Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
593 |
264.2 |
13311096 |
97.8% |
13018251 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,415,349 |
A→G |
V21A (GTC→GCC) |
recE ← |
exonuclease VIII |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,415,349 | 0 | A | G | 84.7%
| 553.2
/ 87.1
| 222 | V21A (GTC→GCC) | recE | exonuclease VIII |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/21); new base G (92/96); total (105/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.69e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.35e-01 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
AAATAGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTC > NC_000913/1415259‑1415441
|
aaTAGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGt > 2:2242296/1‑93 (MQ=255)
aaTAGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGt > 2:1702395/1‑93 (MQ=255)
aGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAg < 1:6103267/93‑1 (MQ=255)
aGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAg > 1:4511661/1‑93 (MQ=255)
aGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAg < 1:2684518/93‑1 (MQ=255)
aGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAg > 1:4830917/1‑93 (MQ=255)
gctgctCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAgg > 1:2371286/1‑93 (MQ=255)
ttgctCAGTTTTTTACGTGACTTAACGATCAGGTATGCCGGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGt < 1:4709944/92‑1 (MQ=255)
ctgctCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGt < 2:2100037/93‑1 (MQ=255)
ctgctCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGt < 1:5392560/93‑1 (MQ=255)
ctCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCa > 1:1903220/1‑93 (MQ=255)
ctCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCa > 1:5900290/1‑93 (MQ=255)
tCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCAc > 1:4427611/1‑93 (MQ=255)
tCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCAc > 1:6030720/1‑93 (MQ=255)
tCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCAc > 2:6192563/1‑93 (MQ=255)
tCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGGTCAc > 1:4924036/1‑93 (MQ=255)
tCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCAc < 1:4400269/93‑1 (MQ=255)
cAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCAcc < 2:5083716/93‑1 (MQ=255)
cAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCAcc < 1:16620/93‑1 (MQ=255)
aGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCg < 2:1024982/93‑1 (MQ=255)
gTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCgg > 2:2001244/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCgg < 2:5371744/93‑1 (MQ=255)
ttttttACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGga < 1:4118473/93‑1 (MQ=255)
tttACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGgatga < 1:3055394/93‑1 (MQ=255)
tttACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGgatga > 1:6402393/1‑93 (MQ=255)
tttACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGgatga < 1:3846701/93‑1 (MQ=255)
tttACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGgatga < 1:17207/93‑1 (MQ=255)
tACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGAtt > 1:6511633/1‑93 (MQ=255)
aCCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGAttt > 2:3189386/1‑93 (MQ=255)
ccTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGAtttt < 2:6057655/93‑1 (MQ=255)
cTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCTCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGAttttt > 2:928762/1‑93 (MQ=255)
cTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGAttttt < 2:3737357/93‑1 (MQ=255)
cTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGAttttt > 1:1751037/1‑93 (MQ=255)
gACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTc > 2:521065/1‑93 (MQ=255)
gACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTc > 1:2822048/1‑93 (MQ=255)
gACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTc < 2:679271/93‑1 (MQ=255)
ttAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCt > 2:3996457/1‑93 (MQ=255)
aCGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTc < 1:1430633/93‑1 (MQ=255)
aCGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTc < 1:6377993/93‑1 (MQ=255)
aTCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGt > 1:4786675/1‑93 (MQ=255)
cAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTaa < 2:6126566/93‑1 (MQ=255)
ggTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACa < 2:2031135/93‑1 (MQ=255)
ggTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACa > 2:1147266/1‑93 (MQ=255)
ggTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACa > 1:254942/1‑93 (MQ=255)
gTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAg > 1:5011311/1‑93 (MQ=255)
gTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAg > 2:5714186/1‑93 (MQ=255)
tAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAgg > 2:3874779/1‑93 (MQ=255)
aGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGa < 2:5873894/93‑1 (MQ=255)
aGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGa < 1:6214865/93‑1 (MQ=255)
ggccAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGaa < 2:4453647/91‑1 (MQ=255)
gTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGaa < 2:367333/93‑1 (MQ=255)
gTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGaa < 1:3527892/93‑1 (MQ=255)
gTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGaa > 2:4885765/1‑93 (MQ=255)
gTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGaa < 1:3976767/93‑1 (MQ=255)
gTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGaa < 2:6581707/93‑1 (MQ=255)
gTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGaa < 2:42781/93‑1 (MQ=255)
tCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAag < 2:4838291/93‑1 (MQ=255)
ccAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAaga > 2:4704707/1‑93 (MQ=255)
cAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAagag < 2:5673014/93‑1 (MQ=255)
cAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAagag < 1:4171441/93‑1 (MQ=255)
agagTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGt < 1:106220/93‑1 (MQ=255)
agagTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGt < 1:3389979/93‑1 (MQ=255)
gagTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTg < 1:1543982/93‑1 (MQ=255)
gTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGt < 2:410438/93‑1 (MQ=255)
gTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGt > 2:5905265/1‑93 (MQ=255)
ggCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGttt > 2:1828071/1‑93 (MQ=255)
gCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGtttt < 1:1989481/93‑1 (MQ=255)
gCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGtttt < 1:4610975/93‑1 (MQ=255)
caGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTtgtg > 2:1741401/1‑93 (MQ=255)
caGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTtgtg < 2:4300170/93‑1 (MQ=255)
caGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAGGGGGGGtttgtgc > 2:2448424/1‑89 (MQ=255)
caGGTCGATTCAAAATCGTTGCTGGCGCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCGTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTtgtg < 1:2703041/93‑1 (MQ=255)
aGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGc < 2:3038505/93‑1 (MQ=255)
ggTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCt > 2:1058542/1‑93 (MQ=255)
agTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCt < 2:4105858/92‑1 (MQ=255)
tCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTct > 2:3492436/1‑92 (MQ=255)
gATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCAtt > 2:1512989/1‑93 (MQ=255)
gATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCAtt > 1:5724461/1‑93 (MQ=255)
gATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCAtt < 2:5148978/93‑1 (MQ=255)
gATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCAtt > 1:3126722/1‑93 (MQ=255)
gATTCAAAACCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGACTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCAtt < 2:3553769/93‑1 (MQ=255)
aTTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTg > 1:5987430/1‑93 (MQ=255)
aTTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTg < 2:3610866/93‑1 (MQ=255)
aaTCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGtttttt < 2:1586738/93‑1 (MQ=255)
aaTCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGtttttt < 1:5196461/93‑1 (MQ=255)
aTCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTa < 1:5321377/93‑1 (MQ=255)
tCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTaa > 1:5157915/1‑93 (MQ=255)
tgcttgcCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTc < 1:877412/93‑1 (MQ=255)
tgcttgcCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTc < 2:3781576/93‑1 (MQ=255)
tgcttgcCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTc < 1:3589453/93‑1 (MQ=255)
gcttgcCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCa < 1:1972158/93‑1 (MQ=255)
gcttgcCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCa < 1:3716050/93‑1 (MQ=255)
ttgcCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAAc > 2:549321/1‑93 (MQ=255)
cccACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCa < 1:2998507/93‑1 (MQ=255)
ccACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAg > 2:1398314/1‑93 (MQ=255)
cacaGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGa > 2:2752040/1‑93 (MQ=255)
caGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGAtt < 1:2038524/93‑1 (MQ=255)
ggACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTaa > 1:1118893/1‑93 (MQ=255)
gacggcGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAAACTCAACTCAGATTaaa > 2:254589/1‑93 (MQ=255)
acgTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTc > 1:557088/1‑93 (MQ=255)
|
AAATAGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTC > NC_000913/1415259‑1415441
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TAAAATAGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG > NC_000913/1415257‑1415442
|
TAAAATAGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGC < SRR4302547.3822077/94‑1 (MQ=60)
AATAGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTC > SRR4302547.6266644/1‑94 (MQ=60)
AATAGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTC < SRR4302547.2039878/94‑1 (MQ=60)
TAGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAG < SRR4302547.1489922/94‑1 (MQ=60)
TAGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAG > SRR4302547.4931064/1‑94 (MQ=60)
TAGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAG > SRR4302547.4604878/1‑94 (MQ=60)
AGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGG > SRR4302547.2419348/1‑94 (MQ=60)
AGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGG > SRR4302547.4510668/1‑94 (MQ=60)
AGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGG < SRR4302547.2738412/94‑1 (MQ=60)
AGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGG < SRR4302547.6229864/94‑1 (MQ=60)
AGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGG < SRR4302547.3043726/94‑1 (MQ=60)
GCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGT > SRR4302547.4335739/1‑94 (MQ=60)
TTGCTCAGTTTTTTACGTGACTTAACGATCAGGTATGCCGGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTT < SRR4302547.4807468/94‑1 (MQ=60)
CTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTT < SRR4302547.5503947/94‑1 (MQ=60)
CTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTT < SRR4302547.2643241/94‑1 (MQ=60)
GCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCA > SRR4302547.1940873/1‑94 (MQ=60)
GCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCA > SRR4302547.6022479/1‑94 (MQ=60)
GCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCA < SRR4302547.6371947/94‑1 (MQ=60)
CTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCAC > SRR4302547.6155877/1‑94 (MQ=60)
CTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCAC > SRR4302547.4519097/1‑94 (MQ=60)
CTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCAC > SRR4302547.2508320/1‑94 (MQ=60)
CTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGGTCAC > SRR4302547.5026033/1‑94 (MQ=60)
CTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGCTCAC > SRR4302547.4852963/1‑94 (MQ=60)
TCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACC < SRR4302547.4490881/94‑1 (MQ=60)
CAGTTTTTTACCTGCCTTAACGATTAGCTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTAAAAAGCGTTGGTTGCCGACAGGACGGAGTCAGGTTCCCCG < SRR4302547.3974446/94‑1 (MQ=44)
CAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCG < SRR4302547.16934/94‑1 (MQ=60)
TTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGAT > SRR4302547.4730895/1‑94 (MQ=60)
TTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGAT < SRR4302547.4202176/94‑1 (MQ=60)
TTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGA > SRR4302547.6535939/1‑94 (MQ=60)
TTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGAT < SRR4302547.3116194/94‑1 (MQ=60)
TTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGAT < SRR4302547.3925017/94‑1 (MQ=60)
TTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGAT < SRR4302547.17530/94‑1 (MQ=60)
TTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATT > SRR4302547.6647199/1‑94 (MQ=60)
TACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTT > SRR4302547.485669/1‑94 (MQ=60)
ACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTT < SRR4302547.2152634/94‑1 (MQ=60)
ACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTT < SRR4302547.3585937/94‑1 (MQ=60)
ACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTT > SRR4302547.4522584/1‑94 (MQ=60)
CCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTT > SRR4302547.603731/1‑94 (MQ=60)
CCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTT > SRR4302547.1785624/1‑94 (MQ=60)
TGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTC > SRR4302547.2878496/1‑94 (MQ=60)
TGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTC > SRR4302547.535088/1‑94 (MQ=60)
TGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTC < SRR4302547.1701425/94‑1 (MQ=60)
GACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCG < SRR4302547.6709238/94‑1 (MQ=60)
ACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGC > SRR4302547.6150317/1‑94 (MQ=60)
TTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTT > SRR4302547.5939503/1‑94 (MQ=60)
TAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTT < SRR4302547.201270/94‑1 (MQ=60)
TAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTT < SRR4302547.3660256/94‑1 (MQ=60)
AACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTC < SRR4302547.3228593/94‑1 (MQ=60)
ACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCC > SRR4302547.2904386/1‑94 (MQ=60)
ACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCC < SRR4302547.1459242/94‑1 (MQ=60)
ACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCC < SRR4302547.6511090/94‑1 (MQ=60)
CGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCG < SRR4302547.1634544/94‑1 (MQ=60)
CGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCG < SRR4302547.4914897/94‑1 (MQ=60)
CGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCG > SRR4302547.3823209/1‑94 (MQ=60)
GATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGT > SRR4302547.4885849/1‑94 (MQ=60)
AGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACA > SRR4302547.259712/1‑94 (MQ=60)
GGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAG > SRR4302547.4573890/1‑94 (MQ=60)
GGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAG > SRR4302547.5114909/1‑94 (MQ=60)
TAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGA > SRR4302547.5030266/1‑94 (MQ=60)
TAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGA > SRR4302547.4226982/1‑94 (MQ=60)
TAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGA < SRR4302547.5278273/94‑1 (MQ=60)
AGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAA < SRR4302547.1283026/94‑1 (MQ=60)
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GTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAAGTTCACCGGACGATTTTTTCGCTTTTCGTAACAataag > SRR4302547.3033801/1‑89 (MQ=60)
TCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAG < SRR4302547.975939/94‑1 (MQ=60)
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AGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAA > SRR4302547.1141434/1‑94 (MQ=60)
AGGACGACGACAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAA > SRR4302547.6630646/1‑94 (MQ=60)
GGACGGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAA < SRR4302547.3686608/94‑1 (MQ=60)
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GGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTC > SRR4302547.2211823/1‑94 (MQ=60)
GGCGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTC > SRR4302547.4228636/1‑94 (MQ=60)
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ACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG < SRR4302547.507101/94‑1 (MQ=60)
|
TAAAATAGCTGCTCAGTTTTTTACCTGACTTAACGATCAGGTAGTCCAGAGTGGCACAGGTCGATTCAAAATCGTTGCTTGCCCACAGGACGACGTCAGGTTCACCGGATGATTTTTTCGCTTTCCGTAACAGGAAGAGTGGTTTTGTGCTCATTGTTTTTTAACCTCAACTCAGATTAAAATTCG > NC_000913/1415257‑1415442
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
