Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I199 R1
|
220 |
57.5 |
3163680 |
97.0% |
3068769 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
1,717,498 |
G→C |
G374A (GGC→GCC) |
ydhK → |
FUSC family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 1,717,498 | 0 | G | C | 94.2%
| 162.6
/ 3.0
| 52 | G374A (GGC→GCC) | ydhK | FUSC family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); new base C (21/28); total (24/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.16e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.90e-01 |
CACGGACATCCGGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGGCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTACTCC > NZ_CP009273/1717411‑1717577
|
cACGGACATCCGGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGccg < 2:1162708/90‑1 (MQ=255)
ggACATCCGGCCTGGCTCGTCATACTGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCAt < 1:1318711/90‑1 (MQ=255)
ggACATCCGGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCAt < 2:1264332/90‑1 (MQ=255)
ggACATCCGGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCAt < 2:337549/90‑1 (MQ=255)
ggACATCCGGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCAt < 2:620879/90‑1 (MQ=255)
ggACATCCGGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCAt < 2:514066/90‑1 (MQ=255)
ggACATCCGGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCAt < 1:642247/90‑1 (MQ=255)
gACATCCGGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATg < 2:1446716/90‑1 (MQ=255)
tCCGGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGt < 1:86556/90‑1 (MQ=255)
ggCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTc < 2:1109258/90‑1 (MQ=255)
cGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCaa < 2:318595/90‑1 (MQ=255)
gTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAAt > 1:983863/1‑90 (MQ=255)
tACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGa < 1:931407/90‑1 (MQ=255)
aCCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGAt > 2:957228/1‑90 (MQ=255)
aaCGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGt < 1:1076354/90‑1 (MQ=255)
gCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGcc < 1:273210/90‑1 (MQ=255)
gAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAAt < 2:118868/90‑1 (MQ=255)
tATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGc < 2:1547979/87‑1 (MQ=255)
tATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGc > 1:1547979/1‑87 (MQ=255)
gAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCt > 2:402306/1‑90 (MQ=255)
gAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCt > 2:167088/1‑90 (MQ=255)
gCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCaa < 1:1246335/76‑1 (MQ=255)
gCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCaa > 2:1246335/1‑76 (MQ=255)
gCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTgg > 2:275194/1‑90 (MQ=255)
gCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTgg > 1:743566/1‑90 (MQ=255)
gCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTgg > 2:1472016/1‑90 (MQ=255)
gCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTgg > 1:127594/1‑90 (MQ=255)
gCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTgg > 1:901270/1‑90 (MQ=255)
cGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGgc < 1:629955/90‑1 (MQ=255)
gggCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGgca > 2:401964/1‑90 (MQ=255)
ggCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGGCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGgcag > 2:1558414/1‑90 (MQ=255)
ggCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGgcag > 1:1567228/1‑90 (MQ=255)
ggCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGgcag > 2:370412/1‑90 (MQ=255)
ggCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGgcag > 1:462186/1‑90 (MQ=255)
ggCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGgcag > 2:185603/1‑90 (MQ=255)
cTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCAt < 1:1357212/37‑1 (MQ=38)
cTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCAt > 2:1357212/1‑37 (MQ=38)
tACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAg < 2:1339960/90‑1 (MQ=255)
aTTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTg < 2:1149657/90‑1 (MQ=255)
aTTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTg < 1:587640/90‑1 (MQ=255)
tttGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCg < 1:1226740/90‑1 (MQ=255)
tttGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCg < 1:785957/90‑1 (MQ=255)
ttGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGt < 1:845750/90‑1 (MQ=255)
tGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCaa < 2:1476629/59‑1 (MQ=255)
tGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCaa > 1:1476629/1‑59 (MQ=255)
tGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCAt < 1:9793/64‑1 (MQ=255)
tGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCAt > 2:9793/1‑64 (MQ=255)
tGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGACGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGta > 1:951455/1‑90 (MQ=255)
gTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGtac < 2:743566/90‑1 (MQ=255)
gTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCg > 2:249858/1‑83 (MQ=255)
gTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCg < 1:249858/83‑1 (MQ=255)
atgatgatTGGCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTACTcc > 2:1173515/1‑90 (MQ=255)
atgatgatTGGCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTACTcc > 2:455470/1‑90 (MQ=255)
|
CACGGACATCCGGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGGCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTACTCC > NZ_CP009273/1717411‑1717577
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATACCAGACTCCCACGGACATCCGGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGGCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTACTCCGCCGTCGCAGCACCGTTT > NZ_CP009273/1717399‑1717595
|
ATACCAGACTCCCACGGACATCCGGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGC > SRR3722078.863394/1‑100 (MQ=60)
acgaccgccatcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGC < SRR3722078.1379003/57‑1 (MQ=60)
GGACATCCGGCCTGGCTCGTCATACTGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGC < SRR3722078.1339793/100‑1 (MQ=60)
GGACATCCGGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGC < SRR3722078.649633/100‑1 (MQ=60)
TCCGGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGC < SRR3722078.87577/100‑1 (MQ=60)
GGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAAT > SRR3722078.998087/1‑100 (MQ=60)
TACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCC < SRR3722078.944254/100‑1 (MQ=60)
AACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCAT < SRR3722078.1092619/100‑1 (MQ=60)
ACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATT > SRR3722078.1573195/1‑100 (MQ=60)
GCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAA < SRR3722078.276538/100‑1 (MQ=60)
acagGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACG < SRR3722078.1266045/96‑1 (MQ=60)
GCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGG > SRR3722078.913365/1‑100 (MQ=60)
GCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGG > SRR3722078.129066/1‑100 (MQ=60)
GCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGG > SRR3722078.752982/1‑100 (MQ=60)
tgtgtataagagacagGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGC < SRR3722078.9898/84‑1 (MQ=60)
ATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAG > SRR3722078.1592740/1‑100 (MQ=60)
ATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAG > SRR3722078.467704/1‑100 (MQ=60)
CGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGC < SRR3722078.637202/100‑1 (MQ=60)
GCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGtctcttatacacatctga > SRR3722078.1500718/1‑82 (MQ=60)
GCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGACGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTA > SRR3722078.964823/1‑100 (MQ=60)
ATTTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTAC < SRR3722078.594479/100‑1 (MQ=60)
TTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTACTC < SRR3722078.796204/100‑1 (MQ=60)
TTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTACTC < SRR3722078.252904/100‑1 (MQ=60)
TTTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTACTC < SRR3722078.1246065/100‑1 (MQ=60)
TTGTACGTTGATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTACTCC < SRR3722078.857038/100‑1 (MQ=60)
GATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTACTCCGCCGTCGCA > SRR3722078.801007/1‑100 (MQ=60)
GATGATGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTACTCCGCCGTCGCA > SRR3722078.60080/1‑100 (MQ=60)
TGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTACTCCGCCGTCGCAGCACC > SRR3722078.346877/1‑100 (MQ=60)
TGATTGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTACTCCGCCGTCGCAGCACC > SRR3722078.1516328/1‑100 (MQ=60)
TGCCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTACTCCGCCGTCGCAGCACCGTTT < SRR3722078.504407/100‑1 (MQ=60)
|
ATACCAGACTCCCACGGACATCCGGCCTGGCTCGTCATACCGATAACGCCGAAGCTATGTGGAGCGGGCTGCGTACATTTTGTACGTTGATGATGATTGGCGCATGGAGTATTGCTTCGCAATGGGATGCCGGTGCCAATGCATTAACGCTGGCAGCAATTAGCTGCGTACTCTACTCCGCCGTCGCAGCACCGTTT > NZ_CP009273/1717399‑1717595
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
