Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I194 R1
|
197 |
32.2 |
1845014 |
95.2% |
1756453 |
85.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
1,903,061 |
A→T |
intergenic (‑38/‑121) |
mgrB ← / → yobH |
PhoP/PhoQ regulator MgrB/YobH family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 1,903,061 | 0 | A | T | 100.0%
| 125.1
/ NA
| 32 | intergenic (‑38/‑121) | mgrB/yobH | PhoP/PhoQ regulator MgrB/YobH family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (21/11); total (21/11) |
AGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTA > NZ_CP009273/1902979‑1903147
|
agcCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCg < 2:55513/90‑1 (MQ=255)
agcCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCg < 2:699745/90‑1 (MQ=255)
acacCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAATTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCgttagt > 1:528133/1‑90 (MQ=255)
acGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAAc > 2:98199/1‑90 (MQ=255)
acGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAAc < 2:387952/90‑1 (MQ=255)
cGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACa > 1:241678/1‑90 (MQ=255)
gACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAg < 1:498746/90‑1 (MQ=255)
gACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAg < 2:409043/90‑1 (MQ=255)
aCCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGt > 2:764933/1‑90 (MQ=255)
ccATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCg > 1:481994/1‑90 (MQ=255)
tttCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCtt > 2:894116/1‑90 (MQ=255)
ccAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGa > 2:178399/1‑90 (MQ=255)
aaTCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAAt > 1:240993/1‑90 (MQ=255)
cGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCg > 1:38330/1‑90 (MQ=255)
ttCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCgctt < 1:471950/90‑1 (MQ=255)
tCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCgcttg < 2:116267/90‑1 (MQ=255)
tacctTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCa > 1:533826/1‑90 (MQ=255)
tacctTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCa > 2:463467/1‑90 (MQ=255)
aTGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCat > 1:173249/1‑90 (MQ=255)
aTGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCat > 1:47944/1‑90 (MQ=255)
aTTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAgc < 2:179490/81‑1 (MQ=255)
aTTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAgc > 1:179490/1‑81 (MQ=255)
aTTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGc < 2:150680/90‑1 (MQ=255)
aTTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGc > 2:408840/1‑90 (MQ=255)
aTTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGc > 1:871234/1‑90 (MQ=255)
aTTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGc > 1:830304/1‑90 (MQ=255)
aTTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGc > 1:68594/1‑90 (MQ=255)
aTTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGc > 2:676730/1‑90 (MQ=255)
aTTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGc > 1:668909/1‑90 (MQ=255)
ttAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGcc > 1:105152/1‑90 (MQ=255)
aCTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTa < 1:894116/90‑1 (MQ=255)
aCTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTa < 2:47944/90‑1 (MQ=255)
|
AGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTA > NZ_CP009273/1902979‑1903147
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCAAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCG > NZ_CP009273/1902972‑1903157
|
GCAAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTA < SRR3722072.726265/100‑1 (MQ=60)
AAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAATTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGT > SRR3722072.537645/1‑100 (MQ=60)
GCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACA > SRR3722072.245729/1‑100 (MQ=60)
GACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTA < SRR3722072.507744/100‑1 (MQ=60)
CCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCG > SRR3722072.490734/1‑100 (MQ=60)
TTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAAT > SRR3722072.245034/1‑100 (MQ=60)
CTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCG > SRR3722072.39017/1‑100 (MQ=60)
CCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCA > SRR3722072.543441/1‑100 (MQ=60)
TTCACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGC < SRR3722072.480558/100‑1 (MQ=60)
CACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCAT > SRR3722072.176247/1‑100 (MQ=60)
CACCTACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCAT > SRR3722072.48817/1‑100 (MQ=60)
ACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGC > SRR3722072.182595/1‑100 (MQ=60)
ACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGC > SRR3722072.680873/1‑100 (MQ=60)
ACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGC > SRR3722072.69871/1‑100 (MQ=60)
ACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGC > SRR3722072.844714/1‑100 (MQ=60)
ACCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGC > SRR3722072.886237/1‑100 (MQ=60)
CCTTATGTCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCC > SRR3722072.107089/1‑100 (MQ=60)
TCATTAAACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGA > SRR3722072.338292/1‑100 (MQ=60)
ACTTGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCG < SRR3722072.909509/100‑1 (MQ=60)
|
GCAAGCAAGCCAACACCACGACAACCAGAACGACCCATCGAAACTTTTTCACTCCAATCTCCGTTTCACCTACCTTATGTCATTAAACTAGCATGCGTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCG > NZ_CP009273/1902972‑1903157
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
