGCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCG < SRR4302542.4082224/94‑1 (MQ=60)
AAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGC < SRR4302542.2681526/94‑1 (MQ=60)
AACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCC < SRR4302542.3531626/94‑1 (MQ=60)
ACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCA < SRR4302542.994085/94‑1 (MQ=60)
ACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCA < SRR4302542.6019683/94‑1 (MQ=60)
CCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAG < SRR4302542.6727951/94‑1 (MQ=60)
CCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAG > SRR4302542.4393411/1‑94 (MQ=60)
CCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAG < SRR4302542.6106236/94‑1 (MQ=60)
CGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGG > SRR4302542.4046434/1‑94 (MQ=60)
CGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGG < SRR4302542.866980/94‑1 (MQ=60)
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CGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGG < SRR4302542.6365241/94‑1 (MQ=60)
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GTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGG > SRR4302542.3592341/1‑94 (MQ=60)
CTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCGCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGA < SRR4302542.2026034/94‑1 (MQ=60)
CTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGA > SRR4302542.492628/1‑94 (MQ=60)
CTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGA < SRR4302542.199201/94‑1 (MQ=60)
CTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGA > SRR4302542.1424184/1‑94 (MQ=60)
CTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGA < SRR4302542.1531203/94‑1 (MQ=60)
CTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGA > SRR4302542.3868854/1‑94 (MQ=60)
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TGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAG > SRR4302542.5990020/1‑94 (MQ=60)
GGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGC > SRR4302542.3781402/1‑94 (MQ=60)
GCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCG < SRR4302542.2947347/94‑1 (MQ=60)
CAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGA > SRR4302542.3784387/1‑94 (MQ=60)
CAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGA > SRR4302542.4092994/1‑94 (MQ=60)
AGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAG < SRR4302542.6892476/94‑1 (MQ=60)
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GCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGG < SRR4302542.1452822/94‑1 (MQ=60)
CCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGA > SRR4302542.1725567/1‑94 (MQ=60)
CCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGA > SRR4302542.6077746/1‑94 (MQ=60)
CCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGAT > SRR4302542.1612491/1‑94 (MQ=60)
CCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGAT < SRR4302542.3213150/94‑1 (MQ=60)
CCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGAT < SRR4302542.1317467/94‑1 (MQ=60)
CATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATG > SRR4302542.1688325/1‑94 (MQ=60)
CATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATG > SRR4302542.3183030/1‑94 (MQ=60)
CATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATG > SRR4302542.310369/1‑94 (MQ=60)
ATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGT > SRR4302542.7159024/1‑94 (MQ=60)
ATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGT > SRR4302542.6233631/1‑94 (MQ=60)
ATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGT > SRR4302542.7480923/1‑94 (MQ=60)
TCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTG < SRR4302542.471945/94‑1 (MQ=60)
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AACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCA > SRR4302542.3021484/1‑94 (MQ=60)
AACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCA > SRR4302542.7097403/1‑94 (MQ=60)
ACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCAT < SRR4302542.5102361/94‑1 (MQ=60)
CCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATC < SRR4302542.995902/94‑1 (MQ=60)
CTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCA > SRR4302542.5131297/1‑94 (MQ=60)
TCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAA > SRR4302542.3956898/1‑94 (MQ=60)
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GTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGT < SRR4302542.7478332/94‑1 (MQ=60)
TGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTG < SRR4302542.5390406/94‑1 (MQ=60)
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GCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGA < SRR4302542.7535597/94‑1 (MQ=60)
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TCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAAT > SRR4302542.5973330/1‑94 (MQ=60)
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GCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATT > SRR4302542.4513421/1‑94 (MQ=60)
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CCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTT < SRR4302542.6432200/94‑1 (MQ=60)
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AGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCT > SRR4302542.4219737/1‑94 (MQ=60)
GTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTC > SRR4302542.4434249/1‑94 (MQ=60)
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TATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTG < SRR4302542.4097252/94‑1 (MQ=60)
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ATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGA > SRR4302542.5113510/1‑94 (MQ=60)
ATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGA < SRR4302542.2476093/94‑1 (MQ=60)
ATCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGA < SRR4302542.1001181/94‑1 (MQ=60)
TCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAA < SRR4302542.509092/94‑1 (MQ=60)
TCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAA < SRR4302542.5143598/94‑1 (MQ=60)
TCAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAA < SRR4302542.6713409/94‑1 (MQ=60)
CAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAG < SRR4302542.3963081/94‑1 (MQ=60)
CAACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAG < SRR4302542.3473194/94‑1 (MQ=60)
AACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGG < SRR4302542.4515087/94‑1 (MQ=60)
AACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGG < SRR4302542.5896517/94‑1 (MQ=60)
AACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGG < SRR4302542.227315/94‑1 (MQ=60)
ACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGT < SRR4302542.4444462/94‑1 (MQ=60)
ACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGT < SRR4302542.1202908/94‑1 (MQ=60)
ACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGT < SRR4302542.4341050/94‑1 (MQ=60)
ACCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGT < SRR4302542.2798604/94‑1 (MQ=60)
CCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTT < SRR4302542.4268695/94‑1 (MQ=60)
CCGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTT < SRR4302542.5755829/94‑1 (MQ=60)
CGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTG < SRR4302542.440012/94‑1 (MQ=60)
CGTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTG < SRR4302542.7203103/94‑1 (MQ=60)
GTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGC > SRR4302542.3413543/1‑94 (MQ=60)
GTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGC > SRR4302542.4573119/1‑94 (MQ=60)
GTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGC > SRR4302542.2748038/1‑94 (MQ=60)
GTCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGC > SRR4302542.3153503/1‑94 (MQ=60)
TCCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCC < SRR4302542.2879627/94‑1 (MQ=60)
CCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCC < SRR4302542.1214232/94‑1 (MQ=60)
CCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCC > SRR4302542.3021200/1‑94 (MQ=60)
CCTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCC > SRR4302542.1227168/1‑94 (MQ=60)
CTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCG > SRR4302542.6051523/1‑94 (MQ=60)
CTCCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCG > SRR4302542.5676190/1‑94 (MQ=60)
CCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGG < SRR4302542.712786/94‑1 (MQ=60)
CCCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGG < SRR4302542.4152233/94‑1 (MQ=60)
CCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGT < SRR4302542.3705018/94‑1 (MQ=60)
CCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGT > SRR4302542.4140188/1‑94 (MQ=60)
CCACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGT < SRR4302542.1160749/94‑1 (MQ=60)
CACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTA > SRR4302542.575654/1‑94 (MQ=60)
ACGCCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAA < SRR4302542.636472/94‑1 (MQ=60)
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CCCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATA < SRR4302542.6282658/94‑1 (MQ=60)
CCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAA < SRR4302542.5107588/94‑1 (MQ=60)
CCACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAA > SRR4302542.7059427/1‑94 (MQ=60)
CACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAA < SRR4302542.4640544/94‑1 (MQ=60)
ACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAA > SRR4302542.5859258/1‑94 (MQ=60)
ACCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAA > SRR4302542.3314157/1‑94 (MQ=60)
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AATAGGTGGCGTGGCCGAGAACAAAAACCGTCTGGCAGCCCATCAACCTCAGGTGCTCGATGCCAGTGCGTATCAACCGTCCTCCCACGCCCATCCCTTGGTATTCCGGTATGACCGCCAGGGGAGCGAGGATGTGCATCAACGGTGAATCCATTTCTCCTTTGAAGGTTGCCCGGGTAAATAAAA > NC_000913/4530980‑4531165
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
