Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F181 I0 R1
|
1262 |
323.1 |
10297870 |
97.5% |
10040423 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
976,873 |
C→A |
26.8% |
A124E (GCG→GAG) |
ldtD → |
murein L,D‑transpeptidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 976,873 | 0 | C | A | 26.8%
| 681.6
/ 216.4
| 301 | A124E (GCG→GAG) | ldtD | murein L,D‑transpeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (114/106); new base A (38/43); total (152/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
CCGCACGCAAATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCAAAGGCAC > CP009273/976724‑977017
|
ccGCACGCAAATCGAATCTCAATGACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTAGGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGc < 1:2755644/150‑1 (MQ=255)
gcaAATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGc < 1:2578134/150‑1 (MQ=255)
caAATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGcc < 2:4441772/150‑1 (MQ=255)
aaaTCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCg < 2:194157/150‑1 (MQ=255)
aaaTCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCg > 1:2104057/1‑150 (MQ=255)
aaTCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTcc > 1:4473502/1‑150 (MQ=255)
aaTCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTcc < 1:2281753/150‑1 (MQ=255)
tcAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGcc > 1:1514998/1‑150 (MQ=255)
aaTTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGc > 2:1723471/1‑150 (MQ=255)
tACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGt > 1:2321557/1‑150 (MQ=255)
aCCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGtt > 2:2111338/1‑150 (MQ=255)
ccGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTta < 1:4423104/150‑1 (MQ=255)
cGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTtaa > 2:4344892/1‑150 (MQ=255)
cGCAGGTTACAAGCCGGTATATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTtaa > 1:2806429/1‑150 (MQ=255)
gCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTtaat < 2:4560303/150‑1 (MQ=255)
cAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTtaata < 1:1354394/150‑1 (MQ=255)
aGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTtaataa < 2:5075747/150‑1 (MQ=255)
tACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTGCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATgg > 1:4284568/1‑150 (MQ=255)
tACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATgg > 1:1605770/1‑150 (MQ=255)
tACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGCATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATgg < 2:3980137/150‑1 (MQ=255)
aGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTag < 1:2923908/150‑1 (MQ=255)
gCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTaga < 1:1717590/150‑1 (MQ=255)
gCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTaga > 2:792705/1‑150 (MQ=255)
gCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTaga < 2:4282400/150‑1 (MQ=255)
ccGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTagag > 1:2027851/1‑150 (MQ=255)
ccGGTTTATCTTAACCAGCGTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTagag < 1:2710439/150‑1 (MQ=255)
cGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGt > 1:4107318/1‑150 (MQ=255)
ggTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGtt > 2:2849504/1‑150 (MQ=255)
gTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTa < 2:600196/150‑1 (MQ=255)
tttATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGACGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGATAc > 1:3800203/1‑150 (MQ=255)
aTCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGa < 2:2479540/150‑1 (MQ=255)
aTCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGa < 2:4825428/150‑1 (MQ=255)
tCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGAc < 2:1872819/150‑1 (MQ=255)
ttAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCg > 2:2730094/1‑150 (MQ=255)
ttAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCg < 1:3274841/150‑1 (MQ=255)
aaCCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGAt > 2:4642130/1‑150 (MQ=255)
aaCCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGAt > 2:2811706/1‑150 (MQ=255)
aGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTg > 2:1080744/1‑150 (MQ=255)
aGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTg < 2:5022411/150‑1 (MQ=255)
gCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTgg < 2:218645/150‑1 (MQ=255)
gCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTgg > 1:5148433/1‑150 (MQ=255)
tCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGgtgt > 1:4549950/1‑150 (MQ=255)
cAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGtt > 2:3816125/1‑150 (MQ=255)
cTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAAc < 1:991238/150‑1 (MQ=255)
tgttgtATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACg > 2:5008006/1‑150 (MQ=255)
tgttgtATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACg > 2:149501/1‑150 (MQ=255)
ttgtATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACggg > 1:746420/1‑150 (MQ=255)
tgtATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGa > 1:3685446/1‑150 (MQ=255)
tATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATg < 1:863038/150‑1 (MQ=255)
aTGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATgg < 2:3675535/150‑1 (MQ=255)
gCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCa > 2:4925054/1‑150 (MQ=255)
cGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCAcg > 2:2088783/1‑150 (MQ=255)
cGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCAcg < 2:1514998/150‑1 (MQ=255)
cGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCAcg > 2:1361073/1‑150 (MQ=255)
cGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCAcg > 2:1619241/1‑150 (MQ=255)
gCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCAcgc > 2:3205188/1‑150 (MQ=255)
aCGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGa > 2:770304/1‑150 (MQ=255)
aCGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGa > 2:3043196/1‑150 (MQ=255)
cgcgATATGCAACCCATGTGGGAATACCGTGATGCTTTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGTCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGAAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACAGATACTGGTGTTAACGGTATGGCACGCGAc < 2:3467961/150‑1 (MQ=255)
cgcgATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGAc < 2:2338276/150‑1 (MQ=255)
gcgATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACg < 2:1810370/150‑1 (MQ=255)
atatGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACgtgg < 1:539488/150‑1 (MQ=255)
cATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGa < 1:4018053/150‑1 (MQ=255)
tgtgGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATg < 2:3903275/150‑1 (MQ=255)
tgtgGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATg > 1:1388491/1‑150 (MQ=255)
gtgGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGc > 2:3097645/1‑150 (MQ=255)
tgGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCg < 1:3039335/150‑1 (MQ=255)
agcgAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCATCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTCGCGAAAGCCGGTTTCCCGCCGCAGTTTAATAAAAGGGGAGAGTTACTGACCGATCCTCGACTAAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGAGGCg > 2:199352/4‑150 (MQ=255)
ggAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCgat < 1:4792945/150‑1 (MQ=255)
aaaaCCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCgatga < 1:3873805/150‑1 (MQ=255)
aaaaCCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCgatga < 1:1078685/150‑1 (MQ=255)
aaaCCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCgatgat < 1:2175923/150‑1 (MQ=255)
aaaCCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCgatgat < 2:3376082/150‑1 (MQ=255)
aaCCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGatgatg < 1:1143450/150‑1 (MQ=255)
aaCCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGatgatg > 1:4680897/1‑150 (MQ=255)
ccGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATggg < 2:2592123/150‑1 (MQ=255)
cGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGc > 2:2905784/1‑150 (MQ=255)
gATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTAt < 2:3188055/150‑1 (MQ=255)
tAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCAttt < 1:3490687/150‑1 (MQ=255)
aaaGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTc < 1:245745/150‑1 (MQ=255)
aaaGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTc > 1:3416280/1‑150 (MQ=255)
aaaGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGCTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTc > 2:2446485/1‑150 (MQ=255)
aaGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCa < 1:70719/150‑1 (MQ=255)
aGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCAt < 2:4112571/150‑1 (MQ=255)
tccTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGTTTGCCTGTTTCCAGCCGCATTTTTATAAATGTGTTGAGTTTCTGACCGATCCTGGTGTTTACGGGATTGCACGCGACGTGGTGCTCTGTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCAtt < 1:2959083/149‑1 (MQ=255)
cTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGc < 2:87804/150‑1 (MQ=255)
tCCAGCTTCAGCTGGCAGAGGTGGATTTTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAATTGGGTAGAGTTTCTGACCGATCCTGGTGTTAACGTGATGGCACGCGACGTTGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCaa < 2:177982/150‑1 (MQ=255)
cAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAat > 2:3212685/1‑150 (MQ=255)
gCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAatat > 1:2350757/1‑150 (MQ=255)
aaCAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTCGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTc > 1:178913/1‑150 (MQ=255)
aCAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTcc < 2:4359280/150‑1 (MQ=255)
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ggCAGAGGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCaa > 1:3142881/1‑150 (MQ=255)
gagGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCAAAGGc < 2:1168306/150‑1 (MQ=255)
gagGTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCAAAGGc < 2:288964/150‑1 (MQ=255)
agGTGGAGATAGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCAGTTCATTGCCAATATTCCGGTCAAAGGCa > 2:3419066/1‑150 (MQ=255)
ggTGGAGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCAAAGGCAc > 2:2652039/1‑150 (MQ=255)
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CCGCACGCAAATCGAATCTCAATTACCCGCAGGTTACAAGCCGGTTTATCTTAACCAGCTTCAACTGTTGTATGCCGCACGCGATATGCAACCCATGTGGGAAAACCGTGATGCTGTTAAAGCCTTCCAGCAACAGCTGGCAGAGGTGGCGATTGCCGGTTTCCAGCCGCAGTTTAATAAATGGGTAGAGTTACTGACCGATCCTGGTGTTAACGGGATGGCACGCGACGTGGTGCTCTCTGATGCGATGATGGGCTATCTCCATTTCATTGCAAATATTCCGGTCAAAGGCAC > CP009273/976724‑977017
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
