Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
521 |
238.2 |
12299412 |
96.0% |
11807435 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,389,812 |
Δ1 bp |
intergenic (‑149/+4151) |
tldD ← / ← cafA |
TldD/CafA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,389,811 | 0 | C | . | 100.0%
| 380.0
/ NA
| 108 | intergenic (‑148/+4152) | tldD/cafA | TldD/CafA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (60/48); total (60/48) |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC > NC_000913/3389719‑3389848
|
cggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTAGGATGc > 1:4936784/1‑93 (MQ=255)
ggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcg < 1:3999578/93‑2 (MQ=255)
gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcgg > 1:5885741/1‑91 (MQ=255)
gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcgg > 1:4306467/1‑91 (MQ=255)
gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcgg > 1:2644467/1‑91 (MQ=255)
gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcgg > 2:2107371/1‑91 (MQ=255)
gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcgg > 2:4924770/1‑91 (MQ=255)
gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGGCGGATGcgg > 2:2107370/1‑91 (MQ=255)
gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTAGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCCACGGCTGTCGGATGcgg > 2:1168725/1‑91 (MQ=255)
cgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcggc < 2:686363/93‑4 (MQ=255)
gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcggcg > 1:2929237/1‑89 (MQ=255)
tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGt > 1:2834439/1‑93 (MQ=255)
tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGt > 1:5518445/1‑93 (MQ=255)
tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGt < 2:2367217/93‑1 (MQ=255)
tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGt > 2:4519442/1‑93 (MQ=255)
tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTAGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGt < 2:1187413/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaa < 2:4521521/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaa < 2:5369976/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaa < 2:5441896/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaa > 2:6026430/1‑93 (MQ=255)
acccccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa < 2:4435111/90‑1 (MQ=255)
aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa < 1:3894248/93‑1 (MQ=255)
aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa < 1:5577362/93‑1 (MQ=255)
aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa > 1:569169/1‑93 (MQ=255)
cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAc < 1:2846273/93‑1 (MQ=255)
cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAc < 2:1309866/93‑1 (MQ=255)
cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAc < 1:2353426/93‑1 (MQ=255)
cGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAc < 2:2381096/93‑1 (MQ=255)
gCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACg > 2:5323009/1‑93 (MQ=255)
cccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGc > 2:5558494/1‑93 (MQ=255)
cccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGc < 1:3444395/93‑1 (MQ=255)
cccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGc < 1:3444396/93‑1 (MQ=255)
cccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGc > 2:1830416/1‑93 (MQ=255)
ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGcc > 2:2825280/1‑93 (MQ=255)
cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt < 1:4581467/93‑1 (MQ=255)
tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt > 1:5391769/1‑93 (MQ=255)
tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt > 2:6060384/1‑93 (MQ=255)
tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt > 1:3643331/1‑93 (MQ=255)
aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTa > 2:2872947/1‑93 (MQ=255)
aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTa < 2:5537822/93‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTa < 2:5501588/93‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTa < 1:5119362/93‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTa > 2:1597637/1‑93 (MQ=255)
aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTa < 2:4372800/93‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTa > 1:2783365/1‑93 (MQ=255)
aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGAT‑AGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAt < 2:3854033/93‑1 (MQ=14)
tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTATGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGACTTAt > 2:3425557/1‑93 (MQ=14)
tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAt < 1:1170616/93‑1 (MQ=255)
tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAt > 2:128692/1‑93 (MQ=255)
tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAt > 1:5912953/1‑93 (MQ=255)
tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAt < 1:5663307/93‑1 (MQ=255)
ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATc < 1:1113098/93‑1 (MQ=255)
ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATc < 1:3949617/93‑1 (MQ=255)
ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATc < 1:1876541/93‑1 (MQ=255)
cAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:6074973/1‑93 (MQ=255)
cAGCCTACGGTTATGTTCCGGTGTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAGCGCCTTATcc < 2:5096285/93‑1 (MQ=14)
aGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCg > 2:4113413/1‑93 (MQ=255)
gCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGa < 2:507737/93‑1 (MQ=255)
gCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGa > 2:1798207/1‑93 (MQ=255)
cTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGAcc > 2:2421449/1‑93 (MQ=19)
tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 2:1789966/1‑93 (MQ=19)
tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 1:235291/1‑93 (MQ=19)
tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 1:1159297/1‑93 (MQ=19)
tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 1:149475/1‑93 (MQ=19)
tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 1:649580/1‑93 (MQ=19)
tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 1:5341666/1‑93 (MQ=19)
aCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa > 1:3858/1‑93 (MQ=19)
aCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa < 2:265222/93‑1 (MQ=19)
aCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa > 2:4283743/1‑93 (MQ=19)
aCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa > 1:421444/1‑93 (MQ=19)
cGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc < 2:1774980/93‑1 (MQ=19)
cGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc > 1:5278371/1‑93 (MQ=19)
ggTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACg > 2:3553493/1‑93 (MQ=19)
gTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg > 1:5068587/1‑93 (MQ=19)
gTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg > 2:3213042/1‑93 (MQ=19)
gTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg < 2:434151/93‑1 (MQ=19)
gTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg > 1:3886137/1‑93 (MQ=19)
gTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg > 2:5765632/1‑93 (MQ=19)
ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGCTAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt > 1:4315980/1‑93 (MQ=255)
ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCAGAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt < 1:982752/93‑1 (MQ=255)
ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt > 2:732583/1‑93 (MQ=19)
ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt > 1:3743451/1‑93 (MQ=19)
tATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt > 2:5065608/1‑93 (MQ=19)
tATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt > 1:5219799/1‑93 (MQ=19)
tATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt > 1:5155260/1‑93 (MQ=19)
aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa > 2:4699544/1‑93 (MQ=19)
aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa < 1:5806594/93‑1 (MQ=19)
aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa > 1:380339/1‑93 (MQ=19)
tGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt < 2:3349680/93‑1 (MQ=19)
tGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt < 1:171091/93‑1 (MQ=19)
tGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt > 1:5739905/1‑93 (MQ=19)
tGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt < 1:5212541/93‑1 (MQ=19)
tGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt > 2:5871908/1‑93 (MQ=19)
gTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATg > 2:4766500/1‑93 (MQ=19)
ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑GGGGGTAAACGCCTTATACGAAATACGGTTATGt > 1:2788667/1‑93 (MQ=11)
ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt < 2:547821/93‑1 (MQ=16)
tCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt < 1:847643/93‑1 (MQ=12)
ccGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc > 1:3294319/1‑93 (MQ=9)
cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 1:3815493/93‑1 (MQ=0)
cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 1:321939/93‑1 (MQ=0)
|
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC > NC_000913/3389719‑3389848
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGG > NC_000913/3389720‑3389905
|
GGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGG < SRR4302532.4134312/94‑1 (MQ=60)
GGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGG > SRR4302532.4452063/1‑94 (MQ=60)
GGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGG > SRR4302532.6089565/1‑94 (MQ=60)
GGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGG > SRR4302532.2733143/1‑94 (MQ=60)
gctgGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGC < SRR4302532.2290987/90‑1 (MQ=60)
CGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCG > SRR4302532.3026654/1‑94 (MQ=60)
GTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGT > SRR4302532.2929204/1‑94 (MQ=60)
GTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGT > SRR4302532.5709947/1‑94 (MQ=60)
TGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTA < SRR4302532.4295123/94‑1 (MQ=57)
AACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAA > SRR4302532.589032/1‑94 (MQ=49)
ACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAC < SRR4302532.4025616/94‑1 (MQ=46)
ACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAC < SRR4302532.5771002/94‑1 (MQ=46)
CGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACG < SRR4302532.2431949/94‑1 (MQ=44)
CGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACG < SRR4302532.2941407/94‑1 (MQ=44)
GCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGC > SRR4302532.5581403/1‑94 (MQ=41)
CCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCC > SRR4302532.613071/1‑94 (MQ=39)
CCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCC < SRR4302532.3559786/94‑1 (MQ=39)
CCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCC < SRR4302532.3559787/94‑1 (MQ=39)
CTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTT > SRR4302532.3765578/1‑94 (MQ=34)
CTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTT > SRR4302532.3120976/1‑94 (MQ=34)
CTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTT > SRR4302532.5578563/1‑94 (MQ=34)
CTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTT < SRR4302532.4737678/94‑1 (MQ=34)
TATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTA > SRR4302532.2876733/1‑94 (MQ=32)
ATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAT < SRR4302532.5295436/94‑1 (MQ=29)
ATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAT > SRR4302532.6117724/1‑94 (MQ=29)
TCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATC < SRR4302532.1209732/94‑1 (MQ=27)
TCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATC < SRR4302532.5860679/94‑1 (MQ=27)
CCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCC > SRR4302532.6284773/1‑94 (MQ=24)
CCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCC < SRR4302532.4082726/94‑1 (MQ=24)
CCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCC < SRR4302532.1150302/94‑1 (MQ=24)
CCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCC < SRR4302532.1938708/94‑1 (MQ=24)
CCTACGGTGATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACC < SRR4302532.397065/94‑1 (MQ=11)
CTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCT > SRR4302532.672112/1‑94 (MQ=12)
CTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCT > SRR4302532.1198025/1‑94 (MQ=12)
CTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCT > SRR4302532.154482/1‑94 (MQ=12)
CTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCT > SRR4302532.243358/1‑94 (MQ=12)
CTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCT > SRR4302532.27934/1‑94 (MQ=12)
CTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCT > SRR4302532.5526986/1‑94 (MQ=12)
TACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTA > SRR4302532.4017/1‑94 (MQ=12)
TACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTA > SRR4302532.436060/1‑94 (MQ=12)
ACGGTTATGTTCTGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAC < SRR4302532.5388390/94‑1 (MQ=11)
ACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAC > SRR4302532.5460414/1‑94 (MQ=12)
GGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGG > SRR4302532.4017276/1‑94 (MQ=12)
GGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGG > SRR4302532.5242734/1‑94 (MQ=12)
GTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGCTAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGT > SRR4302532.4461883/1‑94 (MQ=11)
GTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGT > SRR4302532.3869274/1‑94 (MQ=12)
TTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCAGAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTT < SRR4302532.1016313/94‑1 (MQ=11)
TTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTT > SRR4302532.5332651/1‑94 (MQ=12)
TTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTT > SRR4302532.592701/1‑94 (MQ=12)
TTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTT > SRR4302532.5399819/1‑94 (MQ=12)
TATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTA > SRR4302532.393608/1‑94 (MQ=12)
ATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT < SRR4302532.1916830/94‑1 (MQ=12)
ATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT > SRR4302532.5939738/1‑94 (MQ=12)
ATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAT < SRR4302532.6008349/94‑1 (MQ=12)
TGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATG < SRR4302532.176824/94‑1 (MQ=9)
TGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATG < SRR4302532.5392298/94‑1 (MQ=9)
GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑GGGGGTAAACGCCTTATACGAAATACGGTTATGT > SRR4302532.2882177/1‑94 (MQ=5)
GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGT > SRR4302532.5045686/1‑94 (MQ=7)
TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTC < SRR4302532.876766/94‑1 (MQ=2)
TCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTC > SRR4302532.3403935/1‑94 (MQ=2)
CGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG > SRR4302532.350176/1‑94 (MQ=0)
CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGG < SRR4302532.4579219/94‑1 (MQ=0)
CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGG < SRR4302532.3225100/94‑1 (MQ=0)
|
GGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGG > NC_000913/3389720‑3389905
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
