Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
521 |
238.2 |
12299412 |
96.0% |
11807435 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,810,753 |
T→C |
A132A (GCT→GCC) |
b3639 → |
Dfp |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,810,753 | 0 | T | C | 99.1%
| 808.5
/ ‑2.6
| 229 | A132A (GCT→GCC) | b3639 | Dfp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (118/109); total (119/110) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
GGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTC > NC_000913/3810663‑3810844
|
ggCGAAGGACCTGGTATCGAGGATTGGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCcgccgc < 1:5425428/93‑1 (MQ=255)
cGAATGCCCTGGTATCGCCGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCa < 2:1085528/93‑1 (MQ=255)
cGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCa < 2:83743/93‑1 (MQ=255)
gAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCAc < 1:3545213/93‑1 (MQ=255)
gAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCAc > 1:3928471/1‑93 (MQ=255)
gAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCAc < 1:5147970/93‑1 (MQ=255)
aaTGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACg > 2:3533695/1‑93 (MQ=255)
aaTGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACg > 2:5301779/1‑93 (MQ=255)
aTGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACgc > 2:4641425/1‑93 (MQ=255)
tGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACgca < 1:1303680/93‑1 (MQ=255)
agACCTTGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACgca < 1:5244085/92‑1 (MQ=255)
ccTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACgcagca > 2:3587147/1‑93 (MQ=255)
ccTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACgcagca > 1:2405605/1‑93 (MQ=255)
cTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCAt > 1:1776595/1‑93 (MQ=255)
cTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCAt > 2:1532414/1‑93 (MQ=255)
cTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCAt > 2:5383745/1‑93 (MQ=255)
tGGTATCGAGTATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATa < 1:4634614/93‑1 (MQ=255)
tGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATa < 2:4046574/93‑1 (MQ=255)
tGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATa > 1:1206220/1‑93 (MQ=255)
ggTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATaa < 1:1055904/93‑1 (MQ=255)
ggTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATaa < 1:1130241/93‑1 (MQ=255)
gTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAAt < 2:3756961/93‑1 (MQ=255)
aTCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAAttt > 1:375583/1‑93 (MQ=255)
aTCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAAttt < 2:749382/93‑1 (MQ=255)
aTCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAAttt < 1:4896157/93‑1 (MQ=255)
tCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTa > 2:3344512/1‑93 (MQ=255)
tCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTa > 1:338035/1‑93 (MQ=255)
cgacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTag > 2:2202879/1‑93 (MQ=255)
cgacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGGACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTag > 1:485129/1‑93 (MQ=255)
gacgaTTTGCCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTaga < 1:1092046/93‑1 (MQ=255)
gcgttttGTCTGGCTCCACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTagag < 1:4763016/89‑1 (MQ=255)
acgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTagag > 2:5600397/1‑93 (MQ=255)
cgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAgg < 2:3984874/93‑1 (MQ=255)
cgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAgg < 2:4345130/93‑1 (MQ=255)
gaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGGACCGTGCGGCCGCCAGGCAGCATAGTTTAGAggg > 2:4666632/1‑92 (MQ=255)
aTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtg > 1:5633982/1‑93 (MQ=255)
tttGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgc < 2:2826966/93‑1 (MQ=255)
tttGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgc < 2:4052501/93‑1 (MQ=255)
tttGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgc < 1:1722214/93‑1 (MQ=255)
tttGTCTAGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgc < 1:2575312/93‑1 (MQ=255)
ttGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgct < 2:796354/93‑1 (MQ=255)
tGTCTGGCTCCACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgctt < 1:2299182/93‑1 (MQ=255)
gTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgcttg > 2:4480053/1‑93 (MQ=255)
gTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgcttg > 1:1990182/1‑93 (MQ=255)
tCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgcttgc > 2:3809523/1‑93 (MQ=255)
tGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTgcttgctt < 1:1333266/93‑1 (MQ=255)
tGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTgcttgctt > 2:2568228/1‑93 (MQ=255)
cacCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTg < 2:5763239/93‑1 (MQ=255)
cTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGtt > 1:6050104/1‑93 (MQ=255)
tGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGttt > 2:3875608/1‑93 (MQ=255)
tGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGttt > 1:880452/1‑93 (MQ=255)
tGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGttt > 2:2382617/1‑93 (MQ=255)
tGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGttt < 1:1763166/93‑1 (MQ=255)
gcgcCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTg > 1:3291721/1‑93 (MQ=255)
gcCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCt > 1:2621907/1‑93 (MQ=255)
ccTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTc > 1:4353202/1‑93 (MQ=255)
ccTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTc > 2:1988818/1‑93 (MQ=255)
cTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCa < 1:4709706/93‑1 (MQ=255)
tGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCAt > 1:415652/1‑93 (MQ=255)
tGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCAt > 2:2910209/1‑93 (MQ=255)
tGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGGGGTTTGCTCAt > 1:2297611/1‑93 (MQ=255)
aGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGACGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTAATCTg > 1:4087276/1‑93 (MQ=255)
aGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTg < 2:3440291/93‑1 (MQ=255)
ccGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTggg < 1:5658254/93‑1 (MQ=255)
gccccccGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGcc < 2:4862919/90‑1 (MQ=255)
cccGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGAc > 2:5992294/1‑93 (MQ=255)
cccGCCATGAACAAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCAGGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGAc < 2:1704119/93‑1 (MQ=255)
cGCCATGAACCAGCAGATGGACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGTTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAg > 1:74389/1‑93 (MQ=255)
cATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTgg > 2:629036/1‑93 (MQ=255)
aTGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGATTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGc > 1:2891425/1‑93 (MQ=255)
ccAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCa < 2:1820889/93‑1 (MQ=255)
ccAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCCGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCa < 2:777979/93‑1 (MQ=255)
agcagATTTCGCGTGCCGCCGCCACGTAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAgg < 1:427199/93‑1 (MQ=255)
agcagATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAgg > 1:6133545/1‑93 (MQ=255)
agcagATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAgg < 2:1317537/93‑1 (MQ=255)
agcagATGTACCGCGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGCGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCAAGACAGTGGCAGTCAgg > 1:383434/1‑93 (MQ=255)
gcagATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGc > 1:2962618/1‑93 (MQ=255)
gcagATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGc > 2:3082695/1‑93 (MQ=255)
gcagATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGc < 1:308687/93‑1 (MQ=255)
cagATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCt > 1:970533/1‑93 (MQ=255)
cagATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCt > 1:2130370/1‑93 (MQ=255)
agATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCtt > 1:1525967/1‑93 (MQ=255)
agATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCtt < 1:192055/93‑1 (MQ=255)
agATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCtt > 1:602587/1‑93 (MQ=255)
gATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTtg < 2:2665897/93‑1 (MQ=255)
aTGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTtgt < 1:101582/93‑1 (MQ=255)
tGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTtgtg < 2:4383050/93‑1 (MQ=255)
tGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTtgtg > 2:5461717/1‑93 (MQ=255)
tGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGGGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCCtgtg > 1:4447596/1‑93 (MQ=255)
gTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTgtgg > 2:4256353/1‑93 (MQ=255)
gTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTgtgg > 1:4979984/1‑93 (MQ=255)
tACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTgtggt < 1:5100168/93‑1 (MQ=255)
gTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGata < 1:617887/93‑1 (MQ=255)
gTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGata < 1:2157091/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGatat < 2:2102922/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGatat > 1:3917172/1‑93 (MQ=255)
gccgccgccACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATc < 2:5034442/93‑1 (MQ=255)
gccgccgccACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATc < 2:4171122/93‑1 (MQ=255)
gccgccgccACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATc > 2:2796397/1‑93 (MQ=255)
cgccgcCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCgg < 2:5505661/93‑1 (MQ=255)
|
GGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTC > NC_000913/3810663‑3810844
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCT > NC_000913/3810660‑3810846
|
AATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCC > SRR4302532.830913/1‑94 (MQ=60)
ATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCG < SRR4302532.5108982/94‑1 (MQ=60)
GGCGAATGGCCCGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCC < SRR4302532.2217921/94‑1 (MQ=60)
GGCGAAGGACCTGGTATCGAGGATTGGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCC < SRR4302532.5613469/94‑1 (MQ=60)
CGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCTTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCAC < SRR4302532.3107260/94‑1 (MQ=60)
CGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCAC > SRR4302532.4060833/1‑94 (MQ=60)
GATTGACTTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACG < SRR4302532.5662192/94‑1 (MQ=60)
GAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACG < SRR4302532.3935979/94‑1 (MQ=60)
GAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACG < SRR4302532.5325067/94‑1 (MQ=60)
GAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCCGCCACG < SRR4302532.3663825/94‑1 (MQ=60)
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ATGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGGGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCCTGTG > SRR4302532.4599176/1‑94 (MQ=60)
TGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGG < SRR4302532.1517555/94‑1 (MQ=60)
TGTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGG > SRR4302532.5150695/1‑94 (MQ=60)
GTACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGT > SRR4302532.2066800/1‑94 (MQ=60)
TACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTG < SRR4302532.3416827/94‑1 (MQ=60)
TACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTG > SRR4302532.4947088/1‑94 (MQ=60)
TACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTG < SRR4302532.5275514/94‑1 (MQ=60)
ACCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGGGA > SRR4302532.362200/1‑94 (MQ=60)
CCGTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGAT > SRR4302532.3160569/1‑94 (MQ=60)
GTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATAT < SRR4302532.2229205/94‑1 (MQ=60)
GTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATAT > SRR4302532.4049176/1‑94 (MQ=60)
GTGCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATAT < SRR4302532.639412/94‑1 (MQ=60)
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GCCGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCG < SRR4302532.5842692/94‑1 (MQ=60)
CGCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGT > SRR4302532.1015141/1‑94 (MQ=60)
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GCCGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTC > SRR4302532.2267879/1‑94 (MQ=60)
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CGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGGGATATCGGTCCT > SRR4302532.4020426/1‑94 (MQ=60)
|
AATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCT > NC_000913/3810660‑3810846
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
