Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A2 F1 I1 R1
|
404 |
265.1 |
10478538 |
96.8% |
10143224 |
150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1691 total aligned reads displayed.
CAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTG > CP009974/1895920‑1896220
|
CAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACC > SRR10918231.3853042/1‑151 (MQ=60)
gcttgaagtacagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGA > SRR10918231.2353304/20‑151 (MQ=8)
cttgaagtacagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAA > SRR10918231.1081701/19‑151 (MQ=15)
cttgaagtacagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAA < SRR10918231.2386782/133‑1 (MQ=0)
gaagtacagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCC < SRR10918231.264558/136‑1 (MQ=41)
gaagtacagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCA < SRR10918231.5002698/136‑1 (MQ=60)
GAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCC > SRR10918231.281311/1‑151 (MQ=60)
agtacagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGAGGGTTGCGGTCACTTGAACCGAAGCAGC > SRR10918231.1380466/14‑151 (MQ=17)
gtacagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTTGCCACCACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCA > SRR10918231.4661519/13‑151 (MQ=46)
GGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCCGCA < SRR10918231.3876364/151‑1 (MQ=60)
tacagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTTGGTGATCTCGCCGCCCTCGGTGACGGACGGGGTTGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTTGTCGGTGGTGTTGGTCACCTGAACCGAAGCCGCAC > SRR10918231.551786/12‑151 (MQ=26)
TCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACC < SRR10918231.3845478/151‑1 (MQ=50)
TCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCCGCACC < SRR10918231.339656/151‑1 (MQ=60)
cagctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCA > SRR10918231.4160966/10‑151 (MQ=19)
CAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCG < SRR10918231.1877764/151‑1 (MQ=52)
CAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCG < SRR10918231.121273/151‑1 (MQ=52)
agctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTCGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCgttgccgc > SRR10918231.3038245/9‑143 (MQ=35)
gctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCC < SRR10918231.2321081/144‑1 (MQ=55)
gctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACC < SRR10918231.1476696/144‑1 (MQ=19)
gctccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCGCC > SRR10918231.2232821/8‑151 (MQ=25)
ccgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAG > SRR10918231.3695096/5‑151 (MQ=18)
cgaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCacccagt < SRR10918231.5116009/148‑8 (MQ=19)
gcatgcttgtcGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTATGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGTTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACGTGAACAGTAGCCGCACCGaccagtg > SRR10918231.2183192/12‑144 (MQ=60)
gaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCacccagtt > SRR10918231.1825688/3‑143 (MQ=19)
gaGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCacccagtt > SRR10918231.4822365/3‑143 (MQ=19)
catgcttgtcGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAgttg > SRR10918231.3930028/11‑147 (MQ=60)
GGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCacccagttc < SRR10918231.3139575/151‑10 (MQ=19)
AGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCacccagttc > SRR10918231.1109718/1‑142 (MQ=19)
GTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAgttgc < SRR10918231.3720623/151‑6 (MQ=60)
GTGGTTGTTGATCGGCAGACCATCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTGAACCGAAGCgttgccgcccaattcc < SRR10918231.785253/151‑17 (MQ=3)
TGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAgttgca > SRR10918231.103978/1‑145 (MQ=59)
TGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAgttgca < SRR10918231.5016804/151‑7 (MQ=59)
TGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCCACTCGA > SRR10918231.3772346/1‑151 (MQ=59)
GGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGCTGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCgttgccgcccagttgcag > SRR10918231.3321077/1‑133 (MQ=60)
GGTTGTTGATCGGCAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCGCCCAgttccag > SRR10918231.1909567/1‑144 (MQ=60)
GTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGG > SRR10918231.1618783/1‑151 (MQ=23)
TGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAgttgcaggtt > SRR10918231.1813416/1‑141 (MQ=60)
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TGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCacccaggtccaggtt > SRR10918231.4407657/1‑136 (MQ=19)
GTTGATCGGCAGACCATCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTGAACCGAAGCgttgccgcccaattccaggttc > SRR10918231.1941121/1‑129 (MQ=3)
TGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTCGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCgttgccgcccagttgcaggttctc < SRR10918231.4106629/151‑25 (MQ=37)
TGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCACCCAGTTCCAGGTTCTC > SRR10918231.4643922/1‑151 (MQ=17)
GATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCG > SRR10918231.2149319/1‑151 (MQ=60)
ATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCgttgccgcccagttgcaggttctcga < SRR10918231.2797509/151‑27 (MQ=60)
ATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGA < SRR10918231.4609340/151‑1 (MQ=60)
ATCGGCAGACCATCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGA > SRR10918231.1187798/1‑151 (MQ=2)
AGCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGA < SRR10918231.851628/151‑1 (MQ=31)
CGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCacccagttccaggttctcaaag < SRR10918231.2404938/151‑23 (MQ=4)
CGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAAC < SRR10918231.1062844/151‑1 (MQ=35)
CGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGCGGTTCTCGAAC > SRR10918231.3575383/1‑151 (MQ=59)
GGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAgttgcaggttctcgaagg > SRR10918231.4673963/1‑133 (MQ=60)
GGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACG > SRR10918231.2983140/1‑151 (MQ=60)
GGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCacccagttccaggttctcaaagg > SRR10918231.3957220/1‑128 (MQ=0)
GCAGTCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTAGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGC < SRR10918231.2301114/151‑1 (MQ=55)
CAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAgttgcaggttctcgaacgtt > SRR10918231.798791/1‑131 (MQ=60)
CAGACCGTCATTGTTAGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCA < SRR10918231.2274963/151‑1 (MQ=60)
CAAGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCAGCACCGCCCAGTTCCAGGTTCTCGAAggtg > SRR10918231.1421755/1‑147 (MQ=50)
CCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGC < SRR10918231.4366082/151‑1 (MQ=60)
CCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCgttgccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcac < SRR10918231.538466/151‑36 (MQ=60)
CCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTCACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGC < SRR10918231.1966770/151‑1 (MQ=60)
CGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACC < SRR10918231.265965/151‑1 (MQ=43)
CGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAgttgcaggttctcgaaggtcgcacc > SRR10918231.4973940/1‑126 (MQ=60)
CGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCgttgccgcccagttgcaggttctcgaacgttgcgcc < SRR10918231.2446325/151‑37 (MQ=60)
CGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGGGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCgttgccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcacc > SRR10918231.1847239/1‑115 (MQ=54)
GTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCgttgccgcccagttgcaggttctcgaacgttgcgccg > SRR10918231.4696864/1‑114 (MQ=60)
ATCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCG > SRR10918231.2839372/1‑151 (MQ=15)
TCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAACTGCAGGTTCTCGAACGttgcgccgg < SRR10918231.3458801/151‑10 (MQ=60)
CTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGT < SRR10918231.1512061/151‑1 (MQ=60)
TTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAACTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGG < SRR10918231.2212145/151‑1 (MQ=60)
TTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGG > SRR10918231.1800818/1‑151 (MQ=60)
TGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTGGCAGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAgttgcaggttctcgaaggtcgcaccagtggc > SRR10918231.2529046/1‑120 (MQ=60)
GTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCG > SRR10918231.444064/1‑151 (MQ=60)
GTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCACCGCCTTCGGTCACCGACGGGGTCGCAGTCAGCTTGGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTGACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCG > SRR10918231.2099784/1‑151 (MQ=18)
TTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGT < SRR10918231.3615602/151‑1 (MQ=60)
TGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTGGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTN < SRR10918231.716734/151‑1 (MQ=60)
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CGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATC > SRR10918231.4380478/1‑151 (MQ=27)
CGGTCAGCTTCGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATC < SRR10918231.4217667/151‑1 (MQ=21)
AGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACGTCATCG < SRR10918231.4083077/151‑1 (MQ=60)
TCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCC < SRR10918231.4880025/151‑1 (MQ=60)
CTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGC > SRR10918231.271122/1‑151 (MQ=60)
TTGGCCACGACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCCTCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCG > SRR10918231.5245699/1‑151 (MQ=37)
TTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCCACTGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCctgtg < SRR10918231.1459148/151‑6 (MQ=16)
TCGCCACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGC < SRR10918231.134871/151‑1 (MQ=22)
GGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCA < SRR10918231.3564994/151‑1 (MQ=60)
CCACTACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATC < SRR10918231.917040/151‑1 (MQ=60)
CACGACTTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCgtca < SRR10918231.1000820/151‑5 (MQ=60)
ACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGT < SRR10918231.637046/151‑1 (MQ=60)
ACTTCGTCGAGGGTGTCGGCCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACCCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGG > SRR10918231.3063290/1‑151 (MQ=2)
TTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcactggtgaagatctcgtatgccgt > SRR10918231.822327/1‑95 (MQ=13)
TTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAACTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTG > SRR10918231.4482445/1‑151 (MQ=44)
TTCGTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTG < SRR10918231.2470487/151‑1 (MQ=13)
CGTCGGTGGTGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTA < SRR10918231.504893/151‑1 (MQ=60)
CGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGGACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTA < SRR10918231.2057545/151‑1 (MQ=11)
CGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCTACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTA < SRR10918231.2863995/151‑1 (MQ=24)
CGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTA > SRR10918231.1323005/1‑151 (MQ=48)
GTCGAGGGTGTCGGTGACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAATTCCAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTAC < SRR10918231.1648318/151‑1 (MQ=13)
GTCGAGGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCGTTGCCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTAC > SRR10918231.2196883/1‑151 (MQ=13)
GCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAACTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGGCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACG < SRR10918231.4092382/151‑1 (MQ=41)
cgagGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGG > SRR10918231.2954819/5‑151 (MQ=60)
cgagGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGG > SRR10918231.2616879/5‑151 (MQ=60)
CGGTGGTGTCGGTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGG > SRR10918231.2166833/1‑151 (MQ=60)
TGGTGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGACGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTCGCTGTACGGCGC > SRR10918231.4191957/1‑151 (MQ=36)
GGTGTCGGTCACTTGGGCGGAAGCCGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCG < SRR10918231.2694343/151‑1 (MQ=60)
TGTCGGTTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACT > SRR10918231.3600706/1‑151 (MQ=60)
TGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCT > SRR10918231.5264158/1‑151 (MQ=51)
TGTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACT < SRR10918231.1016940/151‑1 (MQ=37)
GGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCT < SRR10918231.2929386/151‑1 (MQ=60)
GTCGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAACTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTG < SRR10918231.5195904/151‑1 (MQ=49)
TCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAAGGTCGCACCAGTGGCGTCCACTGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTCCGGCGCGCTGG > SRR10918231.585570/1‑151 (MQ=3)
CGGTCACTTGGACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGTAGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGT > SRR10918231.3093581/1‑151 (MQ=60)
CGGTCACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAACTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATACCAAGGCTGATCTGGCCAGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGT < SRR10918231.1689075/151‑1 (MQ=47)
GTGACTTGAACGGTAGCTGCACCGCCCAACTCAAGGTTCTCGAACGCAGCACCAGTGGCGTCAACCGCCGAGTTGATGCCCAGACTGATCTGGCCCGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTCT > SRR10918231.2427533/1‑151 (MQ=60)
TTACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTC < SRR10918231.4139229/151‑1 (MQ=60)
ACTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCAC < SRR10918231.4118140/151‑1 (MQ=60)
ACTTGAACAGTAGCCGCACCGCCCAGTTGCAGGTTCTCGAACGTTGCGCCGGTGGCGTCTACCGCCGAATTGATGCCCAGGCTGCTCTGGCCCGCATCGTTGTAGACGTCATCGCCTTGCGCCGCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGC > SRR10918231.4583219/1‑151 (MQ=39)
CTTGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACC > SRR10918231.2577944/1‑151 (MQ=58)
TTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCAGCATCCTGATAGACGTCATCGCCTTGCGCGTCATGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCA < SRR10918231.381175/151‑1 (MQ=60)
TGGACCGAAGCAGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCTACTGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATCTGGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCCTGTGCGTCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGG < SRR10918231.4505599/151‑1 (MQ=55)
TGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGG > SRR10918231.4017016/1‑151 (MQ=60)
TGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGG < SRR10918231.1250302/151‑1 (MQ=60)
GAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCGGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCACTGGTTTCACCGGC > SRR10918231.2775801/1‑151 (MQ=60)
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CAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAAGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGAAGGGGTCGCGGTCAGCTTGGCCACCACTTCGTCGGTGGTGTCGGTCACTTGAACCGAAGCCGCACCGCCCAACTCGAGGTTCTCGAACGCAGCGCCAGTGGCGTCCACCGCCGAGTTGATGCCCAGGCTGATTTCGCCCGCATCCTGGTAGACGTCATCGCCTTGCGCATCGTGGGTGTACGGCGCGCTGGTTTCGCCGGCCTTG > CP009974/1895920‑1896220
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |