Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F121 I0 R1
|
856 |
273.6 |
9081716 |
94.1% |
8545894 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,407,008 |
G→A |
13.5% |
intergenic (‑184/‑215) |
acrS ← / → acrE |
acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,407,008 | 0 | G | A | 13.5%
| 517.6
/ 58.6
| 178 | intergenic (‑184/‑215) | acrS/acrE | acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/84); new base A (13/11); total (83/95) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
AGAGTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATTTTTC > CP009273/3406859‑3407156
|
agTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGtt < 2:1344728/150‑1 (MQ=255)
agTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGtt > 2:329975/1‑150 (MQ=255)
tGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGtttt > 2:2959957/1‑150 (MQ=255)
tGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGtttt < 1:4139835/150‑1 (MQ=255)
tGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGtttt > 2:2392147/1‑150 (MQ=255)
gagaACATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATCTTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATAGATATTTCAATTTACGAGGTTTTa < 2:2084762/150‑1 (MQ=255)
gagaAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTa < 2:2084804/150‑1 (MQ=255)
gagaAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTa < 1:3203592/150‑1 (MQ=255)
aaaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTc > 1:3028282/1‑150 (MQ=255)
aaaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTc > 1:1554218/1‑150 (MQ=255)
aaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCt < 1:4081416/150‑1 (MQ=255)
cGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCctc > 1:2748386/1‑150 (MQ=255)
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gAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCctct > 1:3651616/1‑150 (MQ=255)
ggTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTc > 2:582829/1‑150 (MQ=255)
ggTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTc < 2:2660600/150‑1 (MQ=255)
gTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCa < 2:2333501/150‑1 (MQ=255)
tAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAAc > 1:1037996/1‑150 (MQ=255)
tATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCcgcg > 2:4058043/1‑150 (MQ=255)
aCCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCaa < 1:2613726/150‑1 (MQ=255)
tAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAAt < 1:2560180/150‑1 (MQ=255)
tAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAAt < 1:2560126/150‑1 (MQ=255)
tAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAAt < 1:2560267/150‑1 (MQ=255)
aaTGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATa < 2:2756553/150‑1 (MQ=255)
aaTGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATa > 1:3007719/1‑150 (MQ=255)
aaTGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCAATACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTATGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATa > 1:3381448/1‑150 (MQ=255)
aTGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATaa > 1:3517720/1‑150 (MQ=255)
aTGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATaa > 2:3010374/1‑150 (MQ=255)
tgtgTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATaaa > 1:3157026/1‑150 (MQ=255)
tgtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAAc > 1:3820654/1‑150 (MQ=255)
tgtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAAc > 1:3364383/1‑150 (MQ=255)
tgtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAAc > 1:1081021/1‑150 (MQ=255)
gtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACa < 2:243394/150‑1 (MQ=255)
tttATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTa < 2:3333128/150‑1 (MQ=255)
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ttATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAg < 2:2212621/150‑1 (MQ=255)
tataCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGa < 1:1959505/150‑1 (MQ=255)
tataCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGa < 1:1959607/150‑1 (MQ=255)
ataCGAGAGGCGAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGaa < 2:4271018/150‑1 (MQ=255)
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aCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAata < 2:506749/150‑1 (MQ=255)
agagGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTCGAATATTa > 2:2797651/1‑150 (MQ=255)
aaTATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCtttt < 2:66792/150‑1 (MQ=255)
atatTGAGTTGCTATAAATCTTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGACTATTAATCttttt > 1:3180622/1‑150 (MQ=255)
atatTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCttttt < 2:2477609/150‑1 (MQ=255)
atatTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCttttt > 1:910734/1‑150 (MQ=255)
tatTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAGTCtttttt > 2:1860852/1‑150 (MQ=255)
atTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTATCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCttttttt < 1:1987807/150‑1 (MQ=255)
atTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGTGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCttttttt > 2:939559/1‑150 (MQ=255)
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aGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTATTTgtgt < 1:784798/150‑1 (MQ=255)
gTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGtt > 2:3906982/1‑150 (MQ=255)
tttatataAATATTTAAATAAATAATATATATTATTTACATAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGttt < 2:3893330/146‑1 (MQ=255)
ttGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGttt > 1:680654/1‑150 (MQ=255)
gCTATACATAGTTCAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTAt < 1:565970/150‑1 (MQ=255)
tataAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTAtgt < 1:4247035/150‑1 (MQ=255)
aaTCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGACt > 1:1393813/1‑150 (MQ=255)
gTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTgag < 1:3246488/150‑1 (MQ=255)
gTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTgag < 1:3245795/150‑1 (MQ=255)
ttAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTgaga < 2:3133201/150‑1 (MQ=255)
ttAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTgaga > 2:3204125/1‑150 (MQ=255)
taaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCt < 1:3701213/150‑1 (MQ=255)
ataataTATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTa < 2:3800962/150‑1 (MQ=255)
tatatTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATa > 1:1422/1‑150 (MQ=255)
attattTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACt < 2:2018038/150‑1 (MQ=255)
ttattTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTa > 1:3139014/1‑150 (MQ=255)
ttACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTcc > 2:129002/1‑150 (MQ=255)
aGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATc < 2:1736201/150‑1 (MQ=255)
gATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATcg < 2:4404023/150‑1 (MQ=255)
aCATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATcgacg > 1:2397375/1‑150 (MQ=255)
cATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATcgacga > 1:3856476/1‑150 (MQ=255)
cATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATcgacga > 2:1063119/1‑150 (MQ=255)
aTTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGaa > 2:2375585/1‑150 (MQ=255)
aTTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGaa > 1:4315010/1‑150 (MQ=255)
aTTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGaa > 1:2040115/1‑150 (MQ=255)
cACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGa < 2:4122739/150‑1 (MQ=255)
cACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGa > 2:656648/1‑150 (MQ=255)
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|
AGAGTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATTTTTC > CP009273/3406859‑3407156
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
