Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I194 R1
|
197 |
32.2 |
1845014 |
95.2% |
1756453 |
85.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
2,202,171 |
G→C |
W242C (TGG→TGC) |
yehP → |
VWA domain‑containing protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 2,202,171 | 0 | G | C | 100.0%
| 102.0
/ NA
| 29 | W242C (TGG→TGC) | yehP | VWA domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (10/19); total (10/19) |
ACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGG > NZ_CP009273/2202093‑2202250
|
aCTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCgg > 1:707141/1‑90 (MQ=255)
cTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGc < 2:707141/90‑1 (MQ=255)
cTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGc < 1:781457/90‑1 (MQ=255)
gTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCAtt < 1:574040/90‑1 (MQ=255)
tACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTa < 2:714739/90‑1 (MQ=255)
tACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTa > 1:463366/1‑90 (MQ=255)
cTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTAcc < 2:915399/90‑1 (MQ=255)
cTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTAcc < 2:22969/90‑1 (MQ=255)
gTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCa > 2:672725/1‑68 (MQ=255)
gTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCa < 1:672725/68‑1 (MQ=255)
tCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCtggt > 2:478191/1‑90 (MQ=255)
cAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCtggtg < 1:391585/90‑1 (MQ=255)
aGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCgg < 2:437268/68‑1 (MQ=255)
aGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCgg > 1:381447/1‑68 (MQ=255)
aGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCgg > 1:437268/1‑68 (MQ=255)
aGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCgg < 2:381447/68‑1 (MQ=255)
gATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTg > 1:920557/1‑90 (MQ=255)
gATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTg > 1:719349/1‑90 (MQ=255)
aTGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGAcaca < 2:463366/90‑1 (MQ=255)
ggTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAg < 1:744611/90‑1 (MQ=255)
cGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTg < 1:451380/90‑1 (MQ=255)
aTCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGAtctc < 1:902288/90‑1 (MQ=255)
gCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGAc < 2:357925/90‑1 (MQ=255)
gCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGAc > 1:686222/1‑90 (MQ=255)
aTGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGcc < 2:694415/90‑1 (MQ=255)
aTGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGcc < 1:447257/90‑1 (MQ=255)
ggcggcCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGa < 2:588677/90‑1 (MQ=255)
ggcggcCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGa > 1:82977/1‑90 (MQ=255)
ccTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCgg < 1:722854/90‑1 (MQ=255)
|
ACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGG > NZ_CP009273/2202093‑2202250
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGGTAGAGTTATT > NZ_CP009273/2202079‑2202260
|
AGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTAC < SRR3722072.660610/100‑1 (MQ=60)
AACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGG > SRR3722072.719752/1‑100 (MQ=60)
tataagagacagGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGC < SRR3722072.684775/88‑1 (MQ=60)
CAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTA > SRR3722072.471841/1‑100 (MQ=60)
CTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCC < SRR3722072.795160/100‑1 (MQ=60)
GTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATC < SRR3722072.584301/100‑1 (MQ=60)
GGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCtgtctcttata > SRR3722072.388264/1‑89 (MQ=60)
GGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCtgtctcttata > SRR3722072.445241/1‑89 (MQ=60)
GATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTG > SRR3722072.936358/1‑100 (MQ=60)
GATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTG > SRR3722072.732143/1‑100 (MQ=60)
CAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACA < SRR3722072.398625/100‑1 (MQ=60)
GGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGAT < SRR3722072.757784/100‑1 (MQ=60)
CGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGC < SRR3722072.459641/100‑1 (MQ=60)
GATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGAC > SRR3722072.698507/1‑100 (MQ=60)
ATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACG < SRR3722072.917821/100‑1 (MQ=60)
CTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGA > SRR3722072.84533/1‑100 (MQ=60)
ATGGCGGCCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGGTAG < SRR3722072.455450/100‑1 (MQ=60)
CCTGTTTGTGCCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGGTAGAGTTATT < SRR3722072.735706/100‑1 (MQ=60)
|
AGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGGTAGAGTTATT > NZ_CP009273/2202079‑2202260
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
