Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
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336 |
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150.7 |
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N/A
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BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1680 total aligned reads displayed.
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|
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gttgttttattttttcaagcagaagacggcatacgagatgaccgaaggtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCG < SRR10918235.1409554/70‑1 (MQ=60)
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ttgcgggagttttttttttgcaagcagaagccggcatacgagctaaccgaaggtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatcTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGG < SRR10918235.5325448/66‑1 (MQ=60)
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agttgACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggt > SRR10918235.6308806/6‑127 (MQ=60)
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TGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggt > SRR10918235.3517117/1‑118 (MQ=60)
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CCTGGGTTTTACCCGCTTCAGCGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggt < SRR10918235.806449/151‑37 (MQ=60)
CTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACagatcggaagagcacacgtctggacgccggtaaccttcgggtggtgggg > SRR10918235.4024620/1‑102 (MQ=60)
CTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcg < SRR10918235.5688007/151‑38 (MQ=60)
CTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGGTTGGCGAcgccggaacggaagcgcacacgtcg > SRR10918235.6282863/1‑126 (MQ=60)
TGGGTTTTGCCGGCTTCAACGGTAATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGT > SRR10918235.4908133/1‑151 (MQ=60)
GGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTC > SRR10918235.2727697/1‑151 (MQ=60)
GTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGA > SRR10918235.2216954/1‑151 (MQ=60)
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acgagataaccgaaggtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgag < SRR10918235.4239237/102‑47 (MQ=60)
CCCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCTGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgag < SRR10918235.5389020/151‑47 (MQ=60)
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CTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgtt > SRR10918235.547425/1‑100 (MQ=60)
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gacggagatggtctagtggttgaccggggtatacttgagtgcagtcgtattagggttcattttGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCTGTTACGTTTGGGGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatc < SRR10918235.2411459/88‑15 (MQ=60)
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ACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcg > SRR10918235.2927102/1‑95 (MQ=60)
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tgatgactTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtggt > SRR10918235.2882255/9‑91 (MQ=60)
GATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtc > SRR10918235.2842881/1‑131 (MQ=60)
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gttcagacgtacgcccgtccgatctGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGGATGGGGACGCCGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggg < SRR10918235.3227621/126‑42 (MQ=60)
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CCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcaccttcggttatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaa > SRR10918235.2242847/1‑64 (MQ=60)
CCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcag > SRR10918235.6420395/1‑105 (MQ=60)
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TTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctg < SRR10918235.1189911/151‑50 (MQ=60)
TACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgtcgggctcgccgtcagggtcgcgggggcggcgtcgaccgcgtcggtgatcgaggtctgtgcgggcgtcgggtttggggtcagttgc > SRR10918235.3053383/1‑60 (MQ=60)
TACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgtgtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcggggtcggggtcagttgc > SRR10918235.3767029/1‑60 (MQ=60)
TACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgc > SRR10918235.6497308/1‑101 (MQ=60)
ACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgct > SRR10918235.4216905/1‑59 (MQ=48)
ACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgct < SRR10918235.6610451/151‑93 (MQ=48)
CCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGagatcgggagagcacacgtctgaaccccagtcaccttcggttatctcgtatggtgtcttttgct > SRR10918235.603224/1‑87 (MQ=60)
CCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgaagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcaccttcggttatctcg > SRR10918235.3747337/1‑99 (MQ=60)
CGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccgaggtcgggcgagcgcacgcctgaact > SRR10918235.3941789/1‑57 (MQ=60)
GGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcga > SRR10918235.6626798/1‑56 (MQ=60)
GGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcga > SRR10918235.1904121/1‑97 (MQ=60)
CGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGcgagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcaccttcggttatctcgtatgccgtcttc > SRR10918235.1633038/1‑89 (MQ=60)
GTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT > SRR10918235.2667652/1‑53 (MQ=9)
GTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaat > SRR10918235.4587540/1‑94 (MQ=60)
TGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGGTACGCTTGGCGAGGCGGCCAGGGCCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatggtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaagttgc > SRR10918235.2325926/1‑91 (MQ=60)
GAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT < SRR10918235.5755411/49‑1 (MQ=18)
GAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT > SRR10918235.4055078/1‑49 (MQ=15)
GAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT > SRR10918235.1137821/1‑49 (MQ=18)
GCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT > SRR10918235.2584741/1‑47 (MQ=27)
GCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaagttgccgc > SRR10918235.2299348/1‑88 (MQ=60)
CAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT > SRR10918235.3000819/1‑46 (MQ=30)
GGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccag < SRR10918235.5191372/151‑67 (MQ=60)
GGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT > SRR10918235.4180828/1‑43 (MQ=30)
GGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT > SRR10918235.6767360/1‑43 (MQ=29)
GGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcaccttcggttatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaaatacggtctagatgtatcgataatcaccgcagg > SRR10918235.2630927/1‑42 (MQ=60)
GTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcaccttcgggtttctcgtaggcccccgtg > SRR10918235.2383506/1‑83 (MQ=60)
TGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGCTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggc < SRR10918235.3408148/151‑71 (MQ=60)
CTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT > SRR10918235.5565094/1‑38 (MQ=0)
CTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT > SRR10918235.3708755/1‑38 (MQ=0)
CTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTAC > SRR10918235.902336/1‑151 (MQ=60)
TCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT < SRR10918235.2276438/37‑1 (MQ=56)
CAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttc > SRR10918235.4321772/1‑77 (MQ=60)
CAGGGTCACGGTGTAAGTGATCGCGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttc < SRR10918235.4425774/151‑75 (MQ=60)
AGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccggcagaggagacgt > SRR10918235.4447509/1‑76 (MQ=60)
AGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttct > SRR10918235.6793904/1‑76 (MQ=60)
GGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGA < SRR10918235.5429526/75‑1 (MQ=60)
CACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGA < SRR10918235.6580055/71‑1 (MQ=60)
ACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGA > SRR10918235.5962093/1‑70 (MQ=60)
ACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGG < SRR10918235.19808/151‑1 (MQ=60)
CGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaagttgccgcccgtggcgttctcgatggt < SRR10918235.6447044/151‑83 (MQ=60)
GGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGGTG < SRR10918235.7097443/151‑1 (MQ=60)
GTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGA < SRR10918235.4266411/67‑1 (MQ=60)
GTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGGTCGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGA < SRR10918235.297870/65‑1 (MQ=60)
GTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGGTGGCC < SRR10918235.979745/151‑1 (MQ=60)
TAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGGTGGCCG < SRR10918235.5651892/151‑1 (MQ=60)
AAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaagttgccgcccgtggcgttctcgatggtgacgct < SRR10918235.6994737/151‑89 (MQ=60)
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GACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGGTGGCCGA > CP009974/1899064‑1899363
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
