Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
593 |
264.2 |
13311096 |
97.8% |
13018251 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,207,804 |
G→A |
A180V (GCG→GTG) |
ycfA ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,207,804 | 0 | G | A | 87.2%
| 606.3
/ 66.3
| 226 | A180V (GCG→GTG) | ycfA | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/14); new base A (90/107); total (105/121) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.57e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.02e-03 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
ATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACTAATG > NC_000913/1207714‑1207896
|
aTCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACcacg < 1:1085194/93‑1 (MQ=21)
aTCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACcacg < 1:2960656/93‑1 (MQ=21)
tCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGt < 1:3865351/93‑1 (MQ=18)
aGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCaa > 2:5351708/1‑93 (MQ=34)
gTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAAt < 2:6635318/93‑1 (MQ=33)
gTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAAt > 2:3527172/1‑93 (MQ=21)
gTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAAt < 2:252225/93‑1 (MQ=18)
tGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATg < 2:3266421/93‑1 (MQ=18)
gcCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTaa > 1:271724/1‑93 (MQ=21)
ccAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAAt > 2:944009/1‑93 (MQ=21)
ccAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAAt > 1:2539600/1‑93 (MQ=21)
cAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATc < 1:2005212/93‑1 (MQ=18)
cAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATc < 1:4363744/93‑1 (MQ=18)
aGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATcc < 1:5243532/93‑1 (MQ=18)
gATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCa > 2:4517664/1‑93 (MQ=34)
gATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCa > 1:2648892/1‑93 (MQ=21)
atatTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAg > 1:3729024/1‑93 (MQ=34)
tatTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGc < 2:1494983/93‑1 (MQ=18)
tatTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGc > 2:5696648/1‑93 (MQ=21)
ttGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGcac > 2:3376940/1‑93 (MQ=21)
tGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGcaca < 2:6258797/93‑1 (MQ=18)
tGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGcaca > 2:5188870/1‑93 (MQ=21)
gAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAg < 2:5513572/93‑1 (MQ=18)
aTGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCg > 2:55594/1‑93 (MQ=37)
tGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGt < 1:3352375/93‑1 (MQ=255)
tGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGt < 2:6225502/93‑1 (MQ=37)
ggCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGtt < 2:1146243/93‑1 (MQ=255)
ggCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGtt < 1:2743581/93‑1 (MQ=255)
gCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTa < 1:5737261/93‑1 (MQ=37)
gCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTa > 1:2279055/1‑93 (MQ=255)
cTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAg < 1:596205/93‑1 (MQ=37)
tACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGt > 2:673484/1‑93 (MQ=37)
tACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGt > 1:3621887/1‑93 (MQ=37)
aCGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTc < 1:1312137/93‑1 (MQ=37)
aCGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTc < 2:6573343/93‑1 (MQ=255)
aCGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTc > 2:6305348/1‑93 (MQ=37)
aCGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTc < 1:605575/93‑1 (MQ=255)
cGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCt > 2:2669569/1‑93 (MQ=37)
cGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCt < 1:3971601/93‑1 (MQ=37)
gCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTg > 2:5118414/1‑93 (MQ=37)
cTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGgt < 2:246856/93‑1 (MQ=255)
tCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGgtt > 2:6488962/1‑93 (MQ=255)
tCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGgtt > 2:2990031/1‑93 (MQ=255)
ccGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGgttg < 2:2309352/93‑1 (MQ=255)
ggCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGgttgtt < 2:4087990/93‑1 (MQ=255)
gCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGttt > 2:2479516/1‑93 (MQ=255)
gCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGttt > 2:4387017/1‑93 (MQ=255)
cAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTc < 2:4883638/93‑1 (MQ=255)
cAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTc < 2:527554/93‑1 (MQ=255)
cAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTc < 1:4048567/93‑1 (MQ=255)
aGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTct > 2:1665965/1‑93 (MQ=255)
gTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTctg > 1:4572220/1‑93 (MQ=255)
ttCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTctgc > 2:6019018/1‑93 (MQ=255)
ttCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTctgc > 2:2098729/1‑93 (MQ=255)
tCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTctgcc < 2:3589463/93‑1 (MQ=255)
tCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTctgcc < 1:4815510/93‑1 (MQ=255)
cAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTctgcct < 1:791899/93‑1 (MQ=255)
ggCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTctgcctgc < 2:6332279/93‑1 (MQ=255)
gCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCg > 1:1410085/1‑93 (MQ=255)
cAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTc > 1:1164644/1‑93 (MQ=255)
aGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCa < 1:1259773/93‑1 (MQ=255)
aTGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGt > 2:796597/1‑93 (MQ=255)
aTGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGt > 1:1689418/1‑93 (MQ=255)
aTGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGt > 2:3072005/1‑93 (MQ=255)
gACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGttt > 2:1353426/1‑93 (MQ=255)
gACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGttt < 2:1077220/93‑1 (MQ=255)
aCATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTa < 2:849203/93‑1 (MQ=255)
cATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTAc > 2:3150849/1‑93 (MQ=255)
aTCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACg > 2:5946592/1‑93 (MQ=255)
tCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGt > 2:5832573/1‑93 (MQ=255)
ccGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTc < 2:618839/93‑1 (MQ=255)
cGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTcc < 1:3261783/93‑1 (MQ=255)
cGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTcc < 2:3399168/93‑1 (MQ=255)
cGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTcc < 1:6224960/93‑1 (MQ=255)
ggCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCg > 1:2753684/1‑93 (MQ=255)
cgGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCt > 2:3326936/1‑93 (MQ=255)
gTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGc > 1:6570300/1‑93 (MQ=255)
cTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAAt < 1:4421629/93‑1 (MQ=255)
cTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAAt < 2:4961242/93‑1 (MQ=255)
tGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAAtt > 1:3524442/1‑93 (MQ=255)
gTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAGTCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTc > 1:4525191/1‑93 (MQ=255)
tATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCa < 2:3542270/93‑1 (MQ=255)
tATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCa < 1:3047734/93‑1 (MQ=255)
aTCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAg < 1:725358/93‑1 (MQ=255)
aTCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAg < 1:2203905/93‑1 (MQ=255)
tCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGt > 1:1805223/1‑93 (MQ=255)
cTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGtt < 1:4099025/93‑1 (MQ=255)
gTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGa > 1:477369/1‑93 (MQ=255)
ttGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGaa > 2:1375021/1‑93 (MQ=255)
tGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAAt > 2:3729793/1‑93 (MQ=255)
tGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAAt < 1:544851/93‑1 (MQ=255)
tGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAAt > 1:4568817/1‑93 (MQ=255)
gCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATc < 1:3027338/93‑1 (MQ=255)
gCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATc < 2:2596089/93‑1 (MQ=255)
cGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAg > 1:5339334/1‑93 (MQ=255)
gTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCTTGCAATTTCAGTTGAATCAGa < 2:5475863/93‑1 (MQ=255)
tCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGAc > 2:4262928/1‑93 (MQ=255)
caccacGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACt < 1:4170738/93‑1 (MQ=255)
caccacGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACt < 1:62338/93‑1 (MQ=255)
caccacGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACt < 1:1075049/93‑1 (MQ=255)
|
ATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACTAATG > NC_000913/1207714‑1207896
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACTAATGG > NC_000913/1207712‑1207897
|
ACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCAC < SRR4302547.3715475/94‑1 (MQ=21)
CATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGCATCTGTTGCCGTCACCACG < SRR4302547.5915780/94‑1 (MQ=14)
ATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGT < SRR4302547.1106874/94‑1 (MQ=12)
ATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGT < SRR4302547.3019585/94‑1 (MQ=12)
TCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTC < SRR4302547.3944005/94‑1 (MQ=10)
TCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTC > SRR4302547.1469886/1‑94 (MQ=10)
TCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGGCGTCACCACGTCA < SRR4302547.2800085/94‑1 (MQ=9)
CCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCA < SRR4302547.1103316/94‑1 (MQ=10)
CCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCA < SRR4302547.455099/94‑1 (MQ=10)
CCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCA < SRR4302547.6249888/94‑1 (MQ=10)
AGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAAT > SRR4302547.2193424/1‑94 (MQ=10)
GTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATG > SRR4302547.3092447/1‑94 (MQ=10)
TGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGT > SRR4302547.2025701/1‑94 (MQ=10)
CGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAA > SRR4302547.276806/1‑94 (MQ=10)
GCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAAT > SRR4302547.619282/1‑94 (MQ=10)
GCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAAT > SRR4302547.2590903/1‑94 (MQ=10)
CCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAAT < SRR4302547.3635508/94‑1 (MQ=9)
CAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCC < SRR4302547.2045114/94‑1 (MQ=10)
CAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCC < SRR4302547.4453358/94‑1 (MQ=10)
AGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCA > SRR4302547.2489277/1‑94 (MQ=10)
AGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCA > SRR4302547.2702171/1‑94 (MQ=10)
AGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCA < SRR4302547.5351457/94‑1 (MQ=10)
AGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCA > SRR4302547.4892120/1‑94 (MQ=10)
GATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAG > SRR4302547.3805153/1‑94 (MQ=10)
ATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGC > SRR4302547.4446051/1‑94 (MQ=10)
GAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGC < SRR4302547.5764404/94‑1 (MQ=12)
AATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCG < SRR4302547.1171811/94‑1 (MQ=15)
ATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGT < SRR4302547.1993599/94‑1 (MQ=21)
ATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGT > SRR4302547.5962191/1‑94 (MQ=20)
TGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTT < SRR4302547.793897/94‑1 (MQ=23)
TGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTT < SRR4302547.3420358/94‑1 (MQ=23)
TGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTT > SRR4302547.4167004/1‑94 (MQ=23)
GGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTA > SRR4302547.2325180/1‑94 (MQ=25)
GGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTA < SRR4302547.2798609/94‑1 (MQ=25)
GCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAA < SRR4302547.5855805/94‑1 (MQ=26)
CTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGT > SRR4302547.2741679/1‑94 (MQ=26)
CTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGT > SRR4302547.3695768/1‑94 (MQ=25)
CTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGT < SRR4302547.607154/94‑1 (MQ=25)
CTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGT < SRR4302547.2793078/94‑1 (MQ=25)
gaccCCTCCGGCAGCTCAGGCCAAATGACATCCGGCGCTGTGCTGTTATCTGTTGCCGTCACCCCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTC < SRR4302547.2205258/90‑1 (MQ=8)
ACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCT < SRR4302547.1338521/94‑1 (MQ=23)
ACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCT < SRR4302547.616826/94‑1 (MQ=23)
ACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCT > SRR4302547.4644603/1‑94 (MQ=23)
ACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCT < SRR4302547.183703/94‑1 (MQ=23)
CGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTG < SRR4302547.406618/94‑1 (MQ=23)
CGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTG < SRR4302547.4052376/94‑1 (MQ=23)
CGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTG < SRR4302547.2326936/94‑1 (MQ=23)
GCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGG > SRR4302547.1625778/1‑94 (MQ=23)
GCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGG > SRR4302547.3829/1‑94 (MQ=23)
TCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTG > SRR4302547.952178/1‑94 (MQ=28)
CCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGT < SRR4302547.2704605/94‑1 (MQ=30)
CAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCT < SRR4302547.5814120/94‑1 (MQ=42)
CAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCT < SRR4302547.4130785/94‑1 (MQ=40)
CAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCT > SRR4302547.3099470/1‑94 (MQ=40)
AGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTG > SRR4302547.4666833/1‑94 (MQ=43)
GTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGCGCTGGCATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGC > SRR4302547.2278686/1‑94 (MQ=41)
TCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCT < SRR4302547.4915308/94‑1 (MQ=50)
CAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTG < SRR4302547.806886/94‑1 (MQ=53)
CAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTG < SRR4302547.2875/94‑1 (MQ=53)
AGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGC < SRR4302547.4219703/94‑1 (MQ=55)
GGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCG > SRR4302547.1438290/1‑94 (MQ=58)
GGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCG > SRR4302547.2639154/1‑94 (MQ=58)
CCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTC > SRR4302547.1188199/1‑94 (MQ=60)
CAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCA < SRR4302547.1266828/94‑1 (MQ=60)
CAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCA > SRR4302547.678894/1‑94 (MQ=60)
CAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCA < SRR4302547.456070/94‑1 (MQ=60)
AGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAG < SRR4302547.1285160/94‑1 (MQ=60)
GATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGT < SRR4302547.3576110/94‑1 (MQ=60)
GATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGT > SRR4302547.1722654/1‑94 (MQ=60)
ATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTT < SRR4302547.1389002/94‑1 (MQ=60)
ATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTT > SRR4302547.330848/1‑94 (MQ=60)
CATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACG > SRR4302547.4461271/1‑94 (MQ=60)
CATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACG < SRR4302547.5180439/94‑1 (MQ=60)
ATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGT > SRR4302547.6156231/1‑94 (MQ=60)
CGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCG > SRR4302547.2808887/1‑94 (MQ=60)
CGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCG < SRR4302547.6354253/94‑1 (MQ=60)
CGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCG < SRR4302547.3327004/94‑1 (MQ=60)
GGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGG > SRR4302547.1333002/1‑94 (MQ=60)
CGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCC < SRR4302547.4103564/94‑1 (MQ=60)
GCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCT < SRR4302547.4412653/94‑1 (MQ=60)
CGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTG < SRR4302547.3069347/94‑1 (MQ=60)
GGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGC < SRR4302547.28879/94‑1 (MQ=60)
GGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGC > SRR4302547.6707098/1‑94 (MQ=60)
GGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGC > SRR4302547.5163198/1‑94 (MQ=60)
GCTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCCAT > SRR4302547.6407899/1‑94 (MQ=60)
CTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATT > SRR4302547.3596383/1‑94 (MQ=60)
CTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATT > SRR4302547.1215708/1‑94 (MQ=60)
CTGGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATT < SRR4302547.4512954/94‑1 (MQ=60)
GGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAGTCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTC > SRR4302547.4618703/1‑94 (MQ=60)
GGTATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTC < SRR4302547.3523829/94‑1 (MQ=60)
TATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAG < SRR4302547.3108374/94‑1 (MQ=60)
ATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGT < SRR4302547.6356351/94‑1 (MQ=60)
ATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGT < SRR4302547.2248189/94‑1 (MQ=60)
ATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGT < SRR4302547.738872/94‑1 (MQ=60)
ATCTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGT > SRR4302547.1840911/1‑94 (MQ=60)
CTGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTG < SRR4302547.4182385/94‑1 (MQ=60)
TGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGA > SRR4302547.486143/1‑94 (MQ=60)
TGTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGA > SRR4302547.3851109/1‑94 (MQ=60)
GTTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAA > SRR4302547.3802486/1‑94 (MQ=60)
TTGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAAT > SRR4302547.4663355/1‑94 (MQ=60)
TGCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATC < SRR4302547.554685/94‑1 (MQ=60)
GCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCA < SRR4302547.3087532/94‑1 (MQ=60)
GCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCA < SRR4302547.5454977/94‑1 (MQ=60)
GCCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCA < SRR4302547.4700290/94‑1 (MQ=60)
CCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAG > SRR4302547.5449394/1‑94 (MQ=60)
CCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAG < SRR4302547.3351413/94‑1 (MQ=60)
CCGTCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAG < SRR4302547.6642216/94‑1 (MQ=60)
TCACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACT > SRR4302547.5407345/1‑94 (MQ=60)
CACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACTA < SRR4302547.1096505/94‑1 (MQ=60)
CACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACTA < SRR4302547.4255697/94‑1 (MQ=60)
CACCACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACTA < SRR4302547.63512/94‑1 (MQ=60)
CGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACTAATG < SRR4302547.3992483/94‑1 (MQ=60)
CGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACTAATG > SRR4302547.4811127/1‑94 (MQ=60)
CACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACTAATG < SRR4302547.6259859/94‑1 (MQ=60)
CACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACTAATG < SRR4302547.527855/94‑1 (MQ=60)
GCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACTAATGG < SRR4302547.4663598/94‑1 (MQ=60)
ACGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACTAATGG < SRR4302547.5831276/94‑1 (MQ=60)
|
ACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATTTCAGTTGAATCAGACTAATGG > NC_000913/1207712‑1207897
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
