Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
719,820 |
A→G |
L5L (TTA→TTG) |
ybfK → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 719,820 | 0 | A | G | 100.0%
| 770.5
/ NA
| 217 | L5L (TTA→TTG) | ybfK | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (127/90); total (127/90) |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
ATGAGAAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTACCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAGGAAGA > NC_000913/719730‑719909
|
aTGAGAAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGcc > 2:2824260/1‑93 (MQ=255)
gagaAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAg > 1:3945959/1‑93 (MQ=255)
agaAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGt < 2:2024609/93‑1 (MQ=255)
agaAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGt > 2:5865133/1‑93 (MQ=255)
aaaTCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCa > 1:3251532/1‑93 (MQ=255)
aaaTCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCa > 2:1655215/1‑93 (MQ=255)
atcgatcgTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAgg < 2:2345533/93‑1 (MQ=255)
gatcgTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTgg > 2:1466707/1‑93 (MQ=255)
gatcgTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTgg < 2:2859639/93‑1 (MQ=255)
atcgTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGc > 1:220238/1‑93 (MQ=255)
atcgTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGc > 1:5302382/1‑93 (MQ=255)
atcgTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGc < 1:4839328/93‑1 (MQ=255)
atcgTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGc < 1:4066860/93‑1 (MQ=255)
tcgTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCt > 1:333397/1‑93 (MQ=255)
gTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGa > 1:1406135/1‑93 (MQ=255)
gCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCACGCAAGTGGCTGcta > 1:2323652/1‑93 (MQ=255)
cGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGataat > 2:4358087/1‑93 (MQ=255)
gAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATAc > 1:1339638/1‑93 (MQ=255)
aaaaaGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACaa < 2:4628755/93‑1 (MQ=255)
aaaaGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAg > 1:3842668/1‑93 (MQ=255)
aaaGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAgg < 2:5369184/93‑1 (MQ=255)
aGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCGGGTGGCTGATAATACAAGGGt > 2:6254203/1‑93 (MQ=255)
aGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGt < 1:4687402/93‑1 (MQ=255)
cAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTa > 2:3167765/1‑93 (MQ=255)
cAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTa < 2:1901634/93‑1 (MQ=255)
aaaGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTaa < 2:5069922/93‑1 (MQ=255)
aaaGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTaa < 1:2668005/93‑1 (MQ=255)
aaaGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTaa < 2:866606/93‑1 (MQ=255)
aaGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAAc < 2:3887909/93‑1 (MQ=255)
aGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACa < 1:2536308/93‑1 (MQ=255)
ttACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACaga < 2:3734354/93‑1 (MQ=255)
ttACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACaga < 1:2444743/93‑1 (MQ=255)
ttACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACaga < 1:1236620/93‑1 (MQ=255)
ctccGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGaa > 1:5118830/3‑93 (MQ=255)
ccccGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGaa > 2:3232779/1‑93 (MQ=255)
ccccGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGaa < 1:4553983/93‑1 (MQ=255)
cccGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAAt > 1:3740533/1‑93 (MQ=255)
cccGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAAt < 2:3859949/93‑1 (MQ=255)
ccGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATg < 1:5239319/93‑1 (MQ=255)
gCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAg > 1:660377/1‑93 (MQ=255)
gATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCAc > 1:4931262/1‑93 (MQ=255)
gATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCAc < 2:1170970/93‑1 (MQ=255)
gtaaaaaaaACAGGTTGGTTGCTTTTTTCCAAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACt < 2:888557/92‑1 (MQ=255)
ataaataaATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACt > 2:921944/1‑93 (MQ=255)
ataaataaATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACt < 1:1668013/93‑1 (MQ=255)
ataaataaATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACt > 1:3581811/1‑93 (MQ=255)
ataaataaATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACt < 1:5507556/93‑1 (MQ=255)
taaataaaTCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCGTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTg > 2:3438342/1‑93 (MQ=255)
aaataaatCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGc < 2:3020581/93‑1 (MQ=255)
aataaatCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCg > 2:795696/1‑93 (MQ=255)
aataaatCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCg > 1:4184213/1‑93 (MQ=255)
aataaatCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCg > 2:3953122/1‑93 (MQ=255)
ataaatCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCgg > 2:6036160/1‑93 (MQ=255)
taaatCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGa > 2:5482031/1‑93 (MQ=255)
aaatCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGaa > 1:6339087/1‑93 (MQ=255)
aaatCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGaa > 1:434716/1‑93 (MQ=255)
aaatCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGaa > 2:3959944/1‑93 (MQ=255)
aaatCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGaa > 2:6384643/1‑93 (MQ=255)
aatCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAAt > 2:3790529/1‑93 (MQ=255)
aatCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAAt > 2:1343313/1‑93 (MQ=255)
cAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACa < 2:4029165/93‑1 (MQ=255)
cAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACa < 2:5259129/93‑1 (MQ=255)
aGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAg < 2:3494701/93‑1 (MQ=255)
aGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAg > 1:1476828/1‑93 (MQ=255)
ggaaGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACTAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAgg > 1:6083322/4‑93 (MQ=255)
gTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGc > 2:5774217/1‑93 (MQ=255)
gTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGc < 1:306083/93‑1 (MQ=255)
gATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCata < 1:4772016/93‑1 (MQ=255)
gATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCata > 1:1149465/1‑93 (MQ=255)
gATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCata > 2:2424675/1‑93 (MQ=255)
gATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCata > 2:5595788/1‑93 (MQ=255)
tGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGc < 1:1037864/93‑1 (MQ=255)
gCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGcc < 2:1250900/93‑1 (MQ=255)
cTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCt > 1:5844615/1‑93 (MQ=255)
cTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCt < 2:1033374/93‑1 (MQ=255)
cTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCt < 1:4953911/93‑1 (MQ=255)
ttttttCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTg < 1:5209552/93‑1 (MQ=255)
ttttCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTa > 2:1730240/1‑93 (MQ=255)
tCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATa < 1:158521/93‑1 (MQ=255)
cAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATAc < 1:845219/93‑1 (MQ=255)
aGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACa > 2:5024283/1‑93 (MQ=255)
gAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACag > 2:1114061/1‑93 (MQ=255)
gAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACag > 2:271788/1‑93 (MQ=255)
gCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACagagag > 1:713628/1‑93 (MQ=255)
gCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACagagag > 1:3446666/1‑93 (MQ=255)
cAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGt < 2:2303850/93‑1 (MQ=255)
cAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGt < 2:5954711/93‑1 (MQ=255)
cAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGt < 1:5908918/93‑1 (MQ=255)
gAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCa > 2:2177122/1‑93 (MQ=255)
gAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCa > 2:568739/1‑93 (MQ=255)
gAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCa > 1:2844831/1‑93 (MQ=255)
gAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCa > 1:4004954/1‑93 (MQ=255)
gAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCa > 1:5401299/1‑93 (MQ=255)
aaaCCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAg > 1:3603741/1‑93 (MQ=255)
aaCCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAgg > 2:4129937/1‑93 (MQ=255)
aaCCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAgg < 1:5646540/93‑1 (MQ=255)
cccTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAGGaa > 1:3039643/1‑93 (MQ=255)
cccTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAGGaa > 2:2925541/1‑93 (MQ=255)
cTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAGGAAGa > 2:626484/1‑93 (MQ=255)
cTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAGGAAGa > 2:83930/1‑93 (MQ=255)
|
ATGAGAAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTACCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAGGAAGA > NC_000913/719730‑719909
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GAATGAGAAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTACCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAGGAAGACCT > NC_000913/719728‑719912
|
GAATGAGAAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGC > SRR4302534.5708860/1‑94 (MQ=60)
GAATGAGAAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGC > SRR4302534.6204279/1‑94 (MQ=60)
AATGAGAAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCC < SRR4302534.5719874/94‑1 (MQ=60)
TGAGAAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAG > SRR4302534.4051612/1‑94 (MQ=60)
GAAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCA < SRR4302534.3462946/94‑1 (MQ=60)
GAAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCA > SRR4302534.3338128/1‑94 (MQ=60)
GAAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAAACCTTGCCAGTCA > SRR4302534.3142183/1‑94 (MQ=60)
GATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGACACCCTTGCCAGTCAGGTGGC > SRR4302534.5524051/1‑94 (MQ=60)
GATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGC > SRR4302534.3326507/1‑94 (MQ=60)
GATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGC > SRR4302534.5445457/1‑94 (MQ=60)
GATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGC > SRR4302534.226012/1‑94 (MQ=60)
ATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCT < SRR4302534.4175970/94‑1 (MQ=60)
ATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCT > SRR4302534.341955/1‑94 (MQ=60)
ATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCT < SRR4302534.4970595/94‑1 (MQ=60)
TCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTG > SRR4302534.4549001/1‑94 (MQ=60)
CGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGA > SRR4302534.1443122/1‑94 (MQ=60)
TGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATA > SRR4302534.693774/1‑94 (MQ=60)
GCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAA > SRR4302534.2589398/1‑94 (MQ=60)
GGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATAC > SRR4302534.1374947/1‑94 (MQ=60)
AAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAG > SRR4302534.3945884/1‑94 (MQ=60)
AAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGG < SRR4302534.121958/94‑1 (MQ=60)
AAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGG > SRR4302534.5369963/1‑94 (MQ=60)
AAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGG > SRR4302534.4104399/1‑94 (MQ=60)
AAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGG > SRR4302534.6218803/1‑94 (MQ=60)
AAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGG > SRR4302534.1674546/1‑94 (MQ=60)
AGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTT < SRR4302534.4814637/94‑1 (MQ=60)
GCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTA < SRR4302534.2751646/94‑1 (MQ=60)
GCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTA > SRR4302534.4327503/1‑94 (MQ=60)
CAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAA < SRR4302534.2478515/94‑1 (MQ=60)
AAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAAC < SRR4302534.2738518/94‑1 (MQ=60)
AAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACA < SRR4302534.4910486/94‑1 (MQ=60)
AGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAG < SRR4302534.154812/94‑1 (MQ=60)
AGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAG < SRR4302534.2603613/94‑1 (MQ=60)
AGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAG < SRR4302534.3011322/94‑1 (MQ=60)
GTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGA < SRR4302534.5653985/94‑1 (MQ=60)
TTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAG < SRR4302534.2509717/94‑1 (MQ=60)
TTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAG < SRR4302534.1269217/94‑1 (MQ=60)
ACTCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAA > SRR4302534.5257030/1‑94 (MQ=60)
CCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAAT > SRR4302534.3841033/1‑94 (MQ=60)
CCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAAT < SRR4302534.3992451/94‑1 (MQ=60)
CCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAAT < SRR4302534.4677434/94‑1 (MQ=60)
CCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGA < SRR4302534.4162558/94‑1 (MQ=60)
CCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGA < SRR4302534.5380788/94‑1 (MQ=60)
CGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAG > SRR4302534.676431/1‑94 (MQ=60)
CGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAG < SRR4302534.1016043/94‑1 (MQ=60)
GCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGC < SRR4302534.5300367/94‑1 (MQ=60)
TGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCAC > SRR4302534.5064913/1‑94 (MQ=60)
GATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACT > SRR4302534.3678155/1‑94 (MQ=60)
ATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTG < SRR4302534.5656109/94‑1 (MQ=60)
ATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTG < SRR4302534.1711423/94‑1 (MQ=60)
ATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTG > SRR4302534.1488523/1‑94 (MQ=60)
AAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCG > SRR4302534.5031692/1‑94 (MQ=60)
AAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCG > SRR4302534.4297305/1‑94 (MQ=60)
ATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGA < SRR4302534.1588049/94‑1 (MQ=60)
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TAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAA > SRR4302534.445799/1‑94 (MQ=60)
TAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAA > SRR4302534.6510316/1‑94 (MQ=60)
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TAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAA < SRR4302534.365888/94‑1 (MQ=60)
AATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATA < SRR4302534.747145/94‑1 (MQ=60)
AATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATA > SRR4302534.3686033/1‑94 (MQ=60)
ATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATAC < SRR4302534.4788049/94‑1 (MQ=60)
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GTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCA < SRR4302534.313973/94‑1 (MQ=60)
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AGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATA > SRR4302534.3396472/1‑94 (MQ=60)
GATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATAT < SRR4302534.4901584/94‑1 (MQ=60)
ATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATG > SRR4302534.2563113/1‑94 (MQ=60)
TGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCC < SRR4302534.1064648/94‑1 (MQ=60)
GCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCT < SRR4302534.5795614/94‑1 (MQ=60)
GCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCT > SRR4302534.6003292/1‑94 (MQ=60)
CTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTG < SRR4302534.5088085/94‑1 (MQ=60)
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TCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATAC < SRR4302534.162668/94‑1 (MQ=60)
TCAGAATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATAC < SRR4302534.5399853/94‑1 (MQ=60)
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ATGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGA > SRR4302534.3889759/1‑94 (MQ=60)
TGCAGAAACCCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAG > SRR4302534.3539301/1‑94 (MQ=60)
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CCTTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAGGAAGA > SRR4302534.3139652/1‑94 (MQ=60)
TTGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAGGAAGACC < SRR4302534.1423123/94‑1 (MQ=60)
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TGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAGGAAGACCT < SRR4302534.3534516/94‑1 (MQ=60)
TGCCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAGGAAGACCT > SRR4302534.2570008/1‑94 (MQ=60)
|
GAATGAGAAATCGATCGTGCCGGAAAAAAGCAAAGTTACCCCGCTGATAAATAAATCAGGTAGATTGCTTTTTTCAGAATGCAGAAACCCTTACCAGTCAGGTGGCTGATAATACAAGGGTTAACAGAGAATGAGCACTGCGGAATACAGGCATATGCCTGTAATACAGAGAGTCAGGAAGACCT > NC_000913/719728‑719912
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
