Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
521 |
238.2 |
12299412 |
96.0% |
11807435 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,077,514 |
Δ1 bp |
intergenic (‑165/+149) |
cmtB ← / ← tktA |
PTS system mannitol‑specific enzyme IIA component/transketolase 1 isozyme |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,077,513 | 0 | C | . | 100.0%
| 533.4
/ NA
| 113 | intergenic (‑164/+150) | cmtB/tktA | PTS system mannitol‑specific enzyme IIA component/transketolase 1 isozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (71/42); total (71/42) |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
ATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACCGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGC > NC_000913/3077424‑3077601
|
aTTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcgca > 2:4614564/1‑90 (MQ=255)
aTTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcgca < 1:5013328/93‑4 (MQ=255)
aTTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcgca < 1:3291182/93‑4 (MQ=255)
aTTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcgca < 1:2468146/93‑4 (MQ=255)
ttGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcgcat < 2:3164592/93‑5 (MQ=255)
ttGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcgcat > 1:2602770/1‑89 (MQ=255)
aGCAGGAAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATc < 1:4438716/93‑1 (MQ=255)
cAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGt > 1:4884610/1‑93 (MQ=255)
cAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGt < 1:4308406/93‑1 (MQ=255)
aGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTg < 1:6070688/93‑1 (MQ=255)
gggAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGa > 1:1466024/1‑93 (MQ=255)
gggAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGa < 2:5739413/93‑1 (MQ=255)
ggAAACCGGTGTTTTGAGAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGAt < 2:5486654/93‑1 (MQ=255)
aaaCCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGc < 2:377629/93‑1 (MQ=255)
aaCCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCa < 2:3741675/93‑1 (MQ=255)
aaCCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCa > 2:4535707/1‑93 (MQ=255)
cGGTTTTTTAAAAAAAGTAAATTATTAATTTTTTATAAAACATTGAGTTATAAATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCatat < 1:5153098/93‑1 (MQ=255)
ggTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATAtt < 2:3585197/93‑1 (MQ=255)
gtgtTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTa < 2:2600420/93‑1 (MQ=255)
gtTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACa < 2:3906905/93‑1 (MQ=255)
gtTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACa > 2:2084382/1‑93 (MQ=255)
tttGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATa < 2:3026738/93‑1 (MQ=255)
gAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAAtt < 2:4236838/93‑1 (MQ=255)
aaaaCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTg < 2:2341622/93‑1 (MQ=255)
aaaCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGGTGCATATTACATAATTGa < 2:3536490/93‑1 (MQ=255)
aaCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGat > 1:4113326/1‑93 (MQ=255)
aCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGata < 1:288972/93‑1 (MQ=255)
aCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGata < 2:5629692/93‑1 (MQ=255)
gTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtattt > 1:4005428/1‑93 (MQ=255)
tGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtattta < 1:1235523/93‑1 (MQ=255)
tGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtattta > 2:56168/1‑93 (MQ=255)
aaTTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtatttatt > 2:529005/1‑93 (MQ=255)
attattAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTg < 1:5799492/93‑1 (MQ=255)
taATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCatat < 1:4778228/93‑1 (MQ=255)
aaTTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCAtata > 1:4795984/1‑93 (MQ=255)
aTTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATaa > 1:3360853/1‑93 (MQ=255)
aTTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATaa > 1:2658182/1‑93 (MQ=255)
aTTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATaa > 2:5140162/1‑93 (MQ=255)
tttCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATaaa > 1:3964604/1‑93 (MQ=255)
tttCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATaaa > 1:4449699/1‑93 (MQ=255)
ttCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAat < 2:74242/93‑1 (MQ=255)
tCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAata > 1:4062011/1‑93 (MQ=255)
tCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAata > 2:5799435/1‑93 (MQ=255)
tCTTATACAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAata > 2:5799433/1‑93 (MQ=255)
cTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAatat < 1:319253/93‑1 (MQ=255)
cTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTAAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAatat > 2:5178303/1‑93 (MQ=255)
ttATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATAtt > 1:5849591/1‑93 (MQ=255)
tatataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATAttt > 2:4571035/1‑93 (MQ=255)
tatataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATAttt > 1:5391621/1‑93 (MQ=255)
tatataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATAttt < 1:2687429/93‑1 (MQ=255)
atataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTtg < 1:4881357/93‑1 (MQ=255)
atataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTtg < 1:4222406/93‑1 (MQ=255)
atataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTtg > 1:608543/1‑93 (MQ=255)
atataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTtg > 2:144404/1‑93 (MQ=255)
tataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTtgt < 1:4380180/93‑1 (MQ=255)
tataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTtgt > 2:2076999/1‑93 (MQ=255)
ataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTtgtg > 1:1338366/1‑93 (MQ=255)
taACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGa < 1:2014525/93‑1 (MQ=255)
taACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGa < 1:3760504/93‑1 (MQ=255)
aaCATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGAt > 2:3426204/1‑93 (MQ=255)
aCATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATc > 1:5175893/1‑93 (MQ=255)
aCATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATc > 1:5114026/1‑93 (MQ=255)
aTTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTa > 1:1855294/1‑93 (MQ=255)
ttGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTac > 2:1506695/1‑93 (MQ=255)
ttGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTac < 1:2059118/93‑1 (MQ=255)
gTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTacaaca > 2:2868610/1‑93 (MQ=255)
ttATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAacac < 1:4434153/93‑1 (MQ=255)
tataGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACg > 2:3002730/1‑93 (MQ=255)
ataGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGc > 2:3992106/1‑93 (MQ=255)
tataACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAt > 1:2123439/1‑93 (MQ=255)
tataACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAt > 1:1775151/1‑93 (MQ=255)
tataACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAt > 1:1062497/1‑93 (MQ=255)
ataACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATc > 2:2094559/1‑93 (MQ=255)
ataACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATc < 2:5165054/93‑1 (MQ=255)
taACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCt < 2:783868/93‑1 (MQ=255)
taACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCt > 2:2137918/1‑93 (MQ=255)
taACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCt > 1:4149483/1‑93 (MQ=255)
aacaacAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTa > 1:5248062/1‑93 (MQ=255)
acaacaAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTAt > 2:2367051/1‑93 (MQ=255)
acaacaAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTAt > 1:3858626/1‑93 (MQ=255)
caacaaATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTAtt < 2:2291094/93‑1 (MQ=255)
caacaaATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTAtt < 2:4190397/93‑1 (MQ=255)
caacaaATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTAtt > 1:2647019/1‑93 (MQ=255)
aacaaATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTg > 1:4262148/1‑93 (MQ=255)
aacaaATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTg > 1:5038902/1‑93 (MQ=255)
acaaATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGc > 2:3820765/1‑93 (MQ=255)
acaaATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGc > 1:4747938/1‑93 (MQ=255)
caaATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCt > 1:904878/1‑93 (MQ=255)
caaATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCt > 1:4268308/1‑93 (MQ=255)
aaTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTg > 1:508029/1‑93 (MQ=255)
aaTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTg > 1:2386923/1‑93 (MQ=255)
aaTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTAATGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCttt > 1:1201763/1‑92 (MQ=255)
aTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGt < 1:5358736/93‑1 (MQ=255)
aTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGt > 1:5670516/1‑93 (MQ=255)
tGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTc > 1:2888083/1‑93 (MQ=255)
gTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTcc > 2:1298745/1‑93 (MQ=255)
tCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCg > 2:2500911/1‑93 (MQ=255)
tCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCg > 2:6010645/1‑93 (MQ=255)
tCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCg > 1:111/1‑93 (MQ=255)
cAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGc > 1:54332/1‑93 (MQ=255)
|
ATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACCGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGC > NC_000913/3077424‑3077601
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACCGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAAC > NC_000913/3077424‑3077605
|
ATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCAT < SRR4302532.5185175/94‑1 (MQ=60)
ATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCAT < SRR4302532.3400674/94‑1 (MQ=60)
ATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCAT > SRR4302532.2689812/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCAT < SRR4302532.2550315/94‑1 (MQ=60)
AGCAGGAAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCG < SRR4302532.4589969/94‑1 (MQ=60)
GCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGT > SRR4302532.5052531/1‑94 (MQ=60)
CAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTG < SRR4302532.4454071/94‑1 (MQ=60)
AGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGA > SRR4302532.1515409/1‑94 (MQ=60)
AGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGA < SRR4302532.6280348/94‑1 (MQ=60)
CGGTTTTTTAAAAAAAGTAAATTATTAATTTTTTATAAAACATTGAGTTATAAATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATT < SRR4302532.5330381/94‑1 (MQ=60)
TGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATT > SRR4302532.1602230/1‑94 (MQ=60)
AAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAT > SRR4302532.4251397/1‑94 (MQ=60)
ACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATAT < SRR4302532.298939/94‑1 (MQ=60)
AGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTT > SRR4302532.4140400/1‑94 (MQ=60)
TGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTAT < SRR4302532.1276848/94‑1 (MQ=60)
ATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGC < SRR4302532.6001049/94‑1 (MQ=60)
TAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATA < SRR4302532.4942780/94‑1 (MQ=60)
TAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATA > SRR4302532.4961153/1‑94 (MQ=60)
AATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAA > SRR4302532.2747398/1‑94 (MQ=60)
AATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAA > SRR4302532.3473141/1‑94 (MQ=60)
ATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAA > SRR4302532.4601351/1‑94 (MQ=60)
ATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAA > SRR4302532.4098175/1‑94 (MQ=60)
TTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATA > SRR4302532.4198523/1‑94 (MQ=60)
CTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATT < SRR4302532.330337/94‑1 (MQ=60)
CTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATT > SRR4302532.6052540/1‑94 (MQ=60)
TTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTT > SRR4302532.5578410/1‑94 (MQ=60)
TTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTT < SRR4302532.4420458/94‑1 (MQ=60)
TATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTG < SRR4302532.2777693/94‑1 (MQ=60)
TATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTG > SRR4302532.629767/1‑94 (MQ=60)
ATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGT < SRR4302532.5049203/94‑1 (MQ=60)
ATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGT < SRR4302532.4364108/94‑1 (MQ=60)
ATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGT > SRR4302532.2296306/1‑94 (MQ=60)
TATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTG < SRR4302532.4528948/94‑1 (MQ=60)
TATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTG > SRR4302532.1383117/1‑94 (MQ=60)
TAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGAT < SRR4302532.2081699/94‑1 (MQ=60)
TAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGAT < SRR4302532.3887027/94‑1 (MQ=60)
AACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATC > SRR4302532.5289875/1‑94 (MQ=60)
AACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATC > SRR4302532.5354142/1‑94 (MQ=60)
ACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCT < SRR4302532.3573969/94‑1 (MQ=60)
CATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTA > SRR4302532.1916825/1‑94 (MQ=60)
TTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACA < SRR4302532.2127702/94‑1 (MQ=60)
TTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACG < SRR4302532.4585232/94‑1 (MQ=60)
TAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCT < SRR4302532.4820098/94‑1 (MQ=60)
GATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTA > SRR4302532.4246039/1‑94 (MQ=60)
ATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAT > SRR4302532.1098267/1‑94 (MQ=60)
ATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAT > SRR4302532.1834596/1‑94 (MQ=60)
ATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTAT > SRR4302532.2194373/1‑94 (MQ=60)
ATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCT > SRR4302532.4288687/1‑94 (MQ=60)
TAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTA > SRR4302532.5428971/1‑94 (MQ=60)
AACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTAT > SRR4302532.3988903/1‑94 (MQ=60)
ACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATT > SRR4302532.2735797/1‑94 (MQ=60)
CAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTG > SRR4302532.4405560/1‑94 (MQ=60)
CAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTG > SRR4302532.5211743/1‑94 (MQ=60)
CAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTG > SRR4302532.5211744/1‑94 (MQ=60)
AACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGC > SRR4302532.4910203/1‑94 (MQ=60)
ACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCT > SRR4302532.935755/1‑94 (MQ=60)
ACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCT > SRR4302532.4412016/1‑94 (MQ=60)
CAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTT > SRR4302532.5366334/1‑94 (MQ=60)
AAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTG > SRR4302532.525776/1‑94 (MQ=60)
AAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTG > SRR4302532.2466427/1‑94 (MQ=60)
AAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTAATGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTT > SRR4302532.1241960/1‑94 (MQ=60)
AATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGT > SRR4302532.5868275/1‑94 (MQ=60)
AATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGT > SRR4302532.5868276/1‑94 (MQ=60)
ATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTC < SRR4302532.5544533/94‑1 (MQ=60)
ATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTC > SRR4302532.2984574/1‑94 (MQ=60)
GTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCG > SRR4302532.2771726/1‑94 (MQ=60)
GTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCG > SRR4302532.116/1‑94 (MQ=60)
TCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGC > SRR4302532.56271/1‑94 (MQ=60)
AATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACAAGCCTTATCTATTGCTTGTCTGCAA > SRR4302532.1547523/1‑94 (MQ=60)
taCGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAAC > SRR4302532.3782647/3‑94 (MQ=60)
|
ATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACCGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAAC > NC_000913/3077424‑3077605
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
