Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
521 |
238.2 |
12299412 |
96.0% |
11807435 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,237,242 |
+C |
intergenic (+55/‑342) |
ygjT → / → ygjU |
putative transport protein/putative transport protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,237,240 | 1 | . | C | 100.0%
| 595.5
/ NA
| 172 | intergenic (+53/‑344) | ygjT/ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base C (105/67); total (105/67) |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
CTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCT‑CCTCT‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAA > NC_000913/3237148‑3237326
|
tGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑tct‑c > 1:75572/1‑93 (MQ=255)
tGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑tct‑c < 2:1191813/93‑1 (MQ=255)
tGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑tct‑c > 2:1860512/1‑93 (MQ=255)
tGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑tct‑c < 1:3553958/93‑1 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑tct‑cc > 2:3130860/1‑93 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑tct‑cc < 2:3659372/93‑1 (MQ=255)
ggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑tct‑ccc < 2:5723915/93‑2 (MQ=255)
gTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑tct‑ccct > 2:631069/1‑91 (MQ=255)
gTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑tct‑ccct > 1:2356431/1‑91 (MQ=255)
gAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑tct‑ccctct > 2:4459396/1‑89 (MQ=255)
gAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑tct‑ccctct > 2:5645188/1‑89 (MQ=255)
gAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑tct‑ccctct > 1:3446167/1‑89 (MQ=255)
gAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑tct‑ccctct > 1:1118688/1‑89 (MQ=255)
tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑Tctccctct‑c‑cct < 2:4011508/93‑3 (MQ=255)
tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑Tctccctct‑c‑cct < 1:5405591/93‑3 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCa > 2:4524056/1‑93 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCa > 1:5150579/1‑93 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAg > 1:2307209/1‑93 (MQ=255)
aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAggg > 1:2076865/1‑93 (MQ=255)
aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAggg > 1:459566/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGga > 1:2461365/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGga > 1:1668296/1‑93 (MQ=255)
gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGgag < 2:2154646/93‑1 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGggga < 2:103816/93‑1 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGgaga > 2:3269376/1‑93 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGagag < 2:5790721/93‑1 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGagag < 2:2182396/93‑1 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGagag < 2:2120113/93‑1 (MQ=255)
aaGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAgg < 1:1570246/93‑1 (MQ=255)
aaGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAgg < 1:3937103/93‑1 (MQ=255)
agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAggg < 1:1789566/93‑1 (MQ=255)
agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAggg < 1:1849190/93‑1 (MQ=255)
agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAggg < 1:2632343/93‑1 (MQ=255)
agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAggg < 1:686699/93‑1 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTTTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGt > 1:5120507/1‑93 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGCGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGt < 2:506207/93‑1 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt < 2:5978489/93‑1 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt < 2:689501/93‑1 (MQ=255)
ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCgggg < 1:5003291/93‑1 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCggggg > 2:2952950/1‑92 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGt < 2:1711936/93‑1 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGt > 1:608304/1‑93 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGt < 1:4173302/93‑1 (MQ=255)
ggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTg < 2:3952391/93‑1 (MQ=255)
gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGa > 2:2734592/1‑93 (MQ=255)
tGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGTGGGTCGGGGTGAg > 2:5481479/1‑93 (MQ=255)
gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCCGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 2:1541440/1‑93 (MQ=255)
gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgggggggggg > 2:3351519/1‑93 (MQ=255)
gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 2:4260186/1‑93 (MQ=38)
gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 1:2963421/1‑93 (MQ=38)
aTAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGt < 1:1022617/93‑1 (MQ=38)
aaTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTaa > 2:3614787/1‑93 (MQ=38)
aTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAt > 1:1842054/1‑93 (MQ=38)
tttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtt < 1:1468248/93‑1 (MQ=38)
tttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCT‑CTCTTCCAGCGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtt > 1:5538957/1‑93 (MQ=255)
ttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAttt > 1:3716013/1‑93 (MQ=38)
ttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAttt > 2:125653/1‑93 (MQ=38)
ttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAttttt > 2:6137573/1‑93 (MQ=38)
tAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTc > 2:732392/1‑93 (MQ=38)
aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCg > 1:5045637/1‑93 (MQ=38)
ccTGCCTAAGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCa < 2:560154/92‑1 (MQ=37)
cTGCCTAAGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAc < 1:615956/93‑1 (MQ=37)
tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc < 1:3124927/93‑1 (MQ=38)
tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc < 1:3710981/93‑1 (MQ=38)
tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc < 2:3886979/93‑1 (MQ=38)
tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 2:3413157/1‑93 (MQ=38)
tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 1:5269223/1‑93 (MQ=38)
gCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCg > 1:135636/1‑93 (MQ=37)
ccTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTCCCC‑CCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGa < 1:295214/93‑1 (MQ=25)
cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAt > 1:4238987/1‑93 (MQ=37)
cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAt > 1:5973910/1‑93 (MQ=38)
cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAt > 2:3052466/1‑93 (MQ=38)
tAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCCCCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATg < 2:1245158/93‑1 (MQ=37)
tAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATg > 1:4852204/1‑93 (MQ=38)
tAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATg > 1:3444010/1‑93 (MQ=38)
tAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGCGAGAGGGTCGGGGGGAGGGAAATTTTTTGCACTGATg > 1:593330/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGc < 1:5901854/93‑1 (MQ=37)
aaGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGCGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGc > 1:2144595/1‑93 (MQ=38)
gCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTg > 2:2413958/1‑93 (MQ=37)
gCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTg < 2:1940782/93‑1 (MQ=38)
gCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTg > 2:4764618/1‑93 (MQ=37)
cGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGc < 1:1089733/93‑1 (MQ=38)
cGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGc > 2:1060342/1‑93 (MQ=37)
gtgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGcc > 1:4636292/1‑93 (MQ=37)
tgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCt < 1:3272424/93‑1 (MQ=38)
ttACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTg > 2:2247/2‑93 (MQ=37)
tACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGt > 1:2442381/1‑93 (MQ=37)
cccTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTc > 1:5730389/1‑93 (MQ=37)
cTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGCTGCTGGCCTGTTccc > 2:2325426/1‑93 (MQ=25)
cTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTccc < 2:3801850/93‑1 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcccc < 2:131412/93‑1 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcccc > 2:4195101/1‑93 (MQ=37)
gTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCt > 1:1826695/1‑93 (MQ=25)
tCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTc > 1:5187619/1‑93 (MQ=25)
aCATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCAcccca > 1:1010538/1‑91 (MQ=21)
gAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAccc < 1:5951145/93‑1 (MQ=21)
gAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAccc < 1:5616783/93‑1 (MQ=21)
cACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCctct < 1:4948379/93‑1 (MQ=18)
gTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTcccc < 2:4478561/93‑1 (MQ=18)
ttt‑tCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTCATCCTCTCCCCa > 2:6050457/1‑93 (MQ=17)
|
CTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCT‑CCTCT‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAA > NC_000913/3237148‑3237326
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCT‑CCTCT‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCT‑CCCCAAACGGGGCGAG > NC_000913/3237149‑3237336
|
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCT‑CC < SRR4302532.3672874/94‑1 (MQ=60)
GGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCT‑CCct > SRR4302532.2435047/1‑92 (MQ=60)
GTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCT‑CC‑CT‑C < SRR4302532.772456/94‑1 (MQ=60)
GTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGGGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCT‑CC‑CT‑C > SRR4302532.6072230/1‑94 (MQ=60)
TGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCT > SRR4302532.1156052/1‑94 (MQ=60)
TGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCT > SRR4302532.3561606/1‑94 (MQ=60)
TGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCT > SRR4302532.3561605/1‑94 (MQ=60)
AATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCT‑C‑C > SRR4302532.1219373/1‑94 (MQ=60)
TTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCT‑CCctctccct < SRR4302532.3060760/94‑9 (MQ=60)
TTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCT‑CCctctccct > SRR4302532.3508364/1‑86 (MQ=60)
TATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCT‑CCctctccctt < SRR4302532.5592879/94‑10 (MQ=60)
ATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCT‑CCctctcccttc > SRR4302532.1968458/1‑84 (MQ=60)
ATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCT‑CCctctcccttc < SRR4302532.6352915/94‑11 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCA > SRR4302532.58381/1‑94 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCA > SRR4302532.5327769/1‑94 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAG > SRR4302532.2383941/1‑94 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAG > SRR4302532.2519525/1‑94 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAG < SRR4302532.6156326/94‑1 (MQ=60)
GCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGG > SRR4302532.3182021/1‑94 (MQ=60)
GCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGG > SRR4302532.5763644/1‑94 (MQ=60)
CATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGG > SRR4302532.475553/1‑94 (MQ=60)
CATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGG > SRR4302532.2146097/1‑94 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGA > SRR4302532.1724752/1‑94 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGA > SRR4302532.2543252/1‑94 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGA > SRR4302532.2543253/1‑94 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAG > SRR4302532.5981764/1‑94 (MQ=60)
GATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGA > SRR4302532.4761740/1‑94 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAG < SRR4302532.1408599/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAG < SRR4302532.3759082/94‑1 (MQ=60)
AAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGG > SRR4302532.5522319/1‑94 (MQ=60)
AAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGG < SRR4302532.1623385/94‑1 (MQ=60)
AAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGG < SRR4302532.4069770/94‑1 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTTTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGT > SRR4302532.5296637/1‑94 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGT < SRR4302532.1910570/94‑1 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGT < SRR4302532.1849366/94‑1 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGT < SRR4302532.2720540/94‑1 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGT < SRR4302532.710261/94‑1 (MQ=60)
GCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTC < SRR4302532.4009711/94‑1 (MQ=60)
CAGCGGGGGGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCG < SRR4302532.1595596/94‑1 (MQ=60)
AGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGG > SRR4302532.3558415/1‑94 (MQ=60)
AGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGG > SRR4302532.4190907/1‑94 (MQ=60)
AGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGG > SRR4302532.10650/1‑94 (MQ=60)
GCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGG < SRR4302532.1891558/94‑1 (MQ=60)
CGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCGAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGG > SRR4302532.6117656/1‑94 (MQ=60)
GGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGT < SRR4302532.5174791/94‑1 (MQ=60)
GGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGT > SRR4302532.629523/1‑94 (MQ=60)
GGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGG > SRR4302532.629522/1‑94 (MQ=60)
GGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGG > SRR4302532.2245933/1‑94 (MQ=60)
GGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTG > SRR4302532.2426756/1‑94 (MQ=60)
GGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTG > SRR4302532.1657731/1‑94 (MQ=60)
GGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTG < SRR4302532.4313271/94‑1 (MQ=60)
TGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGG > SRR4302532.3380537/1‑94 (MQ=60)
GGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGG > SRR4302532.3061560/1‑94 (MQ=60)
ATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTA < SRR4302532.1057257/94‑1 (MQ=60)
ATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTA > SRR4302532.107912/1‑94 (MQ=60)
ATAATTTTTAATCTGCCGAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTA > SRR4302532.5682505/1‑94 (MQ=60)
TAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAA > SRR4302532.5304557/1‑94 (MQ=60)
AATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAT > SRR4302532.1903240/1‑94 (MQ=60)
ATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCT‑CTCTTCCAGCGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATT > SRR4302532.5731195/1‑94 (MQ=60)
TTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTT < SRR4302532.1517710/94‑1 (MQ=60)
TTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTT > SRR4302532.3840739/1‑94 (MQ=60)
TTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTT < SRR4302532.4376678/94‑1 (MQ=60)
TTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTT > SRR4302532.190714/1‑94 (MQ=60)
TAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCG > SRR4302532.5218722/1‑94 (MQ=60)
AATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGC > SRR4302532.5410462/1‑94 (MQ=60)
AATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGC < SRR4302532.3649116/94‑1 (MQ=60)
TCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAC < SRR4302532.5020716/94‑1 (MQ=60)
CTGCCTAAGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACC < SRR4302532.637429/94‑1 (MQ=60)
CTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACC > SRR4302532.5450915/1‑94 (MQ=60)
TGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCG > SRR4302532.5200211/1‑94 (MQ=60)
TGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCG < SRR4302532.3228651/94‑1 (MQ=60)
TGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCG < SRR4302532.3835554/94‑1 (MQ=60)
TGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCG > SRR4302532.140209/1‑94 (MQ=60)
CCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTCCCC‑CCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAT < SRR4302532.305393/94‑1 (MQ=60)
CCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAT < SRR4302532.305392/94‑1 (MQ=60)
CCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAT > SRR4302532.4381363/1‑94 (MQ=60)
CCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAT > SRR4302532.6180426/1‑94 (MQ=60)
CTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATG > SRR4302532.5362052/1‑94 (MQ=60)
CTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATG > SRR4302532.5019178/1‑94 (MQ=60)
CTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATG > SRR4302532.3559394/1‑94 (MQ=60)
CTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGCGAGAGGGTCGGGGGGAGGGAAATTTTTTGCACTGATG > SRR4302532.614041/1‑94 (MQ=60)
TAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGCGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGC > SRR4302532.2216238/1‑94 (MQ=60)
AAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCT < SRR4302532.6106228/94‑1 (MQ=60)
AGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTG < SRR4302532.2708867/94‑1 (MQ=60)
AGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTG < SRR4302532.616752/94‑1 (MQ=60)
GCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGG > SRR4302532.2180465/1‑94 (MQ=60)
CCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGC < SRR4302532.102154/94‑1 (MQ=60)
CCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGC > SRR4302532.5118269/1‑94 (MQ=60)
CGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCC < SRR4302532.1126205/94‑1 (MQ=60)
CGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCC > SRR4302532.4794361/1‑94 (MQ=60)
TGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG < SRR4302532.3381250/94‑1 (MQ=60)
GTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGT > SRR4302532.2523581/1‑94 (MQ=60)
ACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTC > SRR4302532.5929955/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTTCCC > SRR4302532.1875468/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCC > SRR4302532.5039906/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGAGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGCTGCCC > SRR4302532.4944962/1‑94 (MQ=60)
TGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCT > SRR4302532.1887516/1‑94 (MQ=60)
GTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTC < SRR4302532.4470686/94‑1 (MQ=60)
GTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTC > SRR4302532.5366384/1‑94 (MQ=60)
ATTAACATGAGCGCCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCccccc > SRR4302532.3812843/1‑89 (MQ=60)
AACATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCCA > SRR4302532.1044890/1‑94 (MQ=60)
ATGAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccccccccccc > SRR4302532.5687900/1‑79 (MQ=60)
GAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCT < SRR4302532.5811674/94‑1 (MQ=60)
GAGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCT < SRR4302532.6157058/94‑1 (MQ=60)
AGCACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTC < SRR4302532.680991/94‑1 (MQ=60)
CACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCT‑C < SRR4302532.5118200/94‑1 (MQ=60)
ACCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCT‑CC < SRR4302532.3840516/94‑1 (MQ=60)
CCGTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCCCCCCCCAACCCCCT‑CCC > SRR4302532.2121071/1‑94 (MQ=60)
GTTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCcccctcaacccctccccc > SRR4302532.5258741/1‑76 (MQ=60)
TTT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTttccccccccccacccccccccccc > SRR4302532.2467232/1‑69 (MQ=60)
TT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCT‑CCCCAAA < SRR4302532.1150255/94‑1 (MQ=60)
TT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCT‑CCCCAAA > SRR4302532.1230346/1‑94 (MQ=60)
TT‑TCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCT‑CCCCAAA > SRR4302532.1230347/1‑94 (MQ=60)
CCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACTGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCCAACCCTCTCCCCCAAAGGGGG > SRR4302532.1887993/1‑94 (MQ=60)
CCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCTTCT‑CCCCAAACGGGGC < SRR4302532.3686021/94‑1 (MQ=60)
CCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCT‑CCCCAAACGGGGC < SRR4302532.276388/94‑1 (MQ=60)
CCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCT‑CCCCAAACGGGGC < SRR4302532.3686020/94‑1 (MQ=60)
CCTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCT‑CCCCAAACGGGGC < SRR4302532.3955511/94‑1 (MQ=60)
CTCTCC‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCTCCTCACCCccaccctcccccccccccccggg > SRR4302532.2733242/1‑71 (MQ=60)
CTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCT‑CCCCCAACGGGGCG > SRR4302532.5348086/1‑94 (MQ=60)
CTC‑‑C‑CTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCT‑CCCCACACGGGGCGAG > SRR4302532.2354532/1‑94 (MQ=60)
|
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑TCT‑CCTCT‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCT‑CCCCAAACGGGGCGAG > NC_000913/3237149‑3237336
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
