Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATT > NC_000913/4099216‑4099402
|
GCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GG < SRR4302542.2214320/94‑1 (MQ=60)
CTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGG > SRR4302542.6284572/1‑94 (MQ=60)
CTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGG < SRR4302542.5372592/94‑1 (MQ=60)
TCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGAT < SRR4302542.611097/94‑1 (MQ=60)
CCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGgga > SRR4302542.4205894/1‑91 (MQ=60)
CCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGgga > SRR4302542.3313064/1‑91 (MQ=60)
CCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGgga > SRR4302542.3308140/1‑91 (MQ=60)
ATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGggatg > SRR4302542.1659827/1‑89 (MQ=60)
TTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑GGTGGGG‑‑GGATGA < SRR4302542.5173652/94‑1 (MQ=60)
TTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATG < SRR4302542.4508007/94‑1 (MQ=60)
TTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATG > SRR4302542.7371226/1‑94 (MQ=60)
TTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGGGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATG > SRR4302542.3524306/1‑94 (MQ=60)
TGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGAT > SRR4302542.1236296/1‑94 (MQ=60)
GGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCT > SRR4302542.1000800/1‑94 (MQ=60)
GGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCT > SRR4302542.3804252/1‑94 (MQ=60)
GGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCT > SRR4302542.6472588/1‑94 (MQ=60)
AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCG > SRR4302542.5020872/1‑94 (MQ=60)
AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGT > SRR4302542.6048144/1‑94 (MQ=60)
TTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGT < SRR4302542.2376694/94‑1 (MQ=60)
ATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCT > SRR4302542.2730964/1‑94 (MQ=60)
ATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTA > SRR4302542.1807681/1‑94 (MQ=60)
ATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTA > SRR4302542.3000759/1‑94 (MQ=60)
ATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTA > SRR4302542.2896456/1‑94 (MQ=60)
ATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTA > SRR4302542.5299438/1‑94 (MQ=60)
TCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTAT > SRR4302542.1396379/1‑94 (MQ=60)
GCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGggggggttcccggtcccccttttc > SRR4302542.4177079/1‑70 (MQ=60)
CCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGGGCGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTT > SRR4302542.2451910/1‑94 (MQ=60)
CCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGG > SRR4302542.7436526/1‑94 (MQ=60)
CCTAAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGAAAAAACGCTCAATTGAGAAAACCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTT < SRR4302542.1951277/94‑1 (MQ=60)
CTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTG > SRR4302542.4328012/1‑94 (MQ=60)
TTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAACCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGG < SRR4302542.3710216/94‑1 (MQ=60)
aaaaaaatgcgcgggggggaaaaaaaaaaaaaaaaaaacccaaaaaaaaaaaaccccccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGG < SRR4302542.2492601/33‑1 (MQ=60)
aaaaaaaggggccgaggggtgatgaaaaggaaaaaaaacccctagataaaaaaaaccccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGG < SRR4302542.229482/33‑1 (MQ=60)
TAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCG > SRR4302542.3045720/1‑94 (MQ=60)
AAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGTTGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCA > SRR4302542.910868/1‑94 (MQ=60)
AAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCA > SRR4302542.5543714/1‑94 (MQ=60)
AATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCAC > SRR4302542.4034097/1‑94 (MQ=60)
NNATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACT < SRR4302542.3435698/94‑1 (MQ=60)
ATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACT > SRR4302542.3985655/1‑94 (MQ=60)
TATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTG < SRR4302542.4965574/94‑1 (MQ=60)
ggggagaggggaaaaaaaaaaaaaaaaaaagccaaaaaaaaaaaaacccccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGT < SRR4302542.3834985/41‑1 (MQ=60)
cccgaagaggaagaaaaaggaaaaaaaaaaccccgttgaaaaaaacccccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG < SRR4302542.6414656/42‑1 (MQ=60)
GCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGC > SRR4302542.3128391/1‑94 (MQ=60)
ccgaagggtaatgaaaaggaaaaaaaaccgctcgattaaaaaaaccccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCC < SRR4302542.4103626/44‑1 (MQ=60)
CGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAACCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCA < SRR4302542.4502635/94‑1 (MQ=60)
GACAGGTGATGGAAATGCAGAAAAAACGCTCGATTGAAAAAACCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCAC < SRR4302542.6041107/94‑1 (MQ=60)
gaggggtgagaaaaagacaaaaaaagcgctaaattgaaaaacccccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCAC < SRR4302542.3878625/46‑1 (MQ=60)
agggggaaggaaaagaaaaaaaaaacgctggatagaaaaaaccccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACA < SRR4302542.6605256/47‑1 (MQ=60)
AGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGCTGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACC > SRR4302542.3528489/1‑94 (MQ=60)
AGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACC > SRR4302542.4209562/1‑94 (MQ=60)
AGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACC > SRR4302542.7377033/1‑94 (MQ=60)
GGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCT > SRR4302542.6739334/1‑94 (MQ=60)
GGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTC < SRR4302542.6411204/94‑1 (MQ=60)
gaaaaaaaaaaaaaaaaaacggtagaaaaaaaaaccccccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTC < SRR4302542.5141750/52‑1 (MQ=60)
ATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTC > SRR4302542.6906274/1‑94 (MQ=60)
TGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCG > SRR4302542.4396749/1‑94 (MQ=60)
AAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCG < SRR4302542.1891180/94‑1 (MQ=60)
AATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGG > SRR4302542.3580176/1‑94 (MQ=60)
AATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGG > SRR4302542.5683081/1‑94 (MQ=60)
AATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGG > SRR4302542.6302724/1‑94 (MQ=60)
AATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG < SRR4302542.126281/94‑1 (MQ=60)
ATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGG > SRR4302542.6827889/1‑94 (MQ=60)
GCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCCCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGG < SRR4302542.6273351/94‑1 (MQ=60)
GCAGAAAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGG < SRR4302542.1960630/94‑1 (MQ=60)
gaaaaaaaagcgttagatagaaaaaaccccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGG < SRR4302542.2838502/62‑1 (MQ=60)
gaaaaaaaacggttgagtgaaaaaaaccccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGG < SRR4302542.6828522/62‑1 (MQ=60)
aaaaaaaaaccgcttgataaaaaaacccccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGG < SRR4302542.6550000/62‑1 (MQ=60)
CAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGC > SRR4302542.4515161/1‑94 (MQ=60)
CAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGC < SRR4302542.7010644/94‑1 (MQ=60)
CAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGC > SRR4302542.3477647/1‑94 (MQ=60)
CAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGC > SRR4302542.2746426/1‑94 (MQ=60)
AGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCG > SRR4302542.5764338/1‑94 (MQ=60)
AGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGG < SRR4302542.2773581/94‑1 (MQ=60)
GATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGG < SRR4302542.4972489/94‑1 (MQ=60)
ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGG < SRR4302542.3440082/94‑1 (MQ=60)
TAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAA > SRR4302542.3455897/1‑94 (MQ=60)
aaacccgcgagagaaaaaaacccccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGG < SRR4302542.1530693/67‑1 (MQ=60)
aaaaagccctaaagaaaaaaacccccgG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGG < SRR4302542.1414071/67‑1 (MQ=60)
AAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGA < SRR4302542.1835657/94‑1 (MQ=60)
aaccgtgagaaagaaaaacccccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAA < SRR4302542.6378602/69‑1 (MQ=60)
AACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAA > SRR4302542.1748051/1‑94 (MQ=60)
AACGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAA > SRR4302542.2219173/1‑94 (MQ=60)
AACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAAT < SRR4302542.7091932/94‑1 (MQ=60)
ACGCTCGATTGAAAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAAT < SRR4302542.5685838/94‑1 (MQ=60)
CGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGGAATA > SRR4302542.6341256/1‑94 (MQ=60)
CGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATA > SRR4302542.3935454/1‑94 (MQ=60)
CGCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATA > SRR4302542.63432/1‑94 (MQ=60)
GCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATAA > SRR4302542.7409441/1‑94 (MQ=60)
GCTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCACGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGCAATAT > SRR4302542.6283803/1‑94 (MQ=60)
tctaaatggaaaaaccccgggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATAT < SRR4302542.148193/73‑1 (MQ=60)
CTCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATT > SRR4302542.48359/1‑94 (MQ=60)
TCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTT < SRR4302542.5635590/94‑1 (MQ=60)
TCGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTT > SRR4302542.6008967/1‑94 (MQ=60)
TCGATTGAGAAAATCCCG‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTT > SRR4302542.1786655/1‑94 (MQ=60)
CGATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTNGTNNNGNNATTNCNTGGNNCANTGNGCNANNCCTTCTCGCCnnggncngnnnnanannnn > SRR4302542.4319224/1‑75 (MQ=30)
GATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTG > SRR4302542.4229090/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGG > SRR4302542.7459294/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGG < SRR4302542.2268707/94‑1 (MQ=60)
TGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGAT < SRR4302542.1195065/94‑1 (MQ=60)
TGAGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGAT > SRR4302542.1797247/1‑94 (MQ=60)
aaaaaaccccgggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATC < SRR4302542.5157111/81‑1 (MQ=60)
AGAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCA < SRR4302542.7335824/94‑1 (MQ=60)
aaaaacccccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCA < SRR4302542.5204665/82‑1 (MQ=60)
GAAAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCAT > SRR4302542.4829683/1‑94 (MQ=60)
aaaccccccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCAT < SRR4302542.2609262/83‑1 (MQ=60)
AAATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTC > SRR4302542.5885745/1‑94 (MQ=60)
AATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCA > SRR4302542.696831/1‑94 (MQ=60)
ATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAC > SRR4302542.7536623/1‑94 (MQ=60)
ATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAC > SRR4302542.3515195/1‑94 (MQ=60)
ATCCCGG‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAC < SRR4302542.7368387/94‑1 (MQ=60)
accccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAC < SRR4302542.6492382/87‑1 (MQ=60)
CCCG‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAA < SRR4302542.4829858/94‑1 (MQ=60)
cccggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCA < SRR4302542.5599385/89‑1 (MQ=60)
ggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACG > SRR4302542.930562/3‑94 (MQ=60)
ggG‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACG < SRR4302542.582145/92‑1 (MQ=60)
G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGG < SRR4302542.5196451/94‑1 (MQ=60)
GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGGAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGA > SRR4302542.1370546/1‑94 (MQ=60)
GGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGAT < SRR4302542.2920817/94‑1 (MQ=60)
GGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGAT < SRR4302542.3504812/94‑1 (MQ=60)
GG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATG < SRR4302542.6286129/94‑1 (MQ=60)
G‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGA > SRR4302542.2655291/1‑94 (MQ=60)
GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGAT < SRR4302542.831270/94‑1 (MQ=60)
GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATT > SRR4302542.2947340/1‑94 (MQ=60)
GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATT < SRR4302542.2821204/94‑1 (MQ=60)
GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATT < SRR4302542.2667920/94‑1 (MQ=60)
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GCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑‑G‑‑GGGG‑‑GGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATT > NC_000913/4099216‑4099402
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
