Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
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343 |
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97.0% |
10547310 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1547 total aligned reads displayed.
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|
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CCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGC < SRR10918230.157335/151‑1 (MQ=60)
gtgactggagttcagccgtgtgctctgccgatctgTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCC < SRR10918230.4410681/116‑1 (MQ=60)
GTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCG < SRR10918230.790614/151‑1 (MQ=60)
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TGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGCCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCtcgtgagcgcacacgcccgaactcccggcgcagacaatcaccccgcc > SRR10918230.869000/1‑104 (MQ=60)
GTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCT < SRR10918230.2421219/151‑1 (MQ=60)
GTTATAGACGTCATTGGCCGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGgatagggagagcgcacgactgaacacgaggccc > SRR10918230.2462657/1‑118 (MQ=60)
TGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGAgatcggaagggcacacgtctgaactccagtcacggacatcaatcccgtgtgccgtctcccgctggaata > SRR10918230.4883649/1‑82 (MQ=60)
TGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTC < SRR10918230.828738/151‑1 (MQ=60)
GTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCG < SRR10918230.1114903/151‑1 (MQ=60)
atctCGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGCTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCTTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGG < SRR10918230.2087775/147‑1 (MQ=60)
TAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGG > SRR10918230.1432863/1‑151 (MQ=60)
AGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT < SRR10918230.3315213/151‑1 (MQ=60)
ACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGCCTGGCCagatcggaggggaacagttccgaacttctgtcacgggcttcacacgcgtacgccgtctgttacttggccgcaatcagtta > SRR10918230.430996/1‑71 (MQ=60)
GTCATTGGCCGGCGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgacc < SRR10918230.5241351/151‑5 (MQ=60)
CATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCT < SRR10918230.84877/151‑1 (MQ=60)
ATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGTGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgac > SRR10918230.1807993/1‑144 (MQ=60)
TTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTG > SRR10918230.2840365/1‑151 (MQ=60)
GCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCG < SRR10918230.897915/151‑1 (MQ=60)
GCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGTCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgagatcg > SRR10918230.5097867/1‑140 (MQ=60)
CCCGGGGTCTGGAATTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCG < SRR10918230.5434756/151‑1 (MQ=60)
CCGGGGTCTGGAATTCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGA < SRR10918230.374133/151‑1 (MQ=60)
CGGGGTCTGGAATTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG < SRR10918230.588714/151‑1 (MQ=60)
CGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCGACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTACCCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctc < SRR10918230.5310302/151‑14 (MQ=60)
CGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG < SRR10918230.132569/151‑1 (MQ=60)
CGGCGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG > SRR10918230.2716012/1‑151 (MQ=60)
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GGGTCTGGAAGTCCACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGC < SRR10918230.5179193/151‑1 (MQ=60)
GGTCTGGAAATCAACGCTGCCCGGGGTTTTACCCGCTTCAACGGGGAGGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgcc < SRR10918230.3722503/151‑17 (MQ=60)
CTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTC < SRR10918230.954411/151‑1 (MQ=60)
TGGAATTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGagttcggaagagcacacgtctg > SRR10918230.5028188/1‑129 (MQ=60)
TGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCTTCAACGGTAATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCA > SRR10918230.3238675/1‑151 (MQ=60)
TGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtca < SRR10918230.12806/151‑21 (MQ=60)
TGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCA < SRR10918230.193017/151‑1 (MQ=60)
GAATTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGG < SRR10918230.741000/151‑1 (MQ=60)
AAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCTTCAACGGTAATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGGCAGGG > SRR10918230.1946515/1‑151 (MQ=60)
TCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGgagaggtcgaagctgcacctggtcaccagtcccggcctccaatcagggttgctatgggccactggggaggtgaaaacgccaccttcggcgcctgacgggctcgccctcagggttg > SRR10918230.136280/1‑36 (MQ=60)
TCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcg > SRR10918230.3416756/1‑125 (MQ=60)
GACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGatgggaagctcacacgcctgaagtccaggcacgcacagccttcgcgtacgctggcttaggcgtgcaaaaaaaag > SRR10918230.1252182/1‑77 (MQ=60)
GACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCG > SRR10918230.4328826/1‑151 (MQ=60)
AACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTcagatcggaagagcacacgtctgaactc > SRR10918230.199748/1‑123 (MQ=60)
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GTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCG > CP009974/1898963‑1899262
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
