Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A1 F1 I1 R1
|
343 |
268.7 |
10873516 |
97.0% |
10547310 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1952 total aligned reads displayed.
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|
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ggtgacatccactttcgcgGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTT > SRR10918230.3268697/20‑151 (MQ=44)
GGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAACTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTT < SRR10918230.3892526/151‑1 (MQ=45)
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CACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCG > SRR10918230.890721/1‑151 (MQ=41)
CTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACC < SRR10918230.4685244/151‑1 (MQ=58)
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cgaagcgttgCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTG < SRR10918230.4245691/141‑1 (MQ=8)
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gaagcgttgccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcaCCAGTGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCGCCAGCCTTGA < SRR10918230.3653179/112‑1 (MQ=60)
tagccgcaccgcccagttgcAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGAT > SRR10918230.3472473/21‑151 (MQ=23)
agcgttgccgcccagttgcAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATG < SRR10918230.2251949/132‑1 (MQ=5)
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CACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTCTCGCCGGCCTTGATGGTGAC > SRR10918230.4540381/1‑151 (MQ=60)
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ACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACC > SRR10918230.2914791/1‑151 (MQ=39)
ccgcccagttgcAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCT > SRR10918230.2199816/13‑151 (MQ=5)
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CAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCA > SRR10918230.3988332/1‑151 (MQ=60)
agttgcAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGagcgt < SRR10918230.5299411/145‑6 (MQ=36)
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caggttctcgaaggtcgcaCCAGTGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGGGTGCGGCGCACTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTG > SRR10918230.3187011/20‑151 (MQ=33)
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cgaaggtcgcaCCAGTGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGT < SRR10918230.1553702/140‑1 (MQ=35)
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CCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACTAGGTCGTGAGCCcgggcggt > SRR10918230.1240632/1‑143 (MQ=13)
CGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACATCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGCTGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑G > SRR10918230.4982336/1‑151 (MQ=17)
GAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTCTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GT < SRR10918230.559800/151‑1 (MQ=4)
GAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAGggcggtgt > SRR10918230.4502281/1‑143 (MQ=27)
aagTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTT < SRR10918230.3973402/148‑1 (MQ=36)
TTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGA > SRR10918230.2178832/1‑151 (MQ=40)
TGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGAC > SRR10918230.1513609/1‑151 (MQ=47)
TGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGAC > SRR10918230.1571315/1‑151 (MQ=47)
gataccaaggctgatctggccagcatcgttGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACTAGGTCGTGAGCCAGggcggtgttgatg < SRR10918230.5248544/121‑14 (MQ=21)
CCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACTAGGTCGTGAGCCAGggcggtgttgatgtgca < SRR10918230.3867200/151‑18 (MQ=17)
AGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGTACGG < SRR10918230.2477942/151‑1 (MQ=33)
AGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACTAGGTCGTGAGCCAGggcggtgttgatgtgcacgg < SRR10918230.1013226/151‑21 (MQ=16)
GGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGT > SRR10918230.508120/1‑151 (MQ=0)
GCTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACATCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTG < SRR10918230.4039817/151‑1 (MQ=0)
GCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACTAGGTCGTGAGCCAG‑GGCGGTGTTGATGTGCACGGTG < SRR10918230.5204532/151‑1 (MQ=15)
TGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAA > SRR10918230.2579002/1‑151 (MQ=26)
GATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAGggcggtgttgatgtgcacggtgaac < SRR10918230.2827254/151‑26 (MQ=22)
GATCTGGCCCGCATCCTGATAGACATCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAG < SRR10918230.5001008/151‑1 (MQ=4)
atctgGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGTACGGTGAAGG < SRR10918230.470898/146‑1 (MQ=33)
tctgGCCCGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTCTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGT > SRR10918230.3810978/5‑151 (MQ=21)
tctgGCCCGCATCCTGATAGACATCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGT > SRR10918230.650428/5‑151 (MQ=8)
TTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGT > SRR10918230.1067663/1‑151 (MQ=21)
ctggccaGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTC > SRR10918230.4572021/8‑151 (MQ=15)
tgggccgcatcgttGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAG‑GGCGGTGTTGATGTGCACGGTGAACGTCG < SRR10918230.2049389/137‑1 (MQ=17)
CCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTT < SRR10918230.1044533/151‑1 (MQ=14)
agcatcgttGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGAGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACTAGGTCGTGAGCCAG‑GGCGGTGTTGATGTGCACGGTGAACGTCGGTTTG > SRR10918230.4784585/10‑151 (MQ=15)
ATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACG > SRR10918230.2676001/1‑151 (MQ=8)
tcgttGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACTAGGTCGTGAGCCAG‑GGCGGTGTTGATGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGT < SRR10918230.4449516/146‑1 (MQ=16)
TCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGT < SRR10918230.5107664/151‑1 (MQ=6)
ggaTAGACATCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCT < SRR10918230.4517500/148‑1 (MQ=7)
TTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACTAGGTCGTGAGCCAG‑GGCGGTGTTGATGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCT > SRR10918230.2095720/1‑151 (MQ=16)
TAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCAG > SRR10918230.1748025/1‑151 (MQ=0)
GACATCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCC < SRR10918230.4171537/151‑1 (MQ=5)
ACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGTACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTA > SRR10918230.4968098/1‑151 (MQ=35)
ACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGTACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTA < SRR10918230.3906899/151‑1 (MQ=35)
CGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACTAGGTCGTGAGCCAG‑GGCGGTGTTGATGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCAC > SRR10918230.4068506/1‑151 (MQ=5)
GTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGTACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACC > SRR10918230.966849/1‑151 (MQ=39)
TCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGTACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCG < SRR10918230.2610927/151‑1 (MQ=41)
ATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGGGTACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAA > SRR10918230.1382512/1‑151 (MQ=36)
TCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAG < SRR10918230.1969978/151‑1 (MQ=17)
CGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGT < SRR10918230.2999227/151‑1 (MQ=15)
CCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCT < SRR10918230.2840143/151‑1 (MQ=8)
CTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTG > SRR10918230.833173/1‑151 (MQ=6)
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GGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGAGCCAGCGGCTG‑GTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCGGCC > CP009974/1896034‑1896334
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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |