Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
593 |
264.2 |
13311096 |
97.8% |
13018251 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,810,753 |
T→C |
A132A (GCT→GCC) |
b3639 → |
Dfp |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,810,753 | 0 | T | C | 100.0%
| 887.5
/ NA
| 239 | A132A (GCT→GCC) | b3639 | Dfp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (110/129); total (110/129) |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
GGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGG > NC_000913/3810663‑3810842
|
ggCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAAATGTACCGTGCcgccgc < 2:6646681/93‑1 (MQ=255)
cGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCa > 2:811917/1‑93 (MQ=255)
aTGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACgc > 1:466174/1‑93 (MQ=255)
aCCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACgcagc < 2:586299/93‑1 (MQ=255)
aCCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACgcagc > 2:3478266/1‑93 (MQ=255)
cTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCAt > 2:5491858/1‑93 (MQ=255)
cTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCAt > 1:165133/1‑93 (MQ=255)
tGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATa > 2:3623142/1‑93 (MQ=255)
ggTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATaa > 1:6064410/1‑93 (MQ=255)
ggTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATaa < 1:2288825/93‑1 (MQ=255)
ggTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATaa > 2:871938/1‑93 (MQ=255)
tCGACGATTTGTCTGGCTACCCCTGCCCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTa < 1:452490/93‑1 (MQ=255)
tCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTa < 2:6621727/93‑1 (MQ=255)
tCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTa < 1:3795777/93‑1 (MQ=255)
gacgaTTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTaga < 1:740012/93‑1 (MQ=255)
gacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCTTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTaga < 1:4372569/93‑1 (MQ=255)
gacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTaga > 1:2194584/1‑93 (MQ=255)
gacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTaga > 2:50876/1‑93 (MQ=255)
gacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTaga > 1:271168/1‑93 (MQ=255)
gacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTaga < 1:718930/93‑1 (MQ=255)
gacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTaga < 2:2212928/93‑1 (MQ=255)
gacgaTTTGTCTGCCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTaga < 2:786230/93‑1 (MQ=255)
acgaTTTGTTTGTCTACCCCTGCGCCGATACCCGTGCACCCCGTCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTagag < 1:6556466/93‑1 (MQ=255)
cgaTTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAgg < 1:106255/93‑1 (MQ=255)
cgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAgg < 2:3353140/93‑1 (MQ=255)
gaTTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGt < 2:335023/93‑1 (MQ=255)
gaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGt > 1:3540526/1‑93 (MQ=255)
gaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGt > 2:6272680/1‑93 (MQ=255)
gaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGt < 2:491164/93‑1 (MQ=255)
gaTTTGTCTGACTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGt < 1:4110779/93‑1 (MQ=255)
tttGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgc < 2:1680955/93‑1 (MQ=255)
ttGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgct < 2:5384042/93‑1 (MQ=255)
ttGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgct < 2:3166669/93‑1 (MQ=255)
gTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgcttg > 1:1338131/1‑93 (MQ=255)
tCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgcttgc < 2:1873578/93‑1 (MQ=255)
tCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgcttgc < 1:1417254/93‑1 (MQ=255)
cTGGCCACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgcttgct < 1:314810/93‑1 (MQ=255)
tGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTgcttgctt > 1:383119/1‑93 (MQ=255)
gccTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTc < 2:4068588/91‑1 (MQ=255)
cTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTccc < 1:1485068/93‑1 (MQ=255)
cTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTccc < 2:2441119/93‑1 (MQ=255)
acacCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGACGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGt > 1:6425404/1‑93 (MQ=255)
acCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTgg > 2:3060115/1‑93 (MQ=255)
cTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGtt < 1:2918147/93‑1 (MQ=255)
tGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGttt < 1:5484598/93‑1 (MQ=255)
tGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGttt > 2:3991982/1‑93 (MQ=255)
gcgcCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTg < 1:5859652/93‑1 (MQ=255)
ccTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTc > 2:717528/1‑93 (MQ=255)
ccTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTc > 2:2596451/1‑93 (MQ=255)
ccTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTc > 2:2037691/1‑93 (MQ=255)
ccTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTc < 2:1948266/93‑1 (MQ=255)
ccTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTCCTc > 2:3025018/1‑93 (MQ=255)
cTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCa < 2:562303/93‑1 (MQ=255)
cTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCa > 2:124142/1‑93 (MQ=255)
tGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCAt < 2:14096/93‑1 (MQ=255)
gTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATc < 2:4729081/93‑1 (MQ=255)
aGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTg > 2:6357245/1‑93 (MQ=255)
aGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTg > 2:6266833/1‑93 (MQ=255)
gCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTgg > 2:4213344/1‑93 (MQ=255)
gCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTgg < 1:5263698/93‑1 (MQ=255)
ccGTTCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTggg < 2:3292776/93‑1 (MQ=255)
ccGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTggg < 1:834667/93‑1 (MQ=255)
ccGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTggg > 2:3382198/1‑93 (MQ=255)
gTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTggggg > 1:1260904/1‑93 (MQ=255)
tGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGc > 2:5760540/1‑93 (MQ=255)
tGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGc < 1:6362295/93‑1 (MQ=255)
gCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGcc > 1:4173485/1‑93 (MQ=255)
cTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGccg > 1:1013154/1‑92 (MQ=255)
tCCCCGCCATTAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCat > 2:273031/1‑92 (MQ=255)
ccccGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGa < 2:2780251/93‑1 (MQ=255)
cccGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGAc < 1:3361234/93‑1 (MQ=255)
cccGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGAc < 1:1724759/93‑1 (MQ=255)
ccGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACa < 1:927/93‑1 (MQ=255)
ccGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACa > 1:2754042/1‑93 (MQ=255)
gCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGt > 1:6237431/1‑93 (MQ=255)
gCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGt > 1:6634423/1‑93 (MQ=255)
ccATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTg > 2:4980002/1‑93 (MQ=255)
cATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGTGCCAGACAGTgg < 1:1744669/93‑1 (MQ=255)
aTGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGc < 1:5346801/93‑1 (MQ=255)
tGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGGTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCa < 2:4349788/93‑1 (MQ=255)
aaCCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGt < 2:2288715/93‑1 (MQ=255)
aCCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTc > 1:6138286/1‑93 (MQ=255)
agcagATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAgg < 2:4146219/93‑1 (MQ=255)
agcagATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAgg > 1:1613391/1‑93 (MQ=255)
agATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCtt > 2:91610/1‑93 (MQ=255)
agATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCtt > 2:380464/1‑93 (MQ=255)
gATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTtg < 2:2647927/93‑1 (MQ=255)
aTGTACCGTACCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTtgt < 1:4620341/93‑1 (MQ=255)
tGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTtgtg < 1:2094144/93‑1 (MQ=255)
aCCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTgtggtg < 2:2918134/93‑1 (MQ=255)
ccGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGa > 2:6093683/1‑93 (MQ=255)
gTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGata > 1:3947270/1‑93 (MQ=255)
gTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGata > 1:2052022/1‑93 (MQ=255)
gTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGata > 1:519262/1‑93 (MQ=255)
tGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGatat < 1:5086950/93‑1 (MQ=255)
gccgccgccACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATc > 2:4786415/1‑93 (MQ=255)
ccgccgCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCg > 1:3693401/1‑93 (MQ=255)
ccgccgCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCg < 1:501122/93‑1 (MQ=255)
ccgccgCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTCCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCg < 1:3025018/93‑1 (MQ=255)
cgccgcCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCgg > 2:1611812/1‑93 (MQ=255)
|
GGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGG > NC_000913/3810663‑3810842
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCT > NC_000913/3810660‑3810846
|
AATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCC < SRR4302547.1390979/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCG > SRR4302547.4696385/1‑94 (MQ=60)
ATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCG > SRR4302547.1277702/1‑94 (MQ=60)
TGGCGAATGACCTGTTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGC < SRR4302547.3504522/94‑1 (MQ=60)
AATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGC > SRR4302547.474766/1‑94 (MQ=60)
ATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGTCGCCGCCACGCC > SRR4302547.1189906/1‑94 (MQ=60)
ATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCA < SRR4302547.3894472/94‑1 (MQ=60)
ATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCA > SRR4302547.5385839/1‑94 (MQ=60)
TGACCGGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAG < SRR4302547.4975442/94‑1 (MQ=60)
CCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCAT > SRR4302547.2784222/1‑94 (MQ=60)
CCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCAT > SRR4302547.1739425/1‑94 (MQ=60)
CCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCAT > SRR4302547.168168/1‑94 (MQ=60)
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GCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCG > SRR4302547.3768803/1‑94 (MQ=60)
CCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGG < SRR4302547.1313545/94‑1 (MQ=60)
CCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGG > SRR4302547.146651/1‑94 (MQ=60)
CCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGG < SRR4302547.510252/94‑1 (MQ=60)
CCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTCCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGG < SRR4302547.3085164/94‑1 (MQ=60)
GCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTC < SRR4302547.3698414/94‑1 (MQ=60)
GCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTC < SRR4302547.4680635/94‑1 (MQ=60)
CCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCC < SRR4302547.2953468/94‑1 (MQ=60)
CCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCC > SRR4302547.858338/1‑94 (MQ=60)
CCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCC > SRR4302547.1425502/1‑94 (MQ=60)
CGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGTCCAGACAGTGGCCGTCAGGCTGGTGGTGATATCAGTCCT < SRR4302547.5552843/94‑1 (MQ=60)
CGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCT < SRR4302547.3859230/94‑1 (MQ=60)
CGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCT < SRR4302547.5165690/94‑1 (MQ=60)
CGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCT < SRR4302547.5552842/94‑1 (MQ=60)
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AATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCT > NC_000913/3810660‑3810846
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
