Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I1 R1
|
404 |
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96.8% |
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150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1202 total aligned reads displayed.
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|
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cctccagtgagtggagttcagacgtgtgctcttccgatcCGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCC < SRR10918231.252187/112‑1 (MQ=60)
ccaggtgagtgccgttccgagctGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCC < SRR10918231.4413710/128‑1 (MQ=60)
gttgttgtggacgtcattggcctgtgtaggggagttggcgctacgctggcttgtcccggctctggcggtcaggcgcgggctgttgcACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCG < SRR10918231.4898771/65‑1 (MQ=60)
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ATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGgagcggaagagcacacgt > SRR10918231.384224/1‑133 (MQ=60)
tgggccggggtgtgcaagtcggCGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacg < SRR10918231.1782257/129‑9 (MQ=60)
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gcatacgagatcttcaccagtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatcTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagg < SRR10918231.1694404/99‑23 (MQ=60)
aagttgACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcaggg > SRR10918231.2125981/7‑128 (MQ=60)
AAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcaggg > SRR10918231.3488040/1‑128 (MQ=60)
AAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCTTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGGAGGGTTGCTAAAGGTCACGGTGTCAGTGATCACGCCGCATTCCGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTTGCTAGCCGGTCAGGG > SRR10918231.781285/1‑151 (MQ=60)
AAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGG > SRR10918231.1715558/1‑151 (MQ=60)
agttgACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGT > SRR10918231.4216515/6‑151 (MQ=60)
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agacggcatacgagatgttcaccagggattggagttcagacgtgggctcttccaatcGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtc < SRR10918231.1656262/94‑26 (MQ=60)
ATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTC < SRR10918231.3247545/151‑1 (MQ=60)
ATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGAGCTGGACTGGCCGCTGGACAGCGTCACGGTTACCGGCGGCTGAGCAGGGCTGCCCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtc > SRR10918231.1488032/1‑126 (MQ=60)
TCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCG < SRR10918231.773056/151‑1 (MQ=60)
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AACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCTTCAACGGTAATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGCCACGGTTACCGGCGTCTGGGCAGGGTTGCTCGGGGTCACGGTGTAGGTGTGCACGCCGCCTTCGGTCAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCA < SRR10918231.1053962/151‑1 (MQ=60)
ACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacggtctcgccgtcagggtcgcgg > SRR10918231.382350/1‑122 (MQ=60)
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GCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtg > SRR10918231.3997496/1‑120 (MQ=60)
GCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtg < SRR10918231.415795/151‑32 (MQ=60)
GCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGACGCCTTCGGcgcacgtctggcctgccgtcacggttgaggtg > SRR10918231.3914790/1‑119 (MQ=60)
CTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGG < SRR10918231.1157185/151‑1 (MQ=60)
GCCCTGGGTTTTGCCGGCTTCAACGGTAATGGTTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTG > SRR10918231.5042311/1‑151 (MQ=60)
CCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCTCGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGG > SRR10918231.1925512/1‑151 (MQ=60)
CCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGG > SRR10918231.1613580/1‑151 (MQ=60)
CCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGG > SRR10918231.2541776/1‑151 (MQ=60)
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CTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGAGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGGTCACGCCGCCcacacttacgctcgccgggcccggctggggcgcgggtgtgccg > SRR10918231.4531325/1‑108 (MQ=60)
GGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTC < SRR10918231.2626017/151‑1 (MQ=60)
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GTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATTACGCCGCCTTCGGTGAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGATGCGGTCAGatcggaagagcacacgtctg > SRR10918231.334519/1‑131 (MQ=60)
TTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAC < SRR10918231.1002403/151‑1 (MQ=60)
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CGCTTCAACGGTGATGGTCGGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcg < SRR10918231.3410084/151‑9 (MQ=60)
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TTCAACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttg > SRR10918231.3592010/1‑99 (MQ=60)
TCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttga > SRR10918231.4919709/1‑139 (MQ=60)
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ACGGTGATGACTTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGatgggcggagggcacgccggcactgccgccgctggggtggcgctcgtatgcctgctcc > SRR10918231.3236095/1‑93 (MQ=60)
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ACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggtg > SRR10918231.4137606/1‑73 (MQ=60)
AGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcg > SRR10918231.3300350/1‑112 (MQ=60)
GGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcgg < SRR10918231.3010019/151‑41 (MQ=60)
GGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCAGCCTCCGGCGAC‑‑‑‑‑‑GGTTCTCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGcgttggcggcgaccgggtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcgg > SRR10918231.4825723/1‑99 (MQ=60)
AGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggg < SRR10918231.1728844/151‑42 (MQ=60)
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tcacgGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGT > SRR10918231.1524964/6‑151 (MQ=60)
AACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTGAC‑‑‑‑‑‑GGTCGGCGTGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtc < SRR10918231.2960234/151‑45 (MQ=60)
ACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtca > SRR10918231.3676145/1‑65 (MQ=53)
ACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcgggggca > SRR10918231.2760524/1‑65 (MQ=60)
CGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcag > SRR10918231.1336748/1‑64 (MQ=54)
GGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACC < SRR10918231.3740255/151‑1 (MQ=60)
CGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTGAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagcctgcggaggatcagacgtcaga > SRR10918231.337111/1‑104 (MQ=60)
TTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgaggctgggtcgggctcggggctggtcg > SRR10918231.5089741/1‑61 (MQ=60)
TTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttg < SRR10918231.3160713/151‑91 (MQ=60)
TTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttg < SRR10918231.12552/151‑91 (MQ=60)
TTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcactggtgaagatct > SRR10918231.5203730/1‑61 (MQ=60)
ACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTCAC‑‑‑‑‑‑GGTTGGCCAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGCGTCGATTGTATCGTTCACCTGGGTAACCGCCGGCGTTTGCatatcggacgggcact > SRR10918231.5251100/1‑135 (MQ=60)
CCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctc < SRR10918231.4785489/151‑53 (MQ=60)
GGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcga > SRR10918231.2214689/1‑97 (MQ=60)
GCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GGTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaa < SRR10918231.3891465/151‑56 (MQ=60)
GCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCC < SRR10918231.3100961/151‑1 (MQ=60)
GTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT < SRR10918231.2329232/53‑1 (MQ=9)
TCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaagtt < SRR10918231.979569/151‑59 (MQ=60)
TGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgattcgtagagcgaggtctgagccggggtcgggatcgggggcagttgctcgagattac > SRR10918231.3090083/1‑50 (MQ=60)
TGAGCAGGGTTGCGCAGGGTCGCGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT < SRR10918231.2902118/50‑1 (MQ=14)
GCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgc > SRR10918231.356115/1‑88 (MQ=60)
GCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgc > SRR10918231.357159/1‑88 (MQ=60)
CAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggaccgttagacgacacgtctgac > SRR10918231.2994138/1‑46 (MQ=60)
CAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGcggcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgcc < SRR10918231.2864822/151‑71 (MQ=60)
AGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTGAC‑‑‑‑‑‑GGACGGGCTGGCCGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGA < SRR10918231.3769682/86‑1 (MQ=28)
AGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT < SRR10918231.599874/45‑1 (MQ=9)
AGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT < SRR10918231.3388723/45‑1 (MQ=33)
gtgctcttccgagctACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccag < SRR10918231.2242968/136‑67 (MQ=60)
gaggcggTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgattcgctgatggtggtctgggccgtcgtcggggtcagatcggaagagcacacgtctgaactcc > SRR10918231.1879960/8‑44 (MQ=60)
GGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcagatcggaagagcacacgtctgaactcc > SRR10918231.4705279/1‑44 (MQ=60)
GGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgaagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcactggtgaagatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaaatcatttgctcgaaattaacgccagt > SRR10918231.4348609/1‑43 (MQ=44)
GTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtg > SRR10918231.4995432/1‑83 (MQ=60)
GTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTA < SRR10918231.685667/151‑1 (MQ=60)
TGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GGTCGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaagttgccgcccgtggc < SRR10918231.506199/151‑71 (MQ=60)
TGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCGTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgcgtcgttgaacgtgggctgcggcggcggcgggtgtggggtctgttgctcgagattaccaccagtggc > SRR10918231.1315155/1‑81 (MQ=60)
TCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgtt > SRR10918231.42585/1‑78 (MQ=60)
TCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT > SRR10918231.3445570/1‑37 (MQ=38)
TCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACC > SRR10918231.1352331/1‑151 (MQ=60)
TAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTagccggcaggcgcgcaggcaggatcgccggggtggggtcgagcgcgcgtatgaccgcggccgctggagacgacgggttcggggtcagttgctcgaaattcgcgccagccgcgttc > SRR10918231.3545571/1‑36 (MQ=58)
CAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttc < SRR10918231.1828173/151‑75 (MQ=60)
GGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGA < SRR10918231.3604083/75‑1 (MQ=60)
GGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGAATGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGT > SRR10918231.4962335/1‑151 (MQ=60)
GGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaagttgccgcccgtggcgttctcg > SRR10918231.423602/1‑74 (MQ=60)
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TCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGcgtggaccgagtcgtagatcgtggtgtgagccggtgtggggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgat < SRR10918231.5105800/151‑86 (MQ=60)
CGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGA > SRR10918231.4678867/1‑69 (MQ=60)
GTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGA > SRR10918231.4275639/1‑67 (MQ=60)
GGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGA > SRR10918231.836508/1‑62 (MQ=60)
AGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGA > SRR10918231.2828821/1‑62 (MQ=60)
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GACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTAC‑‑‑‑‑‑GCTTGGCGAGGCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGGTGGCCGA > CP009974/1899064‑1899363
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
