Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,576,844 |
G→A |
16.0% |
intergenic (‑63/+339) |
ydeN ← / ← ydeO |
putative Ser‑type periplasmic non‑aryl sulfatase/UV‑inducible global regulator, EvgA‑, GadE‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,576,844 | 0 | G | A | 16.0%
| 734.5
/ 106.3
| 263 | intergenic (‑63/+339) | ydeN/ydeO | putative Ser‑type periplasmic non‑aryl sulfatase/UV‑inducible global regulator, EvgA‑, GadE‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (95/126); new base A (16/26); total (111/152) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
GCATGAGCAGCAAATGCAGCCATACCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCGCCGATAAACAACTAATTTATTGATATTTAATAAATTATTGCA > CP009273/1576696‑1576992
|
gCATGAGCAGCAAATGCAGCCATACCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGt > 1:2149470/1‑150 (MQ=255)
cATGAGCAGCAAATGCAGCCATACCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTa > 2:4355883/1‑150 (MQ=255)
aTGAGCAGCAAATGCAGCCATACCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTaa < 1:4009922/150‑1 (MQ=255)
aTGAGCAGCAAATGCAGCCATACCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATATaa < 1:1735251/150‑1 (MQ=255)
tGAGCAGCAAATGCAGCCATACCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAg < 2:2543912/150‑1 (MQ=255)
agcagcAAATGCAGCCATACCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTg > 1:96952/1‑150 (MQ=255)
cagcaAATGCAGCCATACCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGaa > 2:4159474/1‑150 (MQ=255)
cagcaAATGCAGCCATACCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGaa > 2:1975855/1‑150 (MQ=255)
cagcaAATGCAGCCATACCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGaa < 1:2048372/150‑1 (MQ=255)
agcaAATGCAGCCATACCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAg < 1:3413237/150‑1 (MQ=255)
gcaAATGCAGCCATACCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGt > 1:414678/1‑150 (MQ=255)
cAGCCATACCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTcac < 1:153687/150‑1 (MQ=255)
ccATACCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATa < 1:3220689/150‑1 (MQ=255)
aCCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAaga > 2:2931217/1‑150 (MQ=255)
aCCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATATAAGTGAAGTTAGTCACATAAaga > 2:946783/1‑150 (MQ=255)
aGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGAt < 2:1256887/150‑1 (MQ=255)
gATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATa < 2:342301/150‑1 (MQ=255)
aTGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAg < 2:2077997/150‑1 (MQ=255)
gCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCa < 2:4300413/150‑1 (MQ=255)
ccAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAACTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAg < 1:4007766/150‑1 (MQ=255)
cAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGa > 2:4641498/1‑150 (MQ=255)
cAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGa < 2:2307783/150‑1 (MQ=255)
aTCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTa < 2:817451/150‑1 (MQ=255)
aTCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTa < 2:1745815/150‑1 (MQ=255)
aTCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTa < 1:3304756/150‑1 (MQ=255)
aTCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTa < 1:700355/150‑1 (MQ=255)
tCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAg < 2:3628140/150‑1 (MQ=255)
tCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAg < 2:2889414/150‑1 (MQ=255)
aGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATATAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTaa > 2:1518037/1‑150 (MQ=255)
tatCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTaaaaa > 1:553844/1‑150 (MQ=255)
gAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAgg > 2:2972318/1‑150 (MQ=255)
gAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAgg < 1:404650/150‑1 (MQ=255)
aGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAggg > 1:3697604/1‑150 (MQ=255)
cGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAg < 2:4106664/150‑1 (MQ=255)
cGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAg < 1:1897857/150‑1 (MQ=255)
acacTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTc > 2:3392412/1‑150 (MQ=255)
ttttCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATa < 2:3677919/150‑1 (MQ=255)
ttttCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATATAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATa < 2:730998/150‑1 (MQ=255)
cTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATATAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGc < 2:3932539/150‑1 (MQ=255)
aaTGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTg > 1:2553591/1‑150 (MQ=255)
aTGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGa < 2:2149570/150‑1 (MQ=255)
aTGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGa < 2:2149352/150‑1 (MQ=255)
cAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACAt > 2:26535/1‑150 (MQ=255)
aGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACAtt < 2:1665639/150‑1 (MQ=255)
aGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACAtt < 2:348563/150‑1 (MQ=255)
aGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACAtt < 2:1353445/150‑1 (MQ=255)
aGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATATAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACAtt < 1:1029101/150‑1 (MQ=255)
ttCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACtt < 1:2990668/150‑1 (MQ=255)
ttCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATATAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAATAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACtt > 2:3599744/1‑150 (MQ=255)
aTAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTGTCt > 2:1455682/1‑150 (MQ=255)
tAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTg < 1:422208/150‑1 (MQ=255)
tAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTg < 1:2852701/150‑1 (MQ=255)
aaTGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGtt > 1:541733/1‑150 (MQ=255)
aTGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATATAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCTTTGACATTACTTTCTGTTc > 1:844100/1‑150 (MQ=255)
gTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTa < 2:4479982/150‑1 (MQ=255)
ttCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTAt > 1:1471114/1‑150 (MQ=255)
ttCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTAt > 1:1154605/1‑150 (MQ=255)
tCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTAtt < 1:3726587/150‑1 (MQ=255)
ccTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATATAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTa < 1:1224459/150‑1 (MQ=255)
ctctTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTaa < 1:4522114/150‑1 (MQ=255)
tcttctTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAg > 1:3835412/1‑150 (MQ=255)
tcttctTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAg < 1:3567659/150‑1 (MQ=255)
cttcttATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGt < 1:3284597/150‑1 (MQ=255)
cttcttATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATATAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGt > 2:2390673/1‑150 (MQ=255)
ttATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAAtt < 2:1911823/150‑1 (MQ=255)
ttATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAAtt < 1:724492/150‑1 (MQ=255)
ttATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAAtt > 1:4274698/1‑150 (MQ=255)
aTTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTtc < 2:378916/150‑1 (MQ=255)
ttGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTtct > 2:1325375/1‑150 (MQ=255)
gTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCg < 2:609404/150‑1 (MQ=255)
gTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCg > 1:1389560/1‑150 (MQ=255)
tACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCGc > 2:1179656/1‑150 (MQ=255)
tAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCGCCGAt > 1:3911074/1‑150 (MQ=255)
aaTTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCGCCGATa < 2:3977956/150‑1 (MQ=255)
aaTTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCGCCGATa < 2:1373841/150‑1 (MQ=255)
aaGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCGCCGATAAACAACt > 2:3330244/1‑150 (MQ=255)
aaGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATATAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCGCCGATAAACAACt > 1:2434954/1‑150 (MQ=255)
tAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCGCCGATAAACAACTAAt < 2:4358283/150‑1 (MQ=255)
aaTTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCGCCGATAAACAACTAAtt < 2:2770489/150‑1 (MQ=255)
aaTTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATATAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCGCCGATAAACAACTAAtt < 2:4539996/150‑1 (MQ=255)
aTTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCGCCGATAAACAACTAAttt > 1:658889/1‑150 (MQ=255)
aTTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCGCCGATAAACAACTAAttt < 1:375368/150‑1 (MQ=255)
ttttACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCGCCGATAAACAACTAATTTa < 1:4210823/150‑1 (MQ=255)
ttACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCGCCGATAAACAACTAATTTAtt < 2:681073/150‑1 (MQ=255)
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GCATGAGCAGCAAATGCAGCCATACCAGATGCCAGTATCAAAGATATCGAGGTACTTACGACACTTTTCTTTAATGCAGACTTCATAAATGTTCCTCTTCTTATTGTACTTAATTCCAAAGTAATTTTACGAAGAGAAATAAGTGGATGTAAGTGAAGTTAGTCACATAAAGAGATAGCAGATTTAGCTAAAAAAAGGGAAAAAACAGTCCATAAAGCGTTGACATTACTTTCTGTTCTATTAAGTAATTTCTCGCCGATAAACAACTAATTTATTGATATTTAATAAATTATTGCA > CP009273/1576696‑1576992
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
