Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F3 I160 R1
|
220 |
104.1 |
6051714 |
95.9% |
5803593 |
84.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
1,632,437 |
(T)7→6 |
intergenic (‑71/+8) |
BW25113_RS08135 ← / ← BW25113_RS25620 |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 1,632,431 | 0 | T | . | 100.0%
| 238.6
/ NA
| 54 | intergenic (‑65/+14) | BW25113_RS08135/BW25113_RS25620 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (22/32); total (22/32) |
TTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCT > NZ_CP009273/1632343‑1632506
|
ttCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGAtt > 1:2730954/1‑90 (MQ=255)
tCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGAttt > 2:2724976/1‑90 (MQ=255)
tttGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGAttttttcat < 2:2733359/90‑4 (MQ=255)
ggATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCatgat < 2:3003822/90‑1 (MQ=255)
ggATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCatgat < 2:710923/90‑1 (MQ=255)
ggATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCatgat < 1:381694/90‑1 (MQ=255)
ggATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCatgat < 1:2048904/90‑1 (MQ=255)
ggATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCatgat < 1:1935259/90‑1 (MQ=255)
tCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTAcc < 1:27079/90‑1 (MQ=255)
aCGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgt < 2:1910772/90‑1 (MQ=255)
aCGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgt < 2:1282067/90‑1 (MQ=255)
aCGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgt < 1:2116472/90‑1 (MQ=255)
aCGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgt < 2:2353426/90‑1 (MQ=255)
aCGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgt < 2:945637/90‑1 (MQ=255)
cGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgta > 1:1624251/1‑90 (MQ=255)
cGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgta > 1:74583/1‑90 (MQ=255)
gCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgtag < 2:2730954/90‑1 (MQ=255)
gCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgtag > 1:1507775/1‑90 (MQ=255)
gCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgtag < 1:3007031/90‑1 (MQ=255)
atgatgGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgtagta < 1:1173431/90‑1 (MQ=255)
gatgGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgtagt < 1:2396171/87‑1 (MQ=255)
gatgGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgtagt > 2:2396171/1‑87 (MQ=255)
gatgGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAATTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAtg > 2:2240378/1‑90 (MQ=255)
atgGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAtgt < 2:1507775/90‑1 (MQ=255)
atgGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTAtgt > 1:2470291/1‑90 (MQ=255)
gtTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTGCCGTAGTATGTGAGTa < 2:1330444/90‑1 (MQ=255)
gtTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTa > 1:359249/1‑90 (MQ=255)
gtTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTa < 2:2470291/90‑1 (MQ=255)
ttAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTTTGTGAGTAt > 1:607110/1‑90 (MQ=255)
tAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATc < 1:2034488/90‑1 (MQ=255)
aaCTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATcc > 1:1193402/1‑90 (MQ=255)
aCTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCa < 1:2075570/90‑1 (MQ=255)
cTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCAt > 1:972161/1‑90 (MQ=255)
tCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATc < 1:255425/90‑1 (MQ=255)
cAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTAc < 2:1629491/67‑1 (MQ=255)
cAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTAc > 1:1629491/1‑67 (MQ=255)
cAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGa > 1:2920781/1‑90 (MQ=255)
cAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGa > 1:268922/1‑90 (MQ=255)
gTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAAt > 2:1758867/1‑90 (MQ=255)
tCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGac > 2:1609917/1‑90 (MQ=255)
gCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGacac < 2:409721/90‑1 (MQ=255)
tGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCa < 1:2240378/90‑1 (MQ=255)
tACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGt < 2:1988490/48‑1 (MQ=255)
tACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGt > 1:1988490/1‑48 (MQ=255)
ctgctgGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGc < 2:599651/90‑1 (MQ=255)
tgctgGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCg > 2:1030556/1‑67 (MQ=255)
tgctgGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCg < 1:1030556/67‑1 (MQ=255)
gctgGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCatgat > 1:2734443/1‑39 (MQ=38)
gctgGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCatgat < 2:2734443/39‑1 (MQ=38)
gctgGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgt < 2:1081829/47‑1 (MQ=39)
gctgGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgt > 1:1081829/1‑47 (MQ=39)
gTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGCGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGa > 2:2286894/1‑90 (MQ=255)
ttCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGaa < 2:972161/90‑1 (MQ=255)
agagTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGa > 2:2627431/1‑90 (MQ=255)
agTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgt < 2:1051149/37‑1 (MQ=37)
agTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCgt > 1:1051149/1‑37 (MQ=37)
ttAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCt < 2:2348960/90‑1 (MQ=255)
|
TTCGCCATTTGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGCCT > NZ_CP009273/1632343‑1632506
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGC > NZ_CP009273/1632352‑1632504
|
TGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTA > SRR3722030.75726/1‑100 (MQ=60)
TGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTA > SRR3722030.1650593/1‑100 (MQ=60)
GGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAG < SRR3722030.387403/100‑1 (MQ=60)
GGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAG > SRR3722030.1532033/1‑100 (MQ=60)
GGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAG < SRR3722030.1968941/100‑1 (MQ=60)
GGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAG < SRR3722030.2085210/100‑1 (MQ=60)
TTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGT > SRR3722030.2515422/1‑100 (MQ=60)
TCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTG < SRR3722030.27497/100‑1 (MQ=60)
ACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAG < SRR3722030.2154235/100‑1 (MQ=60)
GCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTA > SRR3722030.364599/1‑100 (MQ=60)
GCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTA < SRR3722030.3062425/100‑1 (MQ=60)
CATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTTTGTGAGTAT > SRR3722030.616515/1‑100 (MQ=60)
CATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTAT < SRR3722030.2439816/100‑1 (MQ=60)
ATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATC < SRR3722030.1190827/100‑1 (MQ=60)
TGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCC > SRR3722030.1211068/1‑100 (MQ=60)
ATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCAT > SRR3722030.986972/1‑100 (MQ=60)
GTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTctgtctcttatac > SRR3722030.1655941/1‑87 (MQ=60)
GTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGA > SRR3722030.272820/1‑100 (MQ=60)
GTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGA > SRR3722030.2974639/1‑100 (MQ=60)
TAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAG < SRR3722030.2070471/100‑1 (MQ=60)
ACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGAC < SRR3722030.2112444/100‑1 (MQ=60)
TCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACAC < SRR3722030.259109/100‑1 (MQ=60)
gtataagagacaGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACC < SRR3722030.1046096/88‑1 (MQ=60)
TCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTActgtctcttatacacatctgacgctgccgacg > SRR3722030.2023398/1‑68 (MQ=60)
TGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAG < SRR3722030.2280808/100‑1 (MQ=60)
CACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGctgtctcttatacacatctgacgctgccgacgacatggcca > SRR3722030.2784956/1‑59 (MQ=60)
CACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGctgtctcttatacacatctgacgctgccgacga > SRR3722030.1098011/1‑67 (MQ=60)
GCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGA‑TTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGctgtctcttatacacatctgacgctgccgacgacatggccagt > SRR3722030.1066947/1‑57 (MQ=60)
|
TGGATATTCACGCATGATGGTGTTAACTCCAGTCATCGCTGGCACTACCACTGCTGGTTCAGAGTTAAAAAAACTATGATTTTTTTCATGATGTTACCGTAGTATGTGAGTATCCATCGAATAGACACCAAGCAAAAAAGCTCCCGAAGGAGC > NZ_CP009273/1632352‑1632504
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
