Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,000,765 |
G→T |
34.9% |
D377Y (GAT→TAT) |
amyA → |
cytoplasmic alpha‑amylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,000,765 | 0 | G | T | 34.9%
| 576.9
/ inf
| 335 | D377Y (GAT→TAT) | amyA | cytoplasmic alpha‑amylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (89/129); new base T (57/60); total (146/189) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
TCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGCCGCAGTGGC > CP009273/2000616‑2000914
|
tCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAg < 2:2824288/150‑1 (MQ=255)
ttGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATg < 1:1205736/150‑1 (MQ=255)
tGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGt < 2:1100438/150‑1 (MQ=255)
ccAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCg > 2:1369794/1‑150 (MQ=255)
cACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCggtggt < 1:4238408/150‑1 (MQ=255)
acacCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACg < 2:3538141/150‑1 (MQ=255)
cacCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACgg < 2:1781289/150‑1 (MQ=255)
cccAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGc > 1:1717001/1‑150 (MQ=255)
ccAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCa < 1:3697802/150‑1 (MQ=255)
cAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCaa < 2:2274404/150‑1 (MQ=255)
aaCCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCAGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCaaa > 1:2728610/1‑150 (MQ=255)
aaCCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGGTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCaaa < 2:1042047/150‑1 (MQ=255)
aCCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAAc < 2:3755880/150‑1 (MQ=255)
aCCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAAc > 1:633999/1‑150 (MQ=255)
ccGGTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGGTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAAcc < 2:2785753/150‑1 (MQ=255)
gTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTa < 2:3480173/150‑1 (MQ=255)
ttGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTAt < 2:2655511/150‑1 (MQ=255)
tGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATc < 1:799061/150‑1 (MQ=255)
gCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATcc < 2:3464486/150‑1 (MQ=255)
cAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCg < 1:682389/150‑1 (MQ=255)
aaGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCga > 1:3472026/1‑150 (MQ=255)
cccTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatag < 1:88797/150‑1 (MQ=255)
tCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCgatagata > 1:2387770/1‑150 (MQ=255)
aGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGcc < 1:2929376/150‑1 (MQ=255)
cgcCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaa > 2:1193730/1‑150 (MQ=255)
gcCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaat < 1:1901669/150‑1 (MQ=255)
ccGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaata < 2:2532521/150‑1 (MQ=255)
ccGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaata < 1:1355602/150‑1 (MQ=255)
cGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaataa > 1:925917/1‑150 (MQ=255)
cGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaataa < 2:3689857/150‑1 (MQ=255)
ggTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCaataat > 1:2597158/1‑150 (MQ=255)
gTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATc < 2:417055/150‑1 (MQ=255)
gTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATc < 2:2146342/150‑1 (MQ=255)
tCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCg < 2:3853449/150‑1 (MQ=255)
tCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCg > 1:3041951/1‑150 (MQ=255)
cGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGa > 1:3616265/1‑150 (MQ=255)
cGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGa > 1:3950680/1‑150 (MQ=255)
cGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCCTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGa > 1:1092613/1‑150 (MQ=255)
aaCCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAAc > 2:1458213/1‑150 (MQ=255)
tGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTATGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCtt < 1:1441195/150‑1 (MQ=255)
ggTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTtg > 2:1220860/1‑150 (MQ=255)
ggTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTtg > 2:4049039/1‑150 (MQ=255)
ggTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTtg > 2:1726901/1‑150 (MQ=255)
tttAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTtgat > 1:3791660/1‑150 (MQ=255)
aaaCCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAg > 2:508498/1‑150 (MQ=255)
aCCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGtt > 1:2247445/1‑150 (MQ=255)
cGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTaa < 2:2091839/150‑1 (MQ=255)
cTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAAtt < 1:4303188/150‑1 (MQ=255)
cTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAAtt < 1:2287697/150‑1 (MQ=255)
cTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACAGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAAtt < 2:733971/150‑1 (MQ=255)
tGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATtc > 2:3233182/1‑150 (MQ=255)
ggCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATtct > 2:4391483/1‑150 (MQ=255)
aTGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGccc > 2:4521490/1‑150 (MQ=255)
aTGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGccc > 2:895543/1‑150 (MQ=255)
ccTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTc < 2:3020043/150‑1 (MQ=255)
cTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCa < 2:1028988/150‑1 (MQ=255)
tAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGc > 1:327427/1‑150 (MQ=255)
aaTTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCg > 1:1618223/1‑150 (MQ=255)
aTTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGt > 2:3913738/1‑150 (MQ=255)
aTTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGt > 1:1986886/1‑150 (MQ=255)
ttttGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGtt > 2:1098840/1‑150 (MQ=255)
ttttGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGtt > 1:1281946/1‑150 (MQ=255)
ttgttgCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGTACCTCAACGGTGCGCATTACTAATATGTCGGTGTTGACGGGCAAAACTATCCGATAGATATGCCAATAATAGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTc > 1:481580/1‑150 (MQ=255)
ttgttgCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTc < 2:796364/150‑1 (MQ=255)
ttgttgCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTc < 2:2437398/150‑1 (MQ=255)
tgttgCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTAGTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGAGAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCg < 2:3611919/150‑1 (MQ=255)
gCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCa < 2:94643/150‑1 (MQ=255)
gCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCa > 2:2355280/1‑150 (MQ=255)
cGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCAc > 2:1591303/1‑150 (MQ=255)
ggAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACgg > 2:673409/1‑150 (MQ=255)
ggAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACgg > 2:2993573/1‑150 (MQ=255)
aaaaTGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGgtg < 1:1708948/150‑1 (MQ=255)
aaaaTGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGgtg < 1:2179443/150‑1 (MQ=255)
aTGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTAc > 2:2006548/1‑150 (MQ=255)
aTGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTAc > 1:916673/1‑150 (MQ=255)
gTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACg < 2:3153443/150‑1 (MQ=255)
cTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTAt < 1:2095763/150‑1 (MQ=255)
cTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTAt < 1:320615/150‑1 (MQ=255)
ttCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTAtt < 2:4603783/150‑1 (MQ=255)
cGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTAtttt < 2:1801833/150‑1 (MQ=255)
aTTCTATCCGGACCTCTACGGTGTGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGa < 1:2984715/150‑1 (MQ=255)
aTTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGa > 2:4243098/1‑150 (MQ=255)
ccGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCg < 1:2671213/150‑1 (MQ=255)
ccGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCg > 2:1504443/1‑150 (MQ=255)
gACCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAAc > 2:1911877/1‑150 (MQ=255)
aCCTCTACGGTGAGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACATTCGTTATTTTTCGACCATCCGAACt < 1:1818847/150‑1 (MQ=255)
ctACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCAt > 1:98097/1‑150 (MQ=255)
aCGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTg < 2:3559149/150‑1 (MQ=255)
gTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCt < 1:4508561/150‑1 (MQ=255)
tGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCtt < 1:2869403/150‑1 (MQ=255)
gcgcATTACGTAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCAGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCttt < 1:3905495/150‑1 (MQ=255)
gcgcATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCttt < 1:714806/150‑1 (MQ=255)
cgcATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTa < 2:3360662/150‑1 (MQ=255)
gcATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAg > 1:4421902/1‑150 (MQ=255)
cATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGc < 1:179587/150‑1 (MQ=255)
cATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGc < 1:1499245/150‑1 (MQ=255)
aTTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGcc > 2:4074858/1‑150 (MQ=255)
aTTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAAGTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGcc < 1:3168981/150‑1 (MQ=255)
ttACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGCCg < 1:540674/150‑1 (MQ=255)
gATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGCCGCAGTGGc < 2:2378701/150‑1 (MQ=255)
|
TCGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGCCGCAGTGGC > CP009273/2000616‑2000914
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
