Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F54 I0 R1
|
640 |
319.5 |
10493376 |
95.3% |
10000187 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
950,103 |
T→C |
9.2% |
intergenic (‑181/+225) |
focA ← / ← ycaO |
formate channel/ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 950,103 | 0 | T | C | 9.2%
| 1003.7
/ 67.9
| 320 | intergenic (‑181/+225) | focA/ycaO | formate channel/ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (146/141); new base C (11/18); total (160/160) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
ATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAATATATGTAAA > CP009273/949955‑950252
|
tACTAACAAAGAATTATAGAAGAGAAATTTATATAGATCATACCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGTTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGa < 2:2801940/150‑1 (MQ=255)
aCTAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGaa > 2:563993/1‑150 (MQ=255)
tAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAAtt > 1:1696069/1‑150 (MQ=255)
aaCAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAAttt < 1:2863282/150‑1 (MQ=255)
aCAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAAtttt > 1:1258942/1‑150 (MQ=255)
aCAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTCGAAtttt < 1:3635336/150‑1 (MQ=255)
aaaGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAAtttttt < 1:4063689/150‑1 (MQ=255)
agtaTTTTATATGAGATATTGATATAGATCATATATATACTGGCTTATAGGCACTTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATATTAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTcc < 1:3861359/147‑1 (MQ=255)
gCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCg < 1:1209575/150‑1 (MQ=255)
gCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCg > 2:1133025/1‑150 (MQ=255)
gCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCg < 1:434315/150‑1 (MQ=255)
cATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGc > 1:3060640/1‑150 (MQ=255)
aTTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCa > 1:4852551/1‑150 (MQ=255)
aTTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCa < 2:2134964/150‑1 (MQ=255)
aTTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTCGAATTTTTTACGCa > 1:2920/1‑150 (MQ=255)
aTGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCg > 2:5072093/1‑150 (MQ=255)
aaTTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTCGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTaaaa < 2:2873618/150‑1 (MQ=255)
cATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTaaaa < 1:1794018/150‑1 (MQ=255)
atatCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAg > 2:1954704/1‑150 (MQ=255)
atatCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAg > 2:3375778/1‑150 (MQ=255)
atatCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAg > 2:2988612/1‑150 (MQ=255)
gCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCAt > 2:4639277/1‑150 (MQ=255)
gCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCAt > 1:4096781/1‑150 (MQ=255)
gCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTATATGCAAAAAAGGAGTAAATATTTGATAATCCAAATAAAAATAAAAATTAAAAATTAACAAATGAGTCGAATTTTATCAGCATCCTCCGCTAATACAGTAAATTAAAAGGGACCaa > 1:3843774/1‑149 (MQ=255)
tGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAg > 1:2529165/1‑150 (MQ=255)
tGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAg > 1:5120201/1‑150 (MQ=255)
tGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTACGCATCATCAGCTAAAACAGTTAATTAAAAGTGAGCATCAg > 2:3968786/1‑150 (MQ=255)
ataGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTCGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAAt < 2:4307377/150‑1 (MQ=255)
taGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATa > 1:3762527/1‑150 (MQ=255)
aGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAGATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATaa < 2:1470906/150‑1 (MQ=255)
aGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATaa < 1:2248586/150‑1 (MQ=255)
aGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTCGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCTGGCGAATaa > 1:4998971/1‑150 (MQ=255)
gCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAg < 2:1170922/150‑1 (MQ=255)
cGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTaa > 2:992024/1‑150 (MQ=255)
aCTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAat < 2:443538/150‑1 (MQ=255)
cTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAata < 2:2273454/150‑1 (MQ=255)
cGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATatc > 1:2719276/1‑150 (MQ=255)
aTGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATatcgat > 1:1510553/1‑150 (MQ=255)
tGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCAAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATatcgatc < 2:3916481/150‑1 (MQ=255)
ggTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATatcgatcg > 2:1320160/1‑150 (MQ=255)
tttttATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGta < 2:765023/150‑1 (MQ=255)
ttttATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGtat < 1:1133025/150‑1 (MQ=255)
tttATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTAAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTATTTCCGAATAATCCGATAAAAAAGTTAAATAAAAGGGAGCATAAGTCTAATAAAATAACAATATCAATCGaatt > 2:3640645/1‑150 (MQ=255)
ttATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGtattt < 1:4495593/150‑1 (MQ=255)
tATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGtattta < 1:3305161/150‑1 (MQ=255)
tATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGtattta > 2:845385/1‑150 (MQ=255)
aTACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATa < 2:1927040/150‑1 (MQ=255)
aCGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACa > 1:858206/1‑150 (MQ=255)
aGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAAtt < 1:175241/150‑1 (MQ=255)
gTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATAGTATTTATTAAATACAAATTa > 2:1269278/1‑150 (MQ=255)
aaaTATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTAcc < 1:3938073/150‑1 (MQ=255)
aaTATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCg < 1:4353220/150‑1 (MQ=255)
aaTATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCg > 2:5114547/1‑150 (MQ=255)
aaTATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCg < 2:900324/150‑1 (MQ=255)
tatTTTATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTTACAAATGAGTTGAATTTTTTCCTCATCCTCCGCTATAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAATTAACAATATCGATCTTATTTATTAAATACAAATTACCgct < 1:2180019/150‑3 (MQ=255)
tatTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTCGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGat > 2:2388071/1‑150 (MQ=255)
atTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGata > 2:3798657/1‑150 (MQ=255)
atTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGata < 1:3178130/150‑1 (MQ=255)
atTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTCGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGata < 1:4621650/150‑1 (MQ=255)
atTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTCGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGata < 1:2025824/150‑1 (MQ=255)
atTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTAGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGata > 2:2551007/1‑150 (MQ=255)
tGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATAttt > 2:1079603/1‑150 (MQ=255)
aTTATACAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTaa < 2:4156789/150‑1 (MQ=255)
tCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCtt < 2:4687371/150‑1 (MQ=255)
ccAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGTATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTta < 2:2901306/150‑1 (MQ=255)
cAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTCGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTtat < 2:3206649/150‑1 (MQ=255)
aaataaaaataaATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTtata > 1:5232294/1‑150 (MQ=255)
aaataaaaataaATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTtata > 1:1420157/1‑150 (MQ=255)
ataaaaatataTTATAAAAATTAACATATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCTAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAAt < 2:4660910/150‑1 (MQ=255)
taaaaataaaTTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAAtt < 2:3875418/150‑1 (MQ=255)
aaaaataaaTTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTa < 2:3060640/150‑1 (MQ=255)
aaataaatTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACa > 1:2427452/1‑150 (MQ=255)
aataaatTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACaa < 1:321916/150‑1 (MQ=255)
aataaatTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACaa < 1:3460454/150‑1 (MQ=255)
taaatTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAatt < 2:2498245/150‑1 (MQ=255)
taaatTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAatt > 1:2834567/1‑150 (MQ=255)
aatTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACATTATAATTACAattat > 2:2109255/1‑150 (MQ=255)
aatTTTAAAAATTAACAAATGAGTCGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAattat < 1:996518/150‑1 (MQ=255)
atTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAattatt < 1:691398/150‑1 (MQ=255)
atTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAattatt > 1:2663020/1‑150 (MQ=255)
ttttAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAAttattt < 2:1687051/150‑1 (MQ=255)
ttttAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAAttattt < 1:1054464/150‑1 (MQ=255)
aaaaTTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTttatta < 2:2177705/150‑1 (MQ=255)
aaaTTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTaa < 2:2582153/150‑1 (MQ=255)
aaTTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAAt > 2:3985060/1‑150 (MQ=255)
aaTTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAAt > 2:317535/1‑150 (MQ=255)
aaTTAACAAATGAGTCGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAAt < 2:615821/150‑1 (MQ=255)
ttAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGc > 2:2002841/1‑150 (MQ=255)
cAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAat < 1:787049/150‑1 (MQ=255)
cAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAat > 1:3122213/1‑150 (MQ=255)
cAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGAAAat > 2:4983747/1‑150 (MQ=255)
cAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTAATTTATTAATGCAAat > 2:4984328/1‑150 (MQ=255)
aaaTGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAGGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGAAAata > 2:3164668/1‑150 (MQ=255)
aaaTGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAata < 1:4706220/150‑1 (MQ=255)
aaaTGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAata > 1:4327344/1‑150 (MQ=255)
aaTGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAatat < 2:3473281/150‑1 (MQ=255)
aTGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAatata < 2:2052269/150‑1 (MQ=255)
gAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAATATATg > 2:488648/1‑150 (MQ=255)
aGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAATATATGt > 2:437042/1‑150 (MQ=255)
tGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACCATTATTTTATTAATGCAAATATATGTaat > 2:2355927/1‑149 (MQ=255)
|
ATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAATTGATATAGATCATATCTCGCCTGGCTTATAGGCCCGTAACTCGCATGGTTTTTATGCAAATACGGAGTAAATATTTGATTATCCAAATAAAAATAAATTTTAAAAATTAACAAATGAGTTGAATTTTTTCCGCATCCTCCGCTAAAACAGTTAATTAAAAGGGAGCATCAGGCGAATAAAGTAACAATATCGATCGTATTTATTAAATACAAATTACCGATATTTAACCTTATAATTACAATTATTTTATTAATGCAAATATATGTAAA > CP009273/949955‑950252
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
