Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
521 |
238.2 |
12299412 |
96.0% |
11807435 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,544,357 |
+G |
coding (163/1314 nt) |
gntT → |
gluconate permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,544,356 | 1 | . | G | 99.0%
| 680.3
/ ‑1.1
| 191 | coding (162/1314 nt) | gntT | gluconate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (111/78); total (112/79) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑C‑GGACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544264‑3544437
|
gCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑g > 1:5433883/1‑93 (MQ=255)
gCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑g > 2:5983513/1‑93 (MQ=255)
gCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑g < 2:4790987/93‑1 (MQ=255)
ttCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑ggc < 2:3131343/93‑3 (MQ=255)
ttCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑ggc > 2:2182930/1‑91 (MQ=255)
ttCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑ggc < 1:4186146/93‑3 (MQ=255)
tCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑ggcg > 2:4683144/1‑90 (MQ=255)
tCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGcc < 1:4614757/93‑1 (MQ=255)
cGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCt < 2:25446/93‑1 (MQ=255)
gTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCtt > 1:2408873/1‑93 (MQ=255)
tGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTg < 1:1891701/93‑1 (MQ=255)
tGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTg > 1:1731385/1‑93 (MQ=255)
gcgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGcc > 1:1540008/1‑93 (MQ=255)
cgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGccc < 2:3556180/93‑1 (MQ=255)
gcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCt < 2:4975420/93‑1 (MQ=255)
gcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCt > 1:5999959/1‑93 (MQ=255)
cTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTg > 2:4713545/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGa < 2:5934013/93‑1 (MQ=255)
ttGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGa < 1:3743390/93‑1 (MQ=255)
ttGCTGTTGGATTAATGCAAGCAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGa < 2:3493194/93‑1 (MQ=255)
ctGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGa < 2:3672603/92‑1 (MQ=255)
gCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATc > 2:1670609/1‑93 (MQ=255)
gCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATc > 2:1515150/1‑93 (MQ=255)
gCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATc > 2:438604/1‑93 (MQ=255)
cTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGCTCa < 1:3069669/93‑1 (MQ=255)
cTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCa > 2:2107246/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg < 2:1221220/93‑1 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 1:4990789/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 1:5722343/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 1:5156412/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 1:3132548/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 1:1515196/1‑93 (MQ=255)
ttGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATgg > 2:5935203/1‑93 (MQ=255)
ggATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGt > 2:364512/1‑93 (MQ=255)
ggATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGt > 2:632017/1‑93 (MQ=255)
gATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtt > 2:828326/1‑93 (MQ=255)
aTTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGttt < 2:4729732/93‑1 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt > 2:727937/1‑93 (MQ=255)
tAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTg > 1:1986682/1‑93 (MQ=255)
tAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTg > 1:337998/1‑93 (MQ=255)
tAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTg < 2:4440004/93‑1 (MQ=255)
aaTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTgg < 2:5762854/93‑1 (MQ=255)
tGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgcg > 2:4514608/1‑93 (MQ=255)
cAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCa > 2:3930323/1‑93 (MQ=255)
cAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCa < 2:3778479/93‑1 (MQ=255)
aaGGAGTGCCGCGGGATAAAGTCATTGGCTCCCACAAATCCGGTGTC‑GGCC‑GGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa < 2:381434/93‑1 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa < 2:4573521/93‑1 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa > 2:207511/1‑93 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGCCGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt > 1:5077361/1‑93 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt > 1:955431/1‑93 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGCGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt > 1:2605782/1‑93 (MQ=255)
ggAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCCAAGCCGGTGGCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAtc > 1:3721968/1‑92 (MQ=255)
ggAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATg > 1:5561824/1‑93 (MQ=255)
ggAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATg > 2:5823908/1‑93 (MQ=255)
gAATGCCTCTGGATAAAGTTATTGGCTCCAACAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc < 1:3372024/93‑1 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc > 1:5873257/1‑93 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc < 2:1614673/93‑1 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc > 2:5301429/1‑93 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc < 2:3095506/93‑1 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGc > 1:2443793/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTTGCGCAGTGCTg > 2:3441761/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg < 2:1715232/93‑1 (MQ=255)
gCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTggg > 2:5445313/1‑93 (MQ=255)
cGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCa > 1:1361194/1‑93 (MQ=255)
cGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCa > 1:476361/1‑93 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 2:793543/1‑93 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt > 1:1711943/1‑93 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt < 2:5902033/93‑1 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt < 1:4882184/93‑1 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt > 1:755656/1‑93 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt > 2:3432214/1‑93 (MQ=255)
gATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATg > 2:1379295/1‑93 (MQ=255)
tAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGcg > 1:5340229/1‑92 (MQ=255)
tAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCt > 2:4047774/1‑93 (MQ=255)
aGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGc > 2:4463641/1‑93 (MQ=255)
aGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGc < 2:5530199/93‑1 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCTGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTTGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAggc < 1:1559252/93‑3 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCACAATGCTGGCAGAc > 2:2613324/1‑93 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc < 2:5797284/93‑1 (MQ=255)
aTTGGCGCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc < 2:188457/93‑1 (MQ=255)
ttGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACt < 1:1263418/93‑1 (MQ=255)
ttGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACt < 1:5171259/93‑1 (MQ=255)
tGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTg > 1:1091499/1‑93 (MQ=255)
tgCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGc < 1:2703960/92‑1 (MQ=255)
gCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGACAGACTGCg < 1:4183330/93‑1 (MQ=255)
cTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCgg > 2:293364/1‑93 (MQ=255)
cTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCgg < 1:3783475/93‑1 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt < 1:3434604/93‑1 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt < 2:1324790/93‑1 (MQ=255)
ccATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTg > 2:2287435/1‑93 (MQ=255)
aTCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTggg > 2:5566249/1‑92 (MQ=255)
aTCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgc < 1:2916810/93‑1 (MQ=255)
tCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgcg > 2:3534433/1‑93 (MQ=255)
tCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgcg > 1:3411640/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac > 2:5228766/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac > 1:4393714/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac < 1:4428883/93‑1 (MQ=255)
aGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcaca < 1:1157952/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 2:5432354/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTGTCGG‑‑CGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 1:5379596/93‑1 (MQ=255)
|
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑C‑GGACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544264‑3544437
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑CG‑G‑‑‑AC‑‑G‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC > NC_000913/3544264‑3544438
|
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G < SRR4302532.6168787/94‑1 (MQ=60)
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G > SRR4302532.5622213/1‑94 (MQ=60)
CTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggc < SRR4302532.3147486/94‑3 (MQ=60)
TTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcg < SRR4302532.4164624/94‑4 (MQ=60)
TTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcg < SRR4302532.4326578/94‑4 (MQ=60)
CATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcggg < SRR4302532.2027727/94‑6 (MQ=60)
CATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcggg > SRR4302532.2778926/1‑89 (MQ=60)
CATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcggg > SRR4302532.6332302/1‑89 (MQ=60)
CATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcggg < SRR4302532.5553376/94‑6 (MQ=60)
CATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcggg < SRR4302532.4953424/94‑6 (MQ=60)
ATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcggga > SRR4302532.3516404/1‑88 (MQ=60)
TCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggac < SRR4302532.596906/94‑8 (MQ=60)
TCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggac < SRR4302532.3658075/94‑8 (MQ=60)
CGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcggggcg > SRR4302532.4535020/1‑86 (MQ=60)
CGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacg < SRR4302532.5423112/94‑9 (MQ=60)
GCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgc > SRR4302532.6057700/1‑85 (MQ=60)
CTCTCGTCCTCGTTCCGCTTGCTGTTTGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgct < SRR4302532.5600360/94‑11 (MQ=60)
TCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctc > SRR4302532.6001111/1‑83 (MQ=60)
TCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctc < SRR4302532.1108835/94‑12 (MQ=60)
CTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcg > SRR4302532.988333/1‑82 (MQ=60)
CTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcg > SRR4302532.3849390/1‑82 (MQ=60)
CTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcg < SRR4302532.1083263/94‑13 (MQ=60)
TCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcgg > SRR4302532.3022323/1‑81 (MQ=60)
CGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgcccggt > SRR4302532.1212859/1‑80 (MQ=60)
GTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcggta > SRR4302532.488279/1‑79 (MQ=60)
GTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcggta > SRR4302532.1134808/1‑79 (MQ=60)
GTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcggta < SRR4302532.5238671/94‑16 (MQ=60)
GTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcggta > SRR4302532.2905994/1‑79 (MQ=60)
TCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcggtag < SRR4302532.520049/94‑17 (MQ=60)
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCT < SRR4302532.4772101/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTT > SRR4302532.2489019/1‑94 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTT < SRR4302532.3368814/94‑1 (MQ=60)
GTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTG > SRR4302532.1789659/1‑94 (MQ=60)
TGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGC < SRR4302532.1954426/94‑1 (MQ=60)
GGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCC > SRR4302532.1592052/1‑94 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCT > SRR4302532.1581820/1‑94 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCT > SRR4302532.6207187/1‑94 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCT > SRR4302532.6089759/1‑94 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCT < SRR4302532.3479577/94‑1 (MQ=60)
GCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTG > SRR4302532.2764950/1‑94 (MQ=60)
CTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGA > SRR4302532.4556610/1‑94 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGAT < SRR4302532.3869211/94‑1 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGAT > SRR4302532.5281361/1‑94 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGCTCAT < SRR4302532.3171101/94‑1 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAT > SRR4302532.5066502/1‑94 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAT > SRR4302532.5216194/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302532.3236531/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302532.5333851/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302532.5333853/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302532.5921661/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302532.5161851/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302532.1566368/1‑94 (MQ=60)
GTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGG < SRR4302532.559056/94‑1 (MQ=60)
TTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTG > SRR4302532.2052693/1‑94 (MQ=60)
TTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTG > SRR4302532.349710/1‑94 (MQ=60)
TTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTG < SRR4302532.3194462/94‑1 (MQ=60)
TTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTG > SRR4302532.5451692/1‑94 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG > SRR4302532.1822492/1‑94 (MQ=60)
TGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGC > SRR4302532.1160339/1‑94 (MQ=60)
CAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAA > SRR4302532.5900105/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CG‑G‑‑‑GCCGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302532.5251915/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302532.4405940/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302532.988064/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGCGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302532.2692931/1‑94 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCCAAGCCGGTGGC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATC > SRR4302532.3846941/1‑94 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG > SRR4302532.5754933/1‑94 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG > SRR4302532.1598457/1‑94 (MQ=60)
GGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGC > SRR4302532.6076764/1‑94 (MQ=60)
GGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGC > SRR4302532.2525052/1‑94 (MQ=60)
GAATGCCTCTGGATAAAGTTATTGGCTCCAACAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCT < SRR4302532.3484780/94‑1 (MQ=60)
GAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCT < SRR4302532.3484781/94‑1 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG < SRR4302532.3902870/94‑1 (MQ=60)
TGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGG > SRR4302532.390992/1‑94 (MQ=60)
TGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGG < SRR4302532.1657671/94‑1 (MQ=60)
GCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCCTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGC > SRR4302532.2533040/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCA > SRR4302532.1406779/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCA > SRR4302532.492967/1‑94 (MQ=60)
GCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAA > SRR4302532.1200673/1‑94 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT > SRR4302532.1769644/1‑94 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT > SRR4302532.781538/1‑94 (MQ=60)
GGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG < SRR4302532.5050049/94‑1 (MQ=60)
GATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGC < SRR4302532.3511224/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCG > SRR4302532.5525469/1‑94 (MQ=60)
TAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTG < SRR4302532.1350491/94‑1 (MQ=60)
TAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTG > SRR4302532.4825111/1‑94 (MQ=60)
AAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGG < SRR4302532.3539529/94‑1 (MQ=60)
AATTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CG‑G‑‑‑GCCGC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGC < SRR4302532.250612/94‑1 (MQ=60)
AAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCACTGTC‑GGCAG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTTGGCAAAATGCTGCC < SRR4302532.4524383/94‑1 (MQ=60)
AGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCA > SRR4302532.5711325/1‑94 (MQ=60)
GTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGGGGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAG > SRR4302532.236079/1‑94 (MQ=60)
TTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGA > SRR4302532.4755453/1‑94 (MQ=60)
TATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAC > SRR4302532.1770543/1‑94 (MQ=60)
TATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAC < SRR4302532.2505823/94‑1 (MQ=60)
TATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAC > SRR4302532.3863118/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCTCTATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT > SRR4302532.3842181/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCTGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTTGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGGCT < SRR4302532.1611987/94‑1 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT > SRR4302532.922512/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT < SRR4302532.1611986/94‑1 (MQ=60)
TTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTG < SRR4302532.5349368/94‑1 (MQ=60)
TTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTG < SRR4302532.1305677/94‑1 (MQ=60)
TTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTG > SRR4302532.1128013/1‑94 (MQ=60)
TGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG < SRR4302532.2794836/94‑1 (MQ=60)
GGCTCCATCAACGCCTGTGTCGG‑‑CGCG‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGACCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCTAAATCATGGCAGACTGCG < SRR4302532.852662/94‑1 (MQ=40)
GGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG < SRR4302532.150558/94‑1 (MQ=60)
GCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGACAGACTGCGG < SRR4302532.4323654/94‑1 (MQ=60)
GCACCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CG‑GCACAC‑‑‑‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGTCGCAATGCTGGGTAAAATGCTGCCAGACTTCGG < SRR4302532.4323655/94‑1 (MQ=44)
CTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGT < SRR4302532.3911039/94‑1 (MQ=60)
CTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGG > SRR4302532.770030/1‑94 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302532.4779070/94‑1 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302532.3549681/94‑1 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302532.3525897/1‑94 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG < SRR4302532.5402360/94‑1 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG < SRR4302532.3013990/94‑1 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302532.2841140/1‑94 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGACCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGttggaaaattgcggggggc > SRR4302532.5926230/1‑75 (MQ=60)
AAAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCAC > SRR4302532.4543171/1‑94 (MQ=60)
AAGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACA < SRR4302532.4579767/94‑1 (MQ=60)
AGCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA < SRR4302532.1196638/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTGTC‑GGCGG‑G‑‑‑AC‑‑GCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC < SRR4302532.5565941/94‑1 (MQ=60)
|
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑CG‑G‑‑‑AC‑‑G‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC > NC_000913/3544264‑3544438
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
