Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,089,009 |
G→T |
8.8% |
V226V (GTG→GTT) |
ycdT → |
diguanylate cyclase, membrane‑anchored |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,089,009 | 0 | G | T | 8.8%
| 830.4
/ 36.1
| 226 | V226V (GTG→GTT) | ycdT | diguanylate cyclase, membrane‑anchored |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (116/90); new base T (13/7); total (129/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
ACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTCAGTGCGCTAC > CP009273/1088862‑1089157
|
acaTTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTAtt > 1:779388/1‑149 (MQ=255)
acaTTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGAtt > 1:2930118/1‑149 (MQ=255)
agtGCCGAGTTAACCAATGAACATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGc < 2:3854008/147‑1 (MQ=255)
aTTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGc > 2:3552418/1‑149 (MQ=255)
cGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCttttt > 2:4625479/1‑149 (MQ=255)
gAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTtg > 1:1849611/1‑149 (MQ=255)
ttAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGc < 1:4585974/149‑1 (MQ=255)
cAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTAc > 1:4746211/1‑149 (MQ=255)
aaTGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACt > 1:4773451/1‑149 (MQ=255)
aaTGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACt > 2:3502288/1‑149 (MQ=255)
aTGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTg > 2:2605871/1‑149 (MQ=255)
aTGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTg > 1:863059/1‑149 (MQ=255)
gAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTa < 2:3705212/149‑1 (MQ=255)
aaTGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACaa < 1:1709441/149‑1 (MQ=255)
aaTGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACaa > 2:502628/1‑149 (MQ=255)
tGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAata < 2:1737202/149‑1 (MQ=255)
gTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATAtc < 1:3552418/149‑1 (MQ=255)
tCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATAtct > 2:4158813/1‑149 (MQ=255)
cAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATAtctc < 1:1051721/149‑1 (MQ=255)
gtggtTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATctctct < 2:1474797/149‑1 (MQ=255)
ggtTTGGACAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGt < 2:2956870/149‑1 (MQ=255)
gtTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGtt < 1:2757328/149‑1 (MQ=255)
tttGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGtta > 1:4465183/1‑149 (MQ=255)
tttgAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttat < 2:3950652/146‑1 (MQ=255)
ggAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttattt > 1:2353054/1‑149 (MQ=255)
ggAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttattt > 1:3727573/1‑149 (MQ=255)
ggAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttattt > 1:3727519/1‑149 (MQ=255)
gAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttattta < 1:267976/149‑1 (MQ=255)
aaaGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttatttat < 2:2826646/149‑1 (MQ=255)
aaaGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGttatttat > 2:2128302/1‑149 (MQ=255)
aaGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATg < 1:3367268/149‑1 (MQ=255)
aGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGa > 2:146170/1‑149 (MQ=255)
aGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGa > 2:2053551/1‑149 (MQ=255)
aGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGa < 1:3053478/149‑1 (MQ=255)
gCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAg < 1:784493/149‑1 (MQ=255)
gCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAg > 1:2038150/1‑149 (MQ=255)
atGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGtat < 2:598255/149‑1 (MQ=255)
tGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGtata < 1:4026760/149‑1 (MQ=255)
ttACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGc < 1:879444/149‑1 (MQ=255)
aCCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCgt > 1:3764021/1‑149 (MQ=255)
aCCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCgt > 2:4639274/1‑149 (MQ=255)
cATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCgtgt > 2:4402197/1‑149 (MQ=255)
cATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCgtgt > 1:1928230/1‑149 (MQ=255)
aTAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTc < 2:642529/149‑1 (MQ=255)
aTAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTc > 2:1897185/1‑149 (MQ=255)
aTGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCAc < 2:3572827/149‑1 (MQ=255)
tGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACt > 1:811394/1‑149 (MQ=255)
ttttCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTgg > 2:1575334/1‑149 (MQ=255)
ttCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGta < 1:4165929/149‑1 (MQ=255)
tCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGtat < 2:3376235/149‑1 (MQ=255)
cATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGtatc > 1:2667305/1‑148 (MQ=255)
aTGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTatat < 1:3225781/149‑1 (MQ=255)
tgtgGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATAtt > 1:3026129/1‑149 (MQ=255)
tgGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAg < 2:66390/149‑1 (MQ=255)
gTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTCTAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTc > 2:4705249/1‑149 (MQ=255)
aCCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCAc > 1:1667820/1‑149 (MQ=255)
aCCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCAc > 2:4219445/1‑149 (MQ=255)
aCCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCAc < 1:364921/149‑1 (MQ=255)
ccTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACt < 1:4458698/149‑1 (MQ=255)
tGCTTTCGTTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTAtt < 2:2421945/149‑1 (MQ=255)
tGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTAtt < 2:1960425/149‑1 (MQ=255)
tGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTAtt < 1:1821314/149‑1 (MQ=255)
ttCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAag > 1:1919206/1‑149 (MQ=255)
tCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAagt > 1:99747/1‑149 (MQ=255)
aaTCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAg < 2:3308051/149‑1 (MQ=255)
cTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTaa < 2:3180029/149‑1 (MQ=255)
tataCTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAg > 2:1217674/1‑149 (MQ=255)
taCTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGtt > 2:3060015/1‑149 (MQ=255)
cTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTaa < 1:1027255/149‑1 (MQ=255)
tttAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAAc > 2:792261/1‑149 (MQ=255)
aaTGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGt < 1:3006245/149‑1 (MQ=255)
aaTGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGt < 1:1983686/149‑1 (MQ=255)
aaTGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGt > 1:1762708/1‑149 (MQ=255)
aaTGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGt > 1:144588/1‑149 (MQ=255)
tGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTa > 1:620627/1‑149 (MQ=255)
tGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTa > 1:3011443/1‑149 (MQ=255)
ggTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTAt > 2:4532056/1‑149 (MQ=255)
tttACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATgg < 1:2229966/149‑1 (MQ=255)
tACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTa < 1:4201024/149‑1 (MQ=255)
gCTATGATATCTGGAATGGAGTTACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCATGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAata > 1:122019/1‑149 (MQ=255)
cTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAatat < 2:768210/149‑1 (MQ=255)
cTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAatat < 1:2188042/149‑1 (MQ=255)
aTGATATCTGGAATGGAGTGACGGTTATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATAttt < 1:1174531/149‑1 (MQ=255)
tatCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTAtgt > 2:963284/1‑149 (MQ=255)
tatCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTAtgt > 2:4238852/1‑149 (MQ=255)
tatCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTAtgt > 1:369690/1‑149 (MQ=255)
tatCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTAtgt > 2:3143696/1‑149 (MQ=255)
tGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCa < 1:3272253/149‑1 (MQ=255)
aaTGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCatat > 1:2541562/1‑149 (MQ=255)
aTGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCatata < 2:2930118/149‑1 (MQ=255)
aTGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCatata < 2:2674384/149‑1 (MQ=255)
tGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCatatat < 1:1561745/149‑1 (MQ=255)
gAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTc < 2:3304854/149‑1 (MQ=255)
aGTGACGGTGAGTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTCa < 2:4591701/149‑1 (MQ=255)
gTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTCAg > 1:1469880/1‑149 (MQ=255)
tGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTCAGTGCGCTa > 2:2903266/1‑149 (MQ=255)
gATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTCAGTGCGCTAc > 1:1356694/1‑149 (MQ=255)
gATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTCAGTGCGCTAc < 2:1333314/149‑1 (MQ=255)
gATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTCAGTGCGCTAc > 1:2554504/1‑149 (MQ=255)
gATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTCAGTGCGCTAc > 1:3113680/1‑149 (MQ=255)
|
ACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGCTTTTTGTGCCGTACTGTACAATATCTCTCTGTTATTTATGAGCAGGTATAGCGTGTCCACTTGGTATATTAGTCGCACTATTGAAGTAGTCAGTAAGTTAACCGTTATGGTAATATTTATGTGCCATATATTCAGTGCGCTAC > CP009273/1088862‑1089157
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
