Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F3 I160 R1
|
220 |
104.1 |
6051714 |
95.9% |
5803593 |
84.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
1,840,928 |
T→C |
E97G (GAA→GGA) |
topB ← |
DNA topoisomerase III |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 1,840,928 | 0 | T | C | 99.0%
| 366.3
/ ‑3.9
| 98 | E97G (GAA→GGA) | topB | DNA topoisomerase III |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (47/50); total (48/50) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.81e-01 |
GCTTTTCCGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTCCGGGAC > NZ_CP009273/1840842‑1841013
|
gcTTTTCCGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGc < 2:1903502/90‑1 (MQ=255)
cGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTc < 1:1015564/90‑1 (MQ=255)
cGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTc < 2:61615/90‑1 (MQ=255)
cGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTc < 2:2304524/90‑1 (MQ=255)
cGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTc < 2:1248828/90‑1 (MQ=255)
cGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTc < 1:2958247/90‑1 (MQ=255)
cGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTc < 1:2277042/90‑1 (MQ=255)
cGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTc < 1:2071847/90‑1 (MQ=255)
gCCAGTTGCAGATCGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCTCGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCGTGc < 2:890107/90‑1 (MQ=255)
ccAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCa < 1:1209941/90‑1 (MQ=255)
ttGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGaa < 1:2853453/90‑1 (MQ=255)
tGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAAc < 1:46504/90‑1 (MQ=255)
gATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGtt > 1:454516/1‑90 (MQ=255)
gTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGc < 2:493356/65‑1 (MQ=255)
gTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGc > 1:493356/1‑65 (MQ=255)
gTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTtgat > 2:664100/1‑90 (MQ=255)
gTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTtgat < 2:2339656/90‑1 (MQ=255)
gTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTtgat < 2:1882651/90‑1 (MQ=255)
gTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTtgat > 1:693865/1‑90 (MQ=255)
gTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTtgat < 2:1436056/90‑1 (MQ=255)
gTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTtgat < 2:1093363/90‑1 (MQ=255)
tCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTtgatg < 2:472989/90‑1 (MQ=255)
ccAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTtgatga < 2:454516/90‑1 (MQ=255)
gCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGt > 2:1864051/1‑90 (MQ=255)
cTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTaa < 1:2772800/90‑1 (MQ=255)
tcttCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAgt > 2:950093/4‑90 (MQ=255)
tCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAgt > 1:1654137/1‑90 (MQ=255)
tCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAgt > 1:1745232/1‑90 (MQ=255)
tCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAgt > 2:1360453/1‑90 (MQ=255)
tCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAgt > 2:1784426/1‑90 (MQ=255)
tCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAgt > 2:2577938/1‑90 (MQ=255)
tCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAgt > 1:1732539/1‑90 (MQ=255)
tCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAgt > 1:2870703/1‑90 (MQ=255)
tCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAgt > 1:2616062/1‑90 (MQ=255)
tCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAgt > 1:2817380/1‑90 (MQ=255)
tCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAgt > 1:270831/1‑90 (MQ=255)
ccaccaGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAgttgtt < 2:2604557/90‑1 (MQ=255)
caccaGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGttt < 2:2291736/90‑1 (MQ=255)
caccaGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGttt < 1:1775155/90‑1 (MQ=255)
caccaGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGttt > 1:1530213/1‑90 (MQ=255)
caccaGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGttt < 1:950093/90‑1 (MQ=255)
caGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTtgat > 1:2235504/1‑72 (MQ=255)
caGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTtgat < 2:2235504/72‑1 (MQ=255)
caGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGt > 2:766359/1‑90 (MQ=255)
gCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCa > 2:1943496/1‑90 (MQ=255)
aTTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGCCACgg < 2:270831/90‑1 (MQ=255)
ttGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGa < 1:664100/90‑1 (MQ=255)
ttGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGa < 2:2328270/90‑1 (MQ=255)
ttGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGa < 2:2960485/90‑1 (MQ=255)
ttGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGa < 1:2577938/90‑1 (MQ=255)
ttGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGa < 2:746085/90‑1 (MQ=255)
ttGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGa < 1:767268/90‑1 (MQ=255)
tGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAg > 1:915/1‑90 (MQ=255)
gCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAgg > 1:2282933/1‑90 (MQ=255)
cTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTc < 2:901731/90‑1 (MQ=255)
cTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTc < 2:2419305/90‑1 (MQ=255)
cTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTc < 1:417936/90‑1 (MQ=255)
cTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTc < 1:2891172/90‑1 (MQ=255)
cTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTc < 1:534578/90‑1 (MQ=255)
cTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTc < 2:906587/90‑1 (MQ=255)
ttCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCg < 2:9143/90‑1 (MQ=255)
tCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGc < 1:2801117/45‑1 (MQ=255)
tCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGc > 2:2801117/1‑45 (MQ=255)
tCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCgg > 2:2705997/1‑90 (MQ=255)
tCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCgg > 2:1676306/1‑90 (MQ=255)
tCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCgg > 2:411328/1‑90 (MQ=255)
cACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCggg < 2:842811/90‑1 (MQ=255)
cGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGc < 2:2817380/90‑1 (MQ=255)
aTCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTc > 2:2910349/1‑36 (MQ=255)
aTCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTc < 1:2910349/36‑1 (MQ=39)
aTCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTg > 1:2153481/1‑90 (MQ=255)
aTCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTg > 2:2212913/1‑90 (MQ=255)
aTCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTg > 2:2194072/1‑90 (MQ=255)
aTCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCCTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGttt > 1:2982473/1‑69 (MQ=255)
aTCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCCTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGttt < 2:2982473/69‑1 (MQ=255)
tCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGt > 1:1215539/1‑90 (MQ=255)
cGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTc > 2:280341/1‑80 (MQ=255)
cGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTc < 1:280341/80‑1 (MQ=255)
ccccGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAAc < 1:1219060/38‑1 (MQ=255)
ccccGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAAc > 2:1219060/1‑38 (MQ=255)
ccccGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGcc > 1:690358/1‑90 (MQ=255)
ccGGCGTGAGCGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCAc > 2:1363868/1‑90 (MQ=255)
ccGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGt > 2:2640182/1‑49 (MQ=255)
ccGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGt < 1:2640182/49‑1 (MQ=255)
ccGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAgtt > 2:2686839/1‑55 (MQ=255)
ccGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAgtt < 1:2686839/55‑1 (MQ=255)
ccGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTc > 1:1603727/1‑73 (MQ=255)
ccGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTc < 2:1603727/73‑1 (MQ=255)
ccGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCAc > 1:625026/1‑90 (MQ=255)
ccGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCAc > 2:1652380/1‑90 (MQ=255)
ccGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCAc > 2:754432/1‑90 (MQ=255)
ccGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCAc > 1:467172/1‑90 (MQ=255)
ccGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCAc > 1:2823857/1‑90 (MQ=255)
ccGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCAc > 2:2322058/1‑90 (MQ=255)
cGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACt > 1:1493438/1‑90 (MQ=255)
gTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc > 1:2132152/1‑90 (MQ=255)
gTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTc > 1:2460937/1‑90 (MQ=255)
gATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTCCGGGAc < 2:2320566/90‑1 (MQ=255)
|
GCTTTTCCGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTCCGGGAC > NZ_CP009273/1840842‑1841013
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTACCTGCTGGCGCTTTTCCGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTCCGGGACAATCGG > NZ_CP009273/1840830‑1841019
|
GTACCTGCTGGCGCTTTTCCGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCC > SRR3722030.2781174/1‑100 (MQ=60)
CTGCTGGCGCTTTTCCGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTG < SRR3722030.2586276/100‑1 (MQ=60)
CTGCTGGCGCTTTTCCGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTG < SRR3722030.147008/100‑1 (MQ=60)
CTGGCGCTTTTCCGGTGCCAGTTGCAGCTAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCT < SRR3722030.1505647/100‑1 (MQ=60)
cactggccatgtcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAAC < SRR3722030.2964030/56‑1 (MQ=60)
CGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAAC < SRR3722030.2318256/100‑1 (MQ=60)
CGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAAC < SRR3722030.1030912/100‑1 (MQ=60)
CGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAAC < SRR3722030.2108632/100‑1 (MQ=60)
CGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAAC < SRR3722030.3012792/100‑1 (MQ=60)
tgtcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagaCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTT < SRR3722030.2852820/68‑1 (MQ=60)
GCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTT > SRR3722030.461424/1‑100 (MQ=60)
CCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTT < SRR3722030.1227816/100‑1 (MQ=60)
GTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCtgtctcttatacac > SRR3722030.500922/1‑86 (MQ=60)
GTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGAT > SRR3722030.704605/1‑100 (MQ=60)
TTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATG < SRR3722030.2906145/100‑1 (MQ=60)
ctggcccagtcgtcggcagcgtcagatgtgtataagggagagCGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAGCCGTTTGATGA < SRR3722030.1237064/58‑1 (MQ=60)
TGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGA < SRR3722030.47241/100‑1 (MQ=60)
GTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGT > SRR3722030.2923689/1‑100 (MQ=60)
GTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGT > SRR3722030.1761077/1‑100 (MQ=60)
GTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGT > SRR3722030.1774116/1‑100 (MQ=60)
GTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGT > SRR3722030.2869393/1‑100 (MQ=60)
GTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGT > SRR3722030.1680979/1‑100 (MQ=60)
GTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGT > SRR3722030.274762/1‑100 (MQ=60)
GTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGT > SRR3722030.2664135/1‑100 (MQ=60)
gtcggcagcgtcagatgtgtataagagacaGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTT < SRR3722030.2688772/70‑1 (MQ=60)
GCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTT > SRR3722030.1554904/1‑100 (MQ=60)
CTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTctgtctct > SRR3722030.2275825/1‑92 (MQ=60)
CTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGT < SRR3722030.2824015/100‑1 (MQ=60)
agcgtcagatgtgtataagagacaGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCAC < SRR3722030.2736425/76‑1 (MQ=60)
CACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAG < SRR3722030.964595/100‑1 (MQ=60)
CACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAG > SRR3722030.929/1‑100 (MQ=60)
CACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAG < SRR3722030.1804779/100‑1 (MQ=60)
ACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGG > SRR3722030.2324276/1‑100 (MQ=60)
cgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagCGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGC < SRR3722030.1452228/68‑1 (MQ=60)
TTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGC < SRR3722030.674390/100‑1 (MQ=60)
TTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGC < SRR3722030.2625232/100‑1 (MQ=60)
TTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGC < SRR3722030.779084/100‑1 (MQ=60)
GCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTG > SRR3722030.2192052/1‑100 (MQ=60)
GCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCCTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGctgtctcttat > SRR3722030.3037405/1‑89 (MQ=60)
CCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGT > SRR3722030.1233497/1‑100 (MQ=60)
CTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAA < SRR3722030.542810/100‑1 (MQ=60)
CTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAA < SRR3722030.424247/100‑1 (MQ=60)
CTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAA < SRR3722030.2944505/100‑1 (MQ=60)
CTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAA < SRR3722030.284410/100‑1 (MQ=60)
CGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCC > SRR3722030.701043/1‑100 (MQ=60)
ATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAActttctc > SRR3722030.1629726/1‑93 (MQ=60)
ATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCAC > SRR3722030.2875974/1‑100 (MQ=60)
ATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCAC > SRR3722030.474284/1‑100 (MQ=60)
ATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCAC > SRR3722030.634723/1‑100 (MQ=60)
TCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACT > SRR3722030.1517368/1‑100 (MQ=60)
GGTCCCCGGCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTC > SRR3722030.2170255/1‑100 (MQ=60)
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GCGTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTCCGGGACAA > SRR3722030.1696911/1‑100 (MQ=60)
GTGAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTCCGGGACAATC > SRR3722030.1256034/1‑100 (MQ=60)
GAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTCCGGGACAATCGG > SRR3722030.1792556/1‑100 (MQ=60)
GAACGATTCCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTCCGGGACAATCGG > SRR3722030.1823693/1‑100 (MQ=60)
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GTACCTGCTGGCGCTTTTCCGGTGCCAGTTGCAGATAGTCCAGCACTTCATCCACCAGCAATTGCCCTTCACGATCCGGGTCCCCGGCGTGAACGATTTCGCTGGCTTCATGCAGGAACCGTTTGATGACGTTAAGTTGTTTGGTCACGGAGGGTCGGGGCTGTAATTGCCACTTTTCCGGGACAATCGG > NZ_CP009273/1840830‑1841019
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
