Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
343 |
268.7 |
10873516 |
97.0% |
10547310 |
150.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009974 |
4,543,809 |
C→T |
A438A (GCG→GCA) |
RPPX_20290 ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009974 | 4,543,809 | 0 | C | T | 100.0%
| 137.0
/ NA
| 77 | A438A (GCG→GCA) | RPPX_20290 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (27/50); total (27/50) |
TTGCCCGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGT > CP009974/4543661‑4543860
|
ttGCCCGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCtgc > 1:3370852/1‑151 (MQ=255)
cccGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGGTGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGtt < 2:4399056/151‑1 (MQ=11)
cccGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGtt < 2:5022735/151‑1 (MQ=255)
ccGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGttt < 2:4333184/151‑1 (MQ=255)
cGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTa > 2:2122831/1‑151 (MQ=255)
cGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCATGCGTTTa < 1:2705711/151‑1 (MQ=11)
gCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACAACAGCATCCCTGCGTTTaa > 1:4255444/1‑151 (MQ=11)
aCGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAac > 1:2625892/1‑151 (MQ=11)
cGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAacc < 1:3898513/151‑1 (MQ=11)
cGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAacc < 2:2659034/151‑1 (MQ=255)
cGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAacc < 2:2659114/151‑1 (MQ=11)
cGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAacc < 2:3283651/151‑1 (MQ=11)
cTGACCACTGGCGCTGCCGCTGCGCCAATCTCCCCGAACCCAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAaccac < 2:3443767/151‑1 (MQ=11)
cTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAaccac < 2:5108580/151‑1 (MQ=11)
cTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAaccac < 2:5101346/151‑1 (MQ=11)
cTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAaccac < 2:3443668/151‑1 (MQ=11)
cTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAaccac < 2:3443669/151‑1 (MQ=11)
tGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAaccacc > 2:1657304/1‑151 (MQ=11)
gACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAaccacca > 2:1170878/1‑151 (MQ=11)
aCCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGCGTTGAGCGATAAGATGTTGAACTACAGCATCCCTGCGTTTAGaccaccac > 1:481035/1‑151 (MQ=11)
ccAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAaccaccacc > 1:831723/1‑151 (MQ=11)
ccAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAaccaccacc < 2:3252230/151‑1 (MQ=11)
ccAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCATTTAAaccaccacc < 1:4762056/151‑1 (MQ=11)
cAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAGCCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCGCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAGaccaccacca < 2:4902607/151‑1 (MQ=11)
cAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAaccaccacca < 2:1662107/151‑1 (MQ=11)
cAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAaccaccacca < 2:1659793/151‑1 (MQ=11)
cAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAaccaccacca < 2:1661976/151‑1 (MQ=11)
aaTGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAaccaccaccac > 1:1540458/1‑151 (MQ=255)
aaTGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAaccaccaccac > 1:4325973/1‑151 (MQ=11)
aTGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAaccaccaccacc < 1:2167903/151‑1 (MQ=11)
tGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCg < 1:1056781/151‑1 (MQ=11)
tGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGGAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCg < 1:2153594/151‑1 (MQ=11)
gTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGc < 2:1847364/151‑1 (MQ=11)
tCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGcc < 1:2422535/151‑1 (MQ=11)
tCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGcc < 2:1173888/151‑1 (MQ=11)
cgctgccgctgcGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGccg < 1:3468451/151‑2 (MQ=11)
ctgccgctgcGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGa < 1:4201664/151‑1 (MQ=11)
tgccgctgcGCCAATCACCCCGACCGCAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAg < 2:1087156/151‑1 (MQ=11)
tgccgctgcGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAg < 2:1084922/151‑1 (MQ=11)
ggccgctgcGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAg < 2:1085957/150‑1 (MQ=11)
gccgctgcGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAgg < 2:1598646/151‑1 (MQ=11)
gccgctgcGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAgg < 2:4606156/151‑1 (MQ=11)
gccgctgcGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAgg > 2:2036496/1‑151 (MQ=11)
ccgctgcGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGt < 1:2895743/151‑1 (MQ=11)
cgctgcGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTg > 1:5318403/1‑151 (MQ=11)
cgctgcGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTg < 1:3498502/151‑1 (MQ=11)
gctgcGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGa > 1:203541/1‑151 (MQ=11)
gctgcGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGa > 2:3185059/1‑151 (MQ=11)
ctgcGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAg < 2:5024060/151‑1 (MQ=11)
ctgcGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGATTAAACCACCACCACCGCCGGAgtagac > 2:1818773/1‑146 (MQ=11)
tgcGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGc < 1:3030596/151‑1 (MQ=11)
gcgcCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCa < 2:1297528/151‑1 (MQ=11)
gcgcCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCa > 1:1943515/1‑151 (MQ=11)
cgcCAGTCACCCCGACCACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCaa < 2:508767/151‑1 (MQ=11)
cgcCAATCACACCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCaa < 2:520217/151‑1 (MQ=11)
gcCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAAc > 1:2151339/1‑151 (MQ=11)
cAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAAccc < 1:3772385/151‑1 (MQ=11)
cAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAAccc < 2:2103479/151‑1 (MQ=11)
aaTCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCa < 1:1465870/151‑1 (MQ=11)
aaTCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCa > 1:2800622/1‑151 (MQ=11)
aaTCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCa > 2:179274/1‑151 (MQ=11)
aTCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCaa < 2:2955602/151‑1 (MQ=11)
tCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAg < 1:995837/151‑1 (MQ=11)
aCCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGa > 2:3179921/1‑151 (MQ=11)
ccccGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGaa < 1:2362189/151‑1 (MQ=11)
ccccGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGaa < 1:573563/151‑1 (MQ=11)
cccGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCGCAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAAg > 1:3189473/1‑151 (MQ=11)
cccGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAAg > 1:771955/1‑151 (MQ=11)
cccGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAAg > 1:2726247/1‑151 (MQ=11)
cccGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAAg < 1:4927949/151‑1 (MQ=11)
cccGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAAg > 1:771956/1‑151 (MQ=11)
cccGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAAg < 2:2726247/151‑1 (MQ=11)
gAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCGATGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGACGTTg > 2:5213516/1‑151 (MQ=11)
gAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGCGAGCAACCCAAGGAAGTTg > 2:3893688/1‑151 (MQ=11)
aaCACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTgg < 1:3739740/151‑1 (MQ=11)
aaCACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTgg < 2:256064/151‑1 (MQ=11)
aaCACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGGTTATACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCCACGCAAGGCAGTTgg > 2:636028/1‑151 (MQ=11)
cacaGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCGACCCCAGGAAGTTgggg > 2:2813721/1‑150 (MQ=11)
|
TTGCCCGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGT > CP009974/4543661‑4543860
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGTTGCCCGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCATCTCTTCAACCTGTGCCATGCCGCTCTTCA > CP009974/4543659‑4543957
|
CGTTGCCCGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCT < SRR10918230.46146/151‑1 (MQ=38)
CGTTGCCCGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCT < SRR10918230.16980/151‑1 (MQ=38)
GTTGCCCGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTG > SRR10918230.792918/1‑151 (MQ=35)
TTGCCCGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGC > SRR10918230.2121179/1‑151 (MQ=33)
TTGCCCGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGC > SRR10918230.3385447/1‑151 (MQ=33)
TTGCCCGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGC > SRR10918230.2021323/1‑151 (MQ=33)
TTGCCCGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGC > SRR10918230.2021284/1‑151 (MQ=33)
CGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCATGCGTTTA < SRR10918230.2717557/151‑1 (MQ=26)
GCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACAACAGCATCCCTGCGTTTAA > SRR10918230.4274531/1‑151 (MQ=23)
ACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAAC > SRR10918230.2637320/1‑151 (MQ=19)
CGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACC < SRR10918230.3915569/151‑1 (MQ=19)
ACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGCGTTGAGCGATAAGATGTTGAACTACAGCATCCCTGCGTTTAGACCACCAC > SRR10918230.482706/1‑151 (MQ=18)
CCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACC > SRR10918230.834933/1‑151 (MQ=19)
CCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCATTTAAACCACCACC < SRR10918230.4783706/151‑1 (MQ=19)
AATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCAC > SRR10918230.4345443/1‑151 (MQ=19)
AATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCAC > SRR10918230.1547247/1‑151 (MQ=19)
ATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACC < SRR10918230.2177055/151‑1 (MQ=19)
TGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCG < SRR10918230.1061208/151‑1 (MQ=19)
TGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGGAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCG < SRR10918230.2162685/151‑1 (MQ=32)
TCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCC < SRR10918230.2432922/151‑1 (MQ=19)
CGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCG < SRR10918230.3483433/151‑1 (MQ=17)
CTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGA < SRR10918230.4220476/151‑1 (MQ=10)
CCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGT < SRR10918230.2908346/151‑1 (MQ=6)
CGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTG < SRR10918230.3513594/151‑1 (MQ=6)
CGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTG > SRR10918230.5343222/1‑151 (MQ=6)
GCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGA > SRR10918230.204214/1‑151 (MQ=6)
TGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGC < SRR10918230.3043779/151‑1 (MQ=6)
GCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCA > SRR10918230.1951743/1‑151 (MQ=6)
GCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAAC > SRR10918230.2160423/1‑151 (MQ=4)
CAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCC < SRR10918230.3788791/151‑1 (MQ=4)
AATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCA > SRR10918230.2812853/1‑151 (MQ=4)
AATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCA < SRR10918230.1472396/151‑1 (MQ=4)
TCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAG < SRR10918230.999893/151‑1 (MQ=4)
CCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAA < SRR10918230.2372276/151‑1 (MQ=4)
CCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAA < SRR10918230.575607/151‑1 (MQ=4)
CCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCGCAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAAG > SRR10918230.3203355/1‑151 (MQ=4)
CCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAAG > SRR10918230.2738165/1‑151 (MQ=4)
CCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAAG < SRR10918230.4950355/151‑1 (MQ=4)
CCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAAG > SRR10918230.774881/1‑151 (MQ=4)
CCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAAG > SRR10918230.774882/1‑151 (MQ=4)
AACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAGGCCGTGTTGAGCGATAAGATGTTGAACCACAGCATCCCTGCGTTTAAACCACCACCACCGCCGGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGG < SRR10918230.3756008/151‑1 (MQ=1)
ATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCAC > SRR10918230.5069773/1‑151 (MQ=0)
ATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCAC > SRR10918230.1799068/1‑151 (MQ=0)
TGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCCGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGCGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGCTTCACA > SRR10918230.2688232/1‑151 (MQ=0)
AGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGC < SRR10918230.2163697/151‑1 (MQ=0)
ACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGT > SRR10918230.3460466/1‑151 (MQ=0)
GGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTC > SRR10918230.1410947/1‑151 (MQ=0)
TATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCC > SRR10918230.4884932/1‑151 (MQ=0)
ATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTC > SRR10918230.3525091/1‑151 (MQ=0)
TTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCG < SRR10918230.5089181/151‑1 (MQ=0)
TCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGA < SRR10918230.3232259/151‑1 (MQ=0)
CCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGAT > SRR10918230.4634578/1‑151 (MQ=0)
TGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGAC > SRR10918230.3325801/1‑151 (MQ=0)
CGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACAC < SRR10918230.2712833/151‑1 (MQ=0)
CGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACAC > SRR10918230.4623767/1‑151 (MQ=0)
GTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACC < SRR10918230.3990936/151‑1 (MQ=0)
CGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGT > SRR10918230.2133929/1‑151 (MQ=0)
CGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGT > SRR10918230.839372/1‑151 (MQ=0)
GCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTG > SRR10918230.2830453/1‑151 (MQ=0)
TCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTTCG > SRR10918230.554445/1‑151 (MQ=0)
CTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGG > SRR10918230.4542167/1‑151 (MQ=0)
TGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTAC < SRR10918230.3346428/151‑1 (MQ=0)
TGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTAC < SRR10918230.722334/151‑1 (MQ=0)
TGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTAC < SRR10918230.1197168/151‑1 (MQ=0)
CAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCC < SRR10918230.1983207/151‑1 (MQ=0)
GGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGC > SRR10918230.5412475/1‑151 (MQ=0)
GCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAG < SRR10918230.847758/151‑1 (MQ=0)
GCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAG < SRR10918230.846762/151‑1 (MQ=0)
TGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGAT < SRR10918230.2630767/151‑1 (MQ=0)
GTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATG > SRR10918230.567957/1‑151 (MQ=0)
GTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGC > SRR10918230.523272/1‑151 (MQ=0)
AAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAA > SRR10918230.3221686/1‑151 (MQ=0)
AGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAAC < SRR10918230.1626595/151‑1 (MQ=0)
AGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAAC < SRR10918230.3778130/151‑1 (MQ=0)
GCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACG > SRR10918230.2762019/1‑151 (MQ=0)
CGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCT > SRR10918230.3130980/1‑151 (MQ=0)
GTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTT > SRR10918230.3499413/1‑151 (MQ=0)
TGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCAT < SRR10918230.579962/151‑1 (MQ=0)
AGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCATCT > SRR10918230.2895704/1‑151 (MQ=0)
CGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCATCTCT < SRR10918230.1250087/151‑1 (MQ=0)
ATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCATCTCTTC < SRR10918230.2101980/151‑1 (MQ=0)
GATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCATCTCTTCAACC > SRR10918230.2369683/1‑151 (MQ=0)
ATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACATCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCATCTCTTCAACCT > SRR10918230.1270087/1‑151 (MQ=0)
ATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCATCTCTTCAACCT < SRR10918230.5396505/151‑1 (MQ=0)
GAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCATCTCTTCAACCTGCGCC > SRR10918230.4023427/1‑151 (MQ=0)
GAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCATCTCTTCAACCTGCGCC > SRR10918230.95878/1‑151 (MQ=0)
CACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCATCTCTTCAACCTGCGCCATGC < SRR10918230.2050415/151‑1 (MQ=0)
CACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCATCTCTTCAACCTGCGCCATGC < SRR10918230.2459683/151‑1 (MQ=0)
AGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCATCTCTTCAACCTGCGCCATGCCGC > SRR10918230.4174297/1‑151 (MQ=0)
TCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCATCTCTTCAACCTGCGCCATGCCGCTCTT < SRR10918230.2565496/151‑1 (MQ=0)
CCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCATCTCTTCAACCTGCGCCATGCCGCTCTTCA > SRR10918230.5269494/1‑151 (MQ=0)
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CGTTGCCCGCACGCTGACCAATGTCGCTGCCGCTGCGCCAATCACCCCGAACACAGATGAAGCGAACCCCAGGGTGTATTCCGGTGCGTCGCTCTTCTGCAGGCTGTTGTAAGCCGTCTTGAGCGATAGGATGTTGAACCACAGCATCCCCGCGTTTAAACCACCACCACCGCCCGAGGTGAGCAACCCAAGGAAGTTGGGTTTCACACGCGCAGTGGTGGTCAGCTCGATAGACACCGTGCGGCTACCCGAGATGCGCAACGCTTTCATCTCTTCAACCTGTGCCATGCCGCTCTTCA > CP009974/4543659‑4543957
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
