Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
343 |
268.7 |
10873516 |
97.0% |
10547310 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 688 total aligned reads displayed.
CGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACA > CP009974/1898143‑1898443
|
CGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACT > SRR10918230.4897352/1‑151 (MQ=59)
CGGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACT < SRR10918230.3125014/151‑1 (MQ=59)
GGCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTT < SRR10918230.698265/151‑1 (MQ=19)
GGCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTT > SRR10918230.1742670/1‑151 (MQ=59)
GCGCGCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTT < SRR10918230.1689187/151‑1 (MQ=19)
GCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTT > SRR10918230.3946358/1‑151 (MQ=59)
GCGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTT < SRR10918230.545391/151‑1 (MQ=59)
CGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTG > SRR10918230.3334627/1‑151 (MQ=58)
CGCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTG > SRR10918230.2760384/1‑151 (MQ=58)
GCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCCCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGA > SRR10918230.4870772/1‑151 (MQ=50)
GCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGCCCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGA < SRR10918230.1024013/151‑1 (MQ=38)
GCGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGA < SRR10918230.480828/151‑1 (MQ=58)
CGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGAC < SRR10918230.1649842/151‑1 (MQ=60)
CGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGAC > SRR10918230.1981933/1‑151 (MQ=60)
CGCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGAC > SRR10918230.4415469/1‑151 (MQ=60)
GCTGGTTTCGCCAGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACG > SRR10918230.1917852/1‑151 (MQ=23)
GCTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACG > SRR10918230.1166240/1‑151 (MQ=60)
CTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCA > SRR10918230.1660521/1‑151 (MQ=46)
CTGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGA > SRR10918230.3695716/1‑151 (MQ=60)
TGGTTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGAT > SRR10918230.1106948/1‑151 (MQ=60)
GTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACcaggt > SRR10918230.2924353/1‑146 (MQ=41)
GTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACcaggt > SRR10918230.3071568/1‑146 (MQ=41)
TTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTC < SRR10918230.761506/151‑1 (MQ=38)
TTTCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATTTC > SRR10918230.2737349/1‑151 (MQ=60)
TCACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGC > SRR10918230.3217443/1‑151 (MQ=60)
CACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCC > SRR10918230.4129986/1‑151 (MQ=60)
CACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCC < SRR10918230.2222837/151‑1 (MQ=60)
ACCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCT > SRR10918230.24398/1‑151 (MQ=60)
CGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTC > SRR10918230.2009147/1‑151 (MQ=60)
CGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCAAAGTGAAGGTCGGTTTTACGTTCTTGGCTAATGAAGTTTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGTCTTC > SRR10918230.130247/1‑151 (MQ=43)
CGGCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTC > SRR10918230.1804914/1‑151 (MQ=29)
GGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCG < SRR10918230.3170427/151‑1 (MQ=60)
GGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCG < SRR10918230.1267851/151‑1 (MQ=60)
GCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGT > SRR10918230.2816557/1‑151 (MQ=60)
GCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGT < SRR10918230.147886/151‑1 (MQ=60)
GCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGT < SRR10918230.207286/151‑1 (MQ=60)
GCCTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGTAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGT < SRR10918230.4109838/151‑1 (MQ=28)
CTTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTG > SRR10918230.2248788/1‑151 (MQ=48)
TTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGC > SRR10918230.4948690/1‑151 (MQ=60)
TTGATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGC > SRR10918230.5086577/1‑151 (MQ=48)
TGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCC > SRR10918230.2931359/1‑151 (MQ=60)
TGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCC > SRR10918230.3002979/1‑151 (MQ=60)
TGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCC < SRR10918230.141786/151‑1 (MQ=60)
GATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCct < SRR10918230.1881676/151‑3 (MQ=60)
ATGGTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGC < SRR10918230.4663718/151‑1 (MQ=35)
TGGTGACCTTGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGTCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctgg < SRR10918230.2748005/151‑5 (MQ=39)
GGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggg > SRR10918230.1126540/1‑146 (MQ=60)
GTGACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGC > SRR10918230.329761/1‑151 (MQ=41)
TGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggt > SRR10918230.2487814/1‑144 (MQ=56)
aacctcatcattattgctcaaaatcacgaccacatcctgccccagcgcctgattaACGTGCACAGTGAACGTCGCTTTGACCTTCTCCGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCC < SRR10918230.287470/96‑1 (MQ=44)
GACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCC < SRR10918230.2807917/151‑1 (MQ=44)
GACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtg < SRR10918230.2728633/151‑9 (MQ=35)
GACCTGGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtg < SRR10918230.1249055/151‑9 (MQ=35)
CCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtgcc > SRR10918230.3752032/1‑141 (MQ=57)
CCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtgcc > SRR10918230.1005348/1‑141 (MQ=57)
CTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtgcca < SRR10918230.4568005/151‑12 (MQ=57)
CTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtgcca > SRR10918230.1546732/1‑140 (MQ=57)
CTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtgcca < SRR10918230.575083/151‑12 (MQ=57)
TGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtgccag > SRR10918230.1773061/1‑139 (MQ=57)
GGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtgccagg > SRR10918230.4926629/1‑138 (MQ=57)
GGGCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtgccagg < SRR10918230.4964465/151‑14 (MQ=36)
GGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtgccaggc < SRR10918230.5428445/151‑15 (MQ=55)
GCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtgccaggct < SRR10918230.835075/151‑16 (MQ=53)
GCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTAC > SRR10918230.2586615/1‑151 (MQ=60)
GCATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTAC < SRR10918230.204883/151‑1 (MQ=60)
CGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtgccaggctc > SRR10918230.4907504/1‑135 (MQ=51)
CGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtgccaggctc > SRR10918230.1283357/1‑135 (MQ=51)
CGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtgccaggctc > SRR10918230.4177746/1‑135 (MQ=51)
CATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACC > SRR10918230.923005/1‑151 (MQ=60)
CATTGTTGCTCAGGGTCACGACCAAGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtgccaggctc < SRR10918230.2210160/151‑17 (MQ=43)
GTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGGGTGCCAGGCTCG > SRR10918230.2136676/1‑151 (MQ=39)
TTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTG < SRR10918230.3630731/151‑1 (MQ=60)
TGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTGGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATGGTGATTTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCctggggtgccaggctcgtt > SRR10918230.475250/1‑132 (MQ=23)
TGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGGGTGCCAGGCTCGTC > SRR10918230.3870509/1‑151 (MQ=34)
TGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGGGTGCCAGGCTCGTC > SRR10918230.3637585/1‑151 (MQ=34)
GTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGGGTGCCAGGCTCGTCG > SRR10918230.1382350/1‑151 (MQ=32)
GTTGCTCAGGGTCACGAACAAGTCTTGGGCCCGCGGCTGGTTGCCGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCTGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGGGTGCCAGGCTCGTCG < SRR10918230.1399516/151‑1 (MQ=21)
TTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGG < SRR10918230.4675296/151‑1 (MQ=60)
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TGGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACctcggtgctgactggagtcttgtccaggttca < SRR10918230.4692973/151‑33 (MQ=28)
GGTTGACGTGCACGGTGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGT > SRR10918230.4685494/1‑151 (MQ=60)
GGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACctcggtgctgactggagtcttgtccaggttcag < SRR10918230.4799646/151‑34 (MQ=26)
GGTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACctcggtgctgactggagtcttgtccaggttcag < SRR10918230.950573/151‑34 (MQ=26)
GTTGACGTGCACAGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACctcggtgctgactggagtcttgtccaggttcagg > SRR10918230.3191764/1‑117 (MQ=25)
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TTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACctcggtgctgactggagtcttgtccaggttcaggt > SRR10918230.2108190/1‑116 (MQ=24)
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ACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACctcggtgctgactggagtcttgtccaggttctggtttttgaact > SRR10918230.384753/1‑107 (MQ=26)
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AGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCTACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACTTTGACGATGTCGCCTTCGTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACctcggtgctgactggagtcttgtccaggttcaggttttcgaacttc < SRR10918230.2471585/151‑47 (MQ=2)
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TGAACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAG > SRR10918230.3287388/1‑151 (MQ=60)
ACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTG < SRR10918230.975826/151‑1 (MQ=60)
ACGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTG < SRR10918230.4278914/151‑1 (MQ=60)
CGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACagatcggaagagcacacgtctgaac > SRR10918230.3236369/1‑126 (MQ=60)
TCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTC > SRR10918230.4361228/1‑151 (MQ=60)
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GTAATAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCG < SRR10918230.2164291/151‑1 (MQ=60)
TAGTGACCTTGACCAGGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCAAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACAT < SRR10918230.3086975/151‑1 (MQ=60)
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|
CGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTGATGGTGACCTGGGCGTTGTTGCTCAGGGTCACGACCAGGTCGTGGGCCAGCGGCTGGTTGACGTGCACGGTGAAGGTCGGTTTGACGTTCTCGGCCACCGAAGTCTGGTCAGCAGTAATAGTGACCTTGACGATGTCGCCTTCGTTGCTGCCGCCCGGGTTACCTGGGGTGCCAGGCTCGTCGGTCACGGTAGTGCTGACCGGGGTTTTGTCGAGGGTCAGTTGCTCGAACTTGCCGACATCCGCGCCTTCAACGGTTGCGATCGACATCACAACA > CP009974/1898143‑1898443
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |