Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
593 |
264.2 |
13311096 |
97.8% |
13018251 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,951,166 |
+C |
coding (35/1818 nt) |
ilvD → |
dihydroxyacid dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,951,166 | 1 | . | C | 100.0%
| 568.6
/ NA
| 155 | G12A (GGG→GCG) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base C (18/137); total (18/137) |
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GG‑GC‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951074‑3951248
|
agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCCCGCGGG‑C‑‑G‑‑GT‑gg‑g > 2:961203/1‑93 (MQ=255)
acagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑ggcgc < 2:1680039/93‑4 (MQ=255)
acagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑ggcgc < 1:2146217/93‑4 (MQ=255)
cagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCG‑G‑‑T‑‑GT‑gg‑gggg > 1:860120/1‑90 (MQ=255)
agacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGGCGTGCG‑C‑‑C‑‑GT‑gg‑ggcgc > 1:2528217/1‑89 (MQ=255)
gggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGa < 1:3670202/93‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGaa < 2:4029368/93‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGaa < 1:2396414/93‑1 (MQ=255)
gTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGa < 2:6441602/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGAc < 1:3469730/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGAc < 2:3107589/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGAc < 2:4209347/93‑1 (MQ=255)
aaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGAcc < 2:1380524/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGa < 2:1833736/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGa < 1:1418240/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGa < 1:4356749/93‑1 (MQ=255)
taaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGAc < 1:1705495/93‑1 (MQ=255)
aaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGc < 1:35913/93‑1 (MQ=255)
aGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGcc < 2:4483451/93‑1 (MQ=255)
gTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCg < 1:5900310/93‑1 (MQ=255)
gTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑C‑‑GTGGG‑GCG‑CCACCCGCATGAGCGACGCCg > 2:5638748/1‑93 (MQ=255)
tATGCCTACGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GTGGG‑GCG‑CCACCGGGATGAACGACCCCgc > 1:6497830/1‑92 (MQ=255)
tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGa < 1:4377797/93‑1 (MQ=255)
tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCG‑C‑‑TGGGG‑GG‑GG‑‑CCACCCGAATGACCGACACCGa > 1:277252/1‑93 (MQ=255)
aTGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGAt < 2:1726202/93‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 1:2835884/93‑1 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGAttt < 1:2091563/93‑1 (MQ=255)
ccTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 2:5519424/93‑1 (MQ=255)
cTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGGACGACCGAACCCGCTTTCg > 2:5750132/1‑93 (MQ=255)
cTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCg < 1:5805377/93‑1 (MQ=255)
tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCCCCCGAATGACCGACGCCGCGTTCgg > 1:198247/1‑93 (MQ=255)
caaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 2:5433914/92‑1 (MQ=255)
agaaCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTa < 2:696226/90‑1 (MQ=255)
aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCCTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCCGGATGACCGCCGCCGCCTTCCGTa > 2:5101803/1‑93 (MQ=255)
aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCCCCCGAATGACCGACGCCGATTTctgga > 2:5977912/1‑89 (MQ=255)
gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTaa < 2:1306638/93‑1 (MQ=255)
gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTaa < 1:629126/93‑1 (MQ=255)
gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GTGGG‑GCG‑CCACCCGGATGACCGACGCCGATTTTgggag > 1:520790/1‑90 (MQ=255)
tACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GTGGG‑GCG‑CCCCCGGGATGAACGACGCCGATTTCGGTAAg > 2:1434155/1‑93 (MQ=255)
gccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 2:609053/92‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 1:5322042/93‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 1:4692843/93‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGCATGAACGACACCCATTTTCGTAAGc > 1:630649/1‑93 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGcc < 2:2764325/93‑1 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGcc < 2:188055/93‑1 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCCCGTGCG‑G‑‑C‑‑GT‑GGCGCG‑GCCCCCGGATGAACGACCCCGCTTTCGGTTAggc > 2:3256058/1‑91 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 2:1869845/93‑1 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAt < 1:4078810/93‑1 (MQ=255)
tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CTACCGGAAGGTCCGACTCCGATTTCGGTAATCCGAtt < 1:5106641/93‑1 (MQ=255)
tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAtt < 1:3173292/93‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:2296920/93‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:6261291/93‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:5586126/93‑1 (MQ=255)
cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 1:1146936/93‑1 (MQ=255)
cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 2:868503/93‑1 (MQ=255)
cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 1:5653559/93‑1 (MQ=255)
cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 1:2278729/93‑1 (MQ=255)
gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 2:1204389/93‑1 (MQ=255)
gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:3799478/93‑1 (MQ=255)
ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcg < 2:656002/93‑1 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTTGTCCG‑C‑‑C‑‑GG‑GGCGCGGCCCCCGCAATG‑GCGACGGCGGTTTCGGGGAGCCGAATAACGCggc > 2:2964702/1‑92 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCG‑C‑‑C‑‑GTGGG‑GCG‑CCAACGGAAAGAACCAACCCGAGTTTGGGGAGCCGATTATCGCGGt > 2:4807048/1‑93 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 2:2966822/93‑1 (MQ=255)
acTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGG‑CCGT‑‑GG‑GG‑GG‑‑CCACCGGAATGACCCACCACGCTTTCGGTAAGCCGATTATTCCGGTtgtg > 2:2103570/1‑93 (MQ=255)
cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGa < 1:6267956/93‑1 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCC‑‑G‑‑GG‑GG‑GCG‑CCACCGGGATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATAGCGGTtgtgga > 2:4819897/1‑91 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 1:2478648/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 2:5821577/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 2:4893017/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 1:5116061/93‑1 (MQ=255)
aTGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 1:1305555/93‑1 (MQ=255)
aTGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 2:3889135/93‑1 (MQ=255)
aTGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 1:6383240/93‑1 (MQ=255)
gTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 2:772102/93‑1 (MQ=255)
gTAATATGGCGGGTGCTCCCGCG‑C‑‑C‑‑GTGGG‑GCG‑CCACCGGGATGACCGCCGCCGCTTTTGGGCAGCCGATTATCGCGGGTGTGGACTCGTTcc > 2:354721/1‑92 (MQ=255)
aaTATGGCGGGGGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GTGGG‑GCG‑CCCCCCGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGGACACGTTcccc > 2:500868/1‑93 (MQ=255)
atatGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAccc < 2:1165715/93‑1 (MQ=255)
tatGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCa < 2:5119792/93‑1 (MQ=255)
tatGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCa < 2:3592516/93‑1 (MQ=255)
tatGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCCGAATGACCCACCCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAATCGTTCACCCa > 2:2610573/1‑93 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAt < 2:4753963/93‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 2:5215287/93‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 2:2014717/93‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 1:2592613/93‑1 (MQ=255)
cGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTg < 2:3662701/93‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa > 1:1550013/1‑93 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa > 2:3047846/1‑93 (MQ=255)
tGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc > 1:1542356/1‑93 (MQ=255)
tGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc > 1:3099371/1‑93 (MQ=255)
tGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 1:6242200/93‑1 (MQ=255)
tCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg > 1:3606288/1‑93 (MQ=255)
cGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt < 2:606017/93‑1 (MQ=255)
cGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt < 2:660897/93‑1 (MQ=255)
cGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt < 2:4994758/93‑1 (MQ=255)
gTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 1:4897336/93‑1 (MQ=255)
gTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 1:1904574/93‑1 (MQ=255)
gTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc > 2:4548219/1‑93 (MQ=255)
tGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa < 1:2971272/93‑1 (MQ=255)
gcg‑c‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc > 2:6312448/1‑93 (MQ=255)
gcg‑c‑‑T‑‑GT‑GGCGCG‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc > 1:5386521/1‑93 (MQ=255)
|
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCG‑C‑‑T‑‑GT‑GG‑GC‑‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951074‑3951248
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑G‑‑C‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > NC_000913/3951073‑3951250
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CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GG < SRR4302547.3110118/94‑1 (MQ=60)
CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GG < SRR4302547.4733026/94‑1 (MQ=60)
CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCT‑‑GT‑‑‑‑GG > SRR4302547.4951424/1‑94 (MQ=60)
ACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGcgcg < SRR4302547.2189033/94‑5 (MQ=60)
ACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGGT‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑Gggg > SRR4302547.876553/1‑91 (MQ=60)
GACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGcgcgcca < SRR4302547.4189437/94‑8 (MQ=60)
ACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGcgcgccaccg < SRR4302547.3754920/94‑11 (MQ=60)
CTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGcgcgccaccgg < SRR4302547.6752918/94‑12 (MQ=60)
CTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGcgcgccaccgg < SRR4302547.3887190/94‑12 (MQ=60)
TGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑Ggggcccccgga > SRR4302547.408622/1‑83 (MQ=60)
GGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAA < SRR4302547.3745051/94‑1 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAAT < SRR4302547.2444960/94‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATG < SRR4302547.3852166/94‑1 (MQ=60)
GTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGAC < SRR4302547.5230752/94‑1 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACC < SRR4302547.3540489/94‑1 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGACGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACC < SRR4302547.5982738/94‑1 (MQ=60)
AAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCG < SRR4302547.2535281/94‑1 (MQ=60)
AATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGGT‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑Ggcgccacccggatgaacca > SRR4302547.3922483/1‑75 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGAC < SRR4302547.4446242/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGAC < SRR4302547.1446629/94‑1 (MQ=60)
TAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACG < SRR4302547.1739045/94‑1 (MQ=60)
AAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCC < SRR4302547.4449328/94‑1 (MQ=60)
AAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCC < SRR4302547.36568/94‑1 (MQ=60)
AAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCC < SRR4302547.2362325/94‑1 (MQ=60)
GTATGCCTACGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑Ggcgccaccgggatgaacgaccccgc > SRR4302547.6633075/1‑69 (MQ=60)
GTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGA < SRR4302547.6022499/94‑1 (MQ=60)
GTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGGGG‑‑‑‑GG‑‑‑G‑‑G‑CCACCCGAATGACCGACACCGA > SRR4302547.282426/1‑94 (MQ=60)
GTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑Ggcgccacccggatgacacccgcccc > SRR4302547.5180982/1‑69 (MQ=60)
TATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGAT < SRR4302547.1653218/94‑1 (MQ=60)
TATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGAT < SRR4302547.4467774/94‑1 (MQ=60)
TATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGCCGTGCGCT‑‑GTGGCGGG‑‑‑G‑‑C‑C‑‑CCGGGATGACCGACGCCGAT > SRR4302547.6466042/1‑94 (MQ=60)
ATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATT < SRR4302547.3538268/94‑1 (MQ=60)
ATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATT < SRR4302547.3169241/94‑1 (MQ=60)
ATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATT < SRR4302547.3672395/94‑1 (MQ=60)
TGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTT < SRR4302547.2892578/94‑1 (MQ=60)
GCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTC < SRR4302547.2133248/94‑1 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGG < SRR4302547.5925490/94‑1 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑Ggcggcccccggatgaccgccccccgcttcgg > SRR4302547.724198/1‑63 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑Ggcggcccccggatgaccgacgcccgttttgt > SRR4302547.1701968/1‑63 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGCGCG‑‑C‑CC‑CCCGAATGACCGACGCCGCGTTCGG > SRR4302547.201949/1‑94 (MQ=60)
AGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑GGCG‑CCACCCGGATGACCGACGCCGATTTtgggag > SRR4302547.530228/1‑88 (MQ=60)
GTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAG < SRR4302547.640743/94‑1 (MQ=60)
TACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGcgcgccaccggcatgaacgacacccattttcgtaagc > SRR4302547.642301/1‑57 (MQ=60)
ACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCC < SRR4302547.5431758/94‑1 (MQ=60)
ACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCC < SRR4302547.4488095/94‑1 (MQ=60)
ACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCC < SRR4302547.4790034/94‑1 (MQ=60)
ACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCC < SRR4302547.1528096/94‑1 (MQ=60)
CCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTACGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCG < SRR4302547.6041783/94‑1 (MQ=60)
CGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGGATGACCGACGCCGAGTTTGGGAAGCCGA > SRR4302547.5083048/1‑94 (MQ=60)
GTTCCGCCACCACCACTCATAGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑Ggcgccccccggatgaccgccgcccggttctgtaaggcgat > SRR4302547.28492/1‑54 (MQ=60)
TTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATT < SRR4302547.4161697/94‑1 (MQ=60)
TCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCTACCGGAAGGTCCGACTCCGATTTCGGTAATCCGATTA < SRR4302547.5211886/94‑1 (MQ=60)
TCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTA < SRR4302547.4337888/94‑1 (MQ=60)
TCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTA < SRR4302547.3236467/94‑1 (MQ=60)
TCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTA < SRR4302547.5211887/94‑1 (MQ=60)
CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCT‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑Ggcgcccccgggatgaacgacgcccgttttgggtagaggatctt > SRR4302547.4648812/1‑51 (MQ=47)
CGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATC < SRR4302547.5770273/94‑1 (MQ=60)
CGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATC < SRR4302547.1170129/94‑1 (MQ=60)
CGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATC < SRR4302547.6374412/94‑1 (MQ=60)
CGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATC < SRR4302547.2324849/94‑1 (MQ=60)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302547.5392111/94‑1 (MQ=60)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302547.3876932/94‑1 (MQ=60)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302547.1437491/94‑1 (MQ=60)
CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCG < SRR4302547.1916453/94‑1 (MQ=60)
CCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT < SRR4302547.6706623/94‑1 (MQ=60)
CCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT < SRR4302547.2632688/94‑1 (MQ=60)
ACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCC‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑Ggcggcccccgaatgaacgacgccgaatttcgtaaagcgattattccggttt > SRR4302547.2327344/1‑43 (MQ=60)
CCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGT < SRR4302547.2123876/94‑1 (MQ=60)
CACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGcggggcacccggatgaaccacccccaatttcgggagaccattataacggctgtg > SRR4302547.3577848/1‑40 (MQ=54)
ACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑Ggggccccccgaaagaccgacgcccaattttggaagccgactatcgcgggtttga > SRR4302547.5104228/1‑40 (MQ=60)
CTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAA < SRR4302547.6398165/94‑1 (MQ=60)
CTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCCGGATGACCGACACCGCCTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGGTGTGAA > SRR4302547.2142534/1‑94 (MQ=50)
CTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGCGCG‑‑C‑CCCCCGG‑ATGAACGACGCCGATTTCTGTAAGGCGATTATCGCGGGTGTGGA > SRR4302547.2521413/1‑94 (MQ=40)
CTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCCGGATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCTCGGGTGTGAG > SRR4302547.1427676/1‑94 (MQ=60)
TCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAC < SRR4302547.410323/94‑1 (MQ=60)
CATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302547.2528749/94‑1 (MQ=60)
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ATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTC < SRR4302547.1331811/94‑1 (MQ=60)
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GGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGT < SRR4302547.2303540/94‑1 (MQ=60)
CGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCA < SRR4302547.6529114/94‑1 (MQ=60)
CGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑GGCG‑CCACCCGGATGACCGACGCCGCTTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGGACTCGTTtc > SRR4302547.4977705/1‑92 (MQ=49)
TAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACC < SRR4302547.3720321/94‑1 (MQ=60)
TATATGGCGGGGGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGGGCG‑‑C‑CC‑CCGGGATGACCGACGCCGATTTCGGTAAACCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC > SRR4302547.597426/1‑94 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCGCC‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGCCCCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTTTGCAATCGTTCGCCCA > SRR4302547.1985700/1‑94 (MQ=46)
ATGGCGGGGGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑GGCG‑CCACCGGGATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGGTGTGGACTCGTTCACCCCAT > SRR4302547.3874972/1‑94 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATT < SRR4302547.2996564/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302547.246606/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302547.2644900/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAATCGTTCACCCAATTT > SRR4302547.5832776/1‑94 (MQ=60)
GCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTG < SRR4302547.6423945/94‑1 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA > SRR4302547.1580874/1‑94 (MQ=60)
GGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAC < SRR4302547.306099/94‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC > SRR4302547.1573056/1‑94 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC > SRR4302547.3160769/1‑94 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG < SRR4302547.6371878/94‑1 (MQ=60)
GCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG > SRR4302547.5697117/1‑94 (MQ=60)
CTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG > SRR4302547.3679830/1‑94 (MQ=60)
CTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG > SRR4302547.1577728/1‑94 (MQ=60)
TCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGT < SRR4302547.1994576/94‑1 (MQ=60)
GTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA > SRR4302547.6406935/1‑94 (MQ=60)
GTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA < SRR4302547.1942258/94‑1 (MQ=60)
GTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA < SRR4302547.4998749/94‑1 (MQ=60)
TGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302547.3030413/94‑1 (MQ=60)
TGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > SRR4302547.5497748/1‑94 (MQ=60)
CGCT‑‑GT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑CGCCACCGGAATGACCGCCGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > SRR4302547.4512587/1‑94 (MQ=60)
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CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑‑‑GG‑‑‑G‑‑C‑CCACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > NC_000913/3951073‑3951250
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
