Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
368 |
332.2 |
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97.0% |
12699304 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1505 total aligned reads displayed.
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|
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tgtagacgtcattggtcggggtcaggcagttgacggcaccctgggtttcaccccgtgcctggagttcagacgtgtggtcgtccgatcTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTC < SRR10918232.3085179/64‑1 (MQ=60)
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AAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTCACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACCCACGGCGTG‑‑‑GCGGTCAGGG > SRR10918232.192750/1‑151 (MQ=60)
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tcgtttttcttggatttgcaggcttcatcggtgatgacattgcctgagtggagtgcagccgtttgctgtgcctatgtAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGG < SRR10918232.2047310/74‑1 (MQ=60)
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CCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGC > SRR10918232.618157/1‑151 (MQ=60)
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TTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATTACGCCGCCTTCGGTTATGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGAGTCGAA > SRR10918232.1456827/1‑151 (MQ=60)
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ACGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgcgccggcgtcgggttcggggtca > SRR10918232.3315622/1‑65 (MQ=53)
ACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcaagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcacggaatgtcatctcgtatgccgtcttctgcttg > SRR10918232.6007/1‑65 (MQ=60)
ACCGTTACCGGCGGCGGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtca < SRR10918232.6415014/151‑46 (MQ=60)
CGGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggggtcgggttcggggtccg > SRR10918232.4521296/1‑64 (MQ=54)
CCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCACCTTCGGTCACGCTTGGCCAG‑‑‑GCGGTCAGGCTTGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcag < SRR10918232.2513807/151‑47 (MQ=60)
CGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagt < SRR10918232.6123735/151‑89 (MQ=60)
CGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagc < SRR10918232.1307473/151‑48 (MQ=60)
GTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCG > SRR10918232.3967317/1‑151 (MQ=60)
TTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGGTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctg < SRR10918232.5752980/151‑50 (MQ=60)
TACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCAAGCCGCCTTCGGTTACGCTCGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgc < SRR10918232.2138348/151‑51 (MQ=60)
ACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgct < SRR10918232.328178/151‑93 (MQ=48)
CCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctc > SRR10918232.3132877/1‑99 (MQ=60)
CGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcg < SRR10918232.890464/151‑54 (MQ=60)
GGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtgggggagggggtgagttgcttgc > SRR10918232.5727413/1‑97 (MQ=60)
GGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcga < SRR10918232.4421086/151‑55 (MQ=60)
GGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcga < SRR10918232.3588852/151‑55 (MQ=60)
GCGTCTGAGCAGGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT < SRR10918232.5486159/55‑1 (MQ=0)
CGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaa < SRR10918232.4780160/151‑57 (MQ=60)
CGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaa > SRR10918232.5971154/1‑95 (MQ=60)
GTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaat < SRR10918232.2668000/151‑58 (MQ=60)
CTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagcagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcac > SRR10918232.6571997/1‑92 (MQ=60)
CTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTCGGCCAG‑‑‑GCCGTCAGGGTCGCAGTGGTGGCGTCGACCGTATCGGTCACCgttgtaggcgccggcgtctgcgtcattgtcaccgtcttcccatca > SRR10918232.3114176/1‑106 (MQ=60)
gtgtgctcttccgatctGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattac < SRR10918232.3760118/134‑61 (MQ=60)
GAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgttgatcgtggtctgaggctcggaagggcacacgtctgaactccagtcacggaa > SRR10918232.2713580/1‑49 (MQ=60)
NCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTC > SRR10918232.6037281/1‑151 (MQ=60)
CAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTGACGGTTGGCGGG‑‑‑GCCGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaagttgccgcc < SRR10918232.4370643/151‑65 (MQ=60)
AGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT < SRR10918232.4548068/45‑1 (MQ=33)
GGGTTGCTTAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT > SRR10918232.1571687/1‑44 (MQ=5)
GTTGCTCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT < SRR10918232.5471329/42‑1 (MQ=35)
GTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtg > SRR10918232.6240832/1‑83 (MQ=60)
GTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagcg > SRR10918232.1858884/1‑83 (MQ=60)
TTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaagttgccgcccgtgg < SRR10918232.5023587/151‑70 (MQ=60)
TGCTCGGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaagttgccgcccgtggc < SRR10918232.850439/151‑71 (MQ=60)
TGCTCAGGGTCACGGTGTCGGTGATCACGCCGCCTTCGGT < SRR10918232.6162579/40‑1 (MQ=48)
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GCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcg < SRR10918232.1874138/151‑72 (MQ=60)
GCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTCACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCAGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTA > SRR10918232.379121/1‑151 (MQ=60)
GCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCGTCGGTTACGGTGGGCGAG‑‑‑GCGGTCAG < SRR10918232.2274247/60‑1 (MQ=60)
TCAGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT < SRR10918232.538473/37‑1 (MQ=56)
CAGGGTCACGGTGGAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttc < SRR10918232.3903203/151‑75 (MQ=60)
AGGGTCACGGTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGT < SRR10918232.5002679/35‑1 (MQ=59)
TCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagttgctcgaaattaccgccagtggcgttctcgat > SRR10918232.261614/1‑72 (MQ=60)
GTGTAGGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcacggaatgtcacatcgaatgacggcttctggctgtagaaaaaaaga > SRR10918232.3555725/1‑67 (MQ=60)
TGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcacggaatgtcatctcgtatgccgt > SRR10918232.4466077/1‑66 (MQ=60)
TGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGA > SRR10918232.1260558/1‑66 (MQ=52)
TAGGTGATCACGGCGCCTTCGGTTGCGCTTGGCGAG‑‑‑GGGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGA < SRR10918232.6145898/64‑1 (MQ=51)
TAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGAccgagtcgttgatcgtggtctgagccggcgtcgggttcggggtcagctgctcgaagttgccgcccgtggcgttctcgatggtgacgc > SRR10918232.1552040/1‑64 (MQ=60)
AAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGCGTCGA > SRR10918232.3688523/1‑63 (MQ=60)
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GACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGATGGTCTGGCCGTTGGACAGGGTAACCGTTACCGGCGTCTGAGCAGGGTTGCTCAGGGTCACGGTGTAAGTGATCACGCCGCCTTCGGTTACGCTTGGCGAG‑‑‑GCGGTCAGGGTCGCGGTGGTGGTGTCGATTGTATCGGTCACCTGGGTAACCGCTGGCGTTTGCGGCAATGTCACCGTCAGCCCACCACCTCCGGTACTACCTGTCACGGTGGCCGAA > CP009974/1899064‑1899364
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
