Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F3 I160 R1
|
220 |
104.1 |
6051714 |
95.9% |
5803593 |
84.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
3,791,182 |
A→C |
Y292S (TAC→TCC) |
waaL → |
O‑antigen ligase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 3,791,182 | 0 | A | C | 100.0%
| 377.3
/ NA
| 99 | Y292S (TAC→TCC) | waaL | O‑antigen ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (78/21); total (78/21) |
AGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTACGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTT > NZ_CP009273/3791095‑3791263
|
aGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCg > 1:831066/1‑90 (MQ=255)
gAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGa > 1:2781667/1‑90 (MQ=255)
gAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGa > 1:1444791/1‑90 (MQ=255)
gAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGa > 1:957/1‑90 (MQ=255)
aaTCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGaa > 1:2787149/1‑90 (MQ=255)
aTCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGaaa > 2:417404/1‑90 (MQ=255)
gCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTg > 1:2952723/1‑90 (MQ=255)
gCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTg > 2:1510690/1‑90 (MQ=255)
gCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTg > 1:698809/1‑90 (MQ=255)
ataATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGtt < 2:2808488/90‑1 (MQ=255)
taATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGttt < 2:2242014/90‑1 (MQ=255)
taATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGttt < 1:896501/90‑1 (MQ=255)
aaGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAata > 1:634573/1‑90 (MQ=255)
aGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAatat < 2:105651/90‑1 (MQ=255)
gCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAatata > 1:1341425/1‑90 (MQ=255)
gCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAatata > 2:202442/1‑90 (MQ=255)
gCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAatata > 2:2290705/1‑90 (MQ=255)
gCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAatata > 2:493891/1‑90 (MQ=255)
aTTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATAtt > 2:1837466/1‑90 (MQ=255)
aTTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATAtt > 1:1830889/1‑90 (MQ=255)
aTTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATAtt > 2:443058/1‑90 (MQ=255)
aTTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATAtt > 2:2792669/1‑90 (MQ=255)
aCTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAatat < 2:2401409/79‑1 (MQ=255)
aCTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGGGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAatat > 1:2401409/1‑79 (MQ=255)
aaaCAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCAcc > 1:2646337/1‑90 (MQ=255)
aaaCAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCAcc < 2:508939/90‑1 (MQ=255)
gTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAatatat > 1:289385/1‑72 (MQ=255)
gTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAatatat < 2:289385/72‑1 (MQ=255)
gTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCttttt > 1:2476042/1‑90 (MQ=255)
tataCCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCa > 1:473419/1‑90 (MQ=255)
tataCCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCa > 2:388537/1‑90 (MQ=255)
tataCCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCa > 1:169371/1‑90 (MQ=255)
aCCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCAttt < 2:2476042/90‑1 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCGAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa < 2:2639892/90‑1 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAatat < 1:1889000/62‑1 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAatat > 2:1889000/1‑62 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCTTAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa > 2:369689/1‑90 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCttttt > 2:2295822/1‑82 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCttttt < 1:2295822/82‑1 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa > 2:971366/1‑90 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa > 2:1032073/1‑90 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa > 2:1429105/1‑90 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa > 2:2757936/1‑90 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa > 2:2844265/1‑90 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa > 1:2931768/1‑90 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa > 1:313775/1‑90 (MQ=255)
aaTGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGa > 1:2137747/1‑90 (MQ=255)
tGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAAtt > 1:900515/1‑49 (MQ=255)
tGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAAtt < 2:900515/49‑1 (MQ=255)
tGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATc > 1:993520/1‑90 (MQ=255)
tGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATc > 2:678376/1‑90 (MQ=255)
tGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATc > 1:677238/1‑90 (MQ=255)
tAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATcagc > 1:2671602/1‑90 (MQ=255)
aaTAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATcagca > 1:596277/1‑90 (MQ=255)
aaTAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATcagca > 2:551559/1‑90 (MQ=255)
aaTAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATcagca > 1:1093423/1‑90 (MQ=255)
aTAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATcagcag < 1:2844265/90‑1 (MQ=255)
tgtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATc > 2:2634942/1‑81 (MQ=255)
tgtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATc < 1:2634942/81‑1 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 1:1858990/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:311528/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:2195118/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:2055163/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:681974/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:482555/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:2711036/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:1292256/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:258802/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:2576135/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 1:236118/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:2430343/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:583224/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:1989438/1‑90 (MQ=255)
gtTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCa > 2:2033329/1‑90 (MQ=255)
ttACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCAc > 1:2553004/1‑90 (MQ=255)
ttCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACgcgc > 2:669069/1‑90 (MQ=255)
tCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCt > 1:929413/1‑90 (MQ=255)
cccTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTg < 1:493891/90‑1 (MQ=255)
ccTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGa > 2:1822833/1‑90 (MQ=255)
ccTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGa > 1:1874566/1‑90 (MQ=255)
ccTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGa > 2:283035/1‑90 (MQ=255)
ccTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGa > 1:551707/1‑90 (MQ=255)
ccTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGa > 2:46818/1‑90 (MQ=255)
ccTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGa > 2:849102/1‑90 (MQ=255)
ccTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGa > 2:874441/1‑90 (MQ=255)
ccTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGa > 2:2066394/1‑90 (MQ=255)
cTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGaa < 1:1989438/90‑1 (MQ=255)
gTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTa < 1:2757936/90‑1 (MQ=255)
tGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTAt < 1:669069/90‑1 (MQ=255)
cAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGa > 1:167258/1‑90 (MQ=255)
cAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGa > 1:1531786/1‑90 (MQ=255)
gACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAAtt < 1:98381/90‑1 (MQ=255)
tGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGt > 2:2899263/1‑90 (MQ=255)
ggCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCAc > 2:837030/1‑68 (MQ=255)
ggCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCAc < 1:837030/68‑1 (MQ=255)
ggCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGtt > 2:2771008/1‑90 (MQ=255)
ggCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGtt > 2:2698823/1‑90 (MQ=255)
ggCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGtt > 1:2004476/1‑90 (MQ=255)
tGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTg < 2:2723848/69‑1 (MQ=255)
|
AGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTACGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTT > NZ_CP009273/3791095‑3791263
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAACCAATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTACGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTTAGTTGCAGAACACAATAG > NZ_CP009273/3791085‑3791281
|
AAACCAATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCG > SRR3722030.843821/1‑100 (MQ=60)
AACCAATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGA > SRR3722030.1467742/1‑100 (MQ=60)
AACCAATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGA > SRR3722030.973/1‑100 (MQ=60)
AACCAATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGA > SRR3722030.186028/1‑100 (MQ=60)
AACCAATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGA > SRR3722030.2833059/1‑100 (MQ=60)
ACCAATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAA > SRR3722030.2838621/1‑100 (MQ=60)
ATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTG > SRR3722030.3007168/1‑100 (MQ=60)
ATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTG > SRR3722030.709617/1‑100 (MQ=60)
CGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATA > SRR3722030.644430/1‑100 (MQ=60)
CTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTctgtctct > SRR3722030.3045538/1‑92 (MQ=60)
CTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATA > SRR3722030.1362142/1‑100 (MQ=60)
ATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATT > SRR3722030.1861985/1‑100 (MQ=60)
TAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTC < SRR3722030.910263/100‑1 (MQ=60)
gatgtgtataagagacagCAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAG < SRR3722030.1921534/82‑1 (MQ=60)
GCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGGGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGC > SRR3722030.2445166/1‑100 (MQ=60)
TAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACC > SRR3722030.2695057/1‑100 (MQ=60)
GACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCctgtctct > SRR3722030.293579/1‑92 (MQ=60)
GACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTT > SRR3722030.2521283/1‑100 (MQ=60)
CTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCA > SRR3722030.171810/1‑100 (MQ=60)
CTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCA > SRR3722030.480622/1‑100 (MQ=60)
CAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGA > SRR3722030.2985830/1‑100 (MQ=60)
CAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGA > SRR3722030.2175966/1‑100 (MQ=60)
CAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGA > SRR3722030.318342/1‑100 (MQ=60)
GTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATActgtctcttatacacatctgacgctgccgac > SRR3722030.914338/1‑69 (MQ=60)
GTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATC < SRR3722030.2337419/100‑1 (MQ=60)
GTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATC > SRR3722030.687720/1‑100 (MQ=60)
GTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATC > SRR3722030.1008581/1‑100 (MQ=60)
ATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGC > SRR3722030.2720850/1‑100 (MQ=60)
TACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCA > SRR3722030.605505/1‑100 (MQ=60)
TACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCA > SRR3722030.1109761/1‑100 (MQ=60)
tccaaatctaataatttttccttcctaaggtccaagccGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAG < SRR3722030.530015/62‑1 (MQ=60)
TGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCA > SRR3722030.1890770/1‑100 (MQ=60)
TGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCA < SRR3722030.2683433/100‑1 (MQ=60)
TGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCA > SRR3722030.239502/1‑100 (MQ=60)
GCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCAC > SRR3722030.2599794/1‑100 (MQ=60)
ATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGC < SRR3722030.2896798/100‑1 (MQ=60)
TAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCT > SRR3722030.943654/1‑100 (MQ=60)
GTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGA > SRR3722030.1906719/1‑100 (MQ=60)
GTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGA > SRR3722030.560248/1‑100 (MQ=60)
tataagagacAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAG < SRR3722030.849846/90‑1 (MQ=60)
TCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGA > SRR3722030.169666/1‑100 (MQ=60)
TCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGA > SRR3722030.1556510/1‑100 (MQ=60)
CCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAA < SRR3722030.501463/100‑1 (MQ=60)
CTAGGTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATT < SRR3722030.2024370/100‑1 (MQ=60)
GTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTT > SRR3722030.2039748/1‑100 (MQ=60)
GTGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTT < SRR3722030.2808875/100‑1 (MQ=60)
TGCAAGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTTA < SRR3722030.679437/100‑1 (MQ=60)
AGACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAActgtctcttat > SRR3722030.2774153/1‑89 (MQ=60)
GACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTctgtctctta > SRR3722030.1637619/1‑90 (MQ=60)
GACTGGCAATGTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTTAGTTGC < SRR3722030.99840/100‑1 (MQ=60)
GTCCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTTAGTTGCAGAACACAAT < SRR3722030.887853/100‑1 (MQ=60)
CCGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTTAGTTGCAGAACACAATAG < SRR3722030.489926/100‑1 (MQ=60)
|
AAACCAATACAGAATCGCTATAATGAAGCATTAAATGACTTAAACAGTTATACCAATGCTAATAGTGTTACTTCCCTAGGTGCAAGACTGGCAATGTACGAAATTGGTTTAAATATATTCATAAAGTCACCTTTTTCATTTAGATCAGCAGAGTCACGCGCTGAAAGTATGAATTTGTTAGTTGCAGAACACAATAG > NZ_CP009273/3791085‑3791281
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
