Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F202 I0 R1
|
1397 |
275.7 |
9089454 |
95.2% |
8653160 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,164,454 |
G→A |
5.6% |
intergenic (‑166/‑75) |
ycfQ ← / → bhsA |
repressor for bhsA(ycfR)/biofilm, cell surface and signaling protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,164,454 | 0 | G | A | 5.6%
| 937.6
/ 29.5
| 266 | intergenic (‑166/‑75) | ycfQ/bhsA | repressor for bhsA(ycfR)/biofilm, cell surface and signaling protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (150/101); new base A (11/4); total (161/105) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
GTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCTTTGCGGCTGTCGA > CP009273/1164305‑1164602
|
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aCTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATc > 1:4212139/1‑150 (MQ=255)
gaatgaaAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATc > 1:2080481/1‑150 (MQ=255)
aatgaaAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCt > 1:1256251/1‑150 (MQ=255)
aatgaaAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCt < 1:492167/150‑1 (MQ=255)
atgaaAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCt < 1:4257014/150‑1 (MQ=255)
atgaaAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCt < 1:4256584/150‑1 (MQ=255)
ggTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCAttt < 2:592620/150‑1 (MQ=255)
ttattaTAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAg < 2:2447088/150‑1 (MQ=255)
tattatAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGt > 2:2896746/1‑150 (MQ=255)
attatAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGtt < 1:1379199/150‑1 (MQ=255)
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atCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTaa < 1:962298/150‑1 (MQ=255)
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ccTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAAATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTaa < 2:3796001/150‑1 (MQ=255)
cTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGCAAt > 2:2096819/1‑150 (MQ=255)
tCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAAtt > 2:183281/1‑150 (MQ=255)
ccGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAAttg > 1:763238/1‑150 (MQ=255)
ccGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAAttg < 1:1679244/150‑1 (MQ=255)
gTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAAttgct > 1:1637375/1‑150 (MQ=255)
gTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAAttgct < 2:3691356/150‑1 (MQ=255)
tccAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTTCTTTATATTTAACTTAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAAATCACATCTATCATTTAGTTATCTATCGTTAAGTAAttgcttgag < 2:612864/149‑3 (MQ=255)
ccAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGa < 1:2313696/150‑1 (MQ=255)
cAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGAc < 2:3349718/150‑1 (MQ=255)
tCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTATTTGCTTGCGACGtc < 1:3679100/150‑1 (MQ=255)
gATCCCATAAAAATAAGTGCTTTATATTTATCTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGtcattc < 2:4410439/150‑1 (MQ=255)
aTCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGtcattca > 2:4171667/1‑150 (MQ=255)
ccATAAAAATAATTTCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCt > 1:1370234/1‑150 (MQ=255)
ccATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCt > 1:920284/1‑150 (MQ=255)
aTAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGc > 1:1420619/1‑150 (MQ=255)
tAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCAt > 2:4497686/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTAATTGCTGTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCAt > 1:1301070/1‑150 (MQ=255)
aaaTAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATaa > 1:1130697/1‑150 (MQ=255)
ataatTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAgg > 2:4286035/1‑150 (MQ=255)
taatTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGc > 2:1563174/1‑150 (MQ=255)
taatTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGc > 2:228066/1‑150 (MQ=255)
aatTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGcc < 2:1994794/150‑1 (MQ=255)
atTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCa < 1:2365449/150‑1 (MQ=255)
atTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCa < 1:2045872/150‑1 (MQ=255)
ttGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCAc > 1:3177496/1‑150 (MQ=255)
ttGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCAc > 1:2017907/1‑150 (MQ=255)
gCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACta > 1:2137846/1‑150 (MQ=255)
cTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACtat < 2:1131400/150‑1 (MQ=255)
cTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACtat < 2:3405059/150‑1 (MQ=255)
tttCTATTTAACTGAAATTTAAAAA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACtatt > 2:2924303/1‑150 (MQ=255)
cTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATg > 1:1073066/1‑150 (MQ=255)
tATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGa < 2:2845360/150‑1 (MQ=255)
aTTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGaa < 2:2249383/150‑1 (MQ=255)
tAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGaaaaa > 2:3837083/1‑150 (MQ=255)
cTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGt > 1:2326733/1‑150 (MQ=255)
cTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGt < 1:1864490/150‑1 (MQ=255)
gAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAACAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTaa < 2:4155429/150‑1 (MQ=255)
aTTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTaaaaa < 2:1476898/150‑1 (MQ=255)
aTTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAAATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTaaaaa > 2:2149499/1‑150 (MQ=255)
aTTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAAATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTaaaaa > 2:3266855/1‑150 (MQ=255)
ttAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAAcc > 1:1606901/1‑150 (MQ=255)
tAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAAccc > 1:3515489/1‑150 (MQ=255)
tAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAAccc < 1:4467103/150‑1 (MQ=255)
aaaGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAAATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCt > 1:631567/1‑150 (MQ=255)
aaGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAAATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTc < 2:1242188/150‑1 (MQ=255)
aGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCa < 1:4302914/150‑1 (MQ=255)
gA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCAt > 1:2591817/1‑150 (MQ=255)
gA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCAt > 1:2591834/1‑150 (MQ=255)
tttttAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCg > 2:1343102/1‑150 (MQ=255)
tttAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCt < 2:1256264/150‑1 (MQ=255)
tttAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCt > 1:2406203/1‑150 (MQ=255)
tttAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCt < 1:2828820/150‑1 (MQ=255)
attaattaATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTgcggc > 2:4107619/1‑150 (MQ=255)
attaattaATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAAATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTgcggc < 2:2648309/150‑1 (MQ=255)
taattaatGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGa > 1:78540/1‑150 (MQ=255)
aattaatGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGAt > 1:898733/1‑150 (MQ=255)
aattaatGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGAt > 1:2704004/1‑150 (MQ=255)
aattaatGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGAt > 1:1520678/1‑150 (MQ=255)
attaatGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGAtt < 2:4432991/150‑1 (MQ=255)
ttaatGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGAttt < 1:183281/150‑1 (MQ=255)
aatGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTa > 1:118774/1‑150 (MQ=255)
aatGATTGTTAT‑AAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGAGATTTTaa < 1:4497732/150‑1 (MQ=255)
atGAGTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAAATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTaa > 1:121671/1‑150 (MQ=255)
gATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGc > 2:1766382/1‑150 (MQ=255)
aTTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAAATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCt > 1:3284884/1‑150 (MQ=255)
ttGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTc > 1:707556/1‑150 (MQ=255)
tGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTcc < 1:696406/150‑1 (MQ=255)
ttATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCAt > 2:4474598/1‑150 (MQ=255)
ataAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGt > 1:1641404/1‑150 (MQ=255)
aaaaTATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCAtt < 2:1847040/150‑1 (MQ=255)
aaaaTATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGGTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAATCGTTAAAACCCTCATCGCTGCGGCGAGGTTATGCTCCGTGTCagt > 2:2734745/1‑148 (MQ=255)
aaTATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTg < 1:1453812/150‑1 (MQ=255)
aaTATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTg > 1:4080563/1‑150 (MQ=255)
aaTATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTg > 1:2254005/1‑150 (MQ=255)
atatCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGc > 2:470819/1‑150 (MQ=255)
tCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAg < 1:336314/150‑1 (MQ=255)
cTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGc > 1:586584/1‑150 (MQ=255)
ttGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCt > 1:1165445/1‑150 (MQ=255)
gTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCttt > 2:2996019/1‑150 (MQ=255)
tATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCTTTg < 1:396085/150‑1 (MQ=255)
gtgATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCTTTGCgg > 1:2810481/1‑150 (MQ=255)
tgATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCTTTGCGGc > 2:3552738/1‑150 (MQ=255)
gATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCTTTGCGGCt > 2:4110945/1‑150 (MQ=255)
gATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCTTTGCGGCt > 2:871556/1‑150 (MQ=255)
aGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCTTTGCGGCTGTCGa > 1:405285/1‑150 (MQ=255)
|
GTGACTGTGAATGAAAGGTTATTATAAAAATAATCACCTCCGTTCACCAGTCCAGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGA‑TTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGTGATCCAGATCACATCTATCATTTAGTTATCGATCGTTAAGTAATTGCTTGCGACGTCATTCATCTGCATAAGGCCACTATTATGAAAAACGTAAAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCTTTGCGGCTGTCGA > CP009273/1164305‑1164602
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
