Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
593 |
264.2 |
13311096 |
97.8% |
13018251 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,290,621 |
T→C |
intergenic (+143/‑59) |
hnr → / → galU |
Hnr/glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,290,621 | 0 | T | C | 87.7%
| 609.9
/ 69.3
| 219 | intergenic (+143/‑59) | hnr/galU | Hnr/glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/14); new base C (105/87); total (118/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.29e-01 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTCAAAAAAG > NC_000913/1290531‑1290710
|
cTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGa < 2:5752285/93‑1 (MQ=255)
cTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGa > 1:2539308/1‑93 (MQ=255)
tATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGAt < 1:4161073/93‑1 (MQ=255)
tATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGAt > 2:1695974/1‑93 (MQ=255)
tATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGAt > 1:330313/1‑93 (MQ=255)
aTCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATg < 1:5226545/93‑1 (MQ=255)
aTCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATg > 1:1480962/1‑93 (MQ=255)
cgtcgCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATGCg < 2:4306285/93‑1 (MQ=255)
tcgCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGAt > 1:2639774/1‑93 (MQ=255)
aTTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGa > 2:3721685/1‑93 (MQ=255)
aTTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGa > 2:2744452/1‑93 (MQ=255)
tCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGaaa < 1:3970205/93‑1 (MQ=255)
cGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAat > 2:6107924/1‑93 (MQ=255)
gTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATGCGATACAGAAata > 1:1537045/1‑93 (MQ=255)
gTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAata < 1:6427968/93‑1 (MQ=255)
tataAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAatat < 2:2103495/93‑1 (MQ=255)
taAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGa > 1:1886035/1‑93 (MQ=255)
taAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGa > 1:5949643/1‑93 (MQ=255)
aaGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGaa < 2:3000768/93‑1 (MQ=255)
aaGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGaa < 2:1557656/93‑1 (MQ=255)
aGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAac > 1:2101265/1‑93 (MQ=255)
aGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAac > 1:646955/1‑93 (MQ=255)
aGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAac < 2:829272/93‑1 (MQ=255)
aGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAac > 2:70109/1‑93 (MQ=255)
aGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAac > 1:2714506/1‑93 (MQ=255)
aGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAac > 2:6144507/1‑93 (MQ=255)
tCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCaa < 2:3635749/93‑1 (MQ=255)
tCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCaa > 2:1499132/1‑93 (MQ=255)
tCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCaa > 1:480531/1‑93 (MQ=255)
ttAATTATGCTAACTCGCTTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCaaaa < 1:5667997/93‑1 (MQ=255)
ttAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCaaaa < 2:5645927/93‑1 (MQ=255)
ttAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCaaaa > 2:2374836/1‑93 (MQ=255)
tAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAac < 1:1666969/93‑1 (MQ=255)
aTTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAacac < 1:432209/93‑1 (MQ=255)
ttATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACg > 2:4907469/1‑93 (MQ=255)
ttATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACg > 1:876647/1‑93 (MQ=255)
tATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGa > 1:5062146/1‑93 (MQ=255)
tATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGa > 2:6234873/1‑93 (MQ=255)
aTGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGaa < 2:5113623/93‑1 (MQ=255)
tGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAAc < 1:4488204/93‑1 (MQ=255)
tGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAAc > 2:386142/1‑93 (MQ=255)
tGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAAc > 2:4296180/1‑93 (MQ=255)
gCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACa > 2:4055079/1‑93 (MQ=255)
cTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAg < 1:5159911/93‑1 (MQ=255)
tAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGt < 1:4979000/93‑1 (MQ=255)
aaCTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTGCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTc < 1:6528147/93‑1 (MQ=255)
aCTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTcc < 2:4428009/93‑1 (MQ=255)
tCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAg > 2:2026596/1‑93 (MQ=255)
tCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAg > 2:3362165/1‑93 (MQ=255)
cGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAgg < 1:410289/93‑1 (MQ=255)
cGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAgg < 1:980179/93‑1 (MQ=255)
gCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAggg > 1:4862517/1‑92 (MQ=255)
gCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGga < 2:5918300/93‑1 (MQ=255)
cctcctTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGgag > 2:4183803/1‑93 (MQ=255)
ctcctTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGgaga > 2:241636/1‑93 (MQ=255)
tcctTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGaa > 2:2674823/1‑93 (MQ=255)
tcctTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGaa > 1:440781/1‑93 (MQ=255)
cctTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAAt < 1:4182529/93‑1 (MQ=255)
ctTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAAtt > 2:3162058/1‑93 (MQ=255)
ctTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAAtt > 2:6060677/1‑93 (MQ=255)
ttttCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAAttt > 2:5245914/1‑93 (MQ=255)
tttCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTa > 1:5503576/1‑93 (MQ=255)
tCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTaaa < 1:2224148/93‑1 (MQ=255)
cAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAAt < 2:3823894/93‑1 (MQ=255)
cAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAAt > 1:5272634/1‑93 (MQ=255)
aGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATg > 2:2389479/1‑93 (MQ=255)
aGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATg > 2:47055/1‑93 (MQ=255)
aGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATg > 1:4645158/1‑93 (MQ=255)
gAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATgg > 2:5195703/1‑93 (MQ=255)
gAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATgg < 1:1364405/93‑1 (MQ=255)
gAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATgg > 2:2928156/1‑93 (MQ=255)
gAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATgg > 2:3271405/1‑93 (MQ=255)
gAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATgg > 2:107728/1‑93 (MQ=255)
aaCTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATGCGATACAGAATTATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGc < 1:1316867/93‑1 (MQ=255)
aaCTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGc < 1:3637552/93‑1 (MQ=255)
aaCTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGc > 1:3762812/1‑93 (MQ=255)
aaCTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGc > 2:3245044/1‑93 (MQ=255)
cTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTg < 2:4138053/93‑1 (MQ=255)
tAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGcc > 1:1018667/1‑93 (MQ=255)
tAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGcc > 1:3018574/1‑93 (MQ=255)
aGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCa > 1:3413935/1‑93 (MQ=255)
aGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCa < 1:75806/93‑1 (MQ=255)
gCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCAt < 1:5980957/93‑1 (MQ=255)
cccTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTa > 1:5861257/1‑93 (MQ=255)
ccTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTaa < 2:2305450/93‑1 (MQ=255)
cTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAAt > 2:2458734/1‑93 (MQ=255)
cTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAAt < 2:1891170/93‑1 (MQ=255)
ttCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATa < 1:6585475/93‑1 (MQ=255)
ttCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATa > 2:5473409/1‑93 (MQ=255)
gggTGCTGATATACTGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGaa > 2:1373018/1‑93 (MQ=255)
gTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAg > 2:5507432/1‑93 (MQ=255)
tGCTGATATACTGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGt < 2:626606/93‑1 (MQ=255)
tGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGt < 1:6200634/93‑1 (MQ=255)
gCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTc < 2:1390667/93‑1 (MQ=255)
gCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTc > 2:5061416/1‑93 (MQ=255)
gATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTCaaa > 2:2556559/1‑93 (MQ=255)
atatACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTCaaaa > 1:455143/1‑93 (MQ=255)
tataCCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTCaaaaa > 1:3096489/1‑93 (MQ=255)
ataCCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTCaaaaaa < 2:4569644/93‑1 (MQ=255)
taCCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTCAAAAAAg > 2:5663829/1‑93 (MQ=255)
|
TACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTCAAAAAAG > NC_000913/1290531‑1290710
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTCAAAAAAGCCGT > NC_000913/1290528‑1290714
|
TGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACC > SRR4302547.1458513/1‑94 (MQ=60)
TACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGG < SRR4302547.5156417/94‑1 (MQ=60)
ACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGA > SRR4302547.2590607/1‑94 (MQ=60)
ACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGA < SRR4302547.4608244/94‑1 (MQ=60)
CTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGAT < SRR4302547.6600182/94‑1 (MQ=60)
CTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGAT < SRR4302547.4726370/94‑1 (MQ=60)
CTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGAT > SRR4302547.336465/1‑94 (MQ=60)
CTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGAT > SRR4302547.1874207/1‑94 (MQ=60)
TATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATG < SRR4302547.4245844/94‑1 (MQ=60)
TATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATG < SRR4302547.2984651/94‑1 (MQ=60)
TATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATG < SRR4302547.4758610/94‑1 (MQ=60)
TATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATG > SRR4302547.1510534/1‑94 (MQ=60)
TATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATG < SRR4302547.2643102/94‑1 (MQ=60)
ATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGC < SRR4302547.5334126/94‑1 (MQ=60)
CGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGA > SRR4302547.3356228/1‑94 (MQ=60)
CGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGA > SRR4302547.2540926/1‑94 (MQ=60)
GTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGAT > SRR4302547.2692915/1‑94 (MQ=60)
GTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGAT > SRR4302547.6192536/1‑94 (MQ=60)
GTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGAT < SRR4302547.2078110/94‑1 (MQ=60)
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CGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATAC < SRR4302547.5873843/94‑1 (MQ=60)
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ATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTGGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAA < SRR4302547.3771550/94‑1 (MQ=60)
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CGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATA < SRR4302547.4987441/94‑1 (MQ=60)
CGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATA > SRR4302547.943851/1‑94 (MQ=60)
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AAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAAC > SRR4302547.2768999/1‑94 (MQ=60)
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AGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAAAA > SRR4302547.661594/1‑94 (MQ=60)
ATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTT < SRR4302547.5615722/94‑1 (MQ=60)
ATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTT > SRR4302547.3387144/1‑94 (MQ=60)
TTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTC < SRR4302547.639/94‑1 (MQ=60)
TGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCA < SRR4302547.2767643/94‑1 (MQ=60)
GTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAA > SRR4302547.489352/1‑94 (MQ=60)
TTAATTATGCTAACTCGCTTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAAC < SRR4302547.5785026/94‑1 (MQ=60)
TTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAAC < SRR4302547.5217808/94‑1 (MQ=60)
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TAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACA < SRR4302547.1699833/94‑1 (MQ=60)
ATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACG > SRR4302547.893479/1‑94 (MQ=60)
ATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACG < SRR4302547.440214/94‑1 (MQ=60)
TTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGA > SRR4302547.5166606/1‑94 (MQ=60)
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TCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAAT > SRR4302547.5381287/1‑94 (MQ=60)
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GAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGC < SRR4302547.1391781/94‑1 (MQ=60)
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AACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCT < SRR4302547.3711736/94‑1 (MQ=60)
AACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCT > SRR4302547.4517530/1‑94 (MQ=60)
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TTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCC > SRR4302547.3078602/1‑94 (MQ=60)
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CTGATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTCAA > SRR4302547.1613774/1‑94 (MQ=60)
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ATATACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTCAAAAA > SRR4302547.3157849/1‑94 (MQ=60)
TACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGCATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTCAAAAAAGC > SRR4302547.5988542/1‑94 (MQ=60)
ACCGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTTAAAAAAGCC < SRR4302547.6599109/94‑1 (MQ=60)
CGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTCAAAAAAGCCGT < SRR4302547.5257459/94‑1 (MQ=60)
CGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTCAAAAAAGCCGT > SRR4302547.3357407/1‑94 (MQ=60)
|
TGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGTCTTAATTATGCTAACTCGCCTCCTTTTCAGAACTTAGCCCCTTCGGGGTGCTGATATACTGGGATGCGATACAGAAATATGAACACGTTCAAAACACGAACAGTCCAGGAGAATTTAAATGGCTGCCATTAATACGAAAGTCAAAAAAGCCGT > NC_000913/1290528‑1290714
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
