Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
784,126 |
A→G |
intergenic (‑80/+34) |
ybgR ← / ← b0753 |
putative transport system permease protein/putative homeobox protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 784,126 | 0 | A | G | 100.0%
| 777.4
/ NA
| 225 | intergenic (‑80/+34) | ybgR/b0753 | putative transport system permease protein/putative homeobox protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (120/105); total (120/105) |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GAGTGCGCCATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCACCGG > NC_000913/784036‑784215
|
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agtgCGCCATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTc < 2:3730602/93‑1 (MQ=255)
gcgcCATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGc < 2:5592512/93‑1 (MQ=255)
cgcCATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGct < 1:5450879/93‑1 (MQ=255)
gcCATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGctc < 1:181505/93‑1 (MQ=255)
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aTGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTcc > 2:6258034/1‑93 (MQ=255)
aTGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTcc < 2:1726667/93‑1 (MQ=255)
aTGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTcc > 2:138023/1‑93 (MQ=255)
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gACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCa > 1:5373600/1‑93 (MQ=255)
aCGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCat > 2:5155865/1‑93 (MQ=255)
aCGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCat < 2:5050859/93‑1 (MQ=255)
gAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCatta > 2:3011551/1‑93 (MQ=255)
aGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCattat < 2:2502456/93‑1 (MQ=255)
tCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCTGCTCTCCCATTATTg > 2:4092807/1‑93 (MQ=255)
cATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTgg > 2:4834165/1‑93 (MQ=255)
aTCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGc > 2:1507505/1‑93 (MQ=255)
tCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCt > 1:6452709/1‑93 (MQ=255)
tCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCt > 1:365554/1‑93 (MQ=255)
cccTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTa > 2:4939717/1‑93 (MQ=255)
ccTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTAt > 1:4844019/1‑93 (MQ=255)
ccTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTAt > 1:5026434/1‑93 (MQ=255)
ttAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTAttt > 1:701688/1‑93 (MQ=255)
aaTTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTg < 1:3344765/93‑1 (MQ=255)
ttattCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCa < 2:4221928/93‑1 (MQ=255)
ttattCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCa < 1:1291203/93‑1 (MQ=255)
attCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAgg > 1:3962035/1‑93 (MQ=255)
attCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAgg > 1:1763413/1‑93 (MQ=255)
ttCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAggg < 1:2118433/93‑1 (MQ=255)
ttCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAggg > 2:4778613/1‑93 (MQ=255)
ctcACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGtt < 2:596692/93‑1 (MQ=255)
tcACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTa > 1:3820986/1‑93 (MQ=255)
tcACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTa > 1:5565356/1‑93 (MQ=255)
cACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTAc < 2:2307611/93‑1 (MQ=255)
cACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTAc > 2:1790671/1‑93 (MQ=255)
cTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTGCTg > 1:6390739/1‑93 (MQ=255)
cTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTACCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTg > 2:2245017/1‑93 (MQ=255)
ttATCTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGc < 1:4128887/93‑1 (MQ=255)
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aaCTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGt < 2:32115/93‑1 (MQ=255)
cTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTgg < 1:2762071/93‑1 (MQ=255)
tttATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGt > 2:5380136/1‑93 (MQ=255)
tttATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGt > 2:1085121/1‑93 (MQ=255)
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gACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGt > 1:2710344/1‑93 (MQ=255)
gACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGt < 2:1105078/93‑1 (MQ=255)
aCATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTc < 1:3141076/93‑1 (MQ=255)
atcatACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCgg > 2:4599699/1‑93 (MQ=255)
tcatACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGt > 2:3064432/1‑93 (MQ=255)
tcatACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGt < 2:469823/93‑1 (MQ=255)
catACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGtt < 2:5250888/93‑1 (MQ=255)
atACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGttt > 2:3959831/1‑93 (MQ=255)
aCTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTg < 2:433252/93‑1 (MQ=255)
cTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTgg > 1:3226181/1‑93 (MQ=255)
cTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTgg > 2:3676580/1‑93 (MQ=255)
cTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTgg > 2:5944839/1‑93 (MQ=255)
tGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGt > 1:2311906/1‑93 (MQ=255)
tGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGt < 2:4624696/93‑1 (MQ=255)
ttttAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATc < 1:892778/93‑1 (MQ=255)
ttttAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATc > 2:3459107/1‑93 (MQ=255)
ttttAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATc < 2:3404735/93‑1 (MQ=255)
tttAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCg > 1:4526446/1‑93 (MQ=255)
aGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCGGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGAca < 2:2051524/93‑1 (MQ=255)
aGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGAca < 1:6061933/93‑1 (MQ=255)
gAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGAcat > 1:2366379/1‑93 (MQ=255)
gAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGGTTTGGTATCGAcat > 1:2628997/1‑93 (MQ=255)
aGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGAcatca > 1:1617231/1‑93 (MQ=255)
aaaaaTTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCattat > 1:4074908/1‑93 (MQ=255)
aaaaaTTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCattat < 1:6148175/93‑1 (MQ=255)
aaTTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGa > 2:6112692/1‑93 (MQ=255)
aaTTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGa < 1:4681714/93‑1 (MQ=255)
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ttAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATg < 1:5086540/93‑1 (MQ=255)
tAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGc < 1:5816551/93‑1 (MQ=255)
tAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGc > 2:5504996/1‑93 (MQ=255)
tAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGc < 1:5992247/93‑1 (MQ=255)
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aaaaGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGcc < 2:4519759/93‑1 (MQ=255)
aaaaGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGcc > 1:5247703/1‑93 (MQ=255)
aaaaGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGcc < 1:4172929/93‑1 (MQ=255)
aaaaGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGcc > 1:951329/1‑93 (MQ=255)
aaaGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCa > 2:2999363/1‑93 (MQ=255)
aaGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTGTTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCAt > 1:492349/1‑93 (MQ=255)
aaGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCAt > 1:810884/1‑93 (MQ=255)
aaGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCAt < 1:4243335/93‑1 (MQ=255)
aaGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGGTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCAt > 1:186191/1‑93 (MQ=255)
aGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATc > 2:1420264/1‑93 (MQ=255)
aGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATc > 2:4704623/1‑93 (MQ=255)
gggAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCa > 1:2897238/1‑93 (MQ=255)
gggAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCa > 1:3801898/1‑93 (MQ=255)
gggAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCa > 2:672986/1‑93 (MQ=255)
ggAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCAc > 1:3057018/1‑93 (MQ=255)
ggAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCAc < 1:1481015/93‑1 (MQ=255)
ggAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCAc > 1:3711905/1‑93 (MQ=255)
agaggCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCACCg < 2:1760720/93‑1 (MQ=255)
agaggCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCACCg < 2:2849670/93‑1 (MQ=255)
gaggCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCACCgg > 1:3568898/1‑93 (MQ=255)
gaggCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCACCgg > 2:128043/1‑93 (MQ=255)
gaggCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCACCgg > 1:2501147/1‑93 (MQ=255)
|
GAGTGCGCCATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCACCGG > NC_000913/784036‑784215
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGAGTGCGCCATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCACCGGTTTG > NC_000913/784035‑784219
|
TGAGTGCGCCATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCT < SRR4302534.5650322/94‑1 (MQ=60)
GTGCGCCATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCG < SRR4302534.3739545/94‑1 (MQ=60)
CGCCATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTC < SRR4302534.5597747/94‑1 (MQ=60)
CGCCATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTC > SRR4302534.1618237/1‑94 (MQ=60)
GCCATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCT > SRR4302534.3409359/1‑94 (MQ=60)
GCCATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCT < SRR4302534.186277/94‑1 (MQ=60)
CATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCC > SRR4302534.1147372/1‑94 (MQ=60)
CATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCC < SRR4302534.3980243/94‑1 (MQ=60)
CTGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCC < SRR4302534.3340620/94‑1 (MQ=60)
TGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCA > SRR4302534.5518405/1‑94 (MQ=60)
GACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCAT < SRR4302534.1836577/94‑1 (MQ=60)
GACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCAT > SRR4302534.2412916/1‑94 (MQ=60)
AGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCCTTATT > SRR4302534.378750/1‑94 (MQ=60)
TCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGGCTCCGCTCTCCCATTATTGG < SRR4302534.3460575/94‑1 (MQ=60)
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GCTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCACCGGTTTG < SRR4302534.1486379/94‑1 (MQ=60)
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TGAGTGCGCCATGACGAGTCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATGCCATCACCGGTTTG > NC_000913/784035‑784219
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
