Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,089,009 |
G→T |
35.8% |
V226V (GTG→GTT) |
ycdT → |
diguanylate cyclase, membrane‑anchored |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,089,009 | 0 | G | T | 35.8%
| 461.7
/ 285.5
| 288 | V226V (GTG→GTT) | ycdT | diguanylate cyclase, membrane‑anchored |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (91/94); new base T (42/61); total (133/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
TTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTCAGTGCGCTAC > CP009273/1088860‑1089157
|
caTTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGc > 2:4232166/1‑150 (MQ=255)
ccGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCttttt < 1:1201549/150‑1 (MQ=255)
cGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTtg < 1:2740561/150‑1 (MQ=255)
cGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTtg > 2:2337617/1‑150 (MQ=255)
aGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTtgtg > 2:1669646/1‑150 (MQ=255)
aGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTGTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTtgtg > 1:2235522/1‑150 (MQ=255)
gTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGc < 1:4014313/150‑1 (MQ=255)
tAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCg < 1:1439548/150‑1 (MQ=255)
tAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCg < 1:1227979/150‑1 (MQ=255)
aaTGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTg < 1:3396507/150‑1 (MQ=255)
aaTGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTg < 2:1830238/150‑1 (MQ=255)
tGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAatat < 2:1154170/150‑1 (MQ=255)
cAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATAtctct < 1:3174390/150‑1 (MQ=255)
cAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATAtctct < 1:3664064/150‑1 (MQ=255)
aGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATAtctctc > 1:2832433/1‑150 (MQ=255)
aGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATAtctctc > 2:2997033/1‑150 (MQ=255)
ggtggtTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATctctct < 2:4459384/150‑1 (MQ=255)
gtggtTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTg < 1:2889072/150‑1 (MQ=255)
ggtTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGtt > 1:991870/1‑150 (MQ=255)
ggtTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGtt < 2:3385399/150‑1 (MQ=255)
ggtTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGtt < 2:3576304/150‑1 (MQ=255)
tttGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttat < 1:1726524/150‑1 (MQ=255)
tttGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttat < 2:3106847/150‑1 (MQ=255)
tttGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttat < 2:223599/150‑1 (MQ=255)
tGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTATCCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGTAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATTTCTCTCTGttattt < 2:2193018/150‑1 (MQ=255)
tGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttattt > 1:2674087/1‑150 (MQ=255)
aaaGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATTGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATg > 2:4398192/1‑150 (MQ=255)
aaaGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATg < 2:2776197/150‑1 (MQ=255)
aaaGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATg < 2:4358381/150‑1 (MQ=255)
aaGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATAACTCTCTGTTATTTATGa > 1:1426106/1‑150 (MQ=255)
aGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAg < 2:463606/150‑1 (MQ=255)
gCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGc > 1:930497/1‑150 (MQ=255)
ccTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCa > 1:986065/1‑150 (MQ=255)
ccTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCa > 1:1914689/1‑150 (MQ=255)
cTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAg > 1:1698674/1‑150 (MQ=255)
tatGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGtat > 2:3322373/1‑150 (MQ=255)
atGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGtata > 1:2382017/1‑150 (MQ=255)
atGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGtata > 1:68738/1‑150 (MQ=255)
ttttACCATTATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTTCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAg < 2:1429144/148‑1 (MQ=255)
aCCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTCTAGCgtg > 2:3191149/1‑150 (MQ=255)
aCCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCgtg > 1:1336071/1‑150 (MQ=255)
aTGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACt < 2:2113365/150‑1 (MQ=255)
gATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTg < 1:1168407/150‑1 (MQ=255)
gATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTg < 2:871075/150‑1 (MQ=255)
tCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGtata > 1:4381166/1‑150 (MQ=255)
cATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTatat > 1:3351076/1‑150 (MQ=255)
aTGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATAtt < 2:231724/150‑1 (MQ=255)
tgGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGt < 1:4191385/150‑1 (MQ=255)
ggTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTc > 1:1655361/1‑150 (MQ=255)
gTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCg > 1:2234293/1‑150 (MQ=255)
gTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCg < 1:3482570/150‑1 (MQ=255)
gTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCg > 2:1763641/1‑150 (MQ=255)
gTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCg < 2:1541836/150‑1 (MQ=255)
tAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCa > 1:3748935/1‑150 (MQ=255)
aaCCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCAc > 2:4396155/1‑150 (MQ=255)
aaCCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCAc > 2:4001925/1‑150 (MQ=255)
aaCCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCAc > 2:3079694/1‑150 (MQ=255)
aCCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACt > 1:3583444/1‑150 (MQ=255)
ccTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTa > 2:1314765/1‑150 (MQ=255)
ccTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTa < 1:4355196/150‑1 (MQ=255)
cTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTAt > 2:2009762/1‑150 (MQ=255)
ttGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTAtt > 1:4578950/1‑150 (MQ=255)
tttCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAag < 1:1005698/150‑1 (MQ=255)
gTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTc < 2:1514255/150‑1 (MQ=255)
tCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTaa > 2:4303883/1‑150 (MQ=255)
cTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAg < 1:747855/150‑1 (MQ=255)
tataCTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGt < 2:896475/150‑1 (MQ=255)
tataCTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGt < 2:2352032/150‑1 (MQ=255)
tataCTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGt < 1:845706/150‑1 (MQ=255)
taCTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTa > 1:593746/1‑150 (MQ=255)
taCTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTa < 1:3116920/150‑1 (MQ=255)
aCTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTCGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTaa > 2:2428062/1‑150 (MQ=255)
aCTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTaa > 1:481871/1‑150 (MQ=255)
cTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAAc < 2:4533521/150‑1 (MQ=255)
tttAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAAcc > 1:3139493/1‑150 (MQ=255)
tttAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAAcc < 2:3546240/150‑1 (MQ=255)
tAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGt > 2:1886822/1‑150 (MQ=255)
aaTGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGtt < 2:2524221/150‑1 (MQ=255)
aaTGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGtt > 2:3749100/1‑150 (MQ=255)
tGGTTTACGCTATGATATCTGTAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTAt < 1:248291/150‑1 (MQ=255)
ggTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATg < 1:2955516/150‑1 (MQ=255)
gTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATgg < 2:4089380/150‑1 (MQ=255)
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aCGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTCAGTgcg > 2:744149/1‑150 (MQ=255)
ggTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTCAGTGCGCt < 2:3680287/150‑1 (MQ=255)
gTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTCAGTGCGCTa < 1:3211983/150‑1 (MQ=255)
|
TTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTCAGTGCGCTAC > CP009273/1088860‑1089157
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
