Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
521 |
238.2 |
12299412 |
96.0% |
11807435 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,951,166 |
+C |
coding (35/1818 nt) |
ilvD → |
dihydroxyacid dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,951,166 | 1 | . | C | 100.0%
| 447.4
/ NA
| 125 | G12A (GGG→GCG) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base C (12/113); total (12/113) |
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GG‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951074‑3951248
|
gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTTGTGGGCTgg‑‑gg > 2:153794/1‑93 (MQ=255)
agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑ggc < 2:3630139/93‑2 (MQ=255)
gacagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑ggcg > 1:1095833/1‑91 (MQ=255)
cagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCCGg‑‑gg‑gggg > 1:3252683/1‑90 (MQ=255)
gggAGTAAATAAAGTATGCCAAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGa < 1:2156996/93‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCCCCGCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGaa < 2:1144348/93‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGaa < 1:6114394/93‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGaa < 2:464904/93‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGaa < 2:3311270/93‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGaa < 1:4681989/93‑1 (MQ=255)
gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAAt < 2:5099247/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGAc < 1:5920953/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGAc < 1:4283975/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGAc < 1:1211949/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGAc < 2:5220403/93‑1 (MQ=255)
aaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACNACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGAcc < 1:3120422/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 1:3285586/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 2:1541/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 2:1726/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 1:1956490/93‑1 (MQ=255)
taaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCTGTG‑GG‑GCGC‑‑CACCCGAATGACCGAc > 1:4051831/1‑93 (MQ=255)
aaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACg < 1:3650868/93‑1 (MQ=255)
aaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCGCGTGCGCTGT‑‑GG‑GG‑CGGCACCGGAACGAGCGgcgc > 2:2863711/1‑93 (MQ=255)
aGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTTGTGGGCTGTGGGG‑GG‑C‑‑CACCGGCATGACCgccgcc > 1:5958375/1‑93 (MQ=255)
gTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTG‑GG‑GCGC‑‑CACCGGAATGAACGGCGCC‑g > 1:1138544/1‑93 (MQ=255)
tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑Ga < 1:42586/93‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GAtt < 2:5425106/93‑1 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GAttt < 2:502012/93‑1 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GAttt < 1:2066437/93‑1 (MQ=255)
ccTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTc < 2:4145421/93‑1 (MQ=255)
ccTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTc < 2:5980446/93‑1 (MQ=255)
cTAAGTACCGTTTCGCCACCCCCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCg < 1:2154395/93‑1 (MQ=255)
cTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑GG‑GCGC‑‑CACCCGGATGACCGACCCC‑GCttttg > 2:4561164/1‑91 (MQ=255)
gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTaa < 2:1008275/93‑1 (MQ=255)
gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTaa < 1:2067734/93‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGc < 2:3305634/93‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGc < 1:5476696/93‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCCGT‑‑GGCGCGC‑‑CCCCCGAATGACAGACGCC‑CATTTTGGTAAGc > 2:6147065/1‑93 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGCCGTG‑GG‑GCGC‑‑CCCCCGGATGAACGCCGCC‑CATTTCTGTAAGcc > 2:4831558/1‑93 (MQ=255)
gTTCCGCCACCGCCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGa < 2:1240610/93‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGa < 1:839091/93‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑GG‑GG‑CGGCACCGGGATGGCCGGCGCC‑CGTTTTGGTGAGCCgg > 1:4947552/1‑92 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCGCGTGGGGCGT‑‑GG‑GG‑CGGCCCCCGGATGAACCACGCCGGATTTCGGTATGCCgt > 1:3476846/1‑92 (MQ=255)
tCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGAtt < 1:2722415/93‑1 (MQ=255)
tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CATCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGAtt < 2:1278082/93‑1 (MQ=255)
tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGAtt < 1:5793504/93‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:4858764/93‑1 (MQ=255)
cccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGTTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATcgcg < 2:2481962/92‑1 (MQ=255)
accaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCCTGCGCTGTG‑GG‑GCGC‑‑CACCGGAATGAGCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATtgcg > 2:6068478/1‑93 (MQ=255)
ccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCgg < 2:3209398/93‑1 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:2368727/93‑1 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:3924955/93‑1 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CCCCCGCATGACCGCCCCC‑GCTTTTGGTAAGCCCATTATCGCggg > 2:4385990/1‑92 (MQ=255)
accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 2:5581437/93‑1 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCTATTATCGCGGTtgt < 1:3754400/93‑1 (MQ=255)
cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGa < 1:1159808/93‑1 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGaa < 1:5571835/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 2:3513989/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 2:3249342/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCAGTTGTGAAc < 1:4185407/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCTGG‑‑GG‑GG‑CGGCACCGGCATGACCGAAGCC‑GACTTCGGTGAGACCATGATCGCGGTTGGGaag > 2:4088949/1‑92 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGCGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 2:5564149/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 1:1965697/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGAGCTCCGGGGCTGTG‑GG‑GCGC‑‑CACCGGGCTAAACGACGCC‑CGGTTCGGTCAGCCGGATATCCCGGTTGTGGACTc > 2:1001832/1‑93 (MQ=255)
gTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGt < 2:3161092/93‑1 (MQ=255)
gTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 1:172564/93‑1 (MQ=255)
gTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 1:3157851/93‑1 (MQ=255)
tAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAc < 2:4308169/93‑1 (MQ=255)
tAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGAACGACCCC‑GGATTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGGACTCGTTCAc > 2:4078889/1‑93 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 1:3296976/93‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAttt < 2:1693621/93‑1 (MQ=255)
cGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCTC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTg < 1:2261522/93‑1 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt > 1:3036584/1‑93 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa > 1:516196/1‑93 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa > 1:73979/1‑93 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 2:3791842/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 1:3834818/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 2:5265434/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 1:4404368/93‑1 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAATTCGTTCACTCAATTTGTAcc > 2:4431465/1‑93 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 2:3803671/93‑1 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 2:1954243/93‑1 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 2:4756911/93‑1 (MQ=255)
tGCTCGCGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc > 1:511179/1‑93 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 2:1871765/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg > 1:2495224/1‑93 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 2:1425255/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg > 2:3733885/1‑93 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGCTCACCCCATTTGTACCg > 2:2415150/1‑93 (MQ=255)
tCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg < 2:5212594/93‑1 (MQ=255)
tCGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg < 1:221849/93‑1 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt < 1:1686895/93‑1 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt < 2:3421647/93‑1 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 2:2168791/93‑1 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 2:4546772/93‑1 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 1:663776/93‑1 (MQ=255)
tGCGCTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa < 2:1340638/93‑1 (MQ=255)
gcgcTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 2:2541814/93‑1 (MQ=255)
gcgcTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc > 2:2877720/1‑93 (MQ=255)
gcgcTGT‑‑GGCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 1:5759446/93‑1 (MQ=255)
|
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GG‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCC‑GATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951074‑3951248
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGG‑‑‑G‑‑C‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > NC_000913/3951073‑3951250
|
CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGG < SRR4302532.2589980/94‑1 (MQ=60)
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGG‑‑‑C < SRR4302532.2019457/94‑1 (MQ=60)
AGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGGcg > SRR4302532.1132477/1‑92 (MQ=60)
GACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGcgc < SRR4302532.4213863/94‑4 (MQ=60)
ACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGcgcgccac < SRR4302532.6206083/94‑9 (MQ=60)
CTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGGGCTGTGGcgggcccccgg > SRR4302532.3978028/1‑83 (MQ=60)
GGGAGTAAATAAAGTATGCCAAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAA < SRR4302532.2229107/94‑1 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAAT < SRR4302532.6325418/94‑1 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAAT < SRR4302532.982798/94‑1 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAAT < SRR4302532.4841664/94‑1 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTGGcgcggcccccggag > SRR4302532.304076/1‑80 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATG < SRR4302532.1184333/94‑1 (MQ=60)
AGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGA < SRR4302532.3790808/94‑1 (MQ=60)
AGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGGcgcgcccccgggatga > SRR4302532.2371463/1‑78 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACC < SRR4302532.4852721/94‑1 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACC < SRR4302532.4428368/94‑1 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACC < SRR4302532.6125989/94‑1 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACC < SRR4302532.1252497/94‑1 (MQ=60)
AAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACNACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCG < SRR4302532.3223958/94‑1 (MQ=60)
AATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGA < SRR4302532.2143772/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTGCCGTTCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGCC < SRR4302532.3481955/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCTTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGTAATGACCGAC < SRR4302532.959790/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGAC < SRR4302532.3394881/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGAC < SRR4302532.3376860/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGAC < SRR4302532.2021477/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCTGTGG‑‑‑GGCG‑‑‑C‑‑CACCCGAATGACCGAC > SRR4302532.4188156/1‑94 (MQ=60)
AAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGC < SRR4302532.2249736/94‑1 (MQ=60)
AAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGC < SRR4302532.3773373/94‑1 (MQ=60)
AGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTGG‑‑‑GGCG‑‑‑C‑‑CACCGGAATGAACGGCGCCG > SRR4302532.1176504/1‑94 (MQ=60)
TATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAT < SRR4302532.44110/94‑1 (MQ=60)
TGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCGCGTGCGCTGTGGtgcgccccctgggtgaaccacgccgcatt > SRR4302532.5174214/1‑65 (MQ=60)
GCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTC < SRR4302532.2135290/94‑1 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTTCGCCACCCCCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGG < SRR4302532.2226413/94‑1 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGGCGCG‑‑C‑‑‑C‑‑CCCCGGAA‑GAACCACGCCGATTTCGG > SRR4302532.5998298/1‑94 (MQ=60)
AGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAA < SRR4302532.6212859/94‑1 (MQ=60)
GTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAG < SRR4302532.2136631/94‑1 (MQ=60)
ACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCC < SRR4302532.5666589/94‑1 (MQ=60)
CGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGG‑‑‑Ggcggcaccgggatggccggcgcccgttttggtgagccgg > SRR4302532.5117354/1‑55 (MQ=60)
GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAT < SRR4302532.867885/94‑1 (MQ=60)
GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCCGTGG‑‑‑Ggcgcccccgggatggacgacgccgcctttgggacggcggt > SRR4302532.5511815/1‑54 (MQ=60)
TTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTGGTGCGCTGTGGcgcgcccccgggaggggcgacgccgcgttctgggactcggtt > SRR4302532.2778962/1‑52 (MQ=49)
TCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTA < SRR4302532.2813978/94‑1 (MQ=60)
TCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTA < SRR4302532.5994907/94‑1 (MQ=60)
CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAT < SRR4302532.5025919/94‑1 (MQ=60)
CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAT < SRR4302532.4411618/94‑1 (MQ=60)
CGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCCGGATGACCCACGCCGATTTCTGTAAGCCGCATATC > SRR4302532.6347188/1‑94 (MQ=38)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGGGCGCTGTGGGGCG‑‑C‑‑‑C‑‑C‑CCCGAATGACCGACGCCGATTTttgtgagccaaatctcg > SRR4302532.4438811/1‑77 (MQ=48)
CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCG < SRR4302532.1326097/94‑1 (MQ=60)
CCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT < SRR4302532.324860/94‑1 (MQ=60)
CACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTT < SRR4302532.2447718/94‑1 (MQ=60)
CACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTT < SRR4302532.4057190/94‑1 (MQ=60)
CACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGGcgcgccacccgaatgacccacgccgaatttcgtgagccgcttatctcgggt > SRR4302532.702301/1‑43 (MQ=60)
ACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGGGCGCTGTGG‑‑‑G‑‑G‑‑‑CGGCCCCGGAATGAACCACGCCGATTTTCGTAAACCGATTATCGAGGTTG > SRR4302532.4073226/1‑94 (MQ=23)
CACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCTATTATCGCGGTTGTG < SRR4302532.3880668/94‑1 (MQ=60)
CTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAA < SRR4302532.1198561/94‑1 (MQ=60)
CTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCTG‑GG‑‑‑G‑‑CGGGC‑‑CACCCGAATGAACGACGCCGATTTTGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGGA > SRR4302532.2112497/1‑94 (MQ=50)
TCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAC < SRR4302532.5765310/94‑1 (MQ=60)
CATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCAGTTGTGAACT < SRR4302532.4325812/94‑1 (MQ=60)
ATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGG‑‑‑Ggggccaccgggatggccgacgccggttttcggaagccggtttttggggttgtgaattc > SRR4302532.5459989/1‑36 (MQ=60)
TGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCG < SRR4302532.2030986/94‑1 (MQ=60)
GTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGcgcgccccccggatgaccgacaccggtttttgttagccgcttatcgcgggtgtgtactcgct > SRR4302532.5692942/1‑32 (MQ=60)
GTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGGGCG‑‑C‑‑‑C‑‑CCCCGG‑ATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTTTTGCGGGTGTGGACTCGTT > SRR4302532.22886/1‑94 (MQ=55)
GTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCcggtagccgcttatctcgggtgtgaactctgt > SRR4302532.3535606/1‑62 (MQ=53)
CGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGGATGACCGTCGCCGATTTTGGCAAGCCGATTATCGCGGCTGTGAACTCGTTCA > SRR4302532.503804/1‑94 (MQ=60)
GTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAC < SRR4302532.2378417/94‑1 (MQ=60)
GTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAC < SRR4302532.3262676/94‑1 (MQ=60)
GTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAC < SRR4302532.178339/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGGGGGCTCGGGCGCTGTGG‑‑‑GGCG‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTTGGGAAGCCGATTATCGGGGTTGTGAAATCGTTCACCCAAT > SRR4302532.1619590/1‑94 (MQ=53)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302532.5898691/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302532.3406682/94‑1 (MQ=60)
CGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CT‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT < SRR4302532.2336558/94‑1 (MQ=60)
CGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT < SRR4302532.5432380/94‑1 (MQ=60)
CGGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT > SRR4302532.3136769/1‑94 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA > SRR4302532.534212/1‑94 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA > SRR4302532.76629/1‑94 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC < SRR4302532.3964296/94‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC > SRR4302532.697627/1‑94 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC < SRR4302532.4554357/94‑1 (MQ=60)
GTGCTCGCGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC > SRR4302532.529036/1‑94 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG > SRR4302532.2578412/1‑94 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCCATTATCGCGGTCGTGAACTCGTTCCTCCAATTTGTCCCGG > SRR4302532.5273676/1‑94 (MQ=60)
TCGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGT < SRR4302532.229427/94‑1 (MQ=60)
CGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC > SRR4302532.2993153/1‑94 (MQ=60)
CGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC < SRR4302532.1743868/94‑1 (MQ=60)
CGTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC < SRR4302532.2061613/94‑1 (MQ=60)
GTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA < SRR4302532.686721/94‑1 (MQ=60)
GTGCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA < SRR4302532.4645330/94‑1 (MQ=60)
GCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG < SRR4302532.5959902/94‑1 (MQ=60)
GCGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG < SRR4302532.2583363/94‑1 (MQ=60)
CGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > SRR4302532.5013407/1‑94 (MQ=60)
CGCTGTGGC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > SRR4302532.433860/1‑94 (MQ=60)
|
CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGG‑‑‑G‑‑C‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > NC_000913/3951073‑3951250
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
