Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
336 |
367.5 |
14491858 |
96.8% |
14028118 |
150.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009974 |
4,544,907 |
T→C |
T72T (ACA→ACG) |
RPPX_20290 ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009974 | 4,544,907 | 0 | T | C | 99.5%
| 542.5
/ NA
| 188 | T72T (ACA→ACG) | RPPX_20290 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (91/94); total (92/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
CCGCCGGGTACAGGCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTTGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGTAGTGGCGG > CP009974/4544759‑4545054
|
gccgGGTACAGGCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTcgtgt < 1:7180987/151‑1 (MQ=17)
gccgGGTACAGGCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGGTGGGCGGGTTTcgtgt > 1:186436/1‑151 (MQ=17)
cgGGTACAGGCTCTCCGGCGTCTTGTTCAGCAGGATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGCGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGc < 2:2957163/151‑1 (MQ=9)
cgGGTACAGGCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGc < 2:1785794/151‑1 (MQ=14)
cgGGTACAGGCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGc > 1:2824877/1‑151 (MQ=17)
gggTACAGGCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCt < 1:4516519/151‑1 (MQ=17)
gTACAGGCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGATGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCTCCCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTAGTGGGccac > 2:5677499/1‑148 (MQ=11)
tACAGGCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGGGGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCGTCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGGTGGGCGGGGTGCGTGTGCTccc > 2:2251269/1‑150 (MQ=11)
tACAGGCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTTAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCa < 2:883480/151‑1 (MQ=14)
tACAGGCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCa > 1:530956/1‑151 (MQ=17)
tACAGGCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCa < 1:3525834/151‑1 (MQ=14)
aCAGGCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAg > 1:5896743/1‑151 (MQ=17)
aGGCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGtt > 1:1000470/1‑151 (MQ=17)
aGGCGCTCCAGCGTCTTGTGCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGtt < 1:6871557/151‑1 (MQ=9)
ggCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTg > 1:2907259/1‑151 (MQ=14)
ggCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTg > 1:1394564/1‑151 (MQ=14)
gCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGc < 2:3275351/151‑1 (MQ=14)
gCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGc < 1:4526474/151‑1 (MQ=14)
ctcCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTcg < 1:5330211/151‑1 (MQ=11)
ctcCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGGTTCGTGTGCTCCAGTTGCTcg > 2:7015690/1‑151 (MQ=11)
tGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCAt > 1:273148/1‑151 (MQ=11)
tGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCAt < 2:2803773/151‑1 (MQ=11)
tGAGCTGTGCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCGCGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGGGGGTTTCGTGTGCTCCAGTGGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCAt < 2:6182108/151‑1 (MQ=255)
gAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATg > 2:6051074/1‑151 (MQ=14)
aGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGc < 1:2948543/151‑1 (MQ=14)
gCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGcc > 1:5416001/1‑151 (MQ=17)
cTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCt < 2:559215/151‑1 (MQ=14)
tGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCtt > 2:4494531/1‑151 (MQ=14)
tGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCtt > 2:3349942/1‑151 (MQ=14)
tGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCtt > 1:886178/1‑151 (MQ=17)
gTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTtc < 1:1742114/151‑1 (MQ=17)
tCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTtcgg < 1:6771569/151‑1 (MQ=17)
cGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTtcggc < 1:4405463/151‑1 (MQ=17)
ggCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTtcggcg < 2:1420465/151‑1 (MQ=18)
gCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTtcggcgt > 1:5624529/1‑151 (MQ=18)
cATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTtcggcgtc < 1:3686898/151‑1 (MQ=21)
cATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTtcggcgtc > 1:502551/1‑151 (MQ=21)
cATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTtcggcgtc < 1:938197/151‑1 (MQ=21)
aTCCGGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTtcggcgtcg < 2:4563927/151‑1 (MQ=21)
aTCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTtcggcgtcg < 1:7211884/151‑1 (MQ=21)
tCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTtcggcgtcgg < 1:4894136/151‑1 (MQ=21)
cAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTtcggcgtcggcg < 1:7243284/151‑1 (MQ=25)
aGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGa > 1:6549476/1‑151 (MQ=21)
gCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAg < 2:5282704/151‑1 (MQ=25)
gCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGACGCTGGTAGACCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCCTGCCTTCGGCGCCGGCGAg > 2:6952051/1‑151 (MQ=11)
ccGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGc < 2:1021023/151‑1 (MQ=25)
ggTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGcac > 2:6379306/1‑151 (MQ=25)
ggTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGcac > 1:5567603/1‑151 (MQ=25)
gTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGcacc < 2:3252749/151‑1 (MQ=38)
gTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGcacc < 2:5969611/151‑1 (MQ=38)
aTGCCGGCACTCGCTCCTGCTCGGGAGTTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTTGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCATGTCCAGGTCCATGCCTTCGGCGTCGGCGATcaccaccac > 1:2330297/1‑151 (MQ=11)
aTGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGcaccaccac > 1:1221514/1‑151 (MQ=25)
gCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGcaccaccacca < 2:5454827/151‑1 (MQ=38)
ccGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGcaccaccaccac > 1:127834/1‑151 (MQ=38)
cGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCaccaccaccacc < 1:340242/151‑1 (MQ=38)
cGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCaccaccaccacc > 2:4821739/1‑151 (MQ=37)
cGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCaccaccaccacc < 1:1062769/151‑1 (MQ=255)
ggCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCg > 2:5987425/1‑151 (MQ=38)
ggCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCg > 2:1965762/1‑151 (MQ=38)
cACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGc < 1:2421039/151‑1 (MQ=255)
cACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGc > 2:799906/1‑151 (MQ=38)
aggcgcTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCa < 2:2766595/149‑1 (MQ=255)
aCGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCa < 2:2755629/151‑1 (MQ=38)
gcgcTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACt > 1:958403/1‑151 (MQ=38)
gcTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACttt < 2:4903865/151‑1 (MQ=38)
gcTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACttt > 2:4733370/1‑151 (MQ=25)
gcTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACttt < 1:3318076/151‑1 (MQ=255)
gcTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACttt < 2:1042823/151‑1 (MQ=38)
cTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTc < 2:1649997/151‑1 (MQ=38)
cTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTc > 1:1988344/1‑151 (MQ=255)
tCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCGGGGCCATGCGTTCGGCGTCGGCGAGCACCCCCACCACCGGCACTGTCg > 2:5404833/1‑151 (MQ=11)
tCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCg < 1:5873025/151‑1 (MQ=255)
cTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGc > 1:4176513/1‑151 (MQ=255)
tGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCt > 2:610432/1‑151 (MQ=255)
gCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTg > 2:4229295/1‑151 (MQ=255)
cTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTgg < 1:3165005/151‑1 (MQ=255)
cTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCCgg > 2:1275688/1‑151 (MQ=255)
tggggAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTggg < 2:7104464/149‑1 (MQ=255)
tCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTggg > 2:6447627/1‑151 (MQ=255)
cGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGt < 1:5265354/151‑1 (MQ=255)
gggAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTc > 2:698485/1‑151 (MQ=255)
gAGGTTTGTCGGGTTTCGTGTGCTCCATTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGTGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGACACTTTCCGCTGTTTCCa > 2:2103427/1‑151 (MQ=11)
gAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCa < 1:4482921/151‑1 (MQ=255)
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TCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCG > SRR10918235.5956708/1‑151 (MQ=31)
CCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGG > SRR10918235.953600/1‑151 (MQ=31)
CTGGTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGC < SRR10918235.3513162/151‑1 (MQ=33)
CTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCCCTTTCGGC > SRR10918235.6652259/1‑151 (MQ=33)
CTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGC > SRR10918235.4195053/1‑151 (MQ=34)
CTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGG < SRR10918235.5370976/151‑1 (MQ=40)
CTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGG < SRR10918235.3178791/151‑1 (MQ=40)
CTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGG < SRR10918235.1569135/151‑1 (MQ=40)
CGGGAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGT < SRR10918235.5289043/151‑1 (MQ=42)
GAGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCA < SRR10918235.4502675/151‑1 (MQ=42)
AGGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAG > SRR10918235.680451/1‑151 (MQ=42)
GGTTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGG < SRR10918235.1932522/151‑1 (MQ=44)
TTGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGG < SRR10918235.5146381/151‑1 (MQ=48)
TGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGT < SRR10918235.1757256/151‑1 (MQ=50)
TGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGT < SRR10918235.1757600/151‑1 (MQ=50)
TGGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGG > SRR10918235.4022338/1‑151 (MQ=48)
TGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGTA < SRR10918235.4059173/151‑1 (MQ=52)
GGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGTA > SRR10918235.4574998/1‑151 (MQ=52)
GGGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGTA < SRR10918235.3346992/151‑1 (MQ=52)
GGCGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGTAG < SRR10918235.5169907/151‑1 (MQ=52)
CGGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGCAGTG > SRR10918235.2641345/1‑151 (MQ=47)
GGGTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGTAGTGG > SRR10918235.6608033/1‑151 (MQ=54)
GTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGTAGTGGCG > SRR10918235.5977093/1‑151 (MQ=59)
GTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGTAGTGGCG > SRR10918235.5978894/1‑151 (MQ=59)
GTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGTAGTGGCG > SRR10918235.814789/1‑151 (MQ=59)
GTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGTAGTGGCG > SRR10918235.6622087/1‑151 (MQ=59)
GTTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGCGTAGTGGCG < SRR10918235.4362409/151‑1 (MQ=53)
TTTCGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGTAGTGGCGG > SRR10918235.6214689/1‑151 (MQ=60)
|
ATCCGCCGGGTACAGGCTCTCCAGCGTCTTGTTCAGCAGCATGGCGACCAGGTTGCGATGGTGAAAGTCGCGGCTCTGCGGGCTGAGCTGTTCGGCATCCAGCCGGTAGCATGCCGGCACGCGCTCCTGCTCGGGAGGTTGGGCGGGTTTTGTGTGCTCCAGTTGCTCGGCCGGCATCAGGTCACGCAGTTGATGCTGGTAGGCCGAGACCGACAGGCTCAGGTCCAGGGCCATGCCTTCGGCGTCGGCGAGCACCACCACCACCGGCACTTTCGGCTGGGTCCAGGGGTAGTGGCGG > CP009974/4544757‑4545054
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
