Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F14 I0 R1
|
127 |
310.1 |
10402230 |
94.2% |
9798900 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
234,984 |
G→T |
14.4% |
I80I (ATC→ATA) ‡ |
ykfM ← |
lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 234,984 | 0 | G | T | 14.4%
| 554.7
/ 8.7
| 239 | I80I (ATC→ATA) ‡ | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (100/91); new base T (27/21); total (127/112) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.47e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
TATTATTACCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGG > CP009273/234836‑235132
|
tattatTACCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTg > 2:2095893/1‑149 (MQ=255)
ttattaCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGAt < 1:82433/149‑1 (MQ=255)
ttattaCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGAt < 1:678164/149‑1 (MQ=255)
ttattaCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTTAt > 1:1368529/1‑149 (MQ=255)
tattaCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGAtt > 2:4111907/1‑149 (MQ=255)
tattaCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGAtt < 1:624457/149‑1 (MQ=255)
ttaCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTaa < 2:5148696/149‑1 (MQ=255)
ttaCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTaa > 1:322243/1‑149 (MQ=255)
ttaCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTaa < 2:1485754/149‑1 (MQ=255)
cAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGa < 1:1203061/149‑1 (MQ=255)
ggggTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGAtt > 2:809342/1‑149 (MQ=255)
tGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATATCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttat < 2:3598008/149‑1 (MQ=255)
tGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttat < 1:4250082/149‑1 (MQ=255)
tGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttat > 1:2978952/1‑149 (MQ=255)
gATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttatt < 1:4737544/149‑1 (MQ=255)
tAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTtattat < 2:5186048/149‑1 (MQ=255)
tAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTtattat < 2:3017517/149‑1 (MQ=255)
aaTTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATc < 2:2305956/149‑1 (MQ=255)
aTTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAAATATTTtattatag > 1:3640651/1‑147 (MQ=255)
aGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCttaa > 2:3655379/1‑149 (MQ=255)
aGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCgtaa > 1:4222099/1‑149 (MQ=255)
aGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgtaa > 2:1057805/1‑149 (MQ=255)
aCATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATTATTTTATTATATTAAGTAAAAt > 1:906882/1‑149 (MQ=255)
aCATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATAGTAACTaaaaa > 1:3070587/1‑148 (MQ=255)
aCATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAAt < 2:230157/149‑1 (MQ=255)
tCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACAt < 1:3788537/149‑1 (MQ=255)
ccTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATg < 2:1975741/149‑1 (MQ=255)
aCAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATAtt < 1:203389/149‑1 (MQ=255)
aCAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATAtt < 1:1529124/149‑1 (MQ=255)
cAAAACGAGCTATTAAAGGTTCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATAttt < 2:4106665/149‑1 (MQ=255)
aaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAAATACATGAATATTTaa > 1:717965/1‑149 (MQ=255)
aatgagaTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACTTGAATATTTaaa < 1:5119647/146‑1 (MQ=255)
aaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTAGAATGATTTTTTTATAGTAATTAAAATTAAAAGAATATTTaaa > 1:3521039/1‑149 (MQ=255)
aGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTaaaa < 1:2534261/149‑1 (MQ=255)
ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTATAATGATTTTATTATCGTAAATAAAAATACATGAATATTTaaaaa > 1:1018707/1‑149 (MQ=255)
aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAgg > 2:628928/1‑149 (MQ=255)
aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAgg < 1:3183075/149‑1 (MQ=255)
aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAgg < 1:3182597/149‑1 (MQ=255)
gCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑a > 2:1275758/1‑149 (MQ=255)
cTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑aa > 2:3673364/1‑149 (MQ=255)
tATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑aaa > 2:1971776/1‑149 (MQ=255)
aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACATTCGTTTTTTTTATTAACAAATATTTTATTATAGTTAGAAAAATTACAAAAATATTTAAAAATG‑aaaa > 1:2928252/1‑149 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTAGAATGGTTTTATTATAGTTAGTAAAAATAAATGAATATTTAAAAATG‑aaaaa > 1:919783/1‑148 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTaaaaat > 2:400175/1‑142 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAg < 1:400175/143‑1 (MQ=255)
ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAAc < 2:3020428/149‑1 (MQ=255)
aatggTGATATTAAGATAGATTTTATTAAAAATATAATTGTTAGGTGTTTTGTTTTGTCTGTGGCTAAATTGACTACTTTCGTTTTTTTTTTTATTAATTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGG‑AAAACGa < 1:1746049/146‑1 (MQ=255)
aaaGGTTCTATTACGATAGCAATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGATGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGa < 2:4673842/149‑1 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGa < 2:718976/149‑1 (MQ=255)
aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGa < 2:1787158/149‑1 (MQ=255)
aaGGTGCTATTACGATAGCTATTATTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGAc < 2:856417/149‑1 (MQ=255)
aGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTTAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑TAAACGACa > 2:4194695/1‑149 (MQ=255)
gCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGTTTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACATGaa > 2:313233/1‑149 (MQ=255)
cTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACAAGaaa > 1:2424075/1‑149 (MQ=255)
tATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACATGAAAc > 2:3246670/1‑149 (MQ=255)
ttACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACAAGAATATTTAAAAATG‑AAAACGAAATGAAACCg > 1:5039526/1‑149 (MQ=255)
tACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTTAGTAAAAATACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACATGAAAACGa > 1:4601850/1‑149 (MQ=255)
aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGGTTTAGTAATATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATTGATATTTAAAAAGT‑AAAAAGACAAGAAACACAAGca > 1:524697/1‑149 (MQ=255)
catattatAAAAAATATAAGTTTTAGCTTTATTGTTATGTCTGTGGATAAATTCACTACCTTATTTTTTTTTATTAACAATGATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAg < 2:556582/147‑1 (MQ=255)
cTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACAAGAAACCGAAGCACAGa > 1:4305160/1‑149 (MQ=255)
tATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACATGAAACCCAAGCACAGaa > 2:908545/1‑149 (MQ=255)
ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACATGAAACAGAAGCACAGAATc > 2:2574431/1‑149 (MQ=255)
gTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCTAATTTGACTACATTCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATTATTATTTAAAATGG‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAAc < 2:1545325/149‑1 (MQ=255)
tAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGT‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa < 2:1078284/149‑1 (MQ=255)
aaaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAAAGAAAATTTAAAAAGG‑AAAAAGACATGAAACCGAATCACAAAATaaaaaa > 1:4666807/1‑146 (MQ=255)
aaaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACAAGAAACCGAAGCACAGAATAAACaa > 1:2361604/1‑148 (MQ=255)
aaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtct > 2:2573321/1‑149 (MQ=255)
tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTcc > 2:1244014/1‑149 (MQ=255)
tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACATTCTcc > 2:3860328/1‑149 (MQ=255)
tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATTAATAATTAAAAAGGAAAAACAACA‑GAAAAACAATCACAGAATAAACATTCTcc > 2:1339178/1‑149 (MQ=255)
aaGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAt > 2:1220846/1‑149 (MQ=255)
aaGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAAATATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAAAATTTAAAAAGG‑AAAACGACAATAAACCCAAGCACAGAAACAACAATATCCaaa > 1:1239552/1‑148 (MQ=255)
agagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTTTTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGG‑AAAAAGACATGAAACCCAAGCACAGAATAAACATTCTACAAta > 1:1155978/1‑148 (MQ=255)
agTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATTATTTTTTTATAGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGG‑AAAAATAAATGAAAACGAAGCACAGAATAAACATTCTACAAtaaa > 2:4770587/1‑146 (MQ=255)
tttAGATTTATTGTTTTGTCTTTGGCTAAATTTAATACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATa < 1:3412202/148‑1 (MQ=255)
gTTAGCTTTATTTTTTTGTCTGTGGCTAAATTGACTACATTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATa < 2:722225/149‑1 (MQ=255)
ttAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACATTAAACCGAAGCACAGAATCAACATTATCCAAtaataa > 2:4842192/1‑149 (MQ=255)
tAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACATTCGTTTTTTTGATTATGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATaaa < 2:292596/149‑1 (MQ=255)
gCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATAAAAATTATCCAATCAAAAAat > 1:2590051/1‑149 (MQ=255)
tttttGTTTTGTGTGTGGCTAATTTTACTACATTCGTTTTTTTTATTAATTTTGATTTTATTATCTTATTTAAAATTAAATTAATATTTAAAATGT‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt < 2:3167942/146‑1 (MQ=255)
ttATTGTTTTGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtt < 2:4641740/148‑1 (MQ=255)
aTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAATG‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAATATCCAAAAATAAAATATTTc > 1:2126754/1‑149 (MQ=255)
gTTTTGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGATTTTTTTTATTAGCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGT‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGt < 2:5009635/149‑1 (MQ=255)
gTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACATTATCCAATCATAAAATATTTACGt > 2:4023733/1‑149 (MQ=255)
gTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTATCGTTAGTAAAATTACATGTATATTTAAAAATG‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGCATCAACATTCTCCAATCATAAAATAtttgagt > 2:3505606/1‑145 (MQ=255)
ttATGTCTGTGGCTAAATTTACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGTTTTTATTATCGTAATTAAATTTACATGAATATTTAAAATGG‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTg < 2:604510/149‑1 (MQ=255)
ttGTCTTTGGCTAATTTTACTACGTTCTTTTTTTTGATTATGATTTATTTTTTTATCTTAATTAAAATTAAATTAATTTTTAAAAAGT‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGa < 1:2790223/148‑1 (MQ=255)
gTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATTAAAAATAAAAGAATATTTAAAAAGG‑AAAAAGACAAGAAACCCAAGCACACAAAAAACAATATACAAACATAAAATATTTCAGTGGAGc > 1:3299183/1‑149 (MQ=255)
tCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAAAGAATATTTAAAAAGG‑AAAAAGACAAGAAACCGAATCACAAAAACAACAATATACAAACATAAAAAATTTAAGTTGAGCa > 2:4792585/1‑149 (MQ=255)
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ttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACt > 1:4644926/1‑149 (MQ=255)
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TATTATTACCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGG‑AAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGG > CP009273/234836‑235132
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
