Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F3 I160 R1
|
220 |
104.1 |
6051714 |
95.9% |
5803593 |
84.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
1,818,956 |
T→G |
K80T (AAA→ACA) |
ves ← |
environmental stress‑induced protein Ves |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 1,818,956 | 0 | T | G | 100.0%
| 203.6
/ NA
| 54 | K80T (AAA→ACA) | ves | environmental stress‑induced protein Ves |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (19/35); total (19/35) |
TGATGTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTTTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCG > NZ_CP009273/1818870‑1819036
|
tgatgTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTa < 1:112201/90‑1 (MQ=255)
tgatgTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTa < 1:3000191/90‑1 (MQ=255)
tgatgTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTa < 2:1217245/90‑1 (MQ=255)
tgatgTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTa < 2:2243934/90‑1 (MQ=255)
gatgTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTaa < 2:965262/90‑1 (MQ=255)
ttGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTa < 1:45011/90‑1 (MQ=255)
ttGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTa < 2:2977086/90‑1 (MQ=255)
ttGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTa < 2:1408347/90‑1 (MQ=255)
tGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTAt > 1:1343134/1‑90 (MQ=255)
gAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATg < 1:1029828/90‑1 (MQ=255)
aaTCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGt < 1:1755842/90‑1 (MQ=255)
ccATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTaa > 1:1420914/1‑90 (MQ=255)
ccATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTaa > 1:1161296/1‑90 (MQ=255)
aTCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTa < 2:269864/76‑1 (MQ=255)
aTCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTa > 1:269864/1‑76 (MQ=255)
aTCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAg < 1:2378009/90‑1 (MQ=255)
ctgccctgccGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTgc < 1:1059482/90‑1 (MQ=255)
ctgccctgccGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTgc < 1:1910771/90‑1 (MQ=255)
gccctgccGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTgcgc < 1:1071682/90‑1 (MQ=255)
ccctgccGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCt < 1:1585039/90‑1 (MQ=255)
gccGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCa > 1:2760729/1‑90 (MQ=255)
gTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTa > 1:398795/1‑63 (MQ=255)
gTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTa < 2:398795/63‑1 (MQ=255)
tCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGa < 1:8555/90‑1 (MQ=255)
tCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCAtct > 2:358535/1‑90 (MQ=255)
tCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCAtct > 1:958974/1‑90 (MQ=255)
gCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTcg > 1:1967723/1‑90 (MQ=255)
ttttACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTcgcc < 2:1188732/90‑1 (MQ=255)
ttttACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTcgcc < 2:1368637/90‑1 (MQ=255)
ttACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTcgccgc < 2:1316983/90‑1 (MQ=255)
tACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCgccgcc > 2:1913385/1‑90 (MQ=255)
tGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGc < 2:1420914/90‑1 (MQ=255)
ggTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCa > 1:2845121/1‑90 (MQ=255)
gTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTa < 1:431494/40‑1 (MQ=39)
gTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTa > 2:431494/1‑40 (MQ=255)
tCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAAc < 1:2460812/90‑1 (MQ=255)
tCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAAc < 1:613332/90‑1 (MQ=255)
tCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAAc < 1:678825/90‑1 (MQ=255)
tCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAAc > 1:731726/1‑90 (MQ=255)
tCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAAc < 2:261312/90‑1 (MQ=255)
tCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAAc < 2:1343134/90‑1 (MQ=255)
tCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAAc < 2:2760729/90‑1 (MQ=255)
cTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAAc > 1:2326514/1‑86 (MQ=255)
cTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAAc < 2:2326514/86‑1 (MQ=255)
cTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCa > 2:24897/1‑90 (MQ=255)
tGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCAc < 1:1800759/90‑1 (MQ=255)
tGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCAc < 2:1180700/90‑1 (MQ=255)
aaaGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTAt > 1:1968736/1‑90 (MQ=255)
aaGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATc < 2:2898584/90‑1 (MQ=255)
aaaaGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAAc < 1:88624/76‑1 (MQ=255)
aaaaGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAAc > 2:88624/1‑76 (MQ=255)
tGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTgcgc < 2:2130293/37‑1 (MQ=39)
tGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTgcgc > 1:2130293/1‑37 (MQ=255)
tGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCg > 2:731/1‑90 (MQ=255)
|
TGATGTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTTTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCG > NZ_CP009273/1818870‑1819036
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCAGGCGTGTCATGATGTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTTTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCGGGAAACAAAGAAAACTC > NZ_CP009273/1818858‑1819053
|
CCAGGCGTGTCATGATGTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGT < SRR3722030.1938782/100‑1 (MQ=60)
CGTGTCATGATGTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGG < SRR3722030.2426056/100‑1 (MQ=60)
CGTGTCATGATGTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGG < SRR3722030.1085960/100‑1 (MQ=60)
CGTGTCATGATGTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGG < SRR3722030.940488/100‑1 (MQ=60)
CGTGTCATGATGTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGG < SRR3722030.3062221/100‑1 (MQ=60)
GTGTCATGATGTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGT < SRR3722030.1734854/100‑1 (MQ=60)
GTCATGATGTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTAT > SRR3722030.1363902/1‑100 (MQ=60)
TGATGTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTT < SRR3722030.113849/100‑1 (MQ=60)
TGATGTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTT < SRR3722030.3055467/100‑1 (MQ=60)
ATGTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAA > SRR3722030.1178556/1‑100 (MQ=60)
ATGTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAA > SRR3722030.1443374/1‑100 (MQ=60)
GTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGctgtctcttat > SRR3722030.1753562/1‑89 (MQ=60)
GTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTctgt > SRR3722030.273776/1‑96 (MQ=60)
ggccatgtcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGC < SRR3722030.438037/60‑1 (MQ=60)
TTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGC < SRR3722030.45720/100‑1 (MQ=60)
GAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGG < SRR3722030.1045356/100‑1 (MQ=60)
AATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTC < SRR3722030.1784970/100‑1 (MQ=60)
ATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGctgtctcttatacacat > SRR3722030.1117851/1‑83 (MQ=60)
ATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGC < SRR3722030.2421258/100‑1 (MQ=60)
ACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGctgtctcttatacacatctgacgct > SRR3722030.884270/1‑75 (MQ=60)
CATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCA > SRR3722030.2811725/1‑100 (MQ=60)
CTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCctgtctcttatacacat > SRR3722030.404791/1‑83 (MQ=60)
CTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGG < SRR3722030.1075397/100‑1 (MQ=60)
CTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGG < SRR3722030.1943851/100‑1 (MQ=60)
GCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGctgtctcttatacacatctgacgctgccgac > SRR3722030.743198/1‑69 (MQ=60)
GCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAG < SRR3722030.1087735/100‑1 (MQ=60)
CCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGC < SRR3722030.1610723/100‑1 (MQ=60)
GCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCT > SRR3722030.973590/1‑100 (MQ=60)
CGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCG > SRR3722030.2002163/1‑100 (MQ=60)
TCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCC < SRR3722030.8686/100‑1 (MQ=60)
TTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCA > SRR3722030.2897662/1‑100 (MQ=60)
TACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAAC > SRR3722030.743018/1‑100 (MQ=60)
ACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCA > SRR3722030.2368736/1‑100 (MQ=60)
GGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTctgtctcttatacacatctgacgctgccgacgacatggccagtgtagatctcgg > SRR3722030.547098/1‑46 (MQ=60)
GGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTAT > SRR3722030.2003199/1‑100 (MQ=60)
acaGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCC < SRR3722030.89951/97‑1 (MQ=60)
TCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCC < SRR3722030.2505779/100‑1 (MQ=60)
TCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCC < SRR3722030.689334/100‑1 (MQ=60)
TCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCC < SRR3722030.622836/100‑1 (MQ=60)
TGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCC < SRR3722030.1831070/100‑1 (MQ=60)
GGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCctgtctcttatacacatctgacgctgccgacgacatggccagggtagat > SRR3722030.1393076/1‑51 (MQ=60)
GGCAAAAGGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCtgtctcttatacacatctgacgctgccgacgacatggccagt > SRR3722030.2168348/1‑58 (MQ=60)
GGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCGGGAAACA > SRR3722030.317340/1‑100 (MQ=60)
GGCTGGAACGGTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCGGGAAACA > SRR3722030.2318791/1‑100 (MQ=60)
GTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCctgtctcttatacacatctgacgctgcc > SRR3722030.2050138/1‑72 (MQ=60)
GTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTgtctcttatacacatctgacgctgccg > SRR3722030.2370310/1‑73 (MQ=60)
GTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATctgtctcttatacacatctga > SRR3722030.91698/1‑79 (MQ=60)
GTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCGGGAAACAActgtctctt > SRR3722030.1417990/1‑91 (MQ=60)
GTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCGGGAAACAAAGAAAACTC > SRR3722030.1863051/1‑100 (MQ=60)
GTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCGGGAAACAAAGAAAACTC > SRR3722030.645271/1‑100 (MQ=60)
GTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCGGGAAACAAAGAAAACTC > SRR3722030.515160/1‑100 (MQ=60)
GTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCGGGAAACAAAGAAAACTC > SRR3722030.497010/1‑100 (MQ=60)
GTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCGGGAAACAAAGAAAACTC > SRR3722030.2423933/1‑100 (MQ=60)
GTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCGGGAAACAAAGAAAACTC > SRR3722030.1193808/1‑100 (MQ=60)
GTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCGGGAAACAAAGAAAACTC > SRR3722030.331103/1‑100 (MQ=60)
GTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCGGGAAACAAAGAAAACTC > SRR3722030.1716933/1‑100 (MQ=60)
GTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCGGGAAACAAAGAAAACTC > SRR3722030.962668/1‑100 (MQ=60)
GTGTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTACGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCctgtctcttatacacatctgacgctgcc > SRR3722030.1822665/1‑72 (MQ=60)
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CCAGGCGTGTCATGATGTTGAAATCCATCGACATCTGCCCTGCCGTCAGTTTCGCTTTTACCACCTGGTCCGCTGCAAAGGCAAAAGGCTGGAACGGTTTTAAGGTATGGTTAAAGCGGTCTGCGCTTTCAAGGAGCATCTCGCCGCCTTCCAGCAACGTCACTATCCTTTCCATGCCGGGAAACAAAGAAAACTC > NZ_CP009273/1818858‑1819053
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
