Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
368 |
332.2 |
13092066 |
97.0% |
12699304 |
150.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009974 |
5,306,590 |
(C)6→7 |
coding (801/972 nt) |
RPPX_23595 ← |
allophanate hydrolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009974 | 5,306,584 | 1 | . | C | 98.6%
| 975.1
/ 6.9
| 275 | coding (807/972 nt) | RPPX_23595 | allophanate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base C (119/152); total (122/153) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.26e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
GGCCAGGCAGGCCAGCTTCTTCTTGTACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCG‑CCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAAACTCAAGGC > CP009974/5306434‑5306730
|
ccAGGCAGGCCAGCTTCTTCTTGTACGAACGCCGCGCCTCCACTGCCTGCACCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTAGGGCTGCATCTGCCAGATCAGGGCGAGGTCGGCACTGACCACCGGGCCGACTCGGGCGTAgccg‑cc > 2:6268945/1‑151 (MQ=255)
caggcaggCCAGCTTCCTCGTGTACGAACGCAGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCG‑ccc < 1:1229846/151‑1 (MQ=255)
caggcCAGCTTCTTCTTGTACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCG‑ccc‑c‑ccc > 1:2181618/1‑150 (MQ=255)
aggcCAGCTTCTTCTTGTACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGCTCACCGTGCCGATCATGGCGCAGCCG‑ccc‑c‑cccc > 2:3328970/1‑149 (MQ=255)
ggcCAGCTTCTTCTTGTACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTCCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCG‑ccc‑c‑cccgg > 1:40016/1‑148 (MQ=255)
cAGCTTCTTCTTGTACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTCGCCG‑ccc‑c‑ccccgaca > 2:942353/1‑145 (MQ=255)
aGCTTCTTCTTGTACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACt < 2:3423046/151‑1 (MQ=255)
aGCTTCTTCTTGTACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACAGTGCCGATCACGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACt > 1:6128694/1‑151 (MQ=255)
gCTTCTTCTTGTACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTg < 1:3432927/151‑1 (MQ=255)
cttcttcttGTACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGc > 2:3512595/1‑151 (MQ=255)
tcttcttGTACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCAt > 2:1178487/1‑151 (MQ=255)
ttcttGTACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATcg > 1:2966788/1‑151 (MQ=255)
tcttGTACTAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGAAACCGCGCCTGCAGGATGGGCGGCATCTACCCGTTCAGGTCGAGGTCGGCACTCATCCCCGTGCCGTCCATGGCGAAGCCG‑CCC‑CGCCGACACCGCAgcgc > 2:1547545/1‑151 (MQ=255)
tGTACGACCGCCGCGCCTCCATGGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACGGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGAt < 1:4935877/151‑1 (MQ=255)
tGTACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGAt < 1:5913627/151‑1 (MQ=255)
gTACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCACCGCGCTg > 2:4030320/1‑151 (MQ=255)
tACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGc < 2:4760310/151‑1 (MQ=255)
tACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGc > 1:100948/1‑151 (MQ=255)
cgccgcGCCTCCAGTGCCTGCCCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGgatg > 2:2311430/1‑151 (MQ=255)
gcgcCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCg < 1:4510197/151‑1 (MQ=255)
cgcCTCTTGTGGCTGTTCCTGGCTCACCGGCAGGACCCGCGTCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGTCGGATCCGGTCGAGGTCGGCACTGATGACCGTGCCGATCATGGCGTGGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCgg < 2:3640880/151‑1 (MQ=255)
cgcCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACCCTGCATCGCGATGCAGGATGATCgg > 2:99184/1‑151 (MQ=255)
cgcCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCgg < 2:2507872/151‑1 (MQ=255)
cTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCCGGATGATCGGTTc > 2:4562249/1‑151 (MQ=255)
cTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTc > 2:1700616/1‑151 (MQ=255)
aGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAAc > 2:5256556/1‑151 (MQ=255)
tGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAAccc > 1:2116679/1‑151 (MQ=255)
cTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGc < 1:1289607/151‑1 (MQ=255)
cTGCGCCAGGGGCACCGGCAGGAACGGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGCGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGc < 2:5588200/151‑1 (MQ=255)
tGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCCACCCTGcc > 2:4595030/1‑151 (MQ=255)
tGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGcc < 2:1039417/151‑1 (MQ=255)
tGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGcc > 1:4526209/1‑151 (MQ=255)
tCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGc < 1:4873736/151‑1 (MQ=255)
cAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCAc > 1:837049/1‑151 (MQ=255)
ggCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCt < 2:5290478/151‑1 (MQ=255)
cTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTgg > 1:5235001/1‑151 (MQ=255)
cACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGgat > 2:6022121/1‑151 (MQ=255)
aCCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGACCACGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGgatc < 2:5872347/151‑1 (MQ=255)
aCCGGCAGGAACCGCGCCGGCGGGTTGGCCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGgatc < 2:751352/151‑1 (MQ=255)
ccGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGgatcg < 2:1343474/151‑1 (MQ=255)
ccGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGgatcg < 1:4047779/151‑1 (MQ=255)
aGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATcgatccg < 2:4465481/151‑1 (MQ=255)
aaCCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGGCGGGACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATcgatccgatc < 2:6466045/151‑1 (MQ=255)
aCCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCg < 1:5077830/151‑1 (MQ=255)
aCCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCG‑CCCTC‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCg < 1:5716915/151‑1 (MQ=255)
ccGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCgg < 1:4770159/151‑1 (MQ=255)
cgcgCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCggg < 2:5925113/151‑1 (MQ=255)
gcgcCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGt > 1:5343016/1‑151 (MQ=255)
gcCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTag < 1:2399373/151‑1 (MQ=255)
gcCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTag > 1:6361804/1‑151 (MQ=255)
gcCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTag > 2:4406994/1‑151 (MQ=255)
ccTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTagc < 1:759234/151‑1 (MQ=255)
ctgcggGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTagca < 2:4704770/151‑1 (MQ=255)
tgctgGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTagcag > 1:2484038/1‑151 (MQ=255)
tgctgGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTagcag > 1:3195885/1‑151 (MQ=255)
gctgGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTagcagc < 1:2691573/151‑1 (MQ=255)
tgGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTg < 1:2594695/151‑1 (MQ=255)
ggTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGt < 1:2059312/151‑1 (MQ=255)
gTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTc < 1:3309442/151‑1 (MQ=255)
ttGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGGGGGCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGAGGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTcg < 2:5144151/151‑1 (MQ=255)
ttGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTcg < 1:4248645/151‑1 (MQ=255)
ttGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTcg < 1:3501221/151‑1 (MQ=255)
tGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTcga > 1:6514898/1‑151 (MQ=255)
tGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTcga > 1:3610363/1‑151 (MQ=255)
gCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTcgacga < 2:1285605/151‑1 (MQ=255)
cTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGat < 1:1111764/151‑1 (MQ=255)
cTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGat < 1:1512009/151‑1 (MQ=255)
cTGCACCTGCCCGATCAGGTCGAGGCCGGCACTCCTCACCGTGCCGATCATGGCGCAGCCGCCCC‑C‑CCGCCACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGat < 2:2164377/151‑1 (MQ=255)
tGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGata > 1:187227/1‑151 (MQ=255)
gCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGatat < 2:1667258/151‑1 (MQ=255)
aTCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTc > 1:2822849/1‑151 (MQ=255)
tCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCg < 1:2287570/151‑1 (MQ=255)
cccGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCTCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACgg < 2:5687388/151‑1 (MQ=255)
ccGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGa < 1:6211411/151‑1 (MQ=255)
ggATGAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGGTCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGAt < 2:2825802/150‑1 (MQ=255)
aTCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATcc < 1:66015/151‑1 (MQ=255)
cAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTCCCGGCACCTGGTTCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATccca > 2:4664174/1‑149 (MQ=255)
aggccgcggtcgGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGAc < 2:5823855/151‑1 (MQ=255)
ggtcgaggtcgGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGAcc < 1:1700616/151‑1 (MQ=255)
cgaggtcgGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCgg > 1:3078921/1‑151 (MQ=255)
gaggtcgGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGCCCC‑C‑CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGc < 2:6369317/151‑1 (MQ=255)
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TGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGC‑CCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAG > SRR10918232.3209899/1‑151 (MQ=60)
GCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCGC‑CCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGC < SRR10918232.2703028/151‑1 (MQ=60)
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GCCGATCATGGCGTAGCCGC‑CCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGG > SRR10918232.5917976/1‑151 (MQ=60)
CGATCATGGCGTAGCCGC‑CCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCT < SRR10918232.878140/151‑1 (MQ=60)
GATCATGGCGTAGCCGC‑CCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTG > SRR10918232.2587392/1‑151 (MQ=60)
GATCATGGCGTAGCCGC‑CCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTG < SRR10918232.6049858/151‑1 (MQ=60)
CATGGCGTAGCCGC‑CCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGCCCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAA > SRR10918232.2435200/1‑151 (MQ=60)
ATGGCGTAGCCGC‑CCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAAA > SRR10918232.3984566/1‑151 (MQ=60)
GGCGTAGCCGC‑CCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGCACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAAACT > SRR10918232.5550456/1‑151 (MQ=60)
CGTAGCCGC‑CCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAAACTCA < SRR10918232.5116758/151‑1 (MQ=60)
AGCCGC‑CCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAAACTCAAGG < SRR10918232.732102/151‑1 (MQ=60)
cgcCCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAAACTCAAGGCGC > SRR10918232.6213097/4‑151 (MQ=60)
C‑‑CCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAAACTCAAGGCGCCG < SRR10918232.1305896/151‑1 (MQ=60)
C‑‑CCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAAACTCAAGGCGCCG < SRR10918232.4533598/151‑1 (MQ=60)
C‑‑CCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAAACTCAAGGCGCCG > SRR10918232.6205137/1‑151 (MQ=60)
gcCCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAAACTCAAGGCGCC > SRR10918232.6528862/3‑151 (MQ=60)
gcCCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAAACTCAAGGCGCC < SRR10918232.3634850/149‑1 (MQ=60)
CC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAAACTCAAGGCGCCGCC < SRR10918232.2768022/151‑1 (MQ=60)
CCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAAACTCAAGGCGCCGCCGCC < SRR10918232.2344124/151‑1 (MQ=60)
CGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAAACTCAAGGCGCCGCCGCCT < SRR10918232.2493236/151‑1 (MQ=60)
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CAGGCCAGCTTCTTCTTGTACGAACGCCGCGCCTCCAGTGCCTGCTCCAGGCTCACCGGCAGGAACCGCGCCTGCTGGTTGGGCTGCATCTGCCCGATCAGGTCGAGGTCGGCACTGATCACCGTGCCGATCATGGCGTAGCCG‑‑CCC‑CCCGACACTGCATCGCGATGCAGGATGATCGGTTCCAACCCTGCCGGCACCTGGATCGATCCGATCGGGTAGCAGCTGTCGACGATATTCGACGGATCCGACCCGGCACCGAACGGCTGCTCGCGCGGCTGGAAACTCAAGGCGCCGCCGCCT > CP009974/5306441‑5306740
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
